ในปี 1997 เขาดำรงตำแหน่งหัวหน้าหน่วยข่าวกรองในเมืองดาเวาจนถึงปี 2000 หลังจากนั้นไม่นาน เขาก็ดำรงตำแหน่งหัวหน้าฝ่ายปฏิบัติการของหน่วยข่าวกรองกองทัพฟิลิปปินส์ (ISAFP) ภายใต้รัฐบาลอาร์โรโย [ ^{2 ] ใน}ปี 2005 เขามีส่วนเกี่ยวข้องกับคดีอื้อฉาวเฮลโล การ์ซี [ ^{3 ] ใน}ปี 2011 เจ้าหน้าที่ ISAFP คนหนึ่งกล่าวว่าเขาเป็นผู้ลงมือเผาเทปเฮลโล การ์ซี^{[ 2 ]}

คาปูยันยังดำรงตำแหน่งผู้ช่วยผู้จัดการทั่วไปฝ่ายรักษาความปลอดภัยและบริการฉุกเฉินขององค์การบริหารท่าอากาศยานนานาชาติมะนิลาเขาลาพักงานในเดือนสิงหาคม 2560 หลังจากถูกกล่าวหาว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการลักลอบขน ยาเสพติดชะบู มูลค่า6,400,000,000 เปโซจากจีนในเดือนพฤษภาคม 2560 ^{[ 4 ] [ 5 ]}มาร์ค ทากูบา ผู้ประสานงานด้านศุลกากรกล่าวว่าเขามีส่วนเกี่ยวข้องกับการทุจริตของกรมศุลกากรเขาถูกกล่าวหาว่าได้รับฉายาว่า "พี่ใหญ่" ในข้อความของเขา^{[ 6 ]}คาปูยันลาออกในเดือนมีนาคม 2561 ^{[ 4 ] [ 5 ]}เขายังได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการบริหารของสำนักเลขาธิการแห่งชาติของคณะทำงานแห่งชาติเพื่อยุติความขัดแย้งทางอาวุธของคอมมิวนิสต์ในท้องถิ่น (NTF-ELAC) ในเดือนมีนาคม 2562 ^{[ 7 ]}

ในระหว่างการบริหารงานของ Duterteเขาได้เป็นที่ปรึกษาประธานาธิบดีด้านปัญหาของชนพื้นเมือง เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นกรรมการด้านชาติพันธุ์วิทยาประจำภูมิภาคที่ 11 และ 13 ของคณะกรรมการแห่งชาติว่าด้วยชนพื้นเมือง (NCIP) ในปี 2019 เขาได้เป็นประธานของ NCIP ^{[ 8 ]}เมื่อวันที่ 5 กันยายน 2023 Capuyan ได้ลาออกจากตำแหน่งประธานของ NCIP และ Jennifer Las ได้รับการแต่งตั้งแทน^{[ 9 ]}ในปี 2023 เขาได้รับรางวัลบุคคลผู้มีผลงานโดดเด่นด้านการบริการสาธารณะและความเป็นผู้นำแห่งมินดาเนา^{[ 2 ]}

ในปี 2025 เขากลายเป็นผู้สมัครรับเลือกตั้งวุฒิสภาฟิลิปปินส์ในการเลือกตั้งวุฒิสภาปี 2025ภายใต้พรรคPartido Pilipino sa Pagbabago ^{[ 2 ]}ในที่สุดเขาก็แพ้การเลือกตั้ง โดยได้อันดับที่ 47