แม่น้ำอาเมกา ( ภาษาสเปน: Río Ameca ) เป็นแม่น้ำที่มีความยาวประมาณ230 กิโลเมตร (140 ไมล์)ในภาคตะวันตกของเม็กซิโกต้นกำเนิดอยู่ที่ป่า Bosque de la Primaveraในรัฐฮาลิสโก ห่าง จากเมืองหลวงกัวดาลาฮารา ไปทางตะวันตก 23 กิโลเมตร ไหลผ่านเมือง อาเมกาและเป็นพรมแดนระหว่าง รัฐ ฮาลิสโกและรัฐนายาริต ก่อน จะไหลลงสู่มหาสมุทร แปซิฟิก และ ไหลลงสู่ ทะเลสาบ Bahía de Banderasที่เมืองปวยร์โตวัลลาร์ตา รัฐฮาลิสโก แม่น้ำ สาขาหลักคือแม่น้ำอาฮัวกาตลันและแม่น้ำอามาตลันเดกาญาส   

แม่น้ำอาเมกาถูกกั้นด้วยเขื่อนทางตอนเหนือของเมืองลาเวกา รัฐฮาลิสโกก่อให้เกิดอ่างเก็บน้ำชื่อทะเลสาบลาเวกาซึ่งทอดยาวไปทางเหนือจนถึงเมืองเตอูชิตลัน

ปลาหลายชนิดพบได้เฉพาะในลุ่ม แม่น้ำอเมกา ได้แก่ปลาผีเสื้อครีบแยก ปลาเตกีลาครีบแยกปลาครีบแยกเกล็ดละเอียดปลา อัลโลโต กาแถบ ปลาสกิฟเฟี ยสีทอง ปลา อะมาทลันชับ ปลา อะเมกาชับและปลาอะเมกาไชเนอร์ปลาเหล่านี้ทั้งหมดอยู่ ในภาวะ ใกล้สูญพันธุ์ อย่างมาก ^{[ 1 ] [ 2 ]}

ปลาเทกีลาสปลิตฟิน ปลาสปลิตฟินเกล็ดละเอียด และปลาสกิฟเฟียสีทอง น่า จะ สูญพันธุ์ไปแล้วในธรรมชาติแต่ทั้งสามชนิดยังคงมีชีวิตอยู่ได้ในที่เลี้ยง^{[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]}ปลาบัตเตอร์ฟลายสปลิตฟินและปลาอัลโลโทกาแถบก็เคยคิดว่าสูญพันธุ์ไปแล้วในธรรมชาติ แต่ต่อมาก็ถูกค้นพบอีกครั้ง^{[ 6 ] [ 7 ]}ปลาอะเมกาไชเนอร์เคยเกรงว่าจะสูญพันธุ์ไปอย่างสิ้นเชิง แต่ก็ยังมีชีวิตอยู่ได้ในที่เลี้ยง^{[ 3 ] [ 8 ]}โครงการนำปลาไชเนอร์และปลาเทกีลาสปลิตฟินกลับคืนสู่ธรรมชาติได้เริ่มต้นขึ้นในปี 2015 ^{[ 3 ]}