ในชีววิทยาโมเลกุลและชีวสารสนเทศลำดับคอนเซนซัส (หรือลำดับแคนอนิก ) คือลำดับที่คำนวณได้ของสารตกค้างที่พบบ่อยที่สุด ไม่ว่าจะเป็น นิว คลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนที่พบในแต่ละตำแหน่งในการจัดเรียงลำดับซึ่งแสดงถึงผลลัพธ์ของการจัดเรียงลำดับ หลายลำดับ ที่เปรียบเทียบลำดับที่เกี่ยวข้องกันและ คำนวณ โมทีฟลำดับ ที่คล้ายคลึงกัน ข้อมูลดังกล่าวมีความสำคัญเมื่อพิจารณาเอนไซม์ที่ขึ้นอยู่กับลำดับ เช่นRNA polymerase ^{[ 1 ]}

เพื่อแก้ไขข้อจำกัดของลำดับคอนเซนซัส ซึ่งลดความแปรปรวนเหลือเพียงสารตกค้างเดียวต่อตำแหน่งโลโก้ลำดับจึงนำเสนอการแสดงภาพที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นของลำดับที่จัดเรียง โลโก้แสดงแต่ละตำแหน่งเป็นกองตัวอักษร ( นิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโน ) โดยความสูงของตัวอักษรจะสอดคล้องกับความถี่ในการจัดเรียง และความสูงรวมของกองจะสะท้อนถึง ปริมาณ ข้อมูล (วัดเป็นบิต ) สารตกค้างที่มีความถี่สูงสุดจะปรากฏอยู่ด้านบนสุดของกอง ซึ่งช่วยรักษาคอนเซนซัสไว้ ในขณะเดียวกันก็เผยให้เห็นรูปแบบที่ละเอียดอ่อน เช่น สารตกค้างที่มีความสำคัญต่อการทำงานแต่มีความถี่น้อยกว่า (เช่นรหัส เริ่มต้นทางเลือก หรือ ตำแหน่งการจับ ของปัจจัยการถอดรหัส ) ^{[ 2 ]}

ตำแหน่งการจับของโปรตีน ซึ่งแสดงด้วยลำดับคอนเซนซัส อาจเป็นลำดับนิวคลีโอไทด์ สั้นๆ ที่พบหลายครั้งในจีโนมและเชื่อว่ามีบทบาทเดียวกันในตำแหน่งต่างๆ ตัวอย่างเช่นปัจจัยการถอดรหัส จำนวนมาก จดจำรูปแบบเฉพาะในโปรโมเตอร์ของยีนที่พวกมันควบคุม ในทำนองเดียวกันเอนไซม์ตัดจำเพาะมักมี ลำดับคอนเซนซัสแบบ พาลินโดรมซึ่งมักตรงกับตำแหน่งที่พวกมันตัดดีเอ็นเอทรานสโพซอนทำงานในลักษณะเดียวกันในการระบุลำดับเป้าหมายสำหรับการเคลื่อนย้าย สุดท้ายนี้ ตำแหน่งการเชื่อมต่อ (ลำดับที่อยู่รอบๆ ขอบเขตของ เอ็กซอนและอินตรอน ) ก็สามารถพิจารณาได้ว่าเป็นลำดับคอนเซนซัส เช่นกัน

ดังนั้นลำดับคอนเซนซัสจึงเป็นแบบจำลองสำหรับตำแหน่งการจับ DNA ที่คาดการณ์ไว้ โดยได้มาจากการจัดเรียงตัวอย่างที่รู้จักทั้งหมดของตำแหน่งการจดจำบางอย่าง และกำหนดเป็นลำดับในอุดมคติที่แสดงถึงเบสที่เด่นที่สุดในแต่ละตำแหน่ง ตัวอย่างจริงทั้งหมดไม่ควรแตกต่างจากคอนเซนซัสเกินกว่าการแทนที่เพียงไม่กี่ครั้ง แต่การนับความไม่ตรงกันในลักษณะนี้อาจนำไปสู่ความไม่สอดคล้องกัน^{[ 3 ]}

การกลายพันธุ์ใดๆ ที่ทำให้ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่กลายพันธุ์ในลำดับโปรโมเตอร์หลักมีลักษณะคล้ายกับลำดับคอนเซนซัสมากขึ้น เรียกว่า การ กลาย พันธุ์แบบอัพ (up mutation ) การกลายพันธุ์ชนิดนี้โดยทั่วไปจะทำให้โปรโมเตอร์แข็งแรงขึ้น ดังนั้นเอนไซม์ RNA polymerase จึงจับกับ DNA ที่ต้องการถอดรหัสได้แน่นขึ้น และการถอดรหัสก็จะเพิ่มขึ้น ในทางตรงกันข้าม การกลายพันธุ์ที่ทำลายลำดับนิวคลีโอไทด์ที่อนุรักษ์ไว้ในลำดับคอนเซนซัส เรียกว่าการกลายพันธุ์แบบดาวน์ (down mutation ) การกลายพันธุ์ประเภทนี้จะลดการถอดรหัสลง เนื่องจากเอนไซม์ RNA polymerase ไม่สามารถจับกับลำดับโปรโมเตอร์หลักได้แน่นเท่าเดิมอีกต่อไป

การพัฒนาซอฟต์แวร์สำหรับการจดจำรูปแบบเป็นหัวข้อสำคัญในพันธุศาสตร์ชีววิทยาโมเลกุลและชีวสารสนเทศลำดับโมทีฟเฉพาะสามารถทำหน้าที่เป็นลำดับควบคุมการสังเคราะห์ทางชีวภาพ หรือเป็นลำดับสัญญาณที่นำโมเลกุลไปยังตำแหน่งเฉพาะภายในเซลล์ หรือควบคุมการเจริญเติบโตของโมเลกุลนั้น เนื่องจากหน้าที่ควบคุมของลำดับเหล่านี้มีความสำคัญ จึงเชื่อกันว่าลำดับเหล่านี้ได้รับการอนุรักษ์ไว้ตลอดช่วงเวลาวิวัฒนาการ อันยาวนาน ในบางกรณี ความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการสามารถประเมินได้จากปริมาณการอนุรักษ์ของตำแหน่งเหล่านี้

ลำดับโมทีฟที่อนุรักษ์ไว้เรียกว่าลำดับคอนเซนซัสซึ่งแสดงให้เห็นว่ากรดอะมิโนใดบ้างที่คงที่และกรดอะมิโนใดบ้างที่แปรผันได้ พิจารณาตัวอย่าง ลำดับ ดีเอ็นเอ ต่อไปนี้ :

เอ[ซีที]เอ็น{เอ}วายอาร์

ในสัญลักษณ์ นี้ A หมายถึง A จะพบได้เสมอในตำแหน่งนั้น [CT] หมายถึง C หรือ T N หมายถึงเบสใดๆ และ {A} หมายถึงเบสใดๆ ยกเว้น A Y แทนไพริมิดีน ใดๆ และ R แทนพิวรีน ใดๆ ในตัวอย่างนี้ สัญลักษณ์ [CT] ไม่ได้บ่งบอกถึงความถี่สัมพัทธ์ของ C หรือ T ที่เกิดขึ้นในตำแหน่งนั้น และไม่สามารถเขียนเป็นลำดับคอนเซนซัสเดียวได้ เช่น ACNCCA วิธีการอื่นในการแสดงลำดับคอนเซนซัสคือการใช้โลโก้ลำดับซึ่งเป็นการแสดงลำดับคอนเซนซัสในรูปแบบกราฟิก โดยขนาดของสัญลักษณ์จะสัมพันธ์กับความถี่ที่นิวคลีโอไทด์ (หรือกรดอะมิโน) ที่กำหนดเกิดขึ้นในตำแหน่งใดตำแหน่งหนึ่ง ในโลโก้ลำดับ ยิ่งสารตกค้างมีการอนุรักษ์มากเท่าใด สัญลักษณ์สำหรับสารตกค้างนั้นก็จะยิ่งใหญ่ขึ้นเท่านั้น และยิ่งพบน้อยเท่าใด สัญลักษณ์ก็จะยิ่งเล็กลงเท่านั้น สามารถสร้างโลโก้ลำดับโดยใช้WebLogoหรือใช้Gestalt Workbenchซึ่งเป็นเครื่องมือแสดงภาพสาธารณะที่เขียนโดย Gustavo Glusman ที่Institute for Systems Biology ^{[ 3 ]}

เครื่องมือทางชีวสารสนเทศสามารถคำนวณและแสดงภาพลำดับคอนเซนซัสได้ ตัวอย่างของเครื่องมือเหล่านี้ได้แก่ JalViewและUGENE

• ตารางคะแนนเฉพาะตำแหน่ง
• นิพจน์ปกติ — หมายถึงลำดับของสัญลักษณ์หลายลำดับในทฤษฎีภาษาเชิงรูปธรรม
• ลำดับโมทีฟ
• โลโก้ลำดับ