ในฐานะนายกเทศมนตรี ทอมป์สันปฏิเสธที่จะรวมสิ่งอำนวยความสะดวกเพื่อการพักผ่อนหย่อนใจสาธารณะในแจ็กสันเข้าด้วยกัน แต่เขากลับปิดสิ่งอำนวยความสะดวกของเมืองหลายแห่ง ซึ่งบางแห่งยังคงปิดอยู่เป็นเวลาหลายปี ในปี 1963 ทอมป์สันได้ปิดสระว่ายน้ำสาธารณะ 4 แห่งจากทั้งหมด 5 แห่งของเมือง และโอนสระว่ายน้ำแห่งที่ 5 ให้กับYMCAซึ่งยังคงดำเนินการให้บริการเฉพาะคนผิวขาวเท่านั้น^{[ 3 ]}ทอมป์สันได้ออกแถลงการณ์ต่อสาธารณะที่แสดงให้เห็นถึงความมุ่งมั่นของเขาในการรักษาสิ่งอำนวยความสะดวกที่แยกเชื้อชาติ^{[ 4 ]}แม้ว่าเรื่องนี้จะถูกท้าทายในศาล แต่ศาลทุกแห่ง รวมถึงศาลฎีกา ก็ยืนยันสิทธิของเมืองในการปิดสระว่ายน้ำ^{[ 3 ]}

เขาเป็นสมาชิกของCitizens' Councilซึ่งเป็น กลุ่ม ผู้สนับสนุนความเหนือกว่าของคนผิวขาวทอมป์สันซื้อ International Harvester Loadstar 1600 และดัดแปลงให้เป็นอุปกรณ์กึ่งทหารเพื่อโจมตีนักเคลื่อนไหวเพื่อสิทธิพลเมือง อุปกรณ์ดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันในชื่อเล่นว่า "รถถังของทอมป์สัน" ^{[ 5 ]}

เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม 1963 เมดการ์ เอเวอร์ส นักเคลื่อนไหวเพื่อสิทธิพลเมือง ได้ส่งจดหมายถึงเจ้าหน้าที่ของเมืองแจ็กสัน โดยระบุเป้าหมายของ NAACP ในการรวมกลุ่มทางเชื้อชาติในแจ็กสัน และเป้าหมายสี่ประการของการคว่ำบาตรย่านใจกลางเมืองแจ็กสัน (ซึ่งเริ่มต้นขึ้นในปีที่แล้ว) ได้แก่ ความเท่าเทียมกันในการจ้างงานและการเลื่อนตำแหน่ง การรวมกลุ่มในพื้นที่สาธารณะ การใช้คำนำหน้าชื่อที่สุภาพต่อบุคคลผิวดำ (เช่น นาง นางสาว และนาย) และการให้บริการตามลำดับก่อนหลัง

เพื่อตอบโต้ นายกเทศมนตรีอัลเลน ทอมป์สัน ได้ออกรายการโทรทัศน์ในวันรุ่งขึ้นเพื่อแสดงให้เห็นว่าเมืองแจ็กสันเป็นเมืองที่ปราศจากความเหลื่อมล้ำทางเชื้อชาติ โดยกล่าวหาว่า NAACP เป็นผู้ยุยงจากภายนอก หลังจากได้รับอนุญาตจากคณะกรรมการการสื่อสารแห่งสหรัฐอเมริกา (FCC) แล้ว เอเวอร์ส ซึ่งเป็นชาวเมืองแจ็กสัน ได้กล่าวตอบโต้คำพูดของนายกเทศมนตรีทางสถานีโทรทัศน์สาธารณะในวันที่ 20 พฤษภาคม

เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 1963 ทอมป์สันได้พบกับตัวแทนจากขบวนการสิทธิพลเมือง ตัวแทนเหล่านั้นได้กำหนดเป้าหมายแปดประการ ได้แก่ จัดตั้งคณะกรรมการร่วมระหว่างเชื้อชาติ ยกเลิกการแบ่งแยกเชื้อชาติในสถานที่สาธารณะทั้งหมด รวมถึงสวนสาธารณะ สนามเด็กเล่น และห้องสมุด ยกเลิกการแบ่งแยกเชื้อชาติในโรงเรียนของรัฐทั้งหมดในที่สุด ถอดป้ายแสดงการแบ่งแยกเชื้อชาติออกจากสถานที่สาธารณะทั้งหมด ยกเลิกการแบ่งแยกเชื้อชาติในห้องอาหารและเคาน์เตอร์อาหารในร้านค้าใจกลางเมือง ปรับเพิ่มเงินเดือนให้กับพนักงานเทศบาลผิวดำ จ้างเจ้าหน้าที่ดูแลการข้ามถนนที่เป็นคนผิวดำในเขตโรงเรียน และจ้างคนผิวดำเข้าเป็นตำรวจในเมือง

ทอมป์สันเห็นด้วยกับเป้าหมายสองข้อหลังเท่านั้น ผู้รณรงค์คาดการณ์ไว้แล้วว่านายกเทศมนตรีจะไม่เห็นด้วยกับเป้าหมายส่วนใหญ่ และเมื่อได้ยินคำตอบของเขา พวกเขาก็เดินออกไป การประท้วง การเดินขบวน และการนั่งประท้วงยังคงดำเนินต่อไป ในวันที่ 4 มิถุนายน นายกเทศมนตรีทอมป์สันประกาศว่าการรณรงค์สิ้นสุดลงแล้ว เมดการ์ เอเวอร์ส และนักกิจกรรมคนอื่นๆ ยังคงนำการประท้วงเล็กๆ น้อยๆ ทั่วเมืองแจ็กสันในวันนั้น โดยจบลงด้วยการนั่งสวดมนต์ที่ศาลาว่าการเมือง ในวันที่ 7 มิถุนายน 1963 นายกเทศมนตรีทอมป์สันได้ออกคำสั่งห้าม NAACP, CORE และคณาจารย์วิทยาลัยทูเกลู โดยห้ามการเดินขบวนและการชุมนุมขนาดใหญ่โดยไม่ได้รับอนุญาต ในวันศุกร์ที่ 7 มิถุนายน คณะกรรมการยุทธศาสตร์ของกลุ่มพันธมิตรเพิกเฉยต่อคำสั่งห้ามและยังคงดำเนินการโจมตีอย่างรวดเร็ว โดยมีผู้ประท้วงหลายสิบคนถูกจับกุม ในคืนนั้น นักร้องเลนา ฮอร์น และนักแสดงตลกผิวดำ ดิ๊ก เกรกอรี เดินทางมาที่แจ็กสันเพื่อจัดคอนเสิร์ตการกุศล ซึ่งมีชาวผิวดำส่วนใหญ่ในแจ็กสันเข้าร่วม ในวันอาทิตย์ ผู้ประท้วงจัดการนั่งสวดมนต์ที่โบสถ์ของคนผิวขาว 5 แห่ง มีเพียงโบสถ์ของคนผิวขาวแห่งเดียวเท่านั้นที่อนุญาตให้ผู้ประท้วงสวดมนต์โดยไม่ถูกขัดจังหวะ ในขณะเดียวกัน การอุทธรณ์คำสั่งห้ามพบว่าศาลรัฐมิสซิสซิปปีตัดสินเข้าข้างนายกเทศมนตรี

ในวันพุธที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2506 หลังเที่ยงคืนเล็กน้อย มือปืนได้สังหารเมดการ์ เอเวอร์ส ขณะที่เขากำลังออกจากรถ ภายใต้แรงกดดันจากประธานาธิบดีจอห์น เอฟ. เคนเนดี ทอมป์สันตกลงที่จะปฏิบัติตามเป้าหมายด้านสิทธิพลเมือง 3 ใน 8 ข้อ (การจ้างตำรวจผิวดำ การปรับเพิ่มเงินเดือนให้กับพนักงานเทศบาลผิวดำ และการจ้างเจ้าหน้าที่ดูแลทางข้ามถนนผิวดำในเขตโรงเรียน) ตัวแทนของขบวนการสิทธิพลเมืองยอมรับเงื่อนไขและยุติการรณรงค์ปฏิบัติการโดยตรงในวันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2506 ^{[ 6 ]}