นิวคลีเอส แบบไคเมอริกเป็นตัวอย่างของโปรตีนที่ถูกสร้างขึ้นโดยวิศวกรรมซึ่งต้องประกอบด้วยโดเมนจับกับดีเอ็นเอเพื่อให้มีความจำเพาะต่อลำดับ และ โดเมน นิวคลีเอสสำหรับการตัด ดีเอ็นเอ

โดเมนที่จับกับ DNA รวมถึง โมที ฟเฮลิกซ์-ลูป-เฮลิกซ์พื้นฐาน ซิงค์ฟิง เกอร์ เฮลิกซ์ - เทิร์น-เฮลิกซ์และลิวซีนซิปเปอร์ถูกนำมาใช้ในการสร้างนิวคลีเอสที่จำเพาะต่อลำดับ ในบรรดาโมทีฟเหล่านี้ ซิงค์ฟิงเกอร์ได้รับการเสนอแนะว่ามีความสำคัญที่สุดเนื่องจากความเป็นโมดูลาร์ ทำให้สามารถสร้างโดเมนที่จับกับ DNA ที่ปรับแต่งได้^{[ 1 ]}

โดเมนของนิวคลีเอสมีหน้าที่ในการตัดสายดีเอ็นเอทางกายภาพ และอาจทำให้เกิดการแตกของสายเดี่ยวหรือสายคู่ได้FokIเป็นตัวอย่างของเอนโดนิวคลีเอส ที่จำเพาะต่อลำดับ ซึ่งโดเมนของนิวคลีเอสที่ไม่จำเพาะจะทำให้เกิดการแตกของสายคู่ และถูกนำไปใช้ในการทดลองต่างๆ มากมาย รวมถึงการระบุตำแหน่งการจับที่มีความสัมพันธ์สูงและต่ำของปัจจัยการถอดรหัสในหลอดทดลองการศึกษาการดึงดูดปัจจัยไปยังตำแหน่งโปรโมเตอร์ในสิ่งมีชีวิตโดยใช้การระบุตำแหน่งโปรตีนด้วยการทดสอบหางนิวคลีเอส และการศึกษาโปรตีนที่จำเพาะต่อการโต้ตอบกับดีเอ็นเอใน โครงสร้าง Z-DNA (Durai et al., 2005 และเอกสารอ้างอิงในนั้น)

• วิศวกรรมโปรตีน
• ไคเมรา (โปรตีน)