การเคลื่อนย้ายกิ่งก้านสาขาเป็นกระบวนการที่คู่เบสบน สาย ดีเอ็นเอที่เป็นโฮโมล็อก ถูกแลกเปลี่ยนอย่างต่อเนื่องที่จุดเชื่อมต่อฮอลลิเดย์ทำให้จุดกิ่งก้านสาขาเคลื่อนขึ้นหรือลงตามลำดับดีเอ็นเอ^{[ 1 ]} การเคลื่อนย้ายกิ่งก้านสาขาเป็นขั้นตอนที่สองของการรวมตัวทางพันธุกรรมต่อจากการแลกเปลี่ยนสายดีเอ็นเอเดี่ยวสองสายระหว่างโครโมโซมที่เป็นโฮโมล็อกสองคู่^{[ 2 ]} กระบวนการนี้เป็นแบบสุ่ม และจุดกิ่งก้านสาขาสามารถเคลื่อนที่ไปในทิศทางใดก็ได้บนสายดีเอ็นเอ ซึ่งส่งผลต่อระดับของการแลกเปลี่ยนสารพันธุกรรม^{[ 1 ]} การเคลื่อนย้ายกิ่งก้านสาขายังสามารถพบได้ใน การซ่อมแซม และการจำลองดีเอ็นเอเมื่อเติมช่องว่างในลำดับ นอกจากนี้ยังสามารถพบได้เมื่อชิ้นส่วนดีเอ็นเอแปลกปลอมบุกรุกสายดีเอ็นเอ^{[ 2 ]}

กลไกการเคลื่อนย้ายกิ่งก้านแตกต่างกันระหว่างโปรคาริโอตและยูคาริโอต^{[ 2 ]}

กลไกการเคลื่อนย้ายกิ่งของโปรคาริโอตได้รับการศึกษาหลายครั้งในEscherichia coli [ ^{2 ] ใน} E. coliโปรตีนRuvAและRuvBจะมารวมกันและสร้างคอมเพล็กซ์ที่ช่วยอำนวยความสะดวกในกระบวนการนี้ในหลายๆ ด้าน RuvA เป็นเทตราเมอร์และจับกับ DNA ที่ Holliday junction เมื่ออยู่ในรูปแบบ X ที่เปิดอยู่ โปรตีนจะจับในลักษณะที่ DNA ที่เข้า/ออกจาก junction ยังคงสามารถหมุนและเลื่อนผ่านได้อย่างอิสระ RuvA มีโดเมนที่มีกรดอะมิโนที่ เป็นกรด ซึ่งรบกวนคู่เบสในศูนย์กลางของ junction ทำให้คู่เบสแยกออกจากกันเพื่อให้สามารถจับคู่กับคู่เบสบนสายโฮโมล็อกัสได้อีกครั้ง^{[ 3 ]}

เพื่อให้เกิดการย้ายถิ่นฐาน RuvA จะต้องเชื่อมโยงกับ RuvB และATP RuvB มีความสามารถในการไฮโดรไลซ์ ATP ซึ่งขับเคลื่อนการเคลื่อนที่ของจุดแยกสาขา RuvB เป็นเฮกซาเมอร์ที่มี กิจกรรม เฮลิเคสและยังจับกับ DNA ด้วย เมื่อ ATP ถูกไฮโดรไลซ์ RuvB จะหมุนสายที่รวมกันใหม่ในขณะที่ดึงออกจากจุดเชื่อมต่อ แต่จะไม่แยกสายออกจากกันเหมือนที่เฮลิเคสจะทำ^{[ 3 ]}

ขั้นตอนสุดท้ายในการย้ายสาขาเรียกว่าการแก้ไขและต้องใช้โปรตีนRuvCโปรตีนนี้เป็นไดเมอร์และจะจับกับ Holliday junction เมื่อมันอยู่ในรูปแบบ X ที่ซ้อนกัน โปรตีนนี้มี กิจกรรม เอนโดนิวคลีเอสและตัดสายพร้อมกันพอดี การตัดเป็นแบบสมมาตรและให้โมเลกุล DNA ที่รวมกันใหม่สองโมเลกุลที่มีการแตกของสายเดี่ยว^{[ 4 ]}

กลไกของยูคาริโอตมีความซับซ้อนมากกว่ามาก โดยเกี่ยวข้องกับโปรตีนที่แตกต่างกันและเพิ่มเติม แต่ดำเนินไปตามเส้นทางทั่วไปเดียวกัน^{[ 2 ]} Rad54ซึ่งเป็นโปรตีนยูคาริโอตที่มีการอนุรักษ์สูง มีรายงานว่าจะรวมตัวกันเป็นโอลิโกเมอร์ที่ฮอลลิเดย์จังก์ชันเพื่อส่งเสริมการเคลื่อนย้ายกิ่ง^{[ 5 ]}

เฮลิเคส (ที่กำหนดชื่อเป็น Saci-0814) ที่แยกได้จากครีนาร์คีออนเทอร์โมฟิลิกSulfolobus acidocaldariusทำให้โครงสร้าง Holliday junction ของ DNA แตกออก และแสดงกิจกรรมการเคลื่อนย้ายกิ่งในหลอดทดลอง [ ^{6 ] ใน} สาย พันธุ์ S. acidocaldariusที่ถูกลบยีน Saci-0814 ความถี่ของการรวมตัวกันแบบโฮโมโลกัสลดลงห้าเท่าเมื่อเทียบกับสายพันธุ์ดั้งเดิม ซึ่งบ่งชี้ว่า Saci-0814 มีส่วนเกี่ยวข้องกับการรวมตัวกันแบบโฮโมโลกั ส ในร่างกายจากหลักฐานนี้ ดูเหมือนว่า Saci-0814 ถูกนำมาใช้ในการรวมตัวกันแบบโฮโมโลกัสในS. acidocaldariusและทำหน้าที่เป็นเฮลิเคสการเคลื่อนย้ายกิ่ง^{[ 6 ]} การรวมตัวกันแบบโฮโมโลกัสดูเหมือนจะเป็นการปรับตัวที่สำคัญในไฮเปอร์เทอร์โมฟิลล์ เช่นS. acidocaldariusเพื่อซ่อมแซมความเสียหายของ DNA อย่างมีประสิทธิภาพ เฮลิเคส Saci-0814 จัดอยู่ในกลุ่ม aLhr1 (archaeal long helicase related 1) ภายใต้ซูเปอร์แฟมิลี 2 ของเฮลิเคส และโฮโมล็อกของมันถูกอนุรักษ์ไว้ในกลุ่มอาร์เคีย

อัตราการเคลื่อนที่ของกิ่งขึ้นอยู่กับปริมาณของ ไอออน สองวาเลนซ์โดยเฉพาะไอออนแมกนีเซียม (Mg ²⁺ ) ที่มีอยู่ระหว่างการรวมตัวใหม่^{[ 1 ]} ไอออนเหล่านี้เป็นตัวกำหนดโครงสร้างของ Holliday junction เนื่องจากมีบทบาทในการทำให้เสถียร เมื่อไม่มีไอออนเหล่านี้ โครงสร้างหลักจะผลักกัน และ junction จะมีโครงสร้างแบบ X เปิด^{[ 7 ]} ในสภาวะนี้ การเคลื่อนที่จะเหมาะสมที่สุด และ junction จะสามารถเคลื่อนที่ขึ้นลงตามสายได้อย่างอิสระ^{[ 3 ]} เมื่อมีไอออนเหล่านี้ ไอออนจะทำให้โครงสร้างหลักที่มีประจุลบเป็นกลาง ทำให้สายต่างๆ สามารถเคลื่อนที่เข้าใกล้กันมากขึ้น และ junction จะมีโครงสร้างแบบ X ซ้อนกัน^{[ 7 ]} ในสภาวะนี้ การแก้ปัญหาจะเหมาะสมที่สุด ทำให้ RuvC สามารถจับกับ junction ได้^{[ 3 ]}