สโมสรฟุตบอลเดปอร์ติโว มาริโน ก่อตั้งขึ้นในปี 1933 โดยชาวประมงในชุมชนเล็กๆ แห่งลอส คริสเตียโน ส อาโรนาในชื่อ มาริโน ฟุตบอล คลับ เป็นสโมสรฟุตบอลที่เก่าแก่ที่สุดทางตอนใต้ของเกาะเตเนริเฟ สโมสรได้เปลี่ยนชื่อเป็น เดปอร์ติโว มาริโน เมื่อจดทะเบียนกับหน่วยงานท้องถิ่นเมื่อวันที่ 13 มิถุนายน 1947 โดยมีเซกุนโด ฟูเมโร เป็นประธานคนแรกของสโมสร ในช่วงเวลาที่ก่อตั้งอย่างเป็นทางการ สโมสรเล่นเกมในทุ่งเกลือเอล กินโช ซึ่งตั้งอยู่ใกล้กับชายหาดลาส วิสตาส ซึ่งเป็นหนึ่งในชายหาดที่ได้รับความนิยมมากที่สุดของเตเนริเฟในปัจจุบัน ในปี 1948 สโมสรได้ย้ายเกมไปที่กัมโป เด เอล กินโต^{[ 1 ]}

ในปี 1975 ระบบลีกฟุตบอลของสเปนได้ขยายตัว ทำให้เกิดการก่อตั้งกลุ่มหมู่เกาะคานารีในดิวิชั่น 3ซึ่งครองตำแหน่งลีกระดับที่สามของฟุตบอลสเปนจนกระทั่งมีการก่อตั้งดิวิชั่น 2 บีในปี 1977 และการก่อตั้งลีกระดับสูงสุดระหว่างเกาะลาสปัลมาสและเตเนริเฟซึ่งในขณะนั้นเป็นลีกระดับที่สี่ของพีระมิดฟุตบอลสเปนจนกระทั่งปี 1977 เมื่อทั้งสองลีกกลายเป็นลีกระดับที่ห้า สโมสรซีดี มาริโน เป็นหนึ่งในสมาชิกผู้ก่อตั้งลีกระหว่างเกาะเตเนริเฟ โดยเข้าร่วมลีกตั้งแต่เริ่มก่อตั้งในปี 1975

เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 1979–80 ซีดี มาริโน ได้เลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่น 3 กลุ่มหมู่เกาะคานารี หลังจากจบอันดับที่ 2 ซีดี มาริโน จะใช้เวลาแปดฤดูกาลในลีกระดับสี่ของฟุตบอลสเปน ก่อนที่วาเลนติน โตสเต จะนำสโมสรเลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่น 2 บีเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 1987–88 โดยมาริโนคว้าแชมป์ สโมสรเริ่มต้นได้ดีในลีกระดับสาม โดยทำผลงานดีที่สุดคือจบอันดับที่ 10 ในฤดูกาลแรก อย่างไรก็ตาม ในฤดูกาลที่ห้าและฤดูกาลสุดท้ายในลีกระดับสาม ซีดี มาริโน เริ่มประสบปัญหาทางการเงินอย่างหนัก ซึ่งทำให้สโมสรตกต่ำทั้งในและนอกสนาม^{[ 2 ]}ปัญหาทางการเงินมีส่วนอย่างมากต่อการที่สโมสรต้องตกชั้นจากดิวิชั่น 2 บี ในเวลาต่อมา โดยตกชั้นลงไปสองลีกสู่ลีกเกาะเตเนริเฟ่ อย่างไรก็ตาม นั่นจะไม่ใช่การตกชั้นครั้งเดียวของสโมสร เพราะพวกเขาต้องตกชั้นติดต่อกันถึงสองครั้งในช่วงท้ายฤดูกาล 1993–94 ไปสู่ลีกเตเนริเฟ เฟิร์สต์ อินเตอร์-ไอส์แลนด์ ซึ่งเป็นลีกระดับที่หกของฟุตบอลสเปน

หลังจากเริ่มต้นช่วงเวลาแห่งการทรงตัวในลีกระดับที่หก สโมสรก็ได้เลื่อนชั้นกลับสู่ลีกสูงสุดของฟุตบอลระดับภูมิภาคในฤดูกาลที่สี่ คือฤดูกาล 97–98 หลังจากคว้าแชมป์เป็นอันดับหนึ่ง ในฤดูกาลแรกที่กลับมาเล่นในลีก Tenerife Preferential Inter-Island สโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับที่สี่ ซึ่งนับว่าน่าชื่นชม

ในฤดูกาล 2006–07 ซึ่งเป็นฤดูกาลที่แปดของซีดี มาริโนในลีกระดับที่ห้า สโมสรสามารถจบอันดับที่สอง โดยเอาชนะยูนิออน เดปอร์ติวา บาโลส จากลีกลาสปัลมาส พรีเฟเรนเชียล อินเตอร์-ไอส์แลนด์ เพื่อเลื่อนชั้นกลับสู่ดิวิชั่นสามของกลุ่มหมู่เกาะคานารี หลังจากห่างหายไปเกือบยี่สิบปีนับตั้งแต่เล่นในลีกครั้งสุดท้าย^{[ 3 ]}ในฤดูกาลแรก สโมสรจบอันดับที่ 16 แต่เริ่มไต่ขึ้นลีกในช่วงไม่กี่ฤดูกาลถัดมา ก่อนที่จะจบอันดับหนึ่งในฤดูกาล 2011–12 ซึ่งทำให้สโมสรต้องไปเล่นเพลย์ออฟเลื่อนชั้นกับซีเอฟ ฟูเอนลาบราดาโดยซีดี มาริโนชนะด้วยผลรวม 4–2 ในการแข่งขันสองนัด^{[ 4 ]}

CD Marino เริ่มต้นฤดูกาล 2012–13 ด้วยการแข่งขันดาร์บี้แมตช์เกาะเตเนริเฟกับCD Tenerifeในวันที่ 26 สิงหาคม ซึ่งพวกเขาแพ้ไป 2–0 นับเป็นครั้งแรกที่ CD Tenerife สโมสรฟุตบอลที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดของเกาะ ได้เผชิญหน้ากับทีมจากเตเนริเฟอีกทีมในการแข่งขันลีก^{[ 5 ]}ความพ่ายแพ้ในวันเปิดฤดูกาลถือเป็นสัญญาณบ่งบอกถึงสิ่งที่จะเกิดขึ้นกับสโมสร ซึ่งในที่สุดก็ต้องตกชั้นเมื่อสิ้นสุดฤดูกาลหลังจากจบอันดับสุดท้ายของตาราง

เมื่อกลับมาสู่ลีกระดับสี่ของฟุตบอลสเปน CD Marino ประสบความสำเร็จในการจบอันดับท็อปสามสองครั้ง ก่อนที่จะจบอีกสามในสี่ฤดูกาลในลีกด้วยอันดับท้ายตาราง ในฤดูกาลที่ได้รับผลกระทบจากการระบาดของ COVID-19 CD Marino พบว่าตัวเองเป็นผู้นำกลุ่มเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2019–20 ทำให้พวกเขาจับฉลากได้เจอกับ UD Tamaraceiteในรอบรองชนะเลิศของการแข่งขันเพลย์ออฟเลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่นสาม เนื่องจาก COVID กำหนดให้เล่นเพียงนัดเดียวแทนที่จะเป็นสองนัดตามปกติ CD Marino จึงต้องตกรอบแรกหลังจากพ่ายแพ้ให้กับทีมที่แย่งชิงการเลื่อนชั้นด้วยกัน 1–0 อย่างไรก็ตาม ด้วยโชคชะตาพลิกผัน สโมสรก็สามารถเลื่อนชั้นได้ในที่สุด หลังจากที่สหพันธ์ฟุตบอลสเปนตัดสินใจว่าสโมสรพร้อมกับCD Lealtad , CD AlcoyanoและLinares Deportivoจะเลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่นสอง บี เพื่อเพิ่มจำนวนทีมในดิวิชั่น^{[ 6 ]}

ในการกลับมาสู่ลีกระดับสามของฟุตบอลสเปน ซีดี มาริโน ต้องประสบชะตากรรมเดียวกันกับสามฤดูกาลที่ผ่านมาในลีก โดยจบอันดับสุดท้ายทั้งในรอบแรกและรอบสองของการแข่งขัน และในที่สุดก็ตกชั้นไปสู่ลีกTercera División RFEFซึ่งเป็นลีกระดับห้าของฟุตบอลสเปนที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ หลังจากการปรับโครงสร้างลีกโดย RFEF ในปี 2021 เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 2021-22ซึ่งเป็นฤดูกาลแรกของสโมสรในลีกที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ ซีดี มาริโน จบอันดับที่สิบ