AMRเป็นแพ็กเกจโอเพนซอร์สฟรี สำหรับภาษาโปรแกรมRซึ่งออกแบบมาเพื่อลดความซับซ้อนในการวิเคราะห์ ข้อมูล การดื้อยาต้านจุลชีพ (AMR)

มีเป้าหมายเพื่อให้เป็นมาตรฐานสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล AMR ที่สะอาดและสามารถทำซ้ำได้ ซึ่งช่วยให้สามารถเฝ้าระวังและประเมินผลการรักษาได้ทั้งในบริบททางคลินิกและการวิจัย นับตั้งแต่เปิดตัวสู่สาธารณะครั้งแรกบนCRANในช่วงต้นปี 2018 แพ็กเกจนี้ได้รับการดาวน์โหลดจากกว่า 175 ประเทศ ตามที่วัดจากบันทึกการดาวน์โหลดของ CRAN ^{[ 1 ]}ได้รับการนำไปใช้ในบริบททางคลินิก สัตวแพทย์ และจุลชีววิทยาสิ่งแวดล้อมทั่วโลก^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]}

การศึกษาที่ใช้แพ็กเกจนี้ได้แก่ การเฝ้าระวังการติดเชื้อในกระแสเลือดในเด็กทั่วประเทศ^{[ 3 ]}การวิเคราะห์ภาระ AMR ทั่วทั้งประชากร^{[ 4 ]}การเฝ้าระวัง MRSA ในสัตว์เลี้ยงในสถานพยาบาลสัตว์^{[ 5 ]}การคัดกรองยีนต้านทานสิ่งแวดล้อมในผลผลิตสด^{[ 6 ]}และมุมมองเกี่ยวกับเครื่องมือเฝ้าระวัง AMR ทางคลินิก^{[ 7 ]}

แพ็คเกจนี้ได้รับการพัฒนาขึ้นครั้งแรกที่มหาวิทยาลัย Groningenและศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัย Groningen (UMCG) ในประเทศเนเธอร์แลนด์^{[ 8 ] [ 1 ]}

งานนี้ได้รับการตีพิมพ์เป็นบทความที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิในวารสาร Journal of Statistical Softwareและเป็นพื้นฐานของวิทยานิพนธ์ปริญญาเอกสองเล่มที่มหาวิทยาลัย Groningen ^{[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]}ตามข้อมูลจากCRANแพ็กเกจนี้ไม่มีการพึ่งพาภายนอกและเข้ากันได้กับ R เวอร์ชันตั้งแต่ R-3.0 (เมษายน 2013) เป็นต้นไป^{[ 2 ]}

องค์การอนามัยโลกยอมรับ ว่า การดื้อยาต้านจุลชีพเป็นหนึ่งในภัยคุกคามด้านสาธารณสุขที่สำคัญระดับโลก ห้องปฏิบัติการจะทำการทดสอบจุลินทรีย์เพื่อหาความต้านทานต่อยาต้านจุลชีพเป็นประจำ และข้อมูลที่ได้จะต้องถูกรายงานและวิเคราะห์ในระดับต่างๆ ตั้งแต่โรงพยาบาลในท้องถิ่นไปจนถึงเครือข่ายเฝ้าระวังระหว่างประเทศ แม้จะมีมาตรฐานสากลสำหรับการทดสอบและการรายงาน แต่ก่อนที่จะมีชุดโปรแกรม AMR นั้น ยังขาดเครื่องมือโอเพนซอร์สที่เป็นมาตรฐานในการประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูลเหล่านี้ในลักษณะที่ทำซ้ำได้ ข้อมูลจากระบบสารสนเทศของห้องปฏิบัติการมักต้องมีการทำความสะอาดและตรวจสอบความถูกต้องอย่างมากก่อนการวิเคราะห์ และการตีความที่มีความหมายขึ้นอยู่กับข้อมูลอ้างอิงที่ทันสมัย ​​เช่น อนุกรมวิธานของจุลินทรีย์และแนวทางการแบ่งจุดทางคลินิก^{[ 8 ]}

แพ็คเกจ AMR ได้รับการพัฒนาเพื่อเชื่อมช่องว่างนี้ โดยจัดเตรียมชุดเครื่องมือแบบบูรณาการที่รวมแนวทางปฏิบัติระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้องและข้อมูลอ้างอิงเข้าไว้ในขั้นตอนการวิเคราะห์โดยตรง^{[ 8 ]}

แพ็คเกจนี้มีเครื่องมือสำหรับงานหลักหลายอย่างในการวิเคราะห์ข้อมูล AMR ^{[ 8 ] [ 2 ]}

ประกอบด้วยฐานข้อมูลอนุกรมวิธานของจุลินทรีย์ในตัว โดยดึงข้อมูลจากแหล่งต่างๆ เช่นรายชื่อชื่อโปรคาริโอตที่มีสถานะในระบบการตั้งชื่อ (LPSN) ศูนย์ข้อมูลความหลากหลายทางชีวภาพทั่วโลก (GBIF) และMycoBankทำให้ผู้ใช้สามารถค้นหาและกำหนดมาตรฐานชื่อและคุณสมบัติของจุลินทรีย์ได้^{[ 8 ]}

ชุดข้อมูลที่ครอบคลุมของสารต้านจุลชีพและสารต้านไวรัสรวมอยู่ด้วย โดยเชื่อมโยงกับระบบการเข้ารหัสระหว่างประเทศ เช่นการจำแนกประเภท ATC , EARS-Net , PubChem , LOINCและSNOMED CT ^{[ 2 ]}

แนวทางการแบ่งจุดทางคลินิกจากสถาบันมาตรฐานทางคลินิกและห้องปฏิบัติการ (CLSI) และคณะกรรมการยุโรปเกี่ยวกับการทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพ (EUCAST) ได้รับการบูรณาการ ครอบคลุมแนวทางที่เผยแพร่หลายปีและรวมถึงจุดแบ่งทางสัตวแพทย์และค่าตัดทางระบาดวิทยา สิ่งเหล่านี้ช่วยให้สามารถตีความการวัดทางห้องปฏิบัติการดิบ เช่น ค่า ความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งและเส้นผ่านศูนย์กลางการแพร่กระจายของแผ่นดิสก์ ให้เป็นหมวดหมู่ความไวต่อยาที่เป็นมาตรฐาน^{[ 8 ]}

ฟังก์ชันเพิ่มเติมสนับสนุนการกำหนดเชื้อแยกแรกต่อผู้ป่วย การสร้างแอนติไบโอแกรม (รวมถึงWISCA ) การระบุเชื้อดื้อยาหลายชนิดและการคำนวณและการแสดงสัดส่วนการดื้อยา แพ็กเกจนี้สามารถนำเข้าข้อมูลในรูปแบบใดก็ได้ รวมถึงการส่งออกข้อมูลจากซอฟต์แวร์ WHONET ของWHO ^{[ 8 ] [ 1 ]}

ชุดข้อมูลอ้างอิงทั้งหมดสามารถดาวน์โหลดได้ฟรีในหลายรูปแบบ รวมถึงMicrosoft Excel , Apache Parquet , SPSS , Stataและข้อความธรรมดา ทำให้ผู้ใช้ภายนอกระบบนิเวศ R สามารถเข้าถึงได้เช่นกัน^{[ 2 ]}

AMR นำเสนอประเภทข้อมูลใหม่หลายประเภท (เรียกว่าคลาส S3) ให้กับ R ซึ่งรวมถึงmo(รหัสจุลินทรีย์) ab(รหัสยาต้านจุลชีพ) sir(ผลการตีความความไวต่อยา) mic(ความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งเชื้อ) และdisk(เส้นผ่านศูนย์กลางการแพร่กระจายของดิสก์) คลาสเหล่านี้สนับสนุนการตรวจสอบความถูกต้อง การบังคับอย่างชาญฉลาด และการบูรณาการกับเวิร์กโฟลว์ R ทั่วไป^{[ 8 ]}

นอกจากนี้ยังมีตัวห่อ Python ที่ใช้งานได้ ซึ่งเรียกใช้แพ็คเกจ AMR R ในPython โดยตรง แพ็คเกจ Python ใช้หมายเลขเวอร์ชันเดียวกันและสร้างขึ้นโดยอัตโนมัติควบคู่ไปกับแพ็คเกจ R ^{[ 1 ]}

แพ็คเกจ AMR ได้รับอนุญาตภายใต้GNU General Public License v2.0 (GPL-2) ^{[ 2 ]}

• R (ภาษาโปรแกรม)
• การดื้อยาต้านจุลชีพ
• คณะกรรมการยุโรปด้านการทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพ
• สถาบันมาตรฐานทางคลินิกและห้องปฏิบัติการ

• เว็บไซต์อย่างเป็นทางการ
• AMR บนGitHub
• AMR บน CRAN