แผนกฟุตซอลของ AEK เริ่มต้นขึ้นเมื่อร่วมมือกับ OF Gerakas ในช่วงฤดูร้อนปี 2008 โดยการรวมทีมที่จะเกิดขึ้นในอนาคตได้เริ่มขึ้นในช่วงปลายฤดูกาล เนื่องจากไม่มีทางเลือกอื่นใด นอกจากการเข้าร่วมของสโมสรใหม่ในลีกระดับ 2 แผนกที่จัดตั้งขึ้นใหม่นี้รับผิดชอบในการสร้างและจัดการแฟนคลับ 5 คนของทีม Dichefalu โดยมีเป้าหมายและแนวทางในการส่งเสริมการมีส่วนร่วมของ AEK ทั้งในสนามฟุตบอลและในสนามแข่งขัน ในที่สุดทีมก็จบอันดับสองในฤดูกาล 2008–09 และได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่ลีกระดับ 1

อย่างไรก็ตาม การที่สหพันธ์ปฏิเสธที่จะควบรวมกิจการกับ AEK และ Gerakas ทำให้จำเป็นต้องสร้างลีกใหม่ภายใต้AEKและเข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์แห่งชาติครั้งที่ 2 อีกครั้งในฐานะสโมสรที่จัดตั้งขึ้นใหม่ในฤดูกาล 2009–10 ทีมชายได้ลงแข่งขันในลีกปิดของ Gerakas และคว้าแชมป์ลีกแห่งชาติดิวิชั่น 1 โดยจบอันดับ 1 ในกลุ่ม โดยอาศัยผู้เล่นที่เคยคว้าแชมป์กับ AEK มาก่อน ซึ่งคัดเลือกมาจากผู้เล่นจำนวนมากในการคัดตัวกระชับมิตรช่วงฤดูร้อน ข้อสังเกต: ฝ่ายบริหารไม่เคยเรียกเก็บค่าใช้จ่ายจากกองทุนสมัครเล่นของ AEK เลย เนื่องจากกองทุนนี้อยู่รอดมาได้ด้วยความช่วยเหลือจากแฟนๆ ของ AEK

ในช่วงฤดูร้อนปี 2010 ความจำเป็นในการสร้างอะคาเดมี่ฟุตบอล ซึ่งมีความสำคัญต่อการเข้าร่วมของทีมชายในการแข่งขันระดับชาติชุดที่ 1 ทำให้ผู้บริหารของ AEK ประกาศรับสมัครครั้งใหญ่ผ่านสื่อต่างๆ เช่น สื่อสิ่งพิมพ์ กิจกรรม Fun Weekend และโฆษณา เพื่อสร้างอะคาเดมี่ AEK แห่งใหม่สำหรับเด็กอายุ 6 ปีขึ้นไป โดยมีเด็กใหม่ 7 คนเข้าร่วมโครงการเริ่มต้นของอะคาเดมี่ที่จัดตั้งขึ้นใหม่นี้ ในช่วงอายุต่างๆ กัน พร้อมสิทธิ์ในการเข้าร่วมการแข่งขันระดับพื้นฐาน ทีมชายจบการแข่งขันในอันดับที่ 7 ของการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติชุดที่ 1 ซึ่งถือเป็นความสำเร็จอย่างยิ่งใหญ่ โดยได้ส่งผู้เล่น 4 คนเข้าสู่ทีมชาติ เป็นการตอบแทนผลงานที่ยอดเยี่ยมของพวกเขา และมีผู้ทำประตูแรกในลีกกรีก รวมถึงเข้าถึงรอบรองชนะเลิศฟุตบอลถ้วยกรีก แต่พลาดโอกาสเข้าชิงชนะเลิศในนาทีสุดท้ายของการแข่งขัน ปัจจุบันอะคาเดมี่มีนักกีฬา 1 รุ่นตลอดทั้งปี และขยายเป็น 3 รุ่น โดยมีเด็ก 30 คน อายุตั้งแต่ 6 ถึง 13 ปี

ในช่วงฤดูร้อนปี 2011 การจากไปอย่างกะทันหันของนักเตะต่างชาติ 4 คนด้วยเหตุผลหลายประการ และการหาผู้เล่นทดแทนที่ไม่เหมาะสมด้วยนักฟุตบอลอาชีพคนอื่นๆ ซึ่งเป็นปรัชญาของเจ้าหน้าที่ฝ่ายบริหาร ทำให้ทีมประสบกับความวุ่นวายทางด้านกีฬาอย่างมาก ส่งผลให้ทีมจบฤดูกาลในอันดับที่ 10 และตามหลังทีมอื่นๆ อยู่มาก อย่างไรก็ตาม ตอนนี้อะคาเดมี่เริ่มเติบโตขึ้น และส่งผลให้คว้าแชมป์ฟุตบอลถ้วยกรีกในรุ่นเยาวชน โดยเอาชนะAthina 90ไปด้วยสกอร์ 2-1 นอกจากนี้ ทีมจากปัมปัสยังได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลถ้วย Final 4 Cup ประเทศกรีซเป็นครั้งแรก โดยมีผู้เล่นรุ่นเยาว์เข้าร่วมด้วย ดังนั้น ปีจึงจบลงด้วยการที่ AEK FC สร้างเกียรติให้กับผู้ชม 25,000 คนในเกมสุดท้ายของNikos LiberopoulosและTraianos Dellasทีมเยาวชน และเฉลิมฉลองกับแฟนๆ ของ AEK

ฤดูกาลถัดมา 2012–13 เป็นฤดูกาลแห่งการเปลี่ยนแปลงด้านการบริหารในส่วนของ AEK ในลีก เนื่องจากทีมผู้ก่อตั้งทั้งห้าคนได้ทยอยออกจากวงการไปด้วยเหตุผลหลายประการ ดังนั้น เมื่อเผชิญกับความเสี่ยงที่จะทำให้ความพยายามทั้งหมดตลอด 3 ปีที่ผ่านมาสูญเปล่า เพราะไม่มีใครสานต่อโครงการที่เฉพาะเจาะจง ฝ่ายบริหารของสโมสรสมัครเล่น AEK จึงมอบหมายความรับผิดชอบของแผนกให้กับโค้ชทีมชายและหัวหน้าอะคาเดมี่ ดิมิทริส คุนทาร์ดาส ในฐานะหัวหน้าแผนก โดยมีสตาฟรอส มาฟราคิส และมาโนส ฮัดจิโดรดิส เป็นผู้ช่วย ทีมชายได้รับการเสริมความแข็งแกร่งอย่างมากด้วยการมาถึงของนักฟุตบอลที่มีประสบการณ์ 4-5 คน ย้ายไปที่สำนักงานใหญ่แห่งใหม่ภายใต้การดูแลของนิโคลาคาคิส และการมีโค้ชฝาแฝด ทำให้เกิดทีมที่แข็งแกร่งซึ่งนำพาทีมไปสู่รอบ 15 ทีมสุดท้ายของการแข่งขัน สถาบันแห่งนี้มีนักกีฬามากกว่า 150 คน ทุกช่วงอายุ ตั้งแต่ 4 ถึง 17 ปี โดยมี 4 กลุ่มการแข่งขันที่ใช้สารกระตุ้น EPO และอีก 8 ฝ่ายชั้นนำอื่นๆ

เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2018 AEK ฉลองความสำเร็จครั้งสำคัญด้วยการคว้าแชมป์แรกนับตั้งแต่ก่อตั้ง โดยเอาชนะ Olympiada Agia Paraskevi ในการแข่งขันที่สูสีด้วยสกอร์ 1-0 ในการแข่งขันHellenic Cup ฤดูกาล 2017–18 ^{[ 6 ]}ก่อนหน้านั้นในปีเดียวกัน สโมสรยังคว้าแชมป์Hellenic Super Cupเป็นครั้งแรกอีกด้วย^{[ 7 ]}ปีต่อมา AEK คว้าแชมป์ลีกเป็นครั้งแรก ซึ่งเป็นเหตุการณ์สำคัญที่ทำให้ทีมได้เข้าร่วมการแข่งขันUEFA Futsal Champions Leagueเป็นครั้งแรกเช่นกัน^{[ 8 ]}ในช่วงต้นปีนั้น สโมสรฉลองชัยชนะครั้งที่สองในHellenic Super Cupซึ่งยิ่งตอกย้ำชื่อเสียงในวงการกีฬา^{[ 9 ]}ในฤดูกาล 2019 สโมสรคว้าแชมป์กลับคืนมาได้อย่างงดงาม แต่พวกเขากลับต้องดิ้นรนเพื่อผ่านรอบคัดเลือกของUEFA Futsal Champions Leagueโดยพ่ายแพ้ไปสองนัด ทำให้พลาดการเข้าร่วมการแข่งขัน^{[ 10 ]}ในปีต่อมา สโมสรประสบความสำเร็จครั้งสำคัญด้วยการคว้าชัยชนะครั้งแรกเหนือAraz NaxçivanในรอบคัดเลือกของUEFA Futsal Champions Leagueทำให้พวกเขาสามารถผ่านเข้ารอบ 32 ทีม ซึ่งพวกเขาต้องพบกับความพ่ายแพ้ต่อ Aktobe อย่างไรก็ตาม สิ่งสำคัญที่ควรทราบคือ ความสำเร็จนี้ถือเป็นความสำเร็จที่สำคัญที่สุดของสโมสรในการแข่งขันระดับยุโรปจนถึงขณะนั้น^{[ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]}

เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2023 AEK คว้าแชมป์ฟุตซอลเฮลเลนิก คัพเป็นครั้งที่สอง โดยเอาชนะAC Doukasในรอบชิงชนะเลิศ^{[ 15 ]}ในสองปีต่อมา สโมสรประสบความสำเร็จอย่างน่าทึ่ง โดยคว้าแชมป์ฟุตซอลซูเปอร์ลีกเฮลเลนิก สองสมัย พร้อมกับชัยชนะ ในเฮล เลนิกซูเปอร์คัพ อีกสองสมัย ^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]}สโมสรยังได้เข้าร่วมในรอบคัดเลือกของยูฟ่าฟุตซอลแชมเปียนส์ลีก 2024–25 อีกด้วย^{[ 20 ]} ในเดือนสิงหาคม 2025 AEK ได้เฉลิมฉลองความสำเร็จครั้งประวัติศาสตร์อย่างภาคภูมิใจด้วยการชนะกลุ่มในรอบคัดเลือกของยูฟ่าฟุตซอลแชมเปียนส์ลีก 2025–26โดยเอาชนะแชมป์ของอังกฤษนอร์เวย์และฮังการีทำให้สโมสรผ่านเข้ารอบหลักของการแข่งขันเป็นครั้งแรก^{[ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]}เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2568 สโมสรได้รับแจ้งว่าจะแข่งขันกับทีมฟุตซอล Meta Catania C5, Akaa และTSV WeilimdorfในรอบหลักของUEFA Futsal Champions League ฤดูกาล 2025–26 ^{[ 26 ]}

อัปเดตล่าสุด: 13 กุมภาพันธ์ 2026 ^{[ 38 ]}

ฤดูกาล	การแข่งขัน	กลม	ประเทศ	ฝ่ายตรงข้าม	บ้าน	ห่างออกไป	สถานที่จัดงาน	แอ็กก์	คุณสมบัติ	อ้างอิง
2019–20	ยูฟ่า ฟุตซอล แชมเปี้ยนส์ลีก	รอบคัดเลือก		ฟุตซอลมิเนอร์วา		4 – 3	ศูนย์กีฬาไดส์กรุงเอเธนส์	อันดับที่ 4		[ 39 ]
				บลูเมจิก เอฟซีดี	4 – 4					[ 40 ]
				เอฟเค เมียร์คิวเรีย ซิอุค	3 – 4					[ 41 ]
2020–21	ยูฟ่า ฟุตซอล แชมเปี้ยนส์ลีก	รอบคัดเลือก		อาราซ นัคซิวาน	3 – 3 (4–3 หน้า )		ศูนย์กีฬาไดส์ เอเธนส์	7 – 6		[ 42 ]
		รอบ 32 ทีม		เอ็มเอฟซี อัคโตเบะ	2 – 5			2 – 5		[ 43 ]
2024–25	ยูฟ่า ฟุตซอล แชมเปี้ยนส์ลีก	รอบคัดเลือก		เอฟซี ไดอาแมนต์ ลินซ์	1 – 3		สปอร์ตฮาลเลอ เอ็นเอ็มเอส ลินซ์-ไคลน์มึนเช่น, ลินซ์	อันดับที่ 2		[ 44 ]
				เอเอล ลิมาสโซล	5 – 4					[ 45 ]
				อเบอร์ดีน		1 – 3				[ 46 ]
2025–26	ยูฟ่า ฟุตซอล แชมเปี้ยนส์ลีก	รอบคัดเลือก		สจาร์มโทรลลัน		1 – 8	หอประชุม OAKA Kasimatis กรุงเอเธนส์	อันดับ 1		[ 47 ]
				โบลตัน	9 – 0					[ 48 ]
				เวสเปรม	6 – 4					[ 49 ]
		รอบหลัก		เมตา คาตาเนีย ซี5		3 – 3	PalaCatania , คาตาเนีย	อันดับ 1		[ 50 ]
				อาก้า		2 – 6				[ 51 ]
				TSV Weilimdorf	9 – 2					[ 52 ]
		รอบ 16 ทีมสุดท้าย		สปอร์ตติ้ง ซีพี	0 – 11	8 – 3	Lavrio Indoor Hall , Lavrio Pavilhão João Rocha , ลิสบอน	3 – 19		[ 53 ] [ 54 ]

• การแข่งขันแต่ละนัดจะถือว่าเป็นเกมเหย้าหรือเกมเยือนตามการจัดสรรทีมหลังจากการจับสลากการแข่งขันของยูฟ่า

ประเทศ	บ้าน							ห่างออกไป							ทั้งหมด
	พล.	ว	ดี	แอล	เอฟเอฟ	จีเอ	จีดี	พล.	ว	ดี	แอล	เอฟเอฟ	จีเอ	จีดี	พล.	ว	ดี	แอล	เอฟเอฟ	จีเอ	จีดี	ชนะ%
ออสเตรีย	1	0	0	1	1	3	-2	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	1	3	-2	00.00
อาเซอร์ไบจาน	1	1	0	0	7	6	+1	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	7	6	+1	100.00
ไซปรัส	1	1	0	0	5	4	+1	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	5	4	+1	100.00
อังกฤษ	1	1	0	0	9	0	+9	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	9	0	+9	100.00
ฟินแลนด์	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	6	2	+4	1	1	0	0	6	2	+4	100.00
เยอรมนี	1	1	0	0	9	2	+7	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	9	2	+7	100.00
ฮังการี	1	1	0	0	6	4	+2	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	6	4	+2	100.00
ไอร์แลนด์	1	0	1	0	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	1	0	4	4	0	50.00
อิตาลี	0	0	0	0	0	0	0	1	0	1	0	3	3	0	1	0	1	0	3	3	0	50.00
คาซัคสถาน	1	0	0	1	2	5	-3	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	2	5	-3	00.00
นอร์เวย์	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	8	1	+7	1	1	0	0	8	1	+7	100.00
โปรตุเกส	1	0	0	1	0	11	-11	1	0	0	1	3	8	-5	2	0	0	2	3	19	-16	00.00
โรมาเนีย	1	0	0	1	3	4	-1	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	3	4	-1	00.00
สกอตแลนด์	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	3	1	+2	1	1	0	0	3	1	+2	100.00
สวิตเซอร์แลนด์	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	3	4	-1	1	0	0	1	3	4	-1	00.00
ทั้งหมด	10	5	1	4	46	43	+3	6	3	1	2	26	19	+7	16	8	2	6	72	62	+15	50.00

• รายการสุดท้ายคือการแข่งขันนัดที่สองกับสปอร์ติ้ง ซีพีในรอบ 16 ทีมสุดท้ายของยูฟ่า ฟุตซอล แชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2025–26
• หลังจากบันทึกครั้งล่าสุด สถิติรวมคือ 16 นัด (ชนะ 8 เสมอ 2 แพ้ 6 ยิงได้ 72 ประตู เสีย 62 ประตู) โดยเป็นนัดเหย้า 10 นัด (ชนะ 5 เสมอ 1 แพ้ 4 ยิงได้ 46 ประตู เสีย 43 ประตู) และนัดเยือน 6 ​​นัด (ชนะ 3 เสมอ 1 แพ้ 2 ยิงได้ 26 ประตู เสีย 19 ประตู)
• การแข่งขันแต่ละนัดจะถือว่าเป็นเกมเหย้าหรือเกมเยือนตามการจัดสรรทีมหลังจากการจับสลากการแข่งขันของยูฟ่า

อัปเดตล่าสุด: 27 สิงหาคม 2025 ^{[ 55 ] [ 56 ]}

#	ตำแหน่ง	ชื่อ	สัญชาติ
15	ผู้รักษาประตู	นิโคลาอส อารอนิส ( ค )
89	ผู้รักษาประตู	เอฟธิมิออส มิคาลิทซิส
13	ผู้รักษาประตู	ดิมิทริส เปตราคิส
3	ผู้พิทักษ์	มิคาอิล แองเจลอส โปรโตโนทาริโอส
6	ผู้พิทักษ์	อันเดรียส ทาร์นานิดิส
8	ผู้พิทักษ์	พานาจิโอติส กูซิส
10	ผู้พิทักษ์	วิตินโญ่
19	ผู้พิทักษ์	นิโคลาอส ทริอันตาฟิลลอส
20	ผู้พิทักษ์	ดิมิทริโอส อนาสตาโซปูลอส
27	ผู้พิทักษ์	เนเน่
77	ผู้พิทักษ์	ฟาบริซิโอ ลิมา
7	ซึ่งไปข้างหน้า	มาริโอส เอ็นทาติส
11	ซึ่งไปข้างหน้า	จอร์จิออส ค็อกกินิดิส
17	ซึ่งไปข้างหน้า	อเล็กซานดรอส อดาโมปูลอส
23	ซึ่งไปข้างหน้า	เฟลิปินโญ่