สโมสรแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1925 จากการรวมตัวกันระหว่างสโมสรฟุตบอลบอร์โกเซเซียและร้านอาหารวัลลานา ทราตโตเรียทีมจากเขตซานตามาเรีย โดยมีอังเจโล โดนาติเป็นประธานคนแรก และฟรังโก เนกรีเป็นรองประธาน สีประจำทีมในตอนแรกคือสีขาวต่อมาเปลี่ยนเป็นสีเขียวในช่วงเวลานั้น สนามเหย้าได้ย้ายจากใกล้สถานีรถไฟไปยังถนนวิอาเล วิตตอริโอ เวเนโต และในปี 1932 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นสมาคมกีฬาบอร์โกเซเซีย

ในปี ค.ศ. 1945 หลังสงครามโลกครั้งที่สองวิศวกรบอซโซลา พร้อมด้วยผู้นำบางคน ได้ก่อตั้งบริษัทขึ้นใหม่ภายใต้ชื่อสมาคมฟุตบอลบอร์โกเซเซีย (Associazione Calcio Borgosesia ) ในปีนั้นได้มีการเลือกสีประจำทีม โดยสีหลักคือสีเขียวระเบิด ซึ่งใช้ควบคู่กับสีเขียวดั้งเดิมตั้งแต่เริ่มก่อตั้ง

ในปี 1952 บอร์โกเซเซียได้เลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่น 4 ซึ่งปัจจุบัน คือ เซเรีย ดี โดยมีเฟรเดอริค มูเนราติเป็นผู้ฝึกสอน ในปี 1954 ทีมได้รับเชิญไปฝึกซ้อมกับทีมชาติอิตาลี ซึ่งในขณะนั้นมี ซิลวิโอ ปิโอลาเป็นผู้ฝึกสอน

ในปี 1968 หลังจากต่อสู้อย่างดุเดือดกับซูโน่ ทีมบอร์โกเซเซียได้เล่นในเซเรีย ดี เป็นเวลาแปดฤดูกาล โดยมีผู้ฝึกสอนคือ ทาราบเบีย, จานคาร์โล อมาเดโอ, ดอนน่า และ สตูราโร วงจรนี้ปิดฉากลงในปี 1976 ด้วยการตกชั้น

ในปี 1990 ทีมซึ่งมีมาริโอ มาโฮโลเป็นประธาน และจานมาริโอ อาร์รอนดินี ช่างเทคนิคหนุ่มเป็นผู้นำ ได้เริ่มต้นยุคใหม่ การเปลี่ยนผ่านจากระดับPrima Categoria ที่เคยคว้าชัยชนะมาได้ ไปสู่ระดับ Promozioneด้วยการปฏิรูปและการสร้างระดับการแข่งขันใหม่ในปี 1991 ทำให้บอร์โกเซเซียได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันรอบแก้ตัวในระดับEccellenza

ในปี 1993 ภายใต้การคุมทีมของโค้ชพอล โรส สโมสรจากแคว้นปีเอมอนเต้ได้เลื่อนชั้นสู่ลีก Campionato Nazionale Dilettanti พวกเขาคว้าแชมป์รายการนี้ได้สำเร็จ ซึ่งในท้ายที่สุด ฤดูกาลนั้นบอร์โกเซเซียได้ก้าวไปสู่จุดสูงสุดในประวัติศาสตร์ของสโมสร ด้วยการเลื่อนชั้นสู่Serie C2 เป็นครั้งแรก อย่างไรก็ตาม พวกเขาได้เล่นเพียงปีเดียวหลังจากพลาดท่าแพ้ให้กับPro Patria ในรอบเพลย์ ออฟ

ในฤดูกาล 2011–2012 ในการแข่งขันเซเรีย ดีกลุ่ม B จบอันดับที่ 6

ในฤดูกาล 2020–21 เซเรีย ดี พวกเขาตกชั้นพร้อมกับเอฟซี วาโดแต่ทั้งสองทีมก็ได้รับเลือกกลับเข้าสู่ลีกในฤดูกาลถัดไปเพื่อเติมเต็มตำแหน่งว่างในลีก ในฤดูกาล 2023-24 บอร์โกเซเซียจบอันดับสุดท้ายในกลุ่มและตกชั้นไปเล่นในเอคเชลเลนซา