รายชื่อชุดเครื่องมือเคมีสารสนเทศ
ชุดเครื่องมือเคมีสารสนเทศเป็นชุดพัฒนาซอฟต์แวร์ ที่โดดเด่น ซึ่งช่วยให้นักเคมีสารสนเทศสามารถพัฒนาแอปพลิเคชันคอมพิวเตอร์แบบกำหนดเองเพื่อใช้ในการคัดกรองเสมือนจริง การขุดค้นฐานข้อมูลเคมี และการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม[ 1 ] [ 2 ]ชุดเครื่องมือมักใช้สำหรับการทดลองกับวิธีการใหม่ๆ หน้าที่ที่สำคัญที่สุดของชุดเครื่องมือเหล่านี้เกี่ยวข้องกับการจัดการโครงสร้างทางเคมีและการเปรียบเทียบระหว่างโครงสร้างต่างๆ การเข้าถึงคุณสมบัติของพันธะและอะตอมแต่ละตัวผ่านโปรแกรม
ฟังก์ชันการทำงาน
ชุดเครื่องมือประกอบด้วยฟังก์ชันการทำงานดังต่อไปนี้:
- อ่านและบันทึกโครงสร้างในรูปแบบไฟล์เคมีต่างๆ
- ตรวจสอบว่าโครงสร้างหนึ่งเป็นโครงสร้างย่อยของอีกโครงสร้างหนึ่งหรือไม่ (การจับคู่โครงสร้างย่อย)
- ตรวจสอบว่าโครงสร้างสองโครงสร้างนั้นเท่ากันหรือไม่ (ตรงกันทุกประการ)
- การระบุโครงสร้างย่อยที่พบได้ทั่วไปในโครงสร้างต่างๆ ในชุด (โครงสร้างย่อยร่วมที่ใหญ่ที่สุด, MCS)
- สลายโมเลกุล โดยแยกออกเป็นชิ้นส่วนเล็กๆ
- ประกอบโมเลกุลจากธาตุหรือโมเลกุลย่อย
- นำโครงสร้างสารตั้งต้นมาใช้ในปฏิกิริยา เพื่อให้ได้โครงสร้างผลิตภัณฑ์จากปฏิกิริยา
- สร้างลายนิ้วมือโมเลกุล ลายนิ้วมือคือเวกเตอร์บิต โดยแต่ละบิตจะสอดคล้องกับการมีอยู่หรือไม่มีอยู่ของลักษณะโครงสร้าง การใช้งานที่สำคัญที่สุดของลายนิ้วมือคือการจัดทำดัชนีฐานข้อมูลทางเคมี
รายชื่อชุดเครื่องมือเคมีสารสนเทศที่น่าสนใจ
| ชื่อ | ใบอนุญาต | API | หน้าหลัก | หมายเหตุ |
|---|---|---|---|---|
| ซีดีเค | โอเพนซอร์ส | Java, R, Python | https://cdk.github.io/ | [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] |
| คราม | โอเพนซอร์ส | Java, .NET, Python | https://github.com/epam/Indigo | |
| สภาพแวดล้อมการทำงานระดับโมเลกุล (MOE) | กรรมสิทธิ์ | ภาษาเวกเตอร์ทางวิทยาศาสตร์ | https://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm | |
| เปิดบาเบล | โอเพนซอร์ส | C++, Python, Java, Perl, C#, Ruby | http://openbabel.org/ | [ 6 ] [ 7 ] |
| อาร์ดีคิท | ใบอนุญาต BSD-3-Clause | ซี++, ไพธอน | https://www.rdkit.org/ | |
| ซีดีพีคิท | แอลจีพีแอล-2.1 | ซี++, ไพธอน | https://cdpkit.org/ |