รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านชีวสารสนเทศสามารถแบ่งออกได้ตามประเภทของใบอนุญาตที่ใช้:

• รายชื่อซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศที่เป็นกรรมสิทธิ์
• รายชื่อซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศแบบโอเพนซอร์ส

หรืออีกทางเลือกหนึ่ง นี่คือการจัดหมวดหมู่ตามสาขาย่อยของชีวสารสนเทศที่เชี่ยวชาญ:

• ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ลำดับ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์การจัดเรียงลำดับ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์แสดงภาพการจัดเรียง
  • การวิเคราะห์ลำดับโดยไม่ต้องจัดเรียงลำดับ
  • โปรแกรมประกอบลำดับดีเอ็นเอแบบ de novo
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายยีน
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายความผิดปกติ
  • รายชื่อเครื่องมือทำนายตำแหน่งโปรตีนภายในเซลล์
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านพันธุศาสตร์เชิงวิวัฒนาการ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการแสดงภาพแผนภูมิวิวัฒนาการ
  • หมวดหมู่:ซอฟต์แวร์เมตาจีโนมิกส์
• ซอฟต์แวร์ชีววิทยาโครงสร้าง
  • รายชื่อระบบกราฟิกโมเลกุล
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการจับคู่โปรตีนกับลิแกนด์
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้าง RNA
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับตรวจสอบข้อผิดพลาดของแบบจำลองโปรตีน
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองทางชีววิทยาระบบ
  • รายชื่อโปรแกรมทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของโปรตีน
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน
  • หมวดหมู่: ซอฟต์แวร์พลศาสตร์โมเลกุล
  • ซอฟต์แวร์การจัดแนวโครงสร้าง
• อื่น
  • การบีบอัดข้อมูลลำดับจีโนม
  • ระบบจัดการเวิร์กโฟลว์ชีวสารสนเทศ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ไซเบอร์เนติกส์ชีวการแพทย์
  • รายชื่อซอฟต์แวร์ด้านวิศวกรรมพันธุกรรม
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการแสดงภาพข้อมูลทางชีววิทยาระบบ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองทางชีววิทยาระบบ
  • ซอฟต์แวร์วิเคราะห์เจล 2 มิติ
  • รายชื่อซอฟต์แวร์แมสสเปกโทรเมตรี