คอตตอนเกิดที่เมืองโอมาฮารัฐเนแบรสกาและเข้าเรียนที่โรงเรียนมัธยมโอมาฮาเบิร์ก

อาชีพนักกีฬาในระดับวิทยาลัยของคอตตอนเริ่มต้นในปี 1975 ที่มหาวิทยาลัยเนบราสกา-ลินคอล์นหลังจากจบการศึกษาระดับมัธยมปลายที่โอมาฮา เบิร์ค เขาเล่นในตำแหน่งไลน์แมนฝ่ายรุก ในสองฤดูกาลแรก จากนั้นใช้เวลาในฤดูกาลถัดไปเล่นในตำแหน่งแท็คเกิล ฝ่ายรับ ในฤดูกาลสุดท้ายของเขา เขาได้กลับมาเล่นในตำแหน่งไลน์แมนฝ่ายรุกอีกครั้ง และได้รับรางวัล All- Big-Eightขณะที่ช่วย ทีมของ ทอม ออสบอร์นในปี 1978 คว้าแชมป์ลีก^{[ 1 ]}

คอตตอนได้รับการคัดเลือกในรอบที่สามของการดราฟท์ NFL ปี 1979และเล่นให้กับซินซินเนติ เบงกอลส์ หนึ่งฤดูกาล ก่อนย้ายไปอยู่กับเซนต์หลุยส์ คาร์ดินัล ส์ ในปี 1982 หลังจากเล่นให้กับเซนต์หลุยส์สามฤดูกาล อาการบาดเจ็บที่หัวเข่าทำให้เขาต้องเลิกเล่น เขาจึงกลับไปที่เนแบรสกาและสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีในปี 1983

คอตตอนเริ่มต้นอาชีพโค้ชฟุตบอลในปี 1989 โดยเข้าร่วมทีมงานของมหาวิทยาลัยเซนต์คลาวด์สเตทในตำแหน่งผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชแนวรุก ช่วยให้เซนต์คลาวด์สเตทคว้า แชมป์ นอร์ทเซ็นทรัลคอนเฟอเรน ซ์ ในปีเดียวกันนั้น คอตตอนยังเป็นนักศึกษาของเซนต์คลาวด์สเตทในระหว่างที่เขาเป็นโค้ชอยู่ที่นั่น โดยสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาโทด้านการบริหารจัดการกีฬาในปีสุดท้ายที่เขาเป็นโค้ชในปี 1994

ในปี 1995 คอตตอนได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชเป็นครั้งแรกในอาชีพการงานของเขาที่วิทยาลัยแฮสติงส์ ซึ่ง เป็นรัฐบ้านเกิดของเขา ในปีนั้น วิทยาลัยแฮสติงส์คว้า แชมป์ การแข่งขันกีฬาเนบราสกา-ไอโอวา (NIAC) และได้เข้าร่วมการ แข่งขันรอบเพลย์ออฟ ของ NAIAและคอตตอนได้รับรางวัลโค้ชยอดเยี่ยมแห่งปีของ NIAC

ในปี 1997 โทนี่ ซามูเอล อดีตผู้เล่นเนบราสกา คอร์นฮัสเกอร์ส และ หัวหน้าโค้ชของมหาวิทยาลัยนิวเม็กซิโกสเตทได้ว่าจ้างคอตตอนให้ดำรงตำแหน่งเดียวกับที่เขาเคยดำรงอยู่ที่เซนต์คลาวด์สเตท คือ ผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชแนวรุก แม้ว่านิวเม็กซิโกสเตทจะไม่ได้แชมป์ในช่วงหกปีที่คอตตอนอยู่กับทีม แต่ผลงานของผู้เล่นเกมรุกของเขากลับสร้างสถิติที่น่าประทับใจ นิวเม็กซิโกสเตทติดอันดับท็อป 25 ของประเทศในด้านเกมรุกโดยรวมในปี 1998, 2000 และ 2002 และติดอันดับท็อป 25 ของประเทศในด้านการวิ่งบุกตลอดทั้งหกปี ในฤดูกาลสุดท้ายของเขา นิวเม็กซิโกสเตทนำเป็นอันดับหนึ่งในซันเบลท์คอนเฟอเรนซ์ในด้านประสิทธิภาพการส่งบอล เกมวิ่งบุก และเกมรุกโดยรวม ผู้เล่นแนวรุกของนิวเม็กซิโกสเตทหกคนได้รับรางวัลออลซันเบลท์คอนเฟอเรนซ์ในระหว่างที่คอตตอนดำรงตำแหน่ง

คอตตอนได้รับการว่าจ้างจาก แฟรงค์ โซลิชหัวหน้าโค้ชของเนบราสกาอีกครั้ง ให้ทำหน้าที่เป็นผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชแนวรุก และช่วยให้เนบราสกาจบฤดูกาล 2003 ด้วยสถิติ 10–3 แม้ว่าจะช่วยให้เนบราสกาติดอันดับท็อปเท็นของเกมวิ่งในระดับประเทศ และฝึกฝนผู้เล่นแนวรุก 4 คนให้ได้รับ รางวัล All-Big 12 Conferenceแต่คอตตอนก็ถูกปลดออกจากตำแหน่งพร้อมกับผู้ช่วยโค้ชคนอื่นๆ เกือบทั้งหมด หลังจากที่โซลิชถูกแทนที่โดยบิล คัลลาฮานหลังจบฤดูกาล 2003

มหาวิทยาลัยไอโอวา สเตทจ้างคอตตอนอีกครั้งในปี 2004 ในตำแหน่งผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชแนวรุก ในฤดูกาลแรกของเขา ไอโอวา สเตท พลิกสถานการณ์จากเริ่มต้นที่ไม่ดีนักด้วยการจบฤดูกาลอย่างแข็งแกร่งและเอาชนะไมอามี เรดฮอว์กส์ในศึกอินดีเพนเดนซ์ โบว์ล ปี 2004ในช่วงสองปีต่อมา เขาได้นำพานักกีฬาไอโอวา สเตท หลายคนไปสู่เกียรติยศในบิ๊ก 12 คอนเฟอเรนซ์ ก่อนที่เขาจะถูกปลดออกจากตำแหน่งอีกครั้งหลังจากมีการเปลี่ยนแปลงโค้ช เนื่องจากไม่สามารถหางานโค้ชในระดับวิทยาลัยได้ เขาจึงใช้เวลาในปีถัดมาอยู่ที่เอมส์ รัฐไอโอวาในฐานะผู้ช่วยโค้ชอาสาสมัครที่ไม่ได้รับค่าตอบแทนที่โรงเรียนมัธยมเอมส์

ในปี 2008 คอตตอนรับตำแหน่งกับเนแบรสกาอีกครั้งโบ เพลินี อดีต ผู้ประสานงานฝ่ายป้องกัน ของเนแบรสกา ซึ่งถูกปลดออกจากตำแหน่งพร้อมกับคอตตอนหลังจากการปลดโซลิช ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้สืบทอดตำแหน่งหัวหน้าโค้ชของคาลาฮานที่เนแบรสกา คอตตอนเป็นหนึ่งในผู้ช่วยหลายคนที่เคยเกี่ยวข้องกับเนแบรสกามาก่อนและถูกดึงตัวกลับมา และเขายอมรับข้อเสนอของเพลินีที่จะกลับมาเป็นโค้ชแนวรุกและรับตำแหน่งผู้ช่วยหัวหน้าโค้ช เพื่อใช้ประสบการณ์การเป็นหัวหน้าโค้ชก่อนหน้านี้และช่วยเหลือเพลินีในด้านความรับผิดชอบด้านการบริหารบางส่วนของตำแหน่งหัวหน้าโค้ช เขาอยู่ในบทบาทนี้จนถึงสิ้นสุดฤดูกาล 2012 เมื่อเขาถูกเพิ่มบทบาทโค้ชปีกในและผู้ประสานงานเกมวิ่งเข้ามาในความรับผิดชอบของเขา

เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2014 สองวันหลังจากที่คอร์นฮัสเกอร์สเอาชนะไอโอวาฮอว์คอายส์ 37–34 เพื่อจบฤดูกาลปกติด้วยสถิติ 9–3 คอตตอนได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชชั่วคราวสำหรับการแข่งขันโบว์ลเกมที่จะมาถึง หลังจากการปลดเพลินี^{[ 2 ]}

คอตตอนเริ่มทำหน้าที่เป็นผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชตำแหน่งไทต์เอนด์ของ UNLV ตั้งแต่ปี 2015 ^{[ 3 ]}

คอตตอนลาออกจากตำแหน่งผู้ประสานงานเกมรุกของ UNLV โดยอ้างเหตุผลด้านสุขภาพ

บาร์นีย์ คอตตอน มีลูกสามคน (เบน แซม และเจค คอตตอน) ซึ่งทุกคนเคยเล่นฟุตบอลให้กับเนแบรสกา เบนเล่นให้กับเนแบรสกาในตำแหน่งไทต์เอนด์ตั้งแต่ปี 2008 ถึง 2012 และเป็นสมาชิกทีมซานดิเอโก ชาร์จเจอร์สในช่วงปรีซีซั่นปี 2013แต่ไม่ได้อยู่ในรายชื่อผู้เล่นในฤดูใบไม้ร่วง^{[ 4 ]}เจคเล่นในตำแหน่งโอเฟนซีฟไลน์แมนตั้งแต่ปี 2010 ถึง 2014 และเซ็นสัญญาเป็นฟรีเอเจนต์ในช่วงปรีซีซั่นกับฮิวสตัน เท็กซานส์และออตตาวา เรดแบล็กส์แต่ไม่ได้อยู่ในรายชื่อผู้เล่นสุดท้ายของทั้งสองทีม^{[ 5 ]}แซมเล่นในตำแหน่งไทต์เอนด์ตั้งแต่ปี 2012 ถึง 2016 และเซ็นสัญญาเป็นฟรีเอเจนต์กับนิวอิงแลนด์ แพทริออตส์ในปี 2017 ^{[ 6 ]}