ไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดว่ามหาวิทยาลัยอิลลินอยส์ได้ยื่นข้อเสนอให้กับมอร์แกนหรือไม่ แต่ไม่ว่าอย่างไรก็ตาม เธอได้เข้ารับการสัมภาษณ์เพื่อดำรงตำแหน่งอาจารย์ที่เบิร์กลีย์ในภาควิชาเศรษฐศาสตร์ในครัวเรือน เธอมีนัดสัมภาษณ์กับคณบดีของวิทยาลัย แต่เขาได้ส่งภรรยาและลูกสาววัยรุ่นของเขาไปสัมภาษณ์แทน เธอรับตำแหน่งนั้นซึ่งได้รับเงินเดือน 1,800 ดอลลาร์ อาจารย์ชายในมหาวิทยาลัยได้รับเงินเดือน 2,400 ดอลลาร์หากมีปริญญาเอก และ 1,800 ดอลลาร์หากไม่มีปริญญาเอก^{[ 10 ]}เมื่อมอร์แกนมาถึงเบิร์กลีย์ เธอพบว่าเธอต้องสอนวิชาโภชนาการและอาหารในปี 1915 มอร์แกนได้เป็นอาจารย์ประจำภาควิชาโภชนาการที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียที่เบิร์กลีย์ แม้จะมีพื้นฐานด้านเคมี แต่เธอกล่าวว่าอาหารเป็น "วิชาที่ฉันไม่รู้อะไรเลย และไม่มีใครรู้เรื่องนี้มากนักในเวลานั้น" ^{[ 4 ]}เธอกล่าวว่าเธอต้องค้นคว้าหลักสูตร "ส่วนใหญ่มาจากวารสารทางการแพทย์ของเยอรมัน" ^{[ 4 ]}

หนึ่งในความสนใจที่มอร์แกนระบุไว้คือการเป็นผู้นำโครงการวิจัยเกี่ยวกับแนวปฏิบัติในครัวเรือน เธอไม่ต้องการสอนหลักการเศรษฐศาสตร์ครัวเรือนแบบดั้งเดิมหากไม่สามารถได้รับการสนับสนุนจากวิทยาศาสตร์ ซึ่งหมายความว่านักศึกษาของเธอจำเป็นต้องมีพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ที่เข้มงวดกว่าหลักสูตรเศรษฐศาสตร์ครัวเรือนอื่นๆ ในสหรัฐอเมริกา และผู้สำเร็จการศึกษาของเธอยังพบว่าตนเองพร้อมสำหรับบทบาทที่โดยปกติแล้วไม่ได้เปิดโอกาสให้กับผู้สำเร็จการศึกษาจากหลักสูตรเศรษฐศาสตร์ครัวเรือนแบบดั้งเดิม เช่น การจัดการโภชนาการในโรงพยาบาลและการสอนในสาขาวิทยาศาสตร์พื้นฐาน^{[ 2 ]}

แม้แต่ในหมู่ผู้หญิงในแวดวงวิชาการ มอร์แกนก็ถือว่าผิดปกติ เพราะเธอมาจากครอบครัวผู้อพยพที่มีฐานะปานกลาง ในหลายๆ ด้าน มอร์แกนก็ไม่เหมือนนักเศรษฐศาสตร์ครัวเรือนทั่วไป เธอไม่ชอบทำอาหารและงานบ้าน และสไตล์การแต่งกายของเธอมักถูกอธิบายว่า "เชย" ในช่วงสองทศวรรษแรกที่เธออยู่ที่เบิร์กลีย์ เนื่องจากผู้หญิงไม่สามารถเข้าถึงส่วนใหญ่ของBerkeley Faculty Club ที่มีอยู่ได้ มอร์แกนจึงช่วยก่อตั้ง Women's Faculty Club ขึ้นในวิทยาเขต ซึ่งใช้เป็นสถานที่พบปะสังสรรค์สำหรับรับประทานอาหารกลางวันและอาหารเย็น รวมถึงเป็นที่พักสำหรับอาจารย์หญิงและผู้มาเยือนวิทยาเขตด้วย^{[ 11 ]}

แผนกของมอร์แกนประสบปัญหาทางการเงินมาโดยตลอดในยุคก่อนที่จะมีเงินทุนวิจัยจากรัฐบาลกลางจำนวนมาก เพื่อระดมทุน มอร์แกนจึงจัดหลักสูตรการศึกษาด้านบริการอาหารให้กับครู พยาบาล และผู้เข้าร่วมอื่นๆ แต่ในที่สุดหลักสูตรเหล่านี้ก็ทำให้สถานะของแผนกภายในมหาวิทยาลัยอ่อนแอลง เนื่องจากเจ้าหน้าที่มหาวิทยาลัยมองว่าการฝึกอบรมดังกล่าวเป็นการฝึกอบรมวิชาชีพและถือว่าต่ำกว่ามาตรฐานของมหาวิทยาลัย ด้วยเหตุนี้ มอร์แกนจึงถูกห้ามไม่ให้รับเงินทุนวิจัยจากภาคอุตสาหกรรม และมหาวิทยาลัยก็จัดพื้นที่ให้เธอทำการวิจัยน้อยมาก ยิ่งไปกว่านั้น เจ้าหน้าที่มหาวิทยาลัยยังเคยวิพากษ์วิจารณ์มอร์แกนมาก่อนว่ารักษามาตรฐานทางวิชาการที่สูงเกินไปสำหรับหลักสูตรเศรษฐศาสตร์ในครัวเรือน^{[ 4 ]}

ประเด็นเรื่องการเสนอการฝึกอบรมวิชาชีพเป็นส่วนหนึ่งของความท้าทายที่ใหญ่กว่าสำหรับมอร์แกนในช่วงไม่กี่ปีแรกที่มหาวิทยาลัย เนื่องจากสถานะของมหาวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยที่ได้รับมอบที่ดินจากรัฐบาลกลาง โปรแกรมจึงต้องปฏิบัติตามคำสั่งของกรมการศึกษาแห่งรัฐแคลิฟอร์เนียเพื่อผลิตบัณฑิตที่ได้รับการฝึกฝนให้เป็นครู ผู้เชี่ยวชาญด้านการส่งเสริมการเกษตร และนักโภชนาการ อย่างไรก็ตามเบนจามิน ไอด์ วีลเลอร์อธิการบดีของมหาวิทยาลัยในช่วงต้นศตวรรษที่ 20 มองว่าสาขาเหล่านั้นเป็นอาชีพ และเขาสนับสนุนให้มอร์แกนยังคงมุ่งเน้นไปที่วิทยาศาสตร์ต่อไป^{[ 12 ]}

ตั้งแต่ปี 1916 จนถึงการเกษียณอายุในปี 1954 มอร์แกนดำรงตำแหน่งประธานหรือประธานร่วมของภาควิชา^{[ 2 ]}ในตอนแรก การบริหารงานของภาควิชาเศรษฐศาสตร์ครัวเรือนถูกแบ่งระหว่างมอร์แกน (ในฐานะหัวหน้าแผนกวิทยาศาสตร์ครัวเรือน) และแมรี แพตเตอร์สัน (ในฐานะหัวหน้าแผนกศิลปะครัวเรือน) มอร์แกนไม่ชอบที่จะแบ่งภาควิชากับแพตเตอร์สัน ซึ่งมีพื้นฐานด้านศิลปะการตกแต่งและไม่มีความโน้มเอียงไปทางวิทยาศาสตร์ ในปี 1920 เดวิด เพรสคอตต์ บาร์โรว์ส อธิการบดีของเบิร์กลีย์เห็นด้วยกับคำขอของมอร์แกนที่จะแยกสองแผนกออกเป็นภาควิชาที่แตกต่างกัน เนื่องจากมีหลักสูตร ปรัชญา และคณาจารย์ที่แตกต่างกัน และมอร์แกนจึงกลายเป็นประธานเพียงผู้เดียวของภาควิชาวิทยาศาสตร์ครัวเรือน^{[ 13 ]}แม้จะมีการต่อต้านจากฝ่ายบริหารของมหาวิทยาลัยให้คงโปรแกรมไว้เฉพาะด้านอาชีพ มอร์แกนก็สนับสนุนให้ปกป้องข้อกำหนดทางวิทยาศาสตร์ของภาควิชา ส่งผลให้บัณฑิตของเธอได้รับการคัดเลือกเข้าทำงานด้านการแพทย์และห้องปฏิบัติการ^{[ 14 ]}

มอร์แกนรอจนกระทั่งตำแหน่งทางวิชาการ ของเธอ มั่นคงแล้วจึงตั้งครรภ์ เธอมีลูกชายในปี 1923 ซึ่งเป็นปีเดียวกับที่เธอได้เป็นศาสตราจารย์เต็มตัว เพื่อนร่วมงานต่างประหลาดใจเมื่อเธอมีลูก เพราะเธอไม่ได้พูดถึงเรื่องการตั้งครรภ์และเธอปกปิดหลักฐานทางกายภาพของการตั้งครรภ์ด้วยเสื้อคลุมห้องปฏิบัติการยาวของเธอ^{[ 8 ]}มอร์แกนจำปฏิกิริยาของเพื่อนร่วมงานชายคนหนึ่งได้เมื่อเธอเล่าข่าวให้เขาฟัง เขาบอกว่าถ้าเธอมีลูกห้าคนเหมือนเขา เธอคงแทบไม่สังเกตเห็นลูกคนใหม่เลย แม่ของมอร์แกนย้ายเข้ามาอยู่กับเธอและดูแลลูกเพื่อให้มอร์แกนสามารถทำงานได้อย่างต่อเนื่อง^{[ 8 ]}

ในช่วงกลางทศวรรษ 1920 มอร์แกนคาดการณ์ถึงความจำเป็นในอนาคตของการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาด้านโภชนาการ เธอกล่าวว่านักโภชนาการจะไม่ได้รับการยอมรับอย่างเต็มที่ในวงการแพทย์หากปราศจากพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ที่แข็งแกร่งและความสามารถในการนำผลการวิจัยของนักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการไปใช้ ด้วยความต้องการที่จะสร้างโภชนาการให้เป็นวิชาชีพมากกว่าอุตสาหกรรมบริการ มอร์แกนจึงเน้นย้ำถึง "การแยกบทบาทของนักโภชนาการออกจากบทบาทของแพทย์ที่ปลายโต๊ะผู้ป่วยในโรงพยาบาล และแยกออกจากบทบาทของพยาบาล" ^{[ 15 ]}อย่างไรก็ตาม คำกล่าวนี้แทบไม่มีผลใดๆ ในขณะนั้น เนื่องจากโภชนาการยังคงเกี่ยวข้องกับแง่มุมเชิงปฏิบัติของการให้อาหารผู้ป่วยในโรงพยาบาลเป็นหลัก^{[ 15 ]}

ในฐานะประธานภาควิชา มอร์แกนเป็นที่รู้จักในฐานะผู้นำที่เข้มงวด แม้ว่าเธอจะดึงดูดคณาจารย์ชั้นนำมาร่วมงานได้ แต่หลายคนในสาขาเศรษฐศาสตร์ในครัวเรือนก็เกรงกลัวมอร์แกน^{[ 16 ]}คณาจารย์บางคนรู้สึกว่ามอร์แกนคิดว่าตัวเองถูกต้องเสมอ รูธ โอคีย์ หนึ่งในเพื่อนร่วมงานของมอร์แกนกล่าวว่า

"เจ้าหน้าที่บางคนของเธอเรียนรู้ที่จะเสนอแนะการเปลี่ยนแปลงโดยอ้อมในลักษณะที่ทำให้ดร.มอร์แกนเชื่อมั่นว่าความคิดนั้นเป็นของเธอเอง มิฉะนั้นคำตอบของเธอมักจะเป็น 'ไร้สาระ!' ลักษณะเช่นนี้เป็นสาเหตุที่ทำให้เจ้าหน้าที่ที่มีความสามารถหลายคนได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเพียงช่วงสั้นๆ" ^{[ 17 ]}

งานวิจัยทางวิทยาศาสตร์ที่สำคัญที่สุดบางส่วนที่เกิดขึ้นจากห้องปฏิบัติการของมอร์แกนเกี่ยวข้องกับชีวเคมีของวิตามินและคุณค่าทางโภชนาการของอาหาร^{[ 18 ]}เธอเขียนบทความตีพิมพ์ 254 ฉบับ ซึ่งรวมถึงบทความเกี่ยวกับผลกระทบของความร้อน^{[ 19 ]}เธอเป็นที่รู้จักมากที่สุดจากงานวิจัยเกี่ยวกับผลกระทบของกรดแพนโทเทนิก (วิตามินบี ) ต่อ การทำงาน ของต่อมหมวกไตในงานวิจัยช่วงแรก มอร์แกนได้วิเคราะห์อาหารแปรรูปและระบุองค์ประกอบของวิตามิน เธอเป็นคนแรกที่พิสูจน์ได้ว่าสารกันบูดซัลเฟอร์ไดออกไซด์ช่วยปกป้องวิตามินซีแต่ทำลายไทอามีน [ ^{4 ] งาน}วิจัยของมอร์แกนมีส่วนช่วยให้เกิดความเข้าใจเกี่ยวกับวิตามินและองค์ประกอบของอาหารในยุคแรก และเธอยังช่วยสร้างโภชนาการให้เป็นสาขาวิทยาศาสตร์ในสหรัฐอเมริกา^{[ 20 ]}จากผลงานของมอร์แกนในอุตสาหกรรมความปลอดภัยด้านโภชนาการ นำไปสู่การค้นพบและระบุลักษณะของวิตามินอี วิตามินบี 6 กรดแพนโทเทนิก และวิตามินเค^{[ 21 ]}

ในปี พ.ศ. 2481 ภาควิชาเศรษฐศาสตร์ในครัวเรือนถูกย้ายไปอยู่ภายใต้คณะเกษตรศาสตร์ และคณาจารย์ทั้งหมดได้เข้าร่วมกับสถานีทดลองทางการเกษตรแคลิฟอร์เนีย^{[ 22 ]}ในช่วงปลายอาชีพของเธอ เธอมีส่วนร่วมในโครงการของสถานีทดลองทางการเกษตรที่ศึกษาโภชนาการในกลุ่มผู้สูงอายุในเคาน์ตีซานมาเตโองานวิจัยดังกล่าวได้ข้อสรุปที่สำคัญสองประการ คือความหนาแน่นของกระดูกเริ่มลดลงในผู้หญิงที่มีอายุระหว่าง 50 ถึง 65 ปี และการบริโภคไขมันในอาหารส่งผลให้ระดับคอเลสเตอรอลในเลือดสูงขึ้น^{[ 4 ]}

ในการศึกษาอีกชิ้นหนึ่งของเธอ มอร์แกนได้ทำงานร่วมกับผู้เพาะพันธุ์สุนัขจิ้งจอกเพื่อศึกษาผลกระทบของอาหารที่มีวิตามินบี ในปริมาณต่ำและปกติ กลุ่มทดลอง ( สุนัขจิ้งจอกที่จำกัดวิตามิน) มีขนสีเทาละเอียดและบางเบาคล้ายกับขนของสุนัขจิ้งจอกสีเงิน ที่กำลังเป็นที่นิยม มอร์แกนพบว่าสุนัขจิ้งจอกที่ได้รับวิตามินบีในปริมาณปกติมีขนสีดำเงางาม หลังจากการทดลองเสร็จสิ้น ได้ มีการทำผ้า คลุมไหล่ขนสัตว์จากทั้งกลุ่มทดลองและกลุ่มควบคุม มอร์แกนสวมผ้าคลุมไหล่นี้ในโอกาสสำคัญอย่างน้อยสองครั้ง ได้แก่ การนำเสนอข้อมูลการศึกษาของเธอในปี 1939 และพิธีมอบเหรียญรางวัลการ์แวน ของเธอในอีกสิบปีต่อมา ^{[ 4 ]}

บางครั้งมอร์แกนได้รับการร้องขอให้ตรวจสอบปัญหาสาธารณะในนามของรัฐบาลกลางหรือรัฐบาลของรัฐ เธอตรวจสอบคุณภาพอาหารที่เรือนจำซานเควนตินในปี 1939 และในช่วงทศวรรษ 1940 เธอเป็นประธานผู้ก่อตั้งคณะกรรมการสงครามโภชนาการแห่งแคลิฟอร์เนียและดำรงตำแหน่งในสำนักงานวิจัยและพัฒนาวิทยาศาสตร์ในปี 1960 มอร์แกนเป็นสมาชิกของคณะกรรมการที่ตรวจสอบความเป็นพิษของยาฆ่าแมลงที่ใช้ในการเกษตร เธอร่วมเขียนตำราเรียนเรื่องExperimental Food StudyกับIrene Sanborn Hallและเธอเขียนประวัติโดยละเอียดของ สมาคมเกียรติยศ Alpha Nuและ Iota Sigma Pi ^{[ 3 ]}