| เอพีโอซี1 |
|---|
 |
| โครงสร้างที่มีอยู่ |
|---|
| พีดีบี | การค้นหาออร์โธล็อก: PDBe RCSB |
|---|
| รายชื่อรหัส PDB |
|---|
1ALE , 1ALF , 1IOJ , 1OPP |
|
|
| ตัวระบุ |
|---|
| ชื่อเรียกอื่น | APOC1 , Apo-CI, ApoC-I, apo-CIB, apoC-IB, อะโพลิโปโปรตีน C1, อะโพลิโปโปรตีน CI |
|---|
| รหัสภายนอก | โอมิม : 107710 ; เอ็มจีไอ : 88053 ; โฮโมโลยีน : 136749 ; GeneCards : APOC1 ; OMA : APOC1 - ออโธล็อก |
|---|
|
|
| รูปแบบการแสดงออกของ RNA |
|---|
| บีจี | | มนุษย์ | เมาส์ (ออร์โธล็อก) |
|---|
| สูงสุดที่แสดงใน | - กลีบขวาของตับ
- เปลือกต่อมหมวกไตด้านซ้าย
- ต่อมหมวกไตด้านขวา
- นิวเคลียสแอคคัมเบนส์
- พูตาเมน
- นิวเคลียสคอเดต
- ปอดข้างขวา
- ม้าม
- ซับสแตนเซีย นิกรา
- ไฮโปทาลามัส
|
| | สูงสุดที่แสดงใน | - กลีบซ้ายของตับ
- ถุงน้ำดี
- ริมฝีปาก
- บลาสโตซิสต์
- เนื้อเยื่อไขมันสีน้ำตาล
- ผิวหนังบริเวณหูชั้นนอก
- ถุงไข่แดง
- เยื่อบุผิวเปลี่ยนผ่านของกระเพาะปัสสาวะ
- หลอดอาหาร
- เยื่อหุ้มชั้นนอกของหลอดเลือดแดงใหญ่
|
| | ข้อมูลการแสดงออกอ้างอิงเพิ่มเติม |
|
|---|
| ไบโอจีพีเอส | |
|---|
|
| ออนโทโลยีของยีน |
|---|
| หน้าที่ระดับโมเลกุล | - กิจกรรมยับยั้งฟอสโฟลิเปส
- กิจกรรมยับยั้งไลเปส
- การจับฟอสฟาติดิลโคลีน
- การจับตัวของกรดไขมัน
- กิจกรรมกระตุ้นฟอสฟาติดิลโคลีน-สเตอรอล โอ-อะซิลทรานสเฟอเรส
| | ส่วนประกอบของเซลล์ | - ไคโลไมครอน
- อนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมาก
- เอนโดพลาสมิกเรติคูลัม
- อนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นสูง
- บริเวณนอกเซลล์
| | กระบวนการทางชีวภาพ | - การขนส่งไขมัน
- การกำจัดเศษไคโลไมครอน
- การควบคุมเชิงลบของกระบวนการสังเคราะห์กรดไขมัน
- การเผาผลาญไขมัน
- การควบคุมเชิงบวกของการเอสเทอริฟิเคชันของคอเลสเตอรอล
- การขับฟอสโฟลิปิดออก
- กระบวนการเผาผลาญคอเลสเตอรอล
- การควบคุมเชิงลบของกระบวนการสลายฟอสฟาติดิลโคลีน
- การปรับเปลี่ยนโครงสร้างอนุภาคไลโปโปรตีนในพลาสมา
- การควบคุมเชิงลบของการกำจัดอนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมาก
- การควบคุมการขนส่งคอเลสเตอรอล
- การควบคุมเชิงลบของการดูดซึมเข้าสู่เซลล์ผ่านตัวรับ
- การปรับเปลี่ยนโครงสร้างอนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นสูง
- การขับคอเลสเตอรอลออก
- การควบคุมเชิงลบของการขนส่งคอเลสเตอรอล
- การควบคุมเชิงลบของกิจกรรมไลโปโปรตีนไลเปส
- การประกอบอนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมาก
- การควบคุมเชิงลบของกระบวนการสลายไขมัน
- กระบวนการเผาผลาญไตรกลีเซอไรด์
- การควบคุมเชิงลบของกระบวนการเผาผลาญไขมัน
- การควบคุมเชิงบวกของกิจกรรมเร่งปฏิกิริยา
- การกำจัดอนุภาคไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมาก
- กระบวนการเผาผลาญไลโปโปรตีน
| | แหล่งที่มา: Amigo / QuickGO |
|
| ออร์โธล็อก |
|---|
| สายพันธุ์ | มนุษย์ | หนู |
|---|
| เอนเทรซ | | |
|---|
| วงดนตรี | | |
|---|
| ยูนิโปรท | | |
|---|
| RefSeq (mRNA) | |
|---|
NM_001645 NM_001321065 NM_001321066 NM_001379687 |
| |
|---|
| RefSeq (โปรตีน) | |
|---|
NP_001307994 NP_001307995 NP_001636 NP_001366616 |
| |
|---|
| สถานที่ตั้ง (UCSC) | Chr 19: 44.91 – 44.92 Mb | Chr 7: 19.42 – 19.43 Mb |
|---|
| การค้นหาใน PubMed | [ 3 ] | [ 4 ] |
|---|
|
| วิกิดาต้า |
|
| อะโปซี-ไอ |
|---|
 การศึกษาโครงสร้างของโปรตีนในพลาสมาของลิงบาบูน (Papio sp.) ที่ยับยั้งเอนไซม์คอเลสเตอรอลเอสเทอร์ทรานสเฟอเรส |
|
| เครื่องหมาย | อะโปซี-ไอ |
|---|
| พีแฟม | PF04691 |
|---|
| อินเตอร์โปร | IPR006781 |
|---|
| สโคป2 | 1ale / SCOPe / SUPFAM |
|---|
|
อะโพลิโปโปรตีน CIเป็นโปรตีนองค์ประกอบของไลโปโปรตีนซึ่งในมนุษย์ถูกเข้ารหัสโดยยีนAPOC1 [ 5 ] [ 6 ]
การทำงาน
โปรตีนที่เข้ารหัสโดยยีนนี้เป็นสมาชิกของ ตระกูล อะโพลิโปโปรตีน Cยีนนี้แสดงออกเป็นหลักในตับ และจะถูกกระตุ้นเมื่อโมโนไซต์แยกตัวเป็นแมโครฟาจมีการค้นพบตัวแปรการถอดรหัสที่ตัดต่อแบบอื่นสำหรับยีนนี้ แต่ความถูกต้องทางชีวภาพของตัวแปรบางตัวยังไม่ได้รับการกำหนด[ 7 ]
อะโพลิโปโปรตีน CI มีความยาว 57 กรดอะมิโนพบได้ทั่วไปในพลาสมา และมีหน้าที่ในการกระตุ้นคอเลสเตอรอลเลซิตินเอสเทอร์ โดยมีบทบาทสำคัญในการแลกเปลี่ยนคอเลสเตอรอลเอสเทอร์ระหว่างไลโปโปรตีนและการกำจัดคอเลสเตอรอลออกจากเนื้อเยื่อ หน้าที่หลักของมันคือการยับยั้งโปรตีนถ่ายโอนคอเลสเตอรอลเอสเทอร์ (CETP) ซึ่งอาจทำได้โดยการเปลี่ยนแปลงประจุไฟฟ้าของโมเลกุลHDL
ในขณะอดอาหาร (เช่นเดียวกับอะโพลิโปโปรตีนซีชนิดอื่นๆ) จะพบอะโพลิโปโปรตีนซีเป็นหลักในHDLในขณะที่หลังรับประทานอาหารจะพบอยู่บนพื้นผิวของไลโปโปรตีนชนิดอื่นๆ เมื่อโปรตีนที่อุดมไปด้วยไตรกลีเซอไรด์ เช่น ไคโลไมครอนและ VLDL ถูกย่อยสลาย อะโพลิโปโปรตีนนี้จะถูกถ่ายโอนกลับไปยัง HDL อีกครั้ง อะโพลิโปโปรตีนซีเป็นหนึ่งในโปรตีน ที่มีประจุบวกมากที่สุด ในร่างกายมนุษย์
ยีนเทียม
ยีนเทียม (pseudogene)ของยีนนี้ตั้งอยู่ห่างจากยีน apoC-I ไปทางด้านท้ายน้ำ 4 กิโลเบส ในทิศทางเดียวกันบนโครโมโซม 19 ซึ่งทั้งสองยีนอยู่ในกลุ่มยีนอะโพลิโปโปรตีน ยีนเทียมนี้ซึ่งมีรายงานว่าพบในมนุษย์เดนิโซแวนและมนุษย์นีแอนเดอร์ทัล ด้วย นั้น เกิดจากเหตุการณ์สองเหตุการณ์ที่แยกจากกัน หลังจากการแยกตัวของลิงโลกใหม่จากสายพันธุ์มนุษย์ ยีน apoC-I ก็ถูกทำซ้ำ ลิงโลกเก่าและลิงใหญ่ชนิดอื่นๆ นอกเหนือจากมนุษย์พบว่ามีสองยีนที่ทำงานได้ หนึ่งในยีนที่ทำซ้ำนั้นเข้ารหัสโปรตีนพื้นฐานที่เรียกว่า apoC-IB ซึ่งเป็นออร์โธล็อกกับอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์ ส่วนอีกยีนหนึ่งเข้ารหัสโปรตีนที่เป็นกรด apoC-IA ซึ่งเป็นออร์โธล็อกกับโปรตีนเสมือนที่เข้ารหัสโดยยีนเทียม เหตุการณ์การเกิดยีนเทียมเกิดขึ้นในช่วงเวลาระหว่างการแยกตัวของโบโนโบและชิมแปนซีออกจากสายพันธุ์มนุษย์และการมาถึงของเดนิโซแวนและนีแอนเดอร์ทัล ยีนเทียมเกิดจากการเปลี่ยนแปลงนิวคลีโอไทด์เพียงตัวเดียวในโคดอนสำหรับกรดอะมิโนตัวรองสุดท้าย เช่น กลูตามีน ในลำดับสัญญาณ ส่งผลให้เกิดโคดอนหยุด[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
แผนที่เส้นทางแบบโต้ตอบ
คลิกที่ยีน โปรตีน และเมตาบอไลต์ด้านล่างเพื่อเชื่อมโยงไปยังบทความที่เกี่ยวข้อง[ § 1 ]
- ↑แผนผังเส้นทางแบบโต้ตอบสามารถแก้ไขได้ที่ WikiPathways: " Statin_Pathway_WP430 "
อ่านเพิ่มเติม
- Shulman RS, Herbert PN, Wehrly K, Fredrickson DS (มกราคม 1975). "ลำดับกรดอะมิโนที่สมบูรณ์ของ CI (apoLp-Ser) ซึ่งเป็นอะโพลิโปรตีนจากไลโปโปรตีนความหนาแน่นต่ำมากของมนุษย์"วารสารเคมีชีวภาพ 250 ( 1): 182– 90. doi : 10.1016/S0021-9258(19)41998-4 . PMID 166984 .
- Lauer SJ, Walker D, Elshourbagy NA, Reardon CA, Levy-Wilson B, Taylor JM (พฤษภาคม 1988). " ยีน apolipoprotein CI ของมนุษย์สองชุดเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับยีน apolipoprotein E"วารสารเคมีชีวภาพ 263 (15): 7277– 86. doi : 10.1016/S0021-9258(18)68638-7 . PMID 2835369 .
- Smit M, van der Kooij-Meijs E, Woudt LP, Havekes LM, Frants RR (พฤษภาคม 1988). "การระบุตำแหน่งที่แน่นอนของไซต์จำกัด HpaI ที่เกี่ยวข้องกับภาวะ dysbetalipoproteinemia ในครอบครัวในบริเวณโปรโมเตอร์ของยีน APOC1" Biochemical and Biophysical Research Communications . 152 (3): 1282– 8. doi : 10.1016/S0006-291X(88)80424-8 . PMID 2897845 .
- Davison PJ, Norton P, Wallis SC, Gill L, Cook M, Williamson R, Humphries SE (พฤษภาคม 1986). "มีลำดับยีนสองลำดับสำหรับอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์ (apo CI) บนโครโมโซม 19 โดยลำดับหนึ่งอยู่ห่างจากยีนสำหรับ apo E 4 กิโลเบส" Biochemical and Biophysical Research Communications . 136 (3): 876– 84. doi : 10.1016/0006-291X(86)90414-6 . PMID 3013172 .
- Myklebost O, Rogne S (สิงหาคม 1986). "ยีนสำหรับอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์ตั้งอยู่ห่างจากยีนอะโพลิโปโปรตีน E บนโครโมโซม 19 เป็นระยะ 4.3 กิโลเบส" Human Genetics . 73 (4): 286– 9. doi : 10.1007/BF00279087 . PMID 3017837 . S2CID 11662593 .
- Jackson RL, Sparrow JT, Baker HN, Morrisett JD, Taunton OD, Gotto AM (สิงหาคม 1974). "โครงสร้างหลักของอะโพโลโปรตีน-เซริน"วารสารเคมีชีวภาพ 249 ( 16): 5308– 13. doi : 10.1016/S0021-9258(19)42365-X . PMID 4369340 .
- Knott TJ, Robertson ME, Priestley LM, Urdea M, Wallis S, Scott J (พฤษภาคม 1984). "การจำแนกลักษณะของ mRNA ที่เข้ารหัสสารตั้งต้นของอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์" . Nucleic Acids Research . 12 (9): 3909– 15. doi : 10.1093/nar/12.9.3909 . PMC 318798 . PMID 6328444 .
- Servillo L, Brewer HB, Osborne JC (กุมภาพันธ์ 1981). "การประเมินปฏิสัมพันธ์แบบผสมระหว่างอะโพลิโปโปรตีน A-II และการตกตะกอนสมดุล CI" เคมีชีวฟิสิกส์13 (1): 29– 38. doi : 10.1016/0301-4622(81)80022-1 . PMID 6789904 .
- Curry MD, McConathy WJ, Fesmire JD, Alaupovic P (เมษายน 1981). "การหาปริมาณอะโพลิโปโปรตีน CI และ C-II ในพลาสมาของมนุษย์โดยวิธีอิเล็กโทรอิมมูโนแอสเซย์แยกกัน"เคมีคลินิก27 ( 4): 543– 8. doi : 10.1093/clinchem/27.4.543 . PMID 7471419 .
- Rozek A, Buchko GW, Cushley RJ (มิถุนายน 1995). "โครงสร้างของเปปไทด์สองชนิดที่สอดคล้องกับกรดอะมิโนอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์ ตำแหน่ง 7-24 และ 35-53 ในสภาวะที่มีโซเดียมโดเดซิลซัลเฟต โดยใช้สเปกโทรสโกปี CD และ NMR" ชีวเคมี34 ( 22): 7401– 8. doi : 10.1021/bi00022a013 . PMID 7779782 .
- Maruyama K, Sugano S (มกราคม 1994). "Oligo-capping: วิธีง่ายๆ ในการแทนที่โครงสร้าง cap ของ mRNA ยูคาริโอตด้วยโอลิโกไรโบนิวคลีโอไทด์" Gene . 138 ( 1– 2): 171– 4. doi : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . PMID 8125298 .
- Trask B, Fertitta A, Christensen M, Youngblom J, Bergmann A, Copeland A และ คณะ (มกราคม 1993). "การทำแผนที่ไฮบริดไดเซชันแบบฟลูออเรสเซนต์ในแหล่งกำเนิดของโครโมโซม 19 ของมนุษย์: ตำแหน่งแถบไซโตเจเนติกของคอสมิด 540 ตัวและยีนหรือเครื่องหมายดีเอ็นเอ 70 ตัว" Genomics . 15 ( 1): 133– 45. doi : 10.1006/geno.1993.1021 . PMID 8432525 .
- Kamino K, Yoshiiwa A, Nishiwaki Y, Nagano K, Yamamoto H, Kobayashi T และ คณะ (1996). "การศึกษาความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างภาวะสมองเสื่อมชนิดอัลไซเมอร์และกลุ่มยีน APOE/C1/C2" Gerontology . 42 (Suppl 1): 12– 9. doi : 10.1159/000213820 . PMID 8804993 .
- Rozek A, Buchko GW, Kanda P, Cushley RJ (กันยายน 1997). "การศึกษาโครงสร้างของโดเมนที่เกี่ยวข้องกับไขมันที่ปลาย N ของอะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์โดยสเปกโทรสโกปี CD และ 1H NMR" Protein Science . 6 (9): 1858– 68. doi : 10.1002/pro.5560060906 . PMC 2143781 . PMID 9300485 .
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (ตุลาคม 1997). "การสร้างและลักษณะเฉพาะของไลบรารี cDNA ที่อุดมด้วยความยาวเต็มและอุดมด้วยปลาย 5'" Gene . 200 ( 1– 2): 149– 56. doi : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . PMID 9373149 .
- Halushka MK, Fan JB, Bentley K, Hsie L, Shen N, Weder A และ คณะ (กรกฎาคม 1999). "รูปแบบของโพลีมอร์ฟิซึมแบบนิวคลีโอไทด์เดี่ยวในยีนเป้าหมายสำหรับการรักษาสมดุลความดันโลหิต" Nature Genetics . 22 (3): 239– 47. doi : 10.1038/10297 . PMID 10391210 . S2CID 4636523 .
- Freitas EM, Zhang WJ, Lalonde JP, Tay GK, Gaudieri S, Ashworth LK และ คณะ (1999). "การจัดลำดับ 42kb ของกลุ่มยีน APO E-C2 เผยให้เห็นยีนใหม่: PEREC1" DNA Sequence . 9 (2): 89– 100. doi : 10.3109/10425179809086433 . PMID 10520737 .
- Gautier T, Masson D, de Barros JP, Athias A, Gambert P, Aunis D และ คณะ (ธันวาคม 2000). "อะโพลิโปโปรตีน CI ของมนุษย์มีส่วนทำให้ไลโปโปรตีนความหนาแน่นสูงในพลาสมาสามารถยับยั้งการทำงานของโปรตีนถ่ายโอนคอเลสเตอรอลเอสเทอร์ได้"วารสารเคมีชีวภาพ 275 ( 48): 37504– 9. doi : 10.1074/jbc.M007210200 . PMID 10978346 .
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (พฤศจิกายน 2000). "การโคลน DNA โดยใช้การรวมตัวใหม่เฉพาะตำแหน่งในหลอดทดลอง" . Genome Research . 10 (11): 1788– 95. doi : 10.1101/gr.143000 . PMC 310948 . PMID 11076863 .
ลิงก์ภายนอก
- ตำแหน่งจีโนม APOC1ของมนุษย์และรายละเอียดเกี่ยวกับยีนAPOC1 ใน UCSC Genome Browser
- PDBe-KBนำเสนอภาพรวมของข้อมูลโครงสร้างทั้งหมดที่มีอยู่ใน PDB สำหรับ Human Apolipoprotein CI
