ในปี พ.ศ. 2541 เขาได้รับบทบาทเป็นผู้ช่วยโค้ชและพัฒนาโค้ช ของสโมสร ริชมอนด์ ในลีก AFL ^{[ 6 ]}

ตั้งแต่ปี 2000 ถึง 2010 แมคคาร์ทนีย์เป็นผู้ช่วยโค้ชของสโมสรฟุตบอลจีลอง [ ^{3 ] ใน}ปี 2010 แมคคาร์ทนีย์ได้รับการโหวตให้เป็นผู้ช่วยโค้ชแห่งปีของ AFL โดยรางวัลของสมาคมโค้ช AFL ^{[ 7 ] [ 8 ]}

แมคคาร์ทนีย์ย้ายไปเป็นผู้ช่วยโค้ชในตำแหน่งโค้ชแนวรุกที่เอสเซนดอนในปี 2011 ^{[ 3 ]}

ไม่นานหลังจากสิ้นสุดฤดูกาล AFL ปี 2011แมคคาร์ทนีย์ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชของเวสเทิร์น บูลด็อกส์ภายใต้สัญญา 3 ปี แทนที่พอล วิลเลียมส์ หัวหน้าโค้ชรักษาการคนก่อน ซึ่งเข้ามาแทนที่ร็อดนีย์ อีดหลังจากที่อีดลาออกระหว่างฤดูกาล 2011โดยเหลืออีก 3 เกมในฤดูกาลนั้น หลังจากที่อีดได้รับแจ้งว่าจะไม่ได้รับการต่อสัญญากับบูลด็อก ส์ ^{[ 9 ] [ 10 ]}เมื่อแมคคาร์ทนีย์ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้าโค้ชของบูลด็อกส์ เขาเอาชนะลีออนคาเมรอน อดีตบูลด็อกส์ ซึ่งเป็นตัวเต็งและได้รับการยกย่องว่าเป็น "ผู้สมัครที่มีคุณภาพสูง" ^{[ 11 ]} เขาพาทีมเวสเทิร์น บูลด็อกส์ฝึกซ้อมเป็นครั้งแรกในวันที่ 7 พฤศจิกายน 2011 ^{[ 12 ]}

ในฤดูกาลแรกของแมคคาร์ทนีย์ในฐานะหัวหน้าโค้ชของบูลด็อกส์ในฤดูกาล 2012แมคคาร์ทนีย์นำบูลด็อกส์จบอันดับที่ 15 ของตารางด้วยชัยชนะ 5 ครั้งและแพ้ 17 ครั้ง แมคคาร์ทนีย์ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักหลังจากที่บูลด็อกส์แพ้ให้กับทีมใหม่โกลด์โคสต์ซันส์ในรอบที่ 8 ในฤดูกาล 2013แต่ทีมมีผลงานที่ดีขึ้นในช่วงครึ่งหลังของฤดูกาล ซึ่งรวมถึงผลงานที่น่าประทับใจในการแข่งขันกับทีม 8 อันดับแรกอย่างเอสเซนดอน ฮอว์ธอร์น และซิดนีย์ รวมถึงชัยชนะเหนือคาร์ลตัน เวสต์โคสต์ และแอดิเลด แมคคาร์ทนีย์นำบูลด็อกส์จบอันดับที่ 15 ของตารางอีกครั้งเป็นปีที่สองติดต่อกันเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2013 คราวนี้ด้วยชัยชนะ 8 ครั้งและแพ้ 14 ครั้ง จากผลงานที่น่าพอใจในช่วงครึ่งหลัง แมคคาร์ทนีย์ได้รับการต่อสัญญาออกไปอีกสองปีในวันที่ 26 พฤศจิกายน 2013 และเขาจะมีสัญญาจนถึงสิ้นสุดฤดูกาล 2016 ^{[ 13 ]}

ในฤดูกาล 2014แมคคาร์ทนีย์นำทีมบูลด็อกส์จบอันดับที่ 14 ในตารางคะแนนด้วยชัยชนะ 7 ครั้งและแพ้ 15 ครั้ง หลังจากการคาดการณ์หลังจบฤดูกาล AFL ปี 2014ซึ่งจบลงด้วยการที่บูลด็อกส์แพ้ให้กับเกรทเทอร์ เวสเทิร์น ซิดนีย์ในการแข่งขันนัดสุดท้ายของฤดูกาลปกติในรอบที่ 23 ปี 2014 แมคคาร์ทนีย์จึงลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าโค้ชของเวสเทิร์น บูลด็อกส์ในวันที่ 10 ตุลาคม 2014 เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2014 ^{[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]}เมื่อกัปตันทีม ไรอัน กริฟเฟน ประกาศว่าเขาต้องการออกจากสโมสรในวันก่อนที่แมคคาร์ทนีย์จะลาออก มีรายงานว่าความสัมพันธ์ของแมคคาร์ทนีย์กับกริฟเฟนทำให้เขาต้องการออกจากสโมสร^{[ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]}แมคคาร์ทนีย์เป็นโค้ชให้กับสโมสรฟุตบอลเวสเทิร์น บูลด็อกส์ รวมทั้งหมด 66 เกม โดยชนะ 20 เกม และแพ้ 46 เกม คิดเป็นเปอร์เซ็นต์การชนะ 30 เปอร์เซ็นต์^{[ 22 ]}จากนั้น ลุค เบเวอร์ริดจ์ ก็เข้ามาแทนที่แมคคาร์ทนีย์ในตำแหน่งโค้ชอาวุโสของเวสเทิร์น บูลด็อกส์^{[ 23 ]}

แมคคาร์ทนีย์เข้าร่วมทีมโค้ชของเมลเบิร์นฟุตบอลคลับในตำแหน่งผู้ช่วยโค้ชด้านการพัฒนาและกลยุทธ์ภายใต้โค้ชอาวุโสพอล รูสตั้งแต่ฤดูกาล 2015 ^{[ 24 ]}แมคคาร์ทนีย์ออกจากเมลเบิร์นฟุตบอลคลับเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2019 ^{[ 25 ] [ 26 ] [ 27 ]}

ในเดือนตุลาคม 2019 แมคคาร์ทนีย์ระบุว่าเขาออกจากสโมสรฟุตบอลเมลเบิร์นหลังจากที่เขา "เริ่มสูญเสียแรงผลักดันและแรงจูงใจที่มาจากการเตรียมทีมทั้งในช่วงสุดสัปดาห์และในวันแข่งขัน" และ "ผมรู้สึกว่าตัวเองเริ่มหมดความรักในองค์ประกอบของสัปดาห์ ผมจึงก้าวออกมาและบอกกับโค้ชในการทบทวนกลางฤดูกาลว่าถึงเวลาที่จะถอยออกมาแล้ว" ^{[ 28 ]}

เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม 2024 สโมสรฟุตบอลพอร์ตเมลเบิร์นในลีกฟุตบอลวิกตอเรียประกาศจ้างเบรนแดน แมคคาร์ทนีย์เป็นโค้ชอาวุโส โดยเริ่มตั้งแต่ปี 2025 แมคคาร์ทนีย์เซ็นสัญญาเป็นเวลาสามปี^{[ 29 ]}