ในปี พ.ศ. 2542 มีการค้นพบว่าเจ้าหน้าที่ของ BNFL ได้ปลอมแปลงข้อมูลการประกันคุณภาพเชื้อเพลิง MOX บางส่วนมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2539 ^{[ 8 ]} การสอบสวน ของสำนักงานตรวจสอบโรงงานนิวเคลียร์ (NII) สรุปว่า "ระดับการควบคุมและการกำกับดูแล...แทบจะไม่มีอยู่เลย" ^{[ 9 ]} BNFL ต้องจ่ายค่าชดเชยให้กับลูกค้าชาวญี่ปุ่นKansai Electricและรับคืนเชื้อเพลิง MOX ที่มีข้อบกพร่องจากญี่ปุ่น^{[ 10 ]} John Taylor ประธานเจ้าหน้าที่บริหารของ BNFL ลาออก^{[ 11 ]}หลังจากที่ตอนแรกต่อต้านการลาออกเมื่อรายงานที่น่าตำหนิของ NII ถูกเผยแพร่^{[ 12 ] [ 13 ]}

ผลจากวิกฤตนี้ การแปรรูป BNFL บางส่วนที่เป็นไปได้จึงล่าช้าออกไปสองปี^{[ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]}

ในปี พ.ศ. 2542 BNFL ได้เข้าซื้อ กิจการ บริษัท Westinghouse Electric Companyซึ่งเป็นธุรกิจพลังงานนิวเคลียร์เชิงพาณิชย์ของCBS (Westinghouse เข้าซื้อ กิจการ CBS ในปี พ.ศ. 2538 และปรับเปลี่ยนทิศทางธุรกิจเป็นผู้ให้บริการกระจายเสียง) ด้วยมูลค่า 1.1 พันล้านดอลลาร์ ธุรกิจของ Westinghouse ได้แก่ การผลิตเชื้อเพลิง การรื้อถอนโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ และการออกแบบ การก่อสร้าง และการบำรุงรักษาเครื่องปฏิกรณ์^{[ 17 ]}การซื้อกิจการ Westinghouse ถือเป็นแกนหลักที่เป็นไปได้สำหรับการแปรรูป BNFL บางส่วน^{[ 18 ]}

ในปี พ.ศ. 2543 BNFL ยังได้ซื้อกิจการนิวเคลียร์ของABBในราคา 300  ล้านปอนด์ บริษัทนี้ซึ่งถูกควบรวมเข้ากับ Westinghouse มีผลประโยชน์ด้านนิวเคลียร์ในสหรัฐอเมริกา ยุโรป และเอเชีย^{[ 19 ]}ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2543 BNFL ได้เข้าถือหุ้น 22.5% ในPebble Bed Modular Reactor (Pty) Ltdในแอฟริกาใต้^{[ 20 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2546 หน่วยงานวิจัยและพัฒนาของ BNFL ได้ถูกเปลี่ยนชื่อเป็น Nuclear Sciences and Technology Services (NSTS)

อย่างไรก็ตาม ปัญหาทางการเงินของ BNFL เพิ่มมากขึ้น และโอกาสในการแปรรูปเป็นเอกชนบางส่วนก็ลดลง^{[ 18 ] [ 21 ] [ 22 ]}

เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2548 บริษัทได้รับการปรับโครงสร้างใหม่เป็นส่วนหนึ่งของการปรับโครงสร้างอุตสาหกรรมนิวเคลียร์ในวงกว้าง BNFL กลายเป็นBritish Nuclear Group (BNG) และมีการจัดตั้งบริษัทโฮลดิ้งใหม่และใช้ชื่อ British Nuclear Fuels ^{[ 23 ]} BNFL ใหม่นี้ดำเนินงานส่วนใหญ่ผ่านบริษัทย่อยหลัก ได้แก่ Westinghouse และ BNG รวมถึงNexia Solutionsซึ่งเป็นธุรกิจเทคโนโลยีนิวเคลียร์เชิงพาณิชย์ที่แยกตัวออกมาจาก NSTS ^{[ 24 ]}

หน่วยงานกำจัดกากกัมมันตรังสี (NDA) ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2548 และเข้าครอบครองพื้นที่โรงงานนิวเคลียร์ทั้งหมดของ BNFL รวมถึง พื้นที่ Sellafield ด้วย จากนั้น NDA ก็เปิดการประมูลเพื่อกำจัดกากกัมมันตรังสีในพื้นที่ต่างๆ เพื่อลดต้นทุน BNFL กลายเป็นหนึ่งในผู้รับเหมากำจัดกากกัมมันตรังสีหลายรายผ่านทาง BNG บริษัทขนส่งกากกัมมันตรังสีของ BNFL ได้แก่Direct Rail ServicesและInternational Nuclear Servicesก็ถูกโอนไปยัง NDA ด้วยเช่นกัน^{[ 25 ]}

เมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2548 BNFL, Inc. ได้เปลี่ยนชื่อเป็น BNG America และกลายเป็นบริษัทในเครือของ BNG ^{[ 26 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2566 แผนการที่จะปิดกิจการของบริษัทภายในสองปียังคงดำเนินอยู่ ณ จุดนี้ บริษัทไม่ได้ทำการค้ามาเป็นเวลา 13 ปีแล้ว^{[ 41 ]}

อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม 2023 BNFL ได้ฟื้นคืนชีพขึ้นมาในชื่อ Great British Nuclear โดยมีเป้าหมายเพื่อดำเนินโครงการนิวเคลียร์ระยะยาวของรัฐบาลและสนับสนุนความทะเยอทะยานที่จะผลิตพลังงานนิวเคลียร์ได้มากถึง 24 GW ในสหราชอาณาจักรภายในปี 2050 ^{[ 3 ]} Great British Nuclear กำลังดำเนินการแข่งขันเครื่องปฏิกรณ์นิวเคลียร์แบบโมดูลาร์ขนาดเล็ก (SMR)ซึ่งจะมอบสัญญาการร่วมทุนระหว่างหนึ่งถึงสี่ฉบับในช่วงปลายปี 2024 เพื่อสนับสนุนกระบวนการพัฒนาและการอนุมัติตามกฎระเบียบ เพื่อเตรียมการเสนอราคาสำหรับการตัดสินใจลงทุนขั้นสุดท้ายของ SMR ในปี 2029 ^{[ 42 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2567 บริษัท Great British Nuclear ได้ซื้อ โรงไฟฟ้า นิวเคลียร์ OldburyและWylfaจากHorizonด้วยมูลค่า 160  ล้าน ปอนด์ ^{[ 43 ] [ 44 ]}

ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2568 บริษัท Great British Nuclear ได้เปลี่ยนชื่อเป็น Great British Energy – Nuclear ^{[ 45 ]}

เดอะการ์เดียนรายงานว่าการเปลี่ยนชื่อนี้เพื่อให้สามารถโอนงบประมาณ 2.5 พันล้านปอนด์ของ Great British Energyไปยังอุตสาหกรรมนิวเคลียร์เพื่อ การพัฒนา เครื่องปฏิกรณ์แบบโมดูลาร์ขนาดเล็กในลักษณะที่สอดคล้องกับคำมั่นสัญญาในนโยบายหาเสียงของพรรคแรงงานในปี 2024 ^{[ 46 ]}

ในปี 2026 GBE-N ได้รับใบอนุญาตผลิตไฟฟ้า มีการเสนอให้ GBE-N สร้างSMR ของ Rolls-Royce จำนวน 3 เครื่อง ที่โรงไฟฟ้านิวเคลียร์ Wylfaการตัดสินใจลงทุนขั้นสุดท้ายคาดว่าจะเกิดขึ้นในปี 2029 ^{[ 47 ]}