กองบัญชาการกองกำลังพันธมิตร ( AFHQ ) เป็นกองบัญชาการที่ควบคุมกองกำลังปฏิบัติการทั้งหมดของ ฝ่าย พันธมิตรในเขตทะเลเมดิเตอร์เรเนียนของสงครามโลกครั้งที่สองตั้งแต่เดือนสิงหาคม พ.ศ. 2485 จนกระทั่งสิ้นสุดสงครามในยุโรปในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2488

กองบัญชาการ AFHQ ก่อตั้งขึ้นในสหราชอาณาจักรเมื่อวันที่ 14 สิงหาคม 1942 ภายใต้ การบังคับบัญชาของ พลโท ดไวต์ ดี. ไอเซนฮาวเวอร์เพื่อบัญชาการกองกำลังที่เข้าร่วมปฏิบัติการทอร์ชซึ่งเป็นการบุกโจมตีแอฟริกาเหนือของฝรั่งเศสโดยฝ่าย สัมพันธมิตร ซึ่งกำหนดไว้ในเดือนพฤศจิกายน ไอเซนฮาวเวอร์ดำรงตำแหน่ง ผู้บัญชาการสูงสุดของกองกำลังพันธมิตร ( Commander-in-Chief , Allied Expeditionary Force) ไม่นานหลังจากก่อตั้งกองบัญชาการ คำว่า "Expeditionary" ถูกตัดออกจากชื่อเนื่องจากเหตุผลด้านความปลอดภัยในการปฏิบัติการ ไอเซนฮาวเวอร์จึงดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการสูงสุดของกองกำลังพันธมิตร (Commander-in-Chief, Allied Force) กองบัญชาการถูกย้ายไปยังยิบรอลตาร์เมื่อวันที่ 5 พฤศจิกายน 1942 และจากนั้นไปยังแอลเจียร์เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 1942

ในช่วงปลายปี 1942 มีความจำเป็นต้องรวมศูนย์บัญชาการกองกำลังพันธมิตรในแอฟริกาเหนือ เนื่องจากกองกำลังจากทางตะวันตก คือกองทัพที่ 1 ของอังกฤษภายใต้การบัญชาการของพลโทเคนเนธ แอนเดอร์สันได้ยกพลขึ้นบกในปฏิบัติการทอร์ช และกองกำลังจากทางตะวันออก คือกองทัพที่ 8 ของอังกฤษ ภาย ใต้การบัญชาการของพลโทเบอร์นาร์ด มอนต์โกเมอรี ซึ่งได้ต่อสู้และได้รับชัยชนะในยุทธการเอล อลาเมนครั้งที่สอง ต่างก็อยู่ใกล้กันมากพอที่จะต้องมีการประสานงาน ดังนั้น ในวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 1943 กองบัญชาการใหญ่กองทัพอากาศแอฟริกา (AFHQ) จึงเข้าควบคุมกองทัพที่ 8 ที่กำลังรุกคืบมาจากทางตะวันออกด้วยเช่นกัน

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2486 AFHQ กำกับดูแลกองบัญชาการอากาศเมดิเตอร์เรเนียน (ต่อมาถูกแทนที่โดยกองทัพอากาศพันธมิตรเมดิเตอร์เรเนียน ); กองทัพบกกลุ่มที่ 18 ; ผู้บัญชาการกองทัพเรือหลวงแห่งกองเรือเมดิเตอร์เรเนียนซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้บัญชาการกองทัพเรือพันธมิตร และกองทัพบกสหรัฐที่^{5 [ 1} ]

ไอเซนฮาวร์ยังคงดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการกองบัญชาการกองทัพอากาศ (AFHQ) จนถึงวันที่ 16 มกราคม 1944 โดยดูแลการบุกซิซิลีของฝ่ายสัมพันธมิตร ( รหัสปฏิบัติการฮัสกี้) ซึ่งเริ่มต้นเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม 1943 และการบุกแผ่นดินใหญ่ของอิตาลีของฝ่ายสัมพันธมิตร ( ปฏิบัติการเบย์ทาวน์และปฏิบัติการอะวาแลนช์ ) เมื่อวันที่ 3 กันยายน 1943 ไอเซนฮาวร์ซึ่งขณะนั้นมียศเป็นพลเอกเต็มยศได้เดินทางกลับสหราชอาณาจักรในวันที่ 14 มกราคม 1944 เพื่อเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองกำลังฝ่ายสัมพันธมิตรที่กำลังรวมตัวกันเพื่อปฏิบัติการโอเวอร์ ลอร์ด การบุกนอร์มังดีของฝ่ายสัมพันธมิตร ซึ่งกำหนดไว้ในฤดูใบไม้ผลิปี 1944 ในอีก 2 วันต่อมา พลเอกเซอร์เฮนรี เมตแลนด์ วิลสันได้รับตำแหน่งต่อจากเขา และวิลสันได้รับแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการสูงสุดแห่งเขตปฏิบัติการเมดิเตอร์เรเนียน

วิลสันดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการเป็นเวลาเกือบหนึ่งปี จนกระทั่งเขาถูกส่งไปยังวอชิงตัน ดี.ซี.ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2487 เพื่อแทนที่จอมพลเซอร์จอห์น ดิลล์แห่งคณะเสนาธิการร่วมของอังกฤษซึ่งเสียชีวิตอย่างกะทันหัน วิลสันได้รับการสืบทอดตำแหน่งโดยจอมพลเซอร์แฮโรลด์ อเล็กซานเดอร์ซึ่งดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการสูงสุดและผู้บัญชาการ AFHQ จนกระทั่งสิ้นสุดสงคราม หลังสงคราม AFHQ กลายเป็นหน่วยงานพันธมิตรขนาดเล็กที่รับผิดชอบกิจกรรมการยุบหน่วยบัญชาการร่วม และอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของพลโทเซอร์วิลเลียม ดัทธี มอร์แกนในฐานะผู้บัญชาการพันธมิตรสูงสุดแห่งเมดิเตอร์เรเนียน^{[ 2 ]}มอร์แกนเกษียณอายุราชการกลับไปยังสหราชอาณาจักรเมื่อวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2489 และถูกแทนที่โดยรองผู้บัญชาการของเขา พลโทจอห์น ซีเอช ลี แห่งสหรัฐอเมริกา จนกระทั่ง AFHQ ถูกยุบเลิก มีผลตั้งแต่วันที่ 17 กันยายน พ.ศ. 2490 โดยคำสั่งทั่วไปที่ 24 ของ AFHQ เมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2490

• พลเอก ดไวต์ ดี. ไอเซนฮาวเวอร์ - 14 สิงหาคม 1942 ถึง 7 มกราคม 1944
• พลเอกเฮนรี เมตแลนด์ วิลสัน - 8 มกราคม 1944 ถึง ธันวาคม 1944
• พลเอก ฮาโรลด์ อเล็กซานเดอร์ - ธันวาคม 1944 ถึง พฤษภาคม 1945
• พลโท วิลเลียม ดัทธี มอร์แกน - พฤษภาคม 1945 ถึง 31 ธันวาคม 1946
• พลโท จอห์น ซี.เอช. ลี 31 ธันวาคม 1946 ถึง 17 กันยายน 1947

• เดิมที กองบัญชาการกองทัพบกสหรัฐฯ ในเขตเมดิเตอร์เรเนียน (MTO) มีชื่อว่ากองบัญชาการกองทัพบกสหรัฐฯ ในเขตแอฟริกาเหนือ (NATO) และเป็นองค์กรของกองทัพบกสหรัฐฯ ที่ต่อสู้กับ ฝ่ายอักษะในแอฟริกาเหนือและอิตาลีในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง

• History of AFHQ - Part One: August-December 1942
• History of AFHQ – Part Two: December 1942 – December 1943
• History of AFHQ – Part Three: December 1943 – July 1944