เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน ค.ศ. 1810 เขาสมัครใจเข้าร่วมกองทัพเรือในฐานะทหารอาสาสมัครบนเรือHMS Fortunee ต่อมาเขารับราชการบนเรือHMS Phoebe ในตำแหน่งนายทหารฝึกหัดระหว่างสงครามปี ค.ศ. 1812จนถึงเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1814 เขาแสดงความกล้าหาญในการยึดเรือฟริเกตEssexของอเมริกาและถูกส่งไปยังอังกฤษในตำแหน่งผู้บังคับการเรือชั่วคราว หลังจากได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้บังคับการเรืออย่าง เป็นทางการ เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม เขาได้ประจำการบนเรือฟริเกตHMS Ganymedeในกองเรือเมดิเตอร์เรเนียนจากนั้นบนเรือ LeanderและDauntlessในหลายพื้นที่ทั่วโลก 

เขาเดินทางกลับมายังพอร์ตสมัธในสภาพป่วยเมื่อวันที่ 31 ตุลาคม ค.ศ. 1822

ในฐานะรองผู้บังคับการเรือจูปิเตอร์การ์ดิเนอร์อยู่ที่นิวฟาวนด์แลนด์ในปี พ.ศ. 2367 และในปี พ.ศ. 2368 ได้กลับมายังอังกฤษโดยรับผิดชอบเรือคลินเกอร์เขาได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นผู้บัญชาการเรือเมื่อวันที่ 13 กันยายน พ.ศ. 2369 หลังจากนั้น แม้ว่าเขาจะสมัครเข้ารับตำแหน่งในราชนาวีหลายครั้ง แต่เขาก็ไม่เคยประสบความสำเร็จในการได้รับการแต่งตั้งอีกเลย^{[ 1 ]}

เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 1823 การ์ดิเนอร์ได้แต่งงานกับจูเลีย ซูซานนา บุตรสาวคนที่สองของจอห์น รีด และภรรยาของเขาแห่งบ้านอิปส์เดน เมืองอิ ปส์เดน มณฑลออกซ์ฟอร์ดเชียร์ พวกเขามีบุตรด้วยกันหลายคน รวมถึงบุตรชายคนหนึ่งชื่อ อัลเลน ดับเบิลยู การ์ดิเนอร์ บุตรสาวของเขาบางคนเสียชีวิตก่อนวัยอันควร จูเลีย การ์ดิเนอร์เสียชีวิตที่เกาะไอล์ออฟไวต์เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม ค.ศ. 1834

About two years later, Gardiner married secondly, on 7 October 1836, Elizabeth Lydia, eldest daughter of the Rev. Edward Garrard Marsh, vicar of Aylesford, Kent.^[2]

Long interested in the missionary work being done in non-Christian populations, after the death of one of his daughters, he decided to enter that field. With this view Gardiner went to Africa in 1834. Exploring the Zulu country, he started the first mission near the Tongaat river.^[3]

From 1838 to 1843, Gardiner laboured among the indigenous peoples of Chile, and went from island to island in the Indian Archipelago (now called Tierra del Fuego). His efforts were foiled by the opposition of the various governments.^[1]

Gardiner's first visit to Tierra del Fuego took place 22 March 1842, when, coming from the Falkland Islands in the schoonerMontgomery, he landed in Oazy harbour. He appealed to the Church Missionary Society to send missionaries to Patagonia, but was declined for lack of funds to support such a distant endeavour. Similarly, he appealed to the Wesleyan and London Missionary societies.

In 1844 a special society was formed for South America, which took the name of the Patagonian Missionary Society.^[4][5] Robert Hunt, a schoolmaster, was sent out as the first missionary and accompanied by Gardiner. They were unable to establish a mission and returned to England in June 1845. Gardiner departed England again 23 September 1845, and, in company with Federico Gonzales, a SpanishProtestant, from whom he learnt Spanish, went to Bolivia. They distributed Bibles to the Indian population, but were strongly opposed by the Roman Catholics, who were the predominant Christian group in the country.

เขาได้จัดตั้งคณะมิชชันนารีชื่อกอนซาเลสที่โปโตซีและเดินทางกลับอังกฤษ โดยขึ้นฝั่งที่เซาแธมป์ตันในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1847 ปีต่อมา เขาได้เดินทางไปยังติเอร์ราเดลฟูเอโก เพื่อสำรวจหมู่เกาะโดยมีเป้าหมายที่จะจัดตั้งคณะมิชชัน และต้องเผชิญกับความยากลำบากอย่างมาก เขาพยายามขอ ความช่วยเหลือจาก กลุ่มภราดรโมราเวียนและคณะมิชชันต่างประเทศของคริสตจักรแห่งสกอตแลนด์แต่ทั้งสองกลุ่มก็ไม่สามารถให้ความช่วยเหลือได้ เขาเสนอว่าควรจัดตั้งคณะมิชชันบนเรือที่แข็งแรง แทนที่จะพยายามจัดตั้งบนบก ในที่สุด เมื่อหญิงคนหนึ่งที่เชลต์แนมบริจาคเงิน 700 ปอนด์ คณะมิชชันจึงได้เริ่มต้นขึ้น

การ์ดิเนอร์พร้อมด้วยริชาร์ด วิลเลียมส์ ศัลยแพทย์ โจเซฟ เออร์วิน ช่างต่อเรือ จอห์น เมดเมนท์ ครูสอนศาสนา และชาวประมงชาวคอร์นิชอีกสามคน คือ เพียร์ซ แบดค็อก และไบรอันท์ ออกเดินทางจากลิเวอร์พูลเมื่อวันที่ 7 กันยายน ค.ศ. 1850 บน เรือ โอเชียนควีนคณะเดินทางขึ้นฝั่งที่เกาะพิคตันในวันที่ 5 ธันวาคม เขามีเรือเล็ก สองลำ ยาวลำ ละ26 ฟุต (7.9 เมตร)ซึ่งบรรจุเสบียงไว้สำหรับหกเดือนชาวเผ่ายาห์กันเป็นศัตรู สภาพอากาศรุนแรง และภูมิประเทศแห้งแล้ง คณะเดินทางยังประสบกับความล้มเหลวหลายประการ เช่น การตระหนักอย่างน่าเศร้าว่าพวกเขาได้ทิ้งกระสุนปืนเกือบทั้งหมดไว้บนเรือ ทำให้ไม่สามารถล่าสัตว์เพื่อหาอาหารสดได้ หกเดือนผ่านไปโดยไม่มีการส่งเสบียงเพิ่มเติม ซึ่งถูกกักไว้ที่หมู่เกาะฟอล์คแลนด์เนื่องจากขาดเรือ หลังจากย้ายไปอยู่ที่ท่าเรือสแปนิชบนชายฝั่งตะวันออกเฉียงใต้ของเกาะหลัก ชายผู้โชคร้ายเหล่านั้นก็ค่อยๆ เสียชีวิตจากความอดอยาก เชื่อกันว่าการ์ดิเนอร์ ผู้รอดชีวิตคนสุดท้าย เสียชีวิตเมื่อวันที่ 6 กันยายน พ.ศ. 2394 ^{[ 6 ]} 

เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม เรือJohn Davisonมาถึงเพื่อส่งเสบียงให้กับกลุ่ม และพบว่าลูกเรือทั้งหมดเสียชีวิตแล้ว เมื่อวันที่ 6 มกราคม พ.ศ. 2395 เรือ HMS Dido มาเยือนสถานที่ดังกล่าว แต่ลูกเรือทำได้เพียงฝังศพและนำบันทึกของ Gardiner กลับไป สองปีต่อมาในปี พ.ศ. 2397 เรือใบ Allen Gardinerขนาด 88 ตัน ซึ่งตั้งชื่อตามเขา ถูกส่งไปยังปาตาโกเนียในฐานะเรือมิชชันนารีของอังกฤษ ในปี พ.ศ. 2399 Allen W. Gardiner บุตรชายคนเดียวของกัปตัน ได้เดินทางไปยังประเทศนั้นในฐานะมิชชันนารี^{[ 2 ]}