โอกาสเกิดมะเร็งในพลาสมา
ความน่าจะเป็นของมะเร็งในพลาสมา (CLiP) หมายถึงชุดของ วิธี การเรียนรู้แบบกลุ่มสำหรับการบูรณาการคุณลักษณะทางพันธุกรรมต่างๆ ที่มีประโยชน์สำหรับการตรวจหามะเร็งระยะเริ่มต้นจากพลาสมา ในเลือด โดย ไม่ต้องผ่าตัด [ 1 ]การประยุกต์ใช้เทคนิคนี้สำหรับการตรวจหามะเร็งปอดระยะเริ่มต้น( Lung -CLiP) ได้รับการอธิบายครั้งแรกโดย Chabon et al. (2020) [ 2 ]จากห้องปฏิบัติการของAsh Alizadehและ Max Diehn ที่Stanford [ 3 ] [ 4 ]
วิธีนี้อาศัยการปรับปรุงหลายประการในการสร้างโปรไฟล์มะเร็งเฉพาะบุคคลโดยการจัดลำดับเชิงลึก ( CAPP-Seq ) [ 5 ]สำหรับการวิเคราะห์DNA ของเนื้องอกที่หมุนเวียน (ctDNA) เทคนิค CLiP ผสานรวมคุณลักษณะทางจีโนมที่โดดเด่นหลายประการของมะเร็งที่สนใจเข้ากับกรอบการเรียนรู้ของเครื่องสำหรับการตรวจจับมะเร็ง ตัวอย่างเช่น การศึกษาแสดงให้เห็นว่าการกลายพันธุ์ทางร่างกายส่วนใหญ่ที่พบใน DNA ที่ปราศจากเซลล์ (cfDNA) ไม่ได้มาจากเนื้องอก แต่สะท้อนถึงการสร้างเม็ดเลือดแบบโคลน (หรือที่รู้จักกันในชื่อ CHIP) [ 2 ] [ 6 ]แม้ว่าCHIPมักจะกำหนดเป้าหมายยีนเฉพาะ แต่ก็ยังเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ที่ไม่เกิดขึ้นซ้ำๆ จำนวนมากที่สามารถหลุดออกมาจากเม็ดเลือดขาวและตรวจพบใน cfDNA โดยไม่คำนึงถึงว่ากำลังสร้างโปรไฟล์ผู้ป่วยมะเร็งหรือผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี[ 2 ] อย่างไรก็ตามการกลายพันธุ์ของ ctDNA ที่มาจากเนื้องอกอย่างแท้จริง สามารถแยกแยะได้จากการกลายพันธุ์ที่มาจาก CHIP เนื่องจากแตกต่างจากกลายพันธุ์ที่เกิดจากเนื้องอก กลายพันธุ์ที่เกิดจาก CHIP ซึ่งหลุดออกมาจากเม็ดเลือดขาวเข้าสู่พลาสมา มักเกิดขึ้นบนชิ้นส่วน cfDNA ที่ยาวกว่า และขาดลักษณะเฉพาะของการกลายพันธุ์ เช่นเดียวกับที่เกี่ยวข้องกับการสูบบุหรี่ในมะเร็งปอด ซึ่งพบได้ในโมเลกุล ctDNA ที่ได้จากเนื้องอกเช่นกัน CLiP ผสานรวมคุณสมบัติเหล่านี้เข้ากับแบบจำลอง การเรียนรู้ของเครื่องแบบกลุ่มลำดับชั้นซึ่งพิจารณาถึงการกลายพันธุ์ของเซลล์ร่างกายและการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนารวมถึงคุณสมบัติอื่นๆ ด้วย[ 2 ]แม้ว่าวิธีการ CLiP จะมีความเป็นเอกลักษณ์ในการอาศัยการกลายพันธุ์และการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนาเพียงอย่างเดียว แต่ก็มีความเกี่ยวข้องกับวิธีการตรวจชิ้นเนื้อเหลวอื่นๆ หลากหลายวิธีที่ได้รับการพัฒนาเชิงพาณิชย์สำหรับการตรวจหามะเร็งในระยะเริ่มต้นโดยใช้ ctDNA และโปรตีน (เช่น CancerSEEK / DETECT-A [ 7 ] ) รูปแบบการแตกตัวของ cfDNA (เช่น DELFI) [ 8 ] [ 9 ]และการเมทิลเลชั่นของ DNA (เช่น cfMeDIP-Seq, [ 10 ] Grail [ 11 ] )
แม้ว่าวิธีการ CLiP ยังไม่ได้ถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางในการคัดกรองมะเร็งในระดับประชากร แต่ก็ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าสามารถแยกแยะมะเร็งปอดระยะเริ่มต้นออกจากกลุ่มควบคุมที่มีความเสี่ยงใกล้เคียงกันในกลุ่มผู้ป่วยหลายกลุ่มที่ลงทะเบียนทั่วสหรัฐอเมริกา[ 12 ]