แมลงวันค้างคาวเป็นสมาชิกของอันดับแมลงDipteraซึ่งเป็นแมลงวันแท้ และเป็นปรสิต ภายนอก ของค้างคาว^มีสองวงศ์ของแมลงวันที่เป็นแมลงวันค้างคาวโดยเฉพาะ ได้แก่NycteribiidaeและStreblidae ^{[ 1} ] แมลงวันค้างคาวมีการกระจายตัวทั่วโลก หมายความว่าพบได้ทั่วโลก^{[ 2 ]} Nycteribiidae และ Streblidae เป็นสมาชิกของวงศ์ใหญ่Hippoboscoideaร่วมกับวงศ์HippoboscidaeและGlossinidae ^{[ 3 ]} อีกวงศ์หนึ่ง คือMystacinobiidae ซึ่งมีเพียงชนิดเดียวคือMystacinobia zelandicaภายใต้วงศ์ใหญ่ Oestroidea มีความพิเศษตรงที่กินมูลค้างคาวในนิวซีแลนด์ พวกมันไม่มีปีก มีตาที่ลดขนาดลง และอาศัยอยู่บนตัวค้างคาว^{[ 4 ]}