สมเด็จพระสันตะปาปาโบนิเฟซที่ 3 ( ละติน: Bonifatius III ) ทรงดำรงตำแหน่งบิชอปแห่งโรมตั้งแต่วันที่ 19 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 607 จนกระทั่งสิ้นพระชนม์ในวันที่ 12 พฤศจิกายนของปีเดียวกัน^{[ 1 ]}แม้ว่าพระองค์จะทรงดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาเพียงช่วงสั้นๆ แต่พระองค์ก็ทรงมีส่วนสำคัญต่อคริสตจักรคาทอลิก

บุตรชายของ Iohannes (John) Cataadioce คือ Boniface ซึ่งมีเชื้อสายโรมัน^{[ 2 ]}ขณะดำรงตำแหน่งเป็นดีคอน Boniface ได้สร้างความประทับใจให้กับสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 1ซึ่งทรงบรรยายว่าเขาเป็นชายผู้มี "ศรัทธาและคุณธรรมที่ได้รับการพิสูจน์แล้ว" และทรงเลือกเขาให้เป็นผู้ช่วยพระสันตะปาปาประจำราชสำนักในคอนสแตนติโนเปิลในปี 603 ช่วงเวลานี้เป็นช่วงเวลาสำคัญในชีวิตของเขาและช่วยหล่อหลอมการดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปาอันสั้นแต่เต็มไปด้วยเหตุการณ์สำคัญของเขา^{[ 2 ]}

ในฐานะอัครทูต บอนิเฟซได้รับความไว้วางใจ และเป็นที่นับถือของจักรพรรดิโฟคัส ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญเมื่อสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีทรงสั่งให้เขาไปขอร้องจักรพรรดิโฟคัสเพื่อช่วยเหลือบิชอปอัลซิสันแห่งคาสซิโอเปบนเกาะ คอร์ซี รา อัลซิสันพบว่าตำแหน่งบิชอปของเขาถูกแย่งชิงโดยบิชอปจอห์นแห่งยูเรียในเอพิรัสซึ่งหนีออกจากบ้านพร้อมกับคณะสงฆ์เพื่อหลีกหนีการโจมตีของชาวสลาฟและชาวอวาร์ จอห์นเมื่อพบว่าตนเองปลอดภัยบนเกาะคอร์ซีราแล้ว ก็ไม่พอใจที่จะรับใช้ภายใต้บิชอปอัลซิสัน แต่กลับพยายามแย่งชิงอำนาจบิชอปของเขา โดยปกติแล้วพฤติกรรมเช่นนี้จะไม่ได้รับการยอมรับ แต่จักรพรรดิโฟคัสทรงเห็นใจบิชอปจอห์นและไม่ประสงค์จะแทรกแซง อัลซิสันจึงอุทธรณ์ต่อสมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรี ซึ่งทรงมอบหมายให้บอนิเฟซเป็นผู้แก้ไขปัญหา ด้วยความชาญฉลาดทางการทูต โบนิเฟซสามารถปรองดองกับทุกฝ่ายได้สำเร็จ ในขณะเดียวกันก็ยังคงรักษาความไว้วางใจของจักรพรรดิไว้ได้^{[ 2 ]}

บอนิเฟซได้รับเลือกให้สืบทอดตำแหน่งต่อจากสมเด็จพระสันตะปาปาซาบินิอันซึ่งสิ้นพระชนม์ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 606 แต่การเดินทางกลับจากคอนสแตนติโนเปิลไปยังโรมของพระองค์ล่าช้าไปเกือบหนึ่งปี มีการถกเถียงกันมากว่าทำไมจึงมีช่วงเวลาว่างเว้น ยาวนานเช่น นั้น ผู้เชี่ยวชาญบางคนเชื่อว่าเป็นการเพื่อให้บอนิเฟซได้ทำงานให้เสร็จสิ้นในคอนสแตนติโนเปิล แต่ความเชื่อที่แพร่หลายมากกว่าคือการให้สัตยาบันของจักรพรรดิถูกเลื่อนออกไปเนื่องจากความขัดแย้งระหว่างผู้ที่สนับสนุนนโยบายของเกรกอรีที่ 1 และผู้ที่ไม่สนับสนุน^{[ 3 ]}เชื่อกันว่าบอนิเฟซเองได้ยืนกรานให้การเลือกตั้งเป็นไปอย่างเสรีและยุติธรรม และอาจปฏิเสธที่จะเข้ารับตำแหน่งพระสันตะปาปาจนกว่าจะมั่นใจว่าการเลือกตั้งเป็นไปอย่างเสรีและยุติธรรม^{[ 2 ]}

บอนิเฟซที่ 3 ได้ทำการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญสองประการในการเลือกพระสันตะปาปา ประการแรกคือการออกพระราชกฤษฎีกาห้ามไม่ให้ผู้ใดหารือเกี่ยวกับการแต่งตั้งผู้สืบทอดตำแหน่งของพระสันตะปาปาในระหว่างที่พระสันตะปาปายังมีพระชนม์ชีพอยู่ มิเช่นนั้นจะถูกขับออกจากศาสนาประการที่สองคือการกำหนดว่าไม่สามารถดำเนินการใดๆ เพื่อแต่งตั้งผู้สืบทอดตำแหน่งพระสันตะปาปาได้จนกว่าจะผ่านไปสามวันหลังจากการฝังพระศพของพระสันตะปาปา ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพระองค์ทรงจริงจังในความปรารถนาที่จะรักษาการเลือกตั้งพระสันตะปาปาให้เป็นอิสระ^{[ 2 ]}

การกระทำที่โดดเด่นอีกประการหนึ่งของโบนิเฟซเกิดจากความสัมพันธ์อันใกล้ชิดของเขากับจักรพรรดิโฟกัส เขาแสวงหาและได้รับพระราชกฤษฎีกาจากโฟกัสซึ่งระบุอีกครั้งว่า "บัลลังก์ของนักบุญเปโตรอัครสาวกควรเป็นหัวหน้าของคริสตจักรทั้งหมด" สิ่งนี้ทำให้มั่นใจได้ว่าตำแหน่ง " บิชอปสากล " เป็นของบิชอปแห่งโรมแต่เพียงผู้เดียว และเป็นการยุติความพยายามของพระสังฆราชไซเรียคัสแห่งคอนสแตนติโนเปิลในการสถาปนาตนเองเป็น "บิชอปสากล" อย่างมีประสิทธิภาพ ^{[ 2 ]}

บอนิเฟซที่ 3 ถูกฝังในมหาวิหารเซนต์ปีเตอร์เก่ากรุงโรม เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 607 ^{[ 2 ]}