แม้จะมีผลงานที่โดดเด่นในมหาวิทยาลัยฟลอริดา สเตท แต่โธมัสก็ไม่ได้รับการคัดเลือกในดราฟต์ NFL ปี 2001ด้วยเหตุนี้ เขาจึงเซ็นสัญญากับทีมซานโฮเซ เซเบอร์แคทส์ในลีกอารีน่าฟุตบอล เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2001 ในปี 2002 ในฐานะผู้เล่นหน้าใหม่ โธมัสกลายเป็นซูเปอร์สตาร์ในทันที เขาทำสถิติแท็กเกิล 54 ครั้ง (แท็กเกิลเดี่ยว 46 ครั้ง) ป้องกันการส่งบอล 21 ครั้ง และตัดบอลได้ 6 ครั้ง ในฤดูกาลปกติ 14 เกม นอกจากนี้ เขายังรับลูกเตะคืน 59 ครั้ง ทำระยะได้ 1,353 หลา และทำทัชดาวน์ได้ 6 ครั้ง ในฐานะผู้รับลูกเตะคืนหลักของซานโฮเซ จากผลงานดังกล่าว เขาได้รับรางวัลผู้เล่นหน้าใหม่ยอดเยี่ยมแห่งปี (ROY) และผู้เล่นเกมรับยอดเยี่ยมแห่งปี (DPOY) ของ AFL เขายังได้รับเกียรติให้เป็น ผู้เล่น ทีมแรกของออลอารีน่า อีก ด้วย ความพยายามของโธมัสช่วยผลักดันให้เซเบอร์แคทส์จบฤดูกาลปกติด้วยสถิติ 13–1 ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดในขณะนั้น จากนั้นเซเบอร์แคทส์ก็ชนะเกมเพลย์ออฟอีก 2 เกมเพื่อเข้าสู่ArenaBowl XVI ที่นั่น พวกเขาเอาชนะคู่ปรับอย่างอริโซน่า แรทเลอร์สไป อย่างขาดลอย ด้วยคะแนน 52–14 คว้าแชมป์แรกในประวัติศาสตร์ของแฟรนไชส์มาครองได้สำเร็จ

โธมัสสร้างผลงานที่ยอดเยี่ยมต่อเนื่องจากฤดูกาลแรกของเขาในปี 2003 ในปีนั้น เขาทำสถิติแท็กเกิล 37.5 ครั้ง (แท็กเกิลเดี่ยว 34 ครั้ง), ป้องกันการส่งบอล 20 ครั้ง และตัดลูก 13 ครั้ง (ซึ่ง 3 ครั้งเป็นการวิ่งกลับไปทำทัชดาวน์) แม้ว่าจะลงเล่นเพียง 14 จาก 16 เกมในฤดูกาลปกติของทีม นอกจากนี้เขายังรับลูกเตะคืน 61 ครั้ง ทำระยะได้ 1,253 หลา และทำทัชดาวน์ได้ 4 ครั้ง ด้วยผลงานเหล่านี้ โธมัสจึงได้รับเลือกให้เป็นผู้เล่นเกมรับยอดเยี่ยมแห่งปีของ AFL อีกครั้ง และได้รับ เลือกให้ติด ทีม All-Arena ชุดแรกเป็นปีที่สองติดต่อกัน ทีม SaberCats ของโธมัสผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟลึกอีกครั้ง แต่พ่ายแพ้ให้กับ Rattlers ด้วยคะแนน 62–49 ในรอบรองชนะเลิศ

อาชีพใน AFL ของโธมัสเริ่มชะลอตัวลงบ้างในช่วงกลางทศวรรษ 2000 ในปี 2004 เขาพลาดการลงเล่นเกือบทุกเกมเนื่องจากอาการบาดเจ็บ ส่งผลให้เขาทำสถิติแท็กเกิลได้เพียง 18 ครั้ง (14 ครั้งเป็นการแท็กเกิลเดี่ยว) และสกัดบอลได้ 1 ครั้ง (ซึ่งเขาวิ่งกลับไปทำทัชดาวน์ได้) แม้จะมีอุปสรรคนี้ โธมัสก็คว้าแชมป์สมัยที่สองได้ (ขณะที่อยู่ในรายชื่อผู้เล่นบาดเจ็บ) เมื่อทีม SaberCats เอาชนะทีม Rattlers ในArenaBowl XVIIIในปี 2005 โธมัสกลับมาลงสนามอีกครั้ง แม้ว่าเขาจะเล่นได้ดี (ทำสถิติแท็กเกิล 49.5 ครั้ง ป้องกันการส่งบอล 10 ครั้ง และสกัดบอลได้ 5 ครั้ง ใน 13 เกม) แต่เขาก็ไม่สามารถทำผลงานได้อย่างโดดเด่นเหมือนสองฤดูกาลแรก ทีม SaberCats แชมป์เก่า เข้าสู่รอบเพลย์ออฟอีกครั้งในปี 2005 (แม้จะมีสถิติฤดูกาลปกติที่ธรรมดา 9–7) พวกเขาถูกทีมColorado Crush ซึ่งเป็นแชมป์ในที่สุด เขี่ยตกรอบแรกด้วยคะแนน 56–48

ปี 2006 เป็นปีที่โธมัสกลับมาโชว์ฟอร์มเก่งอีกครั้ง เขาทำแท็กเกิลได้ 87 ครั้ง (79 ครั้งเป็นการแท็กเกิลเดี่ยว) ทำลายสถิติเดิมที่ 55 ครั้ง (46 ครั้งเป็นการแท็กเกิลเดี่ยว) นอกจากนี้เขายังป้องกันการส่งบอลได้ 10 ครั้ง และตัดบอลได้ 7 ครั้ง ฟอร์มการเล่นที่สม่ำเสมอของโธมัสเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่งสำหรับทีมเซเบอร์แคทส์ ที่เริ่มต้นฤดูกาลด้วยสถิติ 3–6 ใน 9 เกมแรก แต่พวกเขาก็กลับมาเอาชนะได้ 7 เกมสุดท้ายในฤดูกาลปกติ (และเกมเพลย์ออฟอีก 1 เกม) ก่อนจะพ่ายแพ้ให้กับชิคาโก รัช อย่างเฉียดฉิว ในรอบชิงชนะเลิศของคอนเฟอเรนซ์ ฤดูกาลที่กลับมาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมของโธมัสทำให้เขาได้รับเลือกเป็นผู้เล่นทีมยอดเยี่ยมอันดับสองของอารีน่า

ในปี 2007 โทมัสทำผลงานได้อย่างสมบูรณ์แบบที่สุดในอาชีพของเขา (จนถึงตอนนั้น) เขาทำแท็กเกิลได้ 78.5 ครั้ง (69 ครั้งเป็นการแท็กเกิลเดี่ยว), ป้องกันการส่งบอลได้ 20 ครั้ง และตัดลูกได้ 9 ครั้ง (สองครั้งเป็นการวิ่งกลับไปทำทัชดาวน์) ผลงานอันยอดเยี่ยมของเขาช่วยให้ทีม SaberCats จบฤดูกาลปกติด้วยสถิติ 13–3 หลังจากพลาดเกมเพลย์ออฟนัดแรกของ SaberCats (ชัยชนะ 76–67 เหนือ Colorado Crush) โทมัสก็กลับมาอย่างยิ่งใหญ่ ในเกมชิงแชมป์ American Conference กับ Chicago Rush เขาตัดลูกส่งพลาดของMatt D'Orazio ได้ถึงสองครั้ง ชัยชนะ 61–49 ของ SaberCats ส่งให้พวกเขาได้ไปเล่นในArenaBowl XXIซึ่งพวกเขาเอาชนะColumbus Destroyers ด้วยคะแนน 55–33 ชัยชนะครั้งนี้ทำให้โทมัสคว้าแชมป์ AFL เป็นครั้งที่สามในรอบหกปี จากผลงานของเขา เขาได้รับเลือกให้เป็น First Team All-Arenaแต่เขาพลาดรางวัลผู้เล่นเกมรับยอดเยี่ยมแห่งปีให้กับGreg Whiteผู้เล่น ตำแหน่งดีเฟนซีฟเอนด์โธมัสทำผลงานได้เกือบจะเหมือนกันในปี 2008 ด้วยการเข้าปะทะ 83 ครั้ง (เข้าปะทะเดี่ยว 68 ครั้ง), ป้องกันการส่งบอล 18 ครั้ง และตัดลูกได้ 9 ครั้ง (ซึ่งสองครั้งเป็นการวิ่งกลับไปทำทัชดาวน์) เขาได้รับรางวัลเป็นการได้ รับเลือกให้ติด ทีม All-Arena ชุดที่สอง (เป็นการได้รับเลือกครั้งที่ 5 ในอาชีพของเขา) เมื่อสิ้นสุดฤดูกาลปกติ ความโดดเด่นของเขาช่วยให้ SaberCats เข้าสู่รอบเพลย์ออฟเป็นฤดูกาลที่ 9 ติดต่อกัน พวกเขาผ่านเข้ารอบArenaBowl XXII ในที่สุด แต่ก็พ่ายแพ้ให้กับPhiladelphia Soul (59–56) ความพ่ายแพ้ครั้งนั้นถือเป็นการสิ้นสุดช่วงเวลาแรกของโธมัสกับ SaberCats

เส้นทางอาชีพของโธมัสต้องหยุดชะงักลงอย่างกะทันหัน เมื่อ AFL ประกาศยุบตัวลงเนื่องจากปัญหาทางการเงิน ด้วยเหตุนี้ แม้จะมีโอกาสได้เล่นในลีกฟุตบอลในร่มอื่นๆ (เช่นAF2 ) โทมัสก็ไม่ได้ลงเล่นตลอดฤดูกาล 2009 ในปี 2010 ลีกกลับมาดำเนินการอีกครั้ง แต่ SaberCats ไม่ได้กลับมา ก่อนเริ่มฤดูกาล 2010 โทมัสได้ฝึกซ้อมกับ Arizona Rattlers (ซึ่งกลับมาดำเนินการก่อนหน้านั้นไม่นาน) แต่ไม่ได้เข้าร่วมทีม SaberCats กลับมาดำเนินการอีกครั้งหนึ่งปีต่อมาในปี 2011 แต่โทมัสก็ยังคงไม่ได้ลงเล่น ในปี 2012 แม้จะไม่มีการประกาศอย่างเป็นทางการ แต่ดูเหมือนว่าเขาจะเกษียณแล้ว ด้วยเหตุนี้ เขาจึงได้รับการเลือกเข้าสู่หอเกียรติยศ Arena Football Hall of Fame [ ^{1 ] โท}มัสแม้จะใช้เวลาเพียงเจ็ดฤดูกาลใน AFL ก็มีสถิติการสกัดกั้น 50 ครั้งตลอดอาชีพ ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดอันดับสองในประวัติศาสตร์ AFL ในปี 2012 AFL ได้เผยแพร่รายชื่อผู้เล่นที่ยิ่งใหญ่ที่สุด 25 คน โดยรายชื่อนี้ระบุว่าโทมัสเป็นผู้เล่นที่ยิ่งใหญ่ที่สุดอันดับที่ 24 ในประวัติศาสตร์ Arena Football League

ในปี 2013 โทมัสกลับมาร่วมทีมเซเบอร์แคทส์อย่างกะทันหัน การกลับมาครั้งนี้สร้างความประหลาดใจให้กับหลายคนเนื่องจากการหายไปนานของเขา นอกจากนี้ ยังมีคำถามเกี่ยวกับประสิทธิภาพและความทนทานของเขา โทมัสตอบสนองด้วยฤดูกาลที่ดีที่สุดในอาชีพของเขา ในปี 2013 เขาทำสถิติแท็กเกิล 74 ครั้ง (65 ครั้งเดี่ยว), การป้องกันการส่งบอล 25 ครั้ง และการตัดบอล 15 ครั้ง ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดในอาชีพ (น้อยกว่าสถิติของลีกเพียงครั้งเดียว) ใน 17 เกม เขาทำสถิติ AFL ด้วยการส่งบอลกลับเป็นทัชดาวน์ 6 ครั้ง (สถิติเดิมคือ 4 ครั้ง) ห้าในหกครั้งที่ส่งกลับเป็นทัชดาวน์เกิดขึ้นในสี่เกมสุดท้ายของฤดูกาลปกติ กล่าวอีกนัยหนึ่ง โทมัสทำสถิติส่งบอลกลับเป็นทัชดาวน์ในสี่เกมสุดท้ายของฤดูกาล 2013 มากกว่าผู้เล่น AFL คนใดเคยทำได้ในฤดูกาลเดียว การแสดงที่น่าทึ่งของโทมัสทำให้เขาได้รับรางวัลผู้เล่นเกมรับยอดเยี่ยมแห่งปีเป็นครั้งที่สาม (เทียบเท่าสถิติของเคนนี่ แม็คเอนไทร์ซึ่งเป็นจำนวนมากที่สุดในประวัติศาสตร์ AFL) เขายังได้รับ เลือกให้ติด ทีมยอดเยี่ยมประจำสนาม (เป็นการติดทีมยอดเยี่ยมครั้งที่ 4 ในอาชีพของเขา) การกลับมาโชว์ฟอร์มยอดเยี่ยมของโทมัสช่วยให้ทีมเซเบอร์แคทส์จบฤดูกาลด้วยสถิติ 13–5 โดยพวกเขาแพ้ให้กับทีมแชมป์เก่าอย่างอริโซนา แรทเลอร์สในรอบแรกของรอบเพลย์ออฟ

โธมัสกลับมาเล่นให้กับทีมเซเบอร์แคทส์ในปี 2014 แม้ว่าสถิติของเขาจะลดลงอย่างมากจากฤดูกาล 2013 แต่เขาก็ยังคงเป็นหนึ่งในคอร์เนอร์แบ็กที่ดีที่สุดของลีก ในปี 2014 โธมัสทำสถิติแท็กเกิล 70.5 ครั้ง (60 ครั้งเป็นการแท็กเกิลเดี่ยว), ป้องกันการส่งบอล 14 ครั้ง และตัดบอลได้ 8 ครั้ง (หนึ่งในนั้นเป็นการวิ่งกลับไปทำทัชดาวน์) ในการลงเล่น 18 เกม ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดในอาชีพของเขา โธมัสยังคงเป็นส่วนสำคัญของแนวรับอันดับต้นๆ ของเซเบอร์แคทส์ แม้จะเป็นเช่นนั้น เขาก็ไม่ได้รับรางวัลใหญ่ใดๆ ในปี 2014 เซเบอร์แคทส์จบฤดูกาลด้วยสถิติ 13–5 อีกครั้ง แม้ว่าพวกเขาจะชนะในรอบแรกของรอบเพลย์ออฟ แต่พวกเขาก็พ่ายแพ้ให้กับแรตเลอร์สอีกครั้ง (คราวนี้ในรอบชิงชนะเลิศของคอนเฟอเรนซ์)

โธมัสไม่ได้กลับมาร่วมทีมเซเบอร์แคทส์ในช่วงเริ่มต้นฤดูกาล 2015 ทำให้เกิดการคาดเดาอีกครั้งว่าเขาอาจจะเลิกเล่นไปแล้ว ในช่วงปิดฤดูกาล ซานโฮเซได้คว้าตัวเวอร์จิล เกรย์ ซูเปอร์สตาร์ ตำแหน่งคอร์เนอร์แบ็กจากเอเอฟแอล มาร่วมทีม ซึ่งยิ่งทำให้ความเชื่อที่ว่าอาชีพของโธมัสถึงจุดจบนั้นแข็งแกร่งขึ้น ในการแข่งขันสัปดาห์ที่ 3 กับแทมปาเบย์ สตอร์ม เกรย์ได้รับบาดเจ็บที่เข่าจนต้องพักยาวตลอดฤดูกาล ไม่กี่วันต่อมา เซเบอร์แคทส์ก็ประกาศการกลับมาของโธมัสสู่ทีม โธมัสยังคงเล่นได้ดี ใน 15 เกม เขาทำสถิติแท็กเกิล 41 ครั้ง (แท็กเกิลเดี่ยว 34 ครั้ง) ป้องกันการส่งบอล 14 ครั้ง และตัดบอลได้ 6 ครั้ง ในปี 2015 แนวรับของเซเบอร์แคทส์นั้นแข็งแกร่งอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน (เสียเพียง 36.8 แต้มต่อเกม ซึ่งเป็นตัวเลขที่ต่ำที่สุดในประวัติศาสตร์เอเอฟแอลยุคใหม่) เซเบอร์แคทส์จบฤดูกาลปกติด้วยสถิติ 17–1 (เท่ากับสถิติที่ดีที่สุดในประวัติศาสตร์เอเอฟแอล) ทีม SaberCats ของโธมัสชนะเกมเพลย์ออฟสองเกมแรกเพื่อผ่านเข้ารอบArenaBowl XXVIIIซึ่งพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับJacksonville Sharksในระหว่างเกม โธมัสเก็บ ลูกฟัมเบิล ของไมเคิล ลินด์เซย์ได้ในแดนของแจ็กสันวิลล์ การเสียบอลครั้งนั้นส่งผลให้ SaberCats ทำแต้มสำคัญได้ในเวลาต่อมา ซานโฮเซชนะเกมนั้นด้วยคะแนน 68–47 คว้าแชมป์สมัยที่สี่ในประวัติศาสตร์ของแฟรนไชส์ ​​และยังเป็นแชมป์สมัยที่สี่ในอาชีพของโธมัสอีกด้วย

โทมัสได้รับมอบหมายให้ไปประจำการที่Los Angeles Kissเมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2016 ^{[ 2 ]}

โทมัสได้รับมอบหมายให้ประจำการที่กองพลบัลติมอร์เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน พ.ศ. 2561 ^{[ 3 ]}