การคัดเลือกพื้นหลังอธิบายถึงการสูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ตำแหน่งหนึ่งเนื่องจากการคัดเลือกเชิงลบต่ออัลลีล ที่เป็นอันตราย ซึ่งอยู่ในภาวะไม่สมดุลของการเชื่อมโยง [ ^{1 ] ชื่อ}นี้เน้นย้ำถึงข้อเท็จจริงที่ว่าพื้นหลังทางพันธุกรรมหรือสภาพแวดล้อมทางจีโนมของการกลายพันธุ์มีผลกระทบอย่างมากต่อว่าการกลายพันธุ์นั้นจะได้รับการรักษาไว้หรือสูญหายไปจากประชากร การคัดเลือกพื้นหลังขัดแย้งกับสมมติฐานของทฤษฎีที่เป็นกลางของวิวัฒนาการระดับโมเลกุลที่ว่าการคงอยู่หรือการสูญเสียของอัลลีลที่เป็นกลางสามารถอธิบายได้ด้วยแบบจำลองการลอยตัวทางพันธุกรรม แบบหนึ่งตำแหน่ง โดยไม่ขึ้นอยู่กับตำแหน่งอื่น นอกจากการลดความหลากหลายของ นิวคลีโอไทด์ที่เป็นกลางแล้ว การคัดเลือกพื้นหลังยังลดความน่าจะเป็นของการคงอยู่ของการกลายพันธุ์ที่เป็นประโยชน์ และเพิ่มความน่าจะเป็นของการคงอยู่ของการกลายพันธุ์ที่เป็นอันตราย

ระดับที่ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์ ที่เป็นกลาง ซึ่งวัดเป็น ' ขนาดประชากรที่มีประสิทธิภาพ ' ลดลงเนื่องจากการคัดเลือกพื้นหลัง ขึ้นอยู่กับว่าไซต์ที่เป็นกลางเชื่อมโยงกับไซต์ที่เป็นอันตราย หรือไม่ ^{[ 2 ]}สำหรับไซต์ที่ไม่เชื่อมโยงกัน ความหลากหลายจะลดลงตาม exp(-8Ush) โดยที่ U คืออัตราการกลายพันธุ์ ที่เป็นอันตรายทั่วทั้งจีโนม s คือสัมประสิทธิ์การคัดเลือกของการกลายพันธุ์ที่เป็นอันตราย และ h คือสัมประสิทธิ์การครอบงำ^{[ 1 ] [ 3 ]}ซึ่งสอดคล้องกับความน่าจะเป็นที่แต่ละบุคคลไม่สามารถมีส่วนร่วมอย่างมีนัยสำคัญในรุ่นต่อไปได้ เนื่องจากภาระทางพันธุกรรมสูงเกินไป การลดลงจะน้อยลงสำหรับค่า s ที่มาก เนื่องจากการกลายพันธุ์ที่เป็นอันตรายจะถูกกำจัดออกจากประชากรได้เร็วขึ้น สำหรับไซต์ที่เชื่อมโยงกัน ความหลากหลายจะลดลงตาม exp(-u/r) โดยที่ u/r คืออัตราส่วนของการกลายพันธุ์ที่เป็นอันตรายต่อการรวมตัวใหม่ภายในหน้าต่างจีโนมที่ล้อมรอบอัลลีลที่เป็นกลางที่สนใจ^{[ 4 ] [ 5 ]}ซึ่งสอดคล้องกับความน่าจะเป็นที่สำเนาของยีนจะสามารถหลุดรอดผ่านการรวมตัวใหม่จากอัลลีลที่เป็นอันตรายที่อยู่ใกล้เคียง การคัดเลือกพื้นหลังที่ไซต์ที่เชื่อมโยงจะเด่นเมื่อ U<1 ในขณะที่การคัดเลือกพื้นหลังที่ไซต์ที่ไม่เชื่อมโยงจะเด่นเมื่อ U>1 ^{[ 2 ]}

การคัดเลือกพื้นหลังมีส่วนช่วยในการอธิบาย ความสัมพันธ์เชิงบวกระหว่างอัตราการเกิดการรวมตัว ใหม่ในท้องถิ่น และความหลากหลายทางพันธุกรรมทั่วทั้งจีโนม ในบริเวณที่มีการรวมตัวใหม่สูง การกลายพันธุ์ใหม่มีแนวโน้มที่จะ 'หลุดพ้น' จากผลกระทบของการคัดเลือกในบริเวณใกล้เคียงและคงอยู่ในประชากร^{[ 6 ]}ความสัมพันธ์เดียวกันนี้ยังเกิดขึ้นจากปรากฏการณ์การเกาะติดทางพันธุกรรมด้วยทฤษฎีทั้งสองนี้แยกแยะได้ง่ายที่สุดในบริเวณที่มีการรวมตัวใหม่ต่ำ^{[ 7 ]}

การไม่คำนึงถึงการคัดเลือกพื้นหลังอาจนำไปสู่ข้อผิดพลาดในการอนุมานประวัติทางประชากรของประชากร^{[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]}

การคัดเลือกพื้นหลังในประชากรที่สืพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศก่อให้เกิด กลไกการทำงาน ของมุลเลอร์ซึ่งเป็นการสะสมของการกลายพันธุ์ที่เป็นอันตรายที่ไม่สามารถย้อนกลับได้ การคัดเลือกพื้นหลังจะลดขนาดประชากรที่มีประสิทธิภาพลงจนเหลือเพียงตัวแทนของแต่ละบุคคลที่มีการกลายพันธุ์น้อยที่สุด และบางครั้งขนาดนี้จะลดลงเป็นศูนย์แบบสุ่ม ทำให้เกิดการคลิกหนึ่งครั้งของกลไกการทำงาน^{[ 4 ]}