เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม 1940 สภาเมืองซานดิเอโกได้ให้เช่าที่ดิน แก่ กองทัพสหรัฐฯจำนวน 710 เอเคอร์ (2.87 ตารางกิโลเมตร⁾ ใน ราคาเพียงหนึ่งดอลลาร์ต่อปี นอกจากนี้ สภาเมืองยังให้เช่าที่ดินเพิ่มเติมอีก 0.90 เอเคอร์ (3,640 ตารางเมตร⁾ แก่กองทัพ โดยบริษัท Margaret C. Hawkins ให้เช่าที่ดินแก่กองทัพจำนวน 120.08 เอเคอร์ (0.49 ^{ตาราง}กิโลเมตร)และบริษัท FT Scripps, Inc. ให้เช่าที่ดินจำนวน 72.12 เอเคอร์ (0.29 ^{ตาราง}กิโลเมตร)กองทัพได้ที่ดินจำนวน 367.00 เอเคอร์ (1.49 ตารางกิโลเมตร⁾ โดยได้รับอนุญาตแบบเพิกถอนได้จากสภาเมือง และอีก12.85 เอเคอร์ (0.05 ^{ตาราง}กิโลเมตร)โดยได้รับใบอนุญาตจากสภาเมือง รวมแล้วรัฐบาลได้รับอนุญาตให้จัดซื้อที่ดินสำหรับฐานทัพ ทั้งหมด 1,282.95 เอเคอร์ (5.19 ^{ตาราง}กิโลเมตร)       

เมื่อวันที่ 22 พฤศจิกายน 1940 กระทรวงกลาโหมประกาศแผนการสร้างศูนย์ฝึกอบรมทดแทนสำหรับ หน่วย ปืนใหญ่ชายฝั่งในพื้นที่ทอร์เรย์ ไพน์ส เมซา ชายที่ถูกเกณฑ์เข้ากองทัพภายใต้โครงการคัดเลือก ทหาร จะถูกส่งไปประจำการที่ศูนย์ฝึกอบรมแห่งใหม่นี้ จุดประสงค์ของศูนย์ฝึกอบรมนี้คือการสอนผู้เข้ารับการฝึกอบรมวิธีการยิงอาวุธระยะไกลในกรณีที่กองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นพยายามโจมตีชายฝั่งตะวันตกของสหรัฐอเมริกาศูนย์ฝึกอบรมนี้ได้รับการตั้งชื่อว่า "แคมป์ คัลแลน" เพื่อเป็นเกียรติแก่พลตรี โรเบิร์ต เอ็มเม็ต คัลแลนนายทหารปืนใหญ่ชายฝั่งผู้มีชื่อเสียง การก่อสร้างฐานทัพเริ่มต้นในเดือนพฤศจิกายน 1940 และการเข้าประจำการอย่างเป็นทางการของค่ายได้รับการทำเครื่องหมายด้วยพิธีเชิญธงทางทหารซึ่งจัดขึ้นเมื่อวันที่ 15 มกราคม 1941 มีนายทหาร 20 นายและพลทหาร 120 นายเข้าร่วม พวกเขาทั้งหมดเป็นสมาชิกของหน่วยปฏิบัติการชุดแรกที่ฐานทัพใหม่ พลจัตวา ฟรานซิส พี. ฮาร์ดอะเวย์ เป็นผู้บัญชาการคนแรกของค่ายใหม่ เขาได้กล่าวถึงความสำคัญของค่ายต่อโครงการป้องกันประเทศในพิธีนี้ เมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 1941 ปืนใหญ่ชุดแรกได้มาถึงค่าย ปืนเก้ากระบอกในจำนวนนี้เป็น ปืนขนาด 155 มม. ที่ผลิตโดยฝรั่งเศส ซึ่งมีอายุย้อนไปถึงสงครามโลกครั้งที่หนึ่งมีผู้เข้ารับการฝึกประมาณห้าพันคนเดินทางมาถึงค่ายระหว่างสัปดาห์สุดท้ายของเดือนกุมภาพันธ์ถึงปลายเดือนมีนาคม พวกเขาเดินทางมาโดยรถไฟที่สถานีรถไฟที่เปิดให้บริการอีกครั้งในบริเวณใกล้เคียง ผู้เข้ารับการฝึกกลุ่มแรกส่วนใหญ่มาจากฟอร์ตออร์ดและฟอร์ตแมคอาเธอร์ในแคลิฟอร์เนียฟอร์ตเชอริ แดน ในรัฐอิลลินอยส์ ฟอร์ตมิสซูลาในรัฐมอนแทนา และแวนคูเวอร์บาร์แรกส์ในรัฐวอชิงตันการตรวจแถวทางทหารครั้งแรกจัดขึ้นเมื่อวันที่ 2 เมษายน 1941 ทหารหกพันนายเดินแถวผ่านหน้าพลตรีโจเซฟ เอ. กรีน หัวหน้ากองปืนใหญ่ชายฝั่ง เขาแสดงความยินดีกับพวกเขาในความก้าวหน้าที่พวกเขาทำได้ในระยะเวลาอันสั้น เนื่องจากค่ายไม่มีวงดนตรีทหาร ของตนเอง วงดนตรีของนาวิกโยธินจำนวน 100 คนจึงบรรเลงดนตรีในพิธีนี้

ช่วงเวลาแห่งการเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญสำหรับค่ายฝึกเริ่มขึ้นในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1942 กองทัพได้เห็นความเสียหายร้ายแรงที่กองทัพอากาศเยอรมัน (Luftwaffe)ก่อขึ้นกับสหราชอาณาจักรจึงตัดสินใจเน้นการฝึกอาวุธต่อต้านอากาศยานอย่างเต็มที่ แทนที่จะเน้นการฝึกปืนใหญ่ชายฝั่งและอาวุธต่อต้านอากาศยานร่วมกัน การเปลี่ยนแปลงนี้ถือเป็นจุดเริ่มต้นของช่วงเวลาสองปีที่ค่ายฝึกมีกิจกรรมสูงสุด มีผู้เข้ารับการฝึกประมาณหนึ่งหมื่นห้าพันคนในแต่ละรอบการฝึกสิบสามสัปดาห์ สนามฝึกในฐานทัพประกอบด้วยสนามยิงปืนขนาด 1,000 นิ้ว สนามยิงปืนไรเฟิลระยะ 200 หลา สนามยิงปืนพก สนามยิงปืนอัตโนมัติ และสนามยิงปืนต่อต้านอากาศยานขนาด 3 นิ้ว ผู้เข้ารับการฝึกเรียนรู้การใช้ปืนขนาด 155  มม. 90  มม. 75  มม. และ 40  มม. รวมถึงอุปกรณ์ควบคุมการยิง ที่เกี่ยวข้อง มีการจัดตั้งตำแหน่งยิงปืนสำหรับการฝึกนี้ นอกเหนือจากตำแหน่งปืนใหญ่และสนามยิงปืนขนาดเล็กแล้ว ยังมีการสร้างสิ่งอำนวยความสะดวกและโครงสร้างอื่นๆ อีกมากมายในฐานทัพ การปรับปรุงเหล่านี้รวมถึงค่ายทหารและที่พักทหาร โรงพยาบาลสนามขนาด 910 เตียง สำนักงานร้านค้า 5 แห่ง โรงภาพยนตร์ 3 แห่ง โบสถ์ 5 แห่ง อาคารสนับสนุน อาคารเก็บของ และพื้นที่ถมทะเล โดยรวมแล้ว ส่วนที่พัฒนาแล้วของฐานทัพครอบคลุมพื้นที่ 23 บล็อก และมีอาคารมากกว่า 297 หลังในเวลานั้น มีการจัดสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ สำหรับสุขภาพ การศึกษาทั่วไป และการฝึกอบรมด้านการสงครามของผู้เข้ารับการฝึกอบรม เช่นเดียวกับค่ายทหารอื่นๆ ในเวลานั้น หนังสือพิมพ์รายสัปดาห์ชื่อThe Range Finderและนิตยสารภาพประจำปีชื่อThe Callanderได้รับการตีพิมพ์ในค่ายแห่งนี้ ในที่สุดค่ายก็มีวงดนตรีทหารขนาด 40 ชิ้นเป็นของตัวเองด้วย

ในกลุ่มทหารเกณฑ์กลุ่มสุดท้ายที่เข้ารับการฝึกขั้นพื้นฐานของหน่วยปืนใหญ่ชายฝั่งที่แคมป์คัลแลน คือโดนัลด์ เปรลล์ซึ่งสำเร็จการฝึกจากโรงเรียนนายทหาร (OCS) ที่ฟอร์ตเบนนิง รัฐจอร์เจีย ในเดือนมิถุนายน ปี 1944 ในเดือนมิถุนายน ปี 1944 การเน้นการฝึกที่ค่ายก็เปลี่ยนไปอีกครั้ง โครงการฝึกต่อต้านอากาศยานถูกย้ายไปยังฟอร์ตบลิสในรัฐเท็กซัสและค่ายก็มีบทบาทสำคัญในการเตรียมการสำหรับการโจมตีสะเทิงน้ำสะเทิงบก ครั้งใหญ่ในต่างประเทศ อย่างไรก็ตาม ช่วงเวลาของการฝึกที่ค่ายนี้มีอายุสั้น ภายในวันที่ 8 พฤษภาคม ปี 1945 สงครามในยุโรปสิ้นสุดลงและภายในวันที่ 15 สิงหาคมญี่ปุ่นก็ยอมจำนนเนื่องจากการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ การฝึกนี้จึงไม่จำเป็นอีกต่อไป ในวันที่ 1 พฤศจิกายน ปี 1945 แคมป์คัลแลนถูกประกาศว่าเป็นส่วนเกิน

หลังจากที่ค่ายถูกประกาศว่าเป็นส่วนเกิน ที่ดินที่ค่ายตั้งอยู่ก็ถูกจำหน่ายออกไปทีละส่วนตลอดระยะเวลาหนึ่งปี ที่ดินเช่า จำนวน 710 เอเคอร์ (2,900,000 ตารางเมตร⁾ และที่ดินเช่าเพิ่มเติมอีก0.90 เอเคอร์ (3,600 ตารางเมตร⁾ ถูก ยกเลิกเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 1946 ที่ดินเช่า จำนวน 120.08 เอเคอร์ (485,900 ตาราง^เมตร)ถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 1946 ที่ดินเช่า จำนวน 72.12 เอเคอร์ (291,900 ^{ตาราง}เมตร)ถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 30 มิถุนายน 1946 ที่ดินที่ได้รับอนุญาต จำนวน 367.00 เอเคอร์ (1,485,200 ตารางเมตร⁾ ถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 13 ธันวาคม 1945 ที่ดินที่ได้รับอนุญาต จำนวน 12.85 เอเคอร์ (52,000 ^{ตาราง}เมตร)ถูกยกเลิกเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 1946 ที่ดินที่ได้รับอนุญาตนั้นถูกปล่อยคืนโดยเป็นไปตามข้อกำหนดการฟื้นฟู สถานที่ทิ้งขยะไม่ได้ตั้งอยู่บนที่ดินที่ได้รับอนุญาต      

ในช่วงเวลาที่ค่ายทหารปิดตัวลงทางตอนใต้ของแคลิฟอร์เนียกำลังเผชิญกับปัญหาการขาดแคลนไม้และวัสดุก่อสร้าง ปัญหานี้ทวีความรุนแรงขึ้นเนื่องจากทหารผ่านศึกจำนวนมากเลือกที่จะอยู่ในซานดิเอโกหลังจากสงคราม เพื่อบรรเทาปัญหานี้ สภาเมืองซานดิเอโกจึงเจรจากับกระทรวงกลาโหมเพื่อซื้ออาคารและสิ่งอำนวยความสะดวกส่วนใหญ่ของค่าย (ซึ่งมีจำนวนประมาณห้าร้อยแห่งในขณะที่ค่ายปิดตัวลง) ราคาขายอยู่ที่ 200,000 ดอลลาร์ วัสดุเหล่านี้ถูกนำไปขายต่อให้กับทหารผ่านศึกและประชาชนคนอื่นๆ ในราคาที่เหมาะสม บ้านเรือนหลายพันหลัง โบสถ์หลายแห่ง และสาธารณูปโภคจำนวนมากถูกสร้างขึ้นจากวัสดุเหล่านี้ เมืองได้รับเงินลงทุนคืน 200,000 ดอลลาร์ และทำกำไรได้ 250,000 ดอลลาร์จากการขายเหล่านี้ ส่วนหนึ่งของกำไรนี้ถูกนำไปสร้างอาคารอนุสรณ์สถานสงครามทหารผ่านศึกในสวนบาลโบอาปัจจุบัน หลักฐานเกือบทั้งหมดของการปรับปรุงหรืออาคารที่สร้างขึ้นบนฐานทัพเดิมในช่วงที่ยังคงอยู่ (ยกเว้นพื้นที่ถมดิน) ได้หายไปแล้ว เหลือเพียงฐานรากบางส่วนในพื้นที่ทางเหนือของวิทยาเขต UC San Diego ทางเข้าหลักเดิมของฐานทัพอยู่ที่ The Lodge Torrey Pines ซึ่งอยู่ติดกับถนน Torrey Pines Road