กองพันนี้ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2485 ในชื่อกองพันที่ 1 กรมนาวิกโยธินที่ 19สองปีต่อมา ในวันที่ 16 สิงหาคม พ.ศ. 2487 พวกเขาได้รับการกำหนดชื่อใหม่เป็นกองพันวิศวกรที่ 3กองพันนี้ถูกยุบเลิกที่ฐานทัพนาวิกโยธินแคมป์เพนเดิลตันรัฐแคลิฟอร์เนีย เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2488 ^{[ 1 ]}ตั้งแต่เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2490 จนถึงเดือนมกราคม พ.ศ. 2505 กองพันนี้ได้รับการกำหนดชื่อเป็นกองพันบุกเบิกที่ 3

กองพันวิศวกรรบที่ 3 ถูกส่งไปประจำการที่สาธารณรัฐเวียดนามขึ้นฝั่งที่ชูไลในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2508 และต่อมาได้ย้ายไปที่ดานัง และประจำการอยู่ในประเทศจนถึงเดือนตุลาคม พ.ศ. 2512 ^{[ 2 ]}ในช่วงเวลานี้ กองพันปฏิบัติการจากดานังดงฮาเกียเล กวาง ตรีก๋วยเตียวค่ายแคร์รอลกัมโลและฐานทัพแวนเดอกริฟต์หลังจากเวียดนาม กองพันถูกย้ายไปที่ค่ายชวาบโอกินาวา ก่อนที่จะถูกย้ายอีกครั้งในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2513 ไปยังค่ายแฮนเซนโอกินาวา เมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2519 กองพันได้รับการกำหนดชื่อใหม่เป็นกองพันวิศวกรรบที่ 3 ^{[ 3 ]}

ในเดือนกันยายน ปี 1975 กองพันนี้ได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็น กองพันวิศวกรรมรบที่ 3

กองพันนาวิกโยธินที่ 3 (3d CEB) ได้จัดส่งสามกองร้อยเข้าร่วมปฏิบัติการ Desert Shield/Desert Stormระหว่างเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2533 ถึงมีนาคม พ.ศ. 2534 กองร้อย "อัลฟ่า" ถูกส่งตัวจากฐานทัพนาวิกโยธินฮาวายพร้อมกับ กองพลนาวิกโยธิน ที่ 1 (1st Marine Expeditionary Brigade ) กองร้อย "บราโว" ถูกส่งตัวโดยเรือยกพลขึ้นบกเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2533 จากโอกินาวาและกองร้อย "ชาร์ลี" ขึ้นฝั่งในซาอุดีอาระเบียห้าวันก่อนที่สงครามทางอากาศจะเริ่มต้นขึ้น นาวิกโยธินจากกองพันนาวิกโยธินที่ 3 ได้เข้าร่วมปฏิบัติการบุกทะลวงร่วมกับ "หน่วยเฉพาะกิจกริซลี" และ "หน่วยเฉพาะกิจปาปาแบร์" ^{[ 4 ]} เมื่ออยู่ในประเทศแล้ว กองร้อยอัลฟ่า กองพันนาวิกโยธินที่ 3 ก็ถูกโอนไปสังกัดกองพันนาวิกโยธินที่ 1 (1st CEB) และถูกเรียกว่า "อัลฟ่าที่ 3" เพื่อแยกความแตกต่างจากกองร้อยอัลฟ่า กองพันนาวิกโยธินที่ 1 (1st CEB) หมวดหนึ่งจากกองร้อยบราโว กองพันทหารราบที่ 3 กองพลนาวิกโยธินที่ 3 แห่งโอกินาวา เดินทางมาถึงประเทศโดยเรือยกพลขึ้นบก และถูกผนวกเข้ากับ "กองร้อยอัลฟาที่ 3" เพื่อเป็นหมวดที่ 3 ของกองร้อย กองพันทหารราบที่ 1 สนับสนุนกองกำลังเฉพาะกิจริปเปอร์ [หน่วยนำของกองพลนาวิกโยธินที่ 1 ในระหว่างปฏิบัติการพายุทะเลทราย] "กองร้อยอัลฟาที่ 3" ได้รับการกำหนดให้เป็นหน่วยกวาดล้างสิ่งกีดขวาง และได้รับมอบหมายให้ปฏิบัติการร่วมกับกองพันที่ 1 นาวิกโยธินที่ 5 กองร้อย A กองพันจู่โจมสะเทินน้ำสะเทินบกที่ 3และกองร้อย A กองพันรถถังที่ 1ในฐานะหน่วยนำของกองกำลังเฉพาะกิจริปเปอร์เพื่อทำลายสนามทุ่นระเบิด กองร้อยอัลฟาที่ 3 ได้ทำการทำลายสนามทุ่นระเบิดหนึ่งครั้งในแนวสนามทุ่นระเบิดแรก และอีกหนึ่งครั้งในแนวสนามทุ่นระเบิดที่สองซึ่งได้รับการป้องกันโดยกองกำลังอิรัก "กองร้อยอัลฟาที่ 3" ยังได้จัดส่งหน่วยวิศวกรไปปฏิบัติการทำลายสิ่งกีดขวางให้กับกองกำลังเฉพาะกิจเชพาร์ดด้วย

ในปี 1995 กองพันวิศวกรรมรบที่ 3 (3d CEB) ถูกยุบเลิก กำลังพลถูกกระจายไปยังหน่วยวิศวกรรมรบอื่นๆ ทั่วกองทัพนาวิกโยธิน กองพันถูกเปลี่ยนชื่อเป็นกองร้อยวิศวกรรมรบ (Combat Engineer Company) และถูกผนวกเข้ากับกองพันจู่โจม (Combat Assault Battalion)ของกองพลนาวิกโยธินที่ 3 (3rd Marine Division )

กองร้อยอัลฟ่าก่อตั้งขึ้นที่ทเวนตี้ไนน์ปาล์มส์รัฐแคลิฟอร์เนียในฤดูใบไม้ร่วงปี 2007 กองร้อยนี้ (ยกเว้นหมวดที่ 2) ถูกส่งไปประจำการที่อิรักเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการอิรักเสรีและอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของกองพันรบที่ 5 ในปี 2008 ส่วนหมวดที่ 2 ถูกส่งไปประจำการที่ อัฟกานิสถานในเวลาเดียวกันเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการความมั่นคงยั่งยืนร่วมกับกองพันที่ 2 กรมนาวิกโยธินที่ 7ปฏิบัติการทั่วจังหวัดเฮลมานด์และ ฟารา ห์

กองร้อยบราโว่ก่อตั้งขึ้นในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2551 โดยมีหมวดทหารราบเต็มกำลัง 3 หมวด กองพันนี้จะมีกองร้อยเต็มกำลังอีกหนึ่งกองร้อยเพื่ออำนวยความสะดวกในการใช้ยานพาหนะจู่โจมทำลายสิ่งกีดขวาง (ABV) รุ่นใหม่ ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2553 กองร้อยอัลฟ่า พร้อมด้วยหน่วยขนาดกองร้อยจากกองพันรถถังที่ 1 (ที่ได้รับการฝึกฝนเป็นวิศวกร) ได้ถูกส่งไปประจำการในจังหวัดเฮลมานด์เพื่อเคลียร์เส้นทาง สนับสนุนกองพันที่ 3 กรมนาวิกโยธินที่ 7 จากนั้นกองร้อยอัลฟ่าถูกส่งไปทั่วจังหวัดเฮลมานด์ รวมถึงเขตมาร์เจห์ มูซา กาลา และสมรภูมิซางินอันเลื่องชื่อ ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2554 กองร้อยบราโว่ได้ถูกส่งไปประจำการในจังหวัดเฮลมานด์อีกครั้ง เพื่อสนับสนุนกองพันที่ 3 กรมนาวิกโยธินที่ 7 และกองพันที่ 2 กรมนาวิกโยธินที่ 4 กองร้อยอัลฟ่าถูกส่งไปประจำการอีกครั้งในปี 2013 โดยหมวดที่ 1 ทำหน้าที่สนับสนุนโดยตรง (DS) แก่กองพันที่ 2 กรมนาวิกโยธินที่ 8และหมวดที่ 2 ทำหน้าที่สนับสนุนโดยตรง แก่ กองพันที่ 3 กรมนาวิกโยธินที่ 4 ส่วนกองร้อยบราโวถูกส่งไปประจำการในอัฟกานิสถานอีกครั้งในปี 2013 ในฐานะกองร้อยเคลียร์เส้นทางของกองพันวิศวกรต่อสู้ที่ 3

กองพันวิศวกรต่อสู้ที่ 3 ถูกส่งไปประจำการที่จังหวัดเฮลมานด์ประเทศอัฟกานิสถานเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการ Enduring Freedomในปี 2010, 2011 และ 2013