ปี ค.ศ. 1039 ( MXXXIX ) เป็นปีปกติที่เริ่มต้นในวันจันทร์ตามปฏิทินจูเลียน

• 4 มิถุนายน – จักรพรรดิคอนราดที่ 2 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ("คอนราดผู้เฒ่า") สิ้นพระชนม์ด้วยโรคเกาต์ที่เมืองอูเทรคต์หลังจากครองราชย์มา 12 ปี พระโอรสของพระองค์คือ พระเจ้าเฮนรีที่ 3 ("เฮนรีดำ") ซึ่งมีพระชนมายุ 21 พรรษา ขึ้นครองราชย์ต่อจากพระองค์และได้เป็นกษัตริย์แห่งอิตาลีและเบอร์กันดีด้วย
• ดยุคคาซิเมียร์ที่ 1 ผู้ฟื้นฟูกลับมายังโปแลนด์และพยายามอย่างมากในการฟื้นฟูประเทศที่ถูกทำลายจากสงคราม เขาตั้งที่พำนักอยู่ที่คราคอฟ (ซึ่งกลายเป็นเมืองหลวงของโปแลนด์จนถึงปี 1596 ) ^{[ 1 ]}
• ตระกูล บานู ตูจิบถูกโค่นล้มโดยอัล-มุสไตน์ที่ 1ซึ่งก่อตั้งราชวงศ์บานู ฮุด (ราชวงศ์ฮุดดิด) ซึ่งปกครองอาณาจักรซาราโกซาเป็นเวลาเกือบหนึ่งศตวรรษ^{[ 2 ]}

• อารามเบคก่อตั้งขึ้นที่เลอเบค-เฮลลูอินในนอร์มังดี ( ประเทศฝรั่งเศส ในปัจจุบัน ) ^{[ 3 ]}

• เฮลิโบขุนนาง และหัวหน้าเผ่า ชาวจีน(เสียชีวิต ค.ศ. 1092 )
• มินาโมโตะ โนะ โยชิอิเอะซามูไรญี่ปุ่น(ค.ศ. 1106 )
• โรเบิร์ต เดอ สแตฟฟอร์ดขุนนางชาวนอร์มัน (ช่วงเวลาโดยประมาณ)
• ซานโชที่ 4กษัตริย์แห่งปัมโปลนา (ช่วงเวลาโดยประมาณ)
• ซู เจ๋อนักการเมืองและนักประวัติศาสตร์ชาวจีน (เสียชีวิต ค.ศ. 1112 )
• เวสซาฟแห่งโปโลตสค์ เจ้าชายแห่งเคียฟ (ช่วงเวลาโดยประมาณ)

• 10 มีนาคม – โอโดแห่งกัสกอนี (หรืออูเดส์) ขุนนางชาวฝรั่งเศส
• 16 เมษายน – วิลเลียมที่ 3เคานต์แห่งไวมาร์และไอช์สเฟลด์
• 27 พฤษภาคม – เดิร์กที่ 3 (หรือธีโอดอริก) เคานต์แห่งฮอลแลนด์
• 4 มิถุนายน – คอนราดที่ 2 (“ผู้เฒ่า”) จักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์^{[ 4 ]}
• 20 กรกฎาคม – คอนราดที่ 2 (“ผู้เยาว์”) ดยุกแห่งคารินเทีย
• 19 กันยายน – ฟูจิวาระ โนะ เก็นชิจักรพรรดินีแห่งญี่ปุ่น (ประสูติ1016 )
• 4 พฤศจิกายน – ฮิวจ์แห่งชาลอนบิชอปชาวฝรั่งเศส
• 29 พฤศจิกายน – อดัลเบโรขุนนางชาวเยอรมัน
• อบู นัสร์ มุชคานรัฐบุรุษชาวเปอร์เซีย (หรือค.ศ. 1040 )
• เอียโก อับ อิดวาล อัพ เมอริกเจ้าชายแห่งกวินเนด
• นาถาร์ ชาห์นักบวชและนักเทศน์ชาวทมิฬ (เกิดปี 969 )
• เรจิมบัลด์เจ้าอาวาสและบิชอปชาวเยอรมัน
• Reginar V (หรือ Régnier) ขุนนางชาวฝรั่งเศส
• เซเบสขุนนางชาวฮังการี^{[ 5 ]}
• โซเฟียที่ 1เจ้าหญิงและเจ้าอาวาส ชาวเยอรมัน (เกิด ค.ศ. 975 ) ^{[ 6 ]}
• อุนซูรีกวีและนักเขียนชาวเปอร์เซีย (หรือ ค.ศ. 1040)