สาย การบิน Aviacsa ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 5 พฤษภาคม พ.ศ. 2533 โดยรัฐบาลของรัฐเชียปัสประเทศ เม็กซิโก เพื่อตอบสนองความต้องการด้านการขนส่งของชุมชนที่เติบโตอย่างรวดเร็วในรัฐดังกล่าว^{[ 4 ]}ไม่ถึงหนึ่งสัปดาห์ต่อมา ในวันที่ 10 พฤษภาคม เที่ยวบิน Aviacsa 100 ได้คร่าชีวิตลูกเรือทั้ง 4 คน และผู้โดยสาร 20 คน จากทั้งหมด 36 คน จากการลงจอดที่ไม่สำเร็จที่สนามบิน Tuxtla Gutiérrezซึ่งผู้ตรวจสอบระบุว่าเกิดจากประสบการณ์และการประสานงานที่ไม่เพียงพอของลูกเรือ^{[ 5 ] [ 6 ]}

เมื่อวันที่ 20 กันยายน พ.ศ. 2533 Aviacsa ได้ทำการบินเที่ยวแรกโดยใช้เครื่องบิน British Aerospace 146ขนาด 89 ที่นั่งระหว่างเมืองเม็กซิโกซิตี้และเมืองTapachulaและTuxtla Gutiérrez ซึ่งทั้งสองเมืองตั้งอยู่ในรัฐ Chiapas ภายในสิ้นปีนั้น สายการบินได้รับเครื่องบิน BAe 146 ^ลำที่สองและเริ่มให้บริการจากสองเมืองใน Chiapas ไปยังVillahermosa , Mérida , Oaxaca , ChetumalและCancún [ ^{4 ]}

ในปี พ.ศ. 2534 Aviacsa ได้เปลี่ยนเครื่องบิน BAe 146 เป็น เครื่องบิน Fokker 100 จำนวน 4 ลำ ซึ่งมีที่นั่ง 108 ที่นั่ง ด้วยเครื่องบินใหม่เหล่านี้ สายการบินจึงสามารถเริ่มให้บริการเที่ยวบินจากมอนเตร์เรย์ไปยังเมริดาและแคนคูน รวมถึงบริการจากเม็กซิโกซิตี้ไปยังเมริดาและวิลลาเฮอร์โมซา ระหว่างปี พ.ศ. 2535 ถึง พ.ศ. 2538 ศูนย์กลางการดำเนินงานหลักคือเมริดาและตุกซ์ลา กูเตียร์เรซ^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2537 Aviacsa ได้เปลี่ยนฝูงบิน Fokker 100 เป็นเครื่องบินBoeing 727-200 จำนวน 4 ลำ ซึ่งมีที่นั่ง 164 ที่นั่ง สายการบินยังได้เปิดตัวแผนกเช่าเหมาลำ โดยใช้เครื่องบิน Fokker 100 ชั่วคราว บริษัทถูกแปรรูปเป็นเอกชนและขายให้กับ Aeroexo ซึ่งเป็นบริษัทเช่าเหมาลำในเมืองมอนเตร์เรย์^{[ 4 ]}

ในปี 1995 สายการบิน Aviacsa ได้เปลี่ยนสีเครื่องบินเป็นสีขาว มีแถบสีฟ้า ด้านล่างสีเทา และมีรูปยิ้มอันเป็นเอกลักษณ์วาดอยู่บนจมูกเครื่องบิน Aviacsa เป็นสายการบินที่สองที่ใช้รูปยิ้ม โดยสายการบินแรกคือPacific Southwest Airlines

ในปี พ.ศ. 2540 Aviacsa ได้เช่าเครื่องบินDouglas DC-9-15 จำนวน 3 ลำ และเพิ่มความถี่ในการบิน บริษัทประกาศว่าการดำเนินงานเช่าเหมาลำตลอด 3 ปีที่ผ่านมาประสบความสำเร็จในการบินเช่าเหมาลำไปยังเมืองต่างๆ ในเม็กซิโก สหรัฐอเมริกา แคริบเบียน อเมริกากลาง และอเมริกาใต้ Aviacsa และGrupo TACAประกาศความร่วมมือกันในปี พ.ศ. 2541 ^{[ 7 ]}

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2542 Aviacsa ได้เพิ่มเครื่องบินโบอิ้ง 737-200 จำนวน 4 ลำ เข้าสู่ฝูงบิน^{[ 4 ]}

ระหว่างปี 2000 ถึง 2005 Aviacsa ได้เปิดเส้นทางบินและจุดหมายปลายทางใหม่ ๆ ทั่วประเทศเม็กซิโก รวมถึงบริการเที่ยวบินประจำไปยัง 5 เมืองในสหรัฐอเมริกา ในปี 2000 บริษัทได้เปลี่ยนภาพลักษณ์ สโลแกน และโลโก้ของบริษัท ระหว่างปี 2001 ถึง 2004 สายการบินเริ่มเช่าและซื้อเครื่องบิน737-200 มือสอง เพื่อช่วยเพิ่มขีดความสามารถในเส้นทางบิน^{[ 4 ]}

Aviacsa เปิดตัวเว็บเพจซื้อตั๋วออนไลน์ในปี 2548 ^{[ 4 ]}และนำเครื่องบินโบอิ้ง 737-300มาใช้แทนเครื่องบิน 727 ในปี 2549

เมื่อวันที่ 1 มกราคม 2550 Aviacsa ได้รับผลกระทบอย่างหนักจากการแข่งขันจากสายการ บิน Interjet , VivaAerobusและVolaris ที่เพิ่งเปิดตัว จึงเริ่มทำการตลาดในฐานะ สายการบินต้นทุนต่ำโดยยุติการให้บริการไปยังชิคาโกฮิวสตันลอสแอนเจลิสและไมอามี และหัน มามุ่งเน้นตลาดภายในประเทศเม็กซิโกแทน

เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2552 รัฐบาลเม็กซิโกสั่งระงับการบินของเครื่องบิน Aviacsa จำนวน 25 ลำจากทั้งหมด 26 ลำ เนื่องจากความผิดปกติในการบำรุงรักษา สายการบินได้ยื่นอุทธรณ์คำตัดสินนี้ โดยอ้างถึงรายงานจากFAAและผู้ตรวจสอบอิสระ ซึ่งระบุว่าสายการบินมีความปลอดภัย^{[ 8 ]}

เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2552 รัฐบาลเม็กซิโกสั่งระงับการบินของสายการบินอีกครั้งเป็นครั้งที่สามในรอบห้าสัปดาห์ เนื่องจากมีข้อกล่าวหาว่าสายการบินค้างชำระค่าธรรมเนียมการใช้พื้นที่น่านฟ้าของเม็กซิโกเป็นจำนวนเงินกว่า 292  ล้านเปโซ (ประมาณ 22  ล้านดอลลาร์สหรัฐ) เจ้าหน้าที่ของ Aviacsa กล่าวหารัฐบาลว่าพยายามทำให้พวกเขาต้องปิดกิจการเพื่อตอบโต้แรงกดดันจากสายการบินอื่นๆ ในเม็กซิโกปัจจุบันบางเส้นทางของ Aviacsa ให้บริการโดยAeromexico Connectแล้ว

แม้ว่า Aviacsa จะมีกำหนดจะกลับมาดำเนินการอีกครั้งในวันที่ 4 พฤษภาคม 2554 แต่ทางสายการบินได้ประกาศว่าการขายตั๋วจะไม่ดำเนินต่อไป^{[ 9 ]}ซึ่งทำให้เกิดความสงสัยเกี่ยวกับอนาคตของสายการบิน

สำนักงานใหญ่เดิมตั้งอยู่ที่ เมืองการ์เซีย รัฐนูเอโวเลออนประเทศเม็กซิโก^{[ 10 ]}และต่อมาได้ย้ายไปอยู่ที่สนามบินนานาชาติเม็กซิโกซิตี้^{[ 11 ]}บริษัทยังมีสำนักงานในสหรัฐอเมริกาที่เมืองฮิวสตันอีก ด้วย ^{[ 12 ]}

นับตั้งแต่เปิดตัวในปี 1990 สายการบิน Aviacsa ใช้รูปศีรษะของPakalซึ่งเป็นจักรพรรดิแห่งนครรัฐปาเลงเก ของชาวมายา เป็นสัญลักษณ์ประจำองค์กร โลโก้นี้ได้รับการปรับปรุงให้ทันสมัยหลายครั้งตลอดประวัติศาสตร์ของสายการบิน นอกจากนี้ เครื่องบินของ Aviacsa ยังมีรูปยิ้มอยู่บริเวณด้านหน้าส่วนล่างของเครื่องบินด้วย

• 2534-2541: "Los caminos del cielo maya" (เส้นทางลอยฟ้าของมายา ) ^{[ 13 ]}
• 1998–1999: "Aviacsa ... para todos" (Aviacsa ... สำหรับทุกคน) ^{[ 7 ]}
• 2543-2552: "La línea aérea de Mexico" (สายการบินของเม็กซิโก) ^{[ 14 ]}
• 2552-2554: "El Cielo vuelve a sonreír" (ท้องฟ้ายิ้มอีกครั้ง) ^{[ 15 ]}