เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2541 Stokes ได้เซ็นสัญญาเป็นนักกีฬาสมัครเล่นอิสระกับTampa Bay Devil Rays [ ^{2 ] เขา}ใช้เวลาฤดูกาลอาชีพแรกกับPrinceton Devil Raysในปี พ.ศ. 2542ขณะอยู่กับ Princeton Stokes เป็นผู้นำในAppalachian Leagueในด้านจำนวนเกมที่จบด้วย 35 เกม เขาขว้างให้กับCharleston RiverDogs ในระดับ Single-A ในปี พ.ศ. 2543 โดยเสีย โฮมรันเพียง 1 ครั้งใน70 + 1 ⁄ 3อินนิ่งที่ขว้าง Stokes ขว้างเกมครบ 9 อินนิ่ง ครั้งแรก ที่ Mudville เมื่อวันที่ 23 มิถุนายน พ.ศ. 2544 แต่แพ้เกมนั้น เขาเล่นให้กับBakersfield Blazeใน ฤดูกาล พ.ศ. 2545โดยเป็นผู้นำทีมในด้านจำนวนชัยชนะ (10) และการตีออก (154) Stokes ขว้างชัตเอาท์ ระดับอาชีพครั้งแรก เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคมกับSan Jose Giants สโตกส์ลงเล่นเป็นตัวจริง 10 เกมให้กับทีมออร์แลนโด เรย์ ส ระดับดับเบิลเอ ก่อนจะเข้ารับการผ่าตัดทอมมี จอห์นในปี 2003ส่งผลให้เขาพลาดการแข่งขันตลอด ฤดูกาล 2004ในปี 2005สโตกส์ลงเล่นให้กับทั้งทีมวิซาเลียโอ๊คส์ ระดับซิงเกิล เอ และทีมมอนต์โกเมอรี บิสกิตส์ ระดับดับเบิลเอ อาการ บาดเจ็บ ที่เอ็นร้อยหวายทำให้เขาต้องพักการแข่งขันตลอดเดือนกรกฎาคม

สโตกส์ถูกเรียกตัวกลับมาจากทีมทริปเปิลเอดาร์แฮม เมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2548 สโตกส์เปิดตัวในเมเจอร์ลีกเมื่อวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2549 ในปี พ.ศ. 2550 การลงสนาม 59 ครั้งของไบรอันอยู่ในอันดับที่สี่ในบรรดารุกกี้ ของอเมริกันลีก ^{[ 3 ]}

เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2007 สโตกส์ถูกส่งตัวจากแทมปาเบย์ไปยังนิวยอร์กเม็ตส์เพื่อแลกกับเงินสด และถูกเพิ่มเข้าไปในรายชื่อผู้เล่น 40 คนของเม็ตส์^{[ 3 ]}ในระหว่างการฝึกซ้อมช่วงฤดูใบไม้ผลิในวันสุดท้าย เขาถูกกำหนดให้ย้ายทีม เขาเริ่มต้นฤดูกาลกับทีมในระดับทริปเปิลเอของเม็ตส์ คือนิวออร์ลีนส์ เซฟเฟอร์ ส เขาถูกเรียกตัวขึ้นมาเล่นให้กับเม็ตส์เมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2008 เพื่อลงเล่นแทน จอห์น เมนผู้เล่นตำแหน่งพิชเชอร์ตัวจริงที่ได้รับบาดเจ็บ^{[ 4 ]}

เมื่อวันที่ 22 มกราคม 2010 สโตกส์ถูกเทรดไปยังลอสแอนเจลิสแองเจิลส์แห่งอนาไฮม์เพื่อแลกกับแกรี่ แมทธิวส์ จูเนียร์^{[ 5 ]} เขาถูกปล่อยตัวโดยแองเจิลส์เมื่อวันที่ 7 กันยายน หลังจากลงเล่น 16 นัดด้วยค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 8.10 ^{[ 6 ]}

เมื่อวันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2553 สโตกส์ได้เซ็นสัญญากับทีมToronto Blue Jays ในลีกรอง ซึ่งรวมถึงคำเชิญเข้าร่วมการฝึกซ้อมช่วงฤดูใบไม้ผลิ^{[ 7 ]}เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 สัญญาของสโตกส์ถูกยกเลิกโดย Blue Jays "เนื่องจากผลการตรวจร่างกายของเขา" ^{[ 8 ] [ 9 ]}

เมื่อวันที่ 9 เมษายน 2554 สโตกส์เซ็นสัญญากับทีมแคมเดน ริเวอร์ชาร์กส์ในลีกแอตแลนติกของเบสบอลอาชีพเขาลงเล่น 31 นัด (เป็นตัวจริง 1 นัด) ให้กับแคมเดน ทำสถิติชนะ 2 แพ้ 3 และมีค่าเฉลี่ย ERA 3.47 พร้อมกับทำสไตรค์เอาท์ได้ 23 ครั้ง และเซฟได้ 11 ครั้ง จากการขว้าง36 + 1 ⁄ 3อินนิง

เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2554 สโตกส์เซ็นสัญญาระดับไมเนอร์ลีกกับทีมอริโซนา ไดมอนด์แบ็กส์โดยเขาถูกส่งไปเล่นให้กับทีมรีโน เอซ ในระดับทริปเปิลเอเขาเป็นผู้เล่นอิสระหลังจบฤดูกาลในวันที่ 2 พฤศจิกายน