24°00′เหนือ57°00′ตะวันออก / 24.000°เหนือ 57.000°ตะวันออก / 24.000; 57.000

สภาพอากาศของมัสกัตมีลักษณะร้อนแห้งแล้งมีฤดูร้อนที่ยาวนานและร้อนจัด และฤดูหนาวที่อบอุ่น ปริมาณน้ำฝนเฉลี่ยต่อปีในมัสกัตอยู่ที่ประมาณ 100 มิลลิเมตร หรือ 4 นิ้ว โดยส่วนใหญ่ตกในช่วงเดือนพฤศจิกายนถึงเมษายน โดยทั่วไปแล้ว ปริมาณน้ำฝนในมัสกัตค่อนข้างน้อย โดยเฉลี่ยแล้วจะมีหลายเดือนที่มีฝนตกเพียงเล็กน้อย สภาพอากาศร้อนจัด โดยอุณหภูมิอาจสูงถึง 49 องศาเซลเซียส หรือ 120 องศาฟาเรนไฮต์ ในช่วงฤดูร้อน

สำหรับการท่องเที่ยวชมเมือง ช่วงเวลาที่ดีที่สุดในการเยี่ยมชมมัสกัตคือตั้งแต่เดือนพฤศจิกายนถึงเดือนมีนาคม เนื่องจากอุณหภูมิอยู่ในระดับปานกลางและน่าสบาย ทำให้เดินทางได้สะดวก อุณหภูมิในเวลากลางวันของมัสกัตในช่วงฤดูหนาวอยู่ระหว่าง 23 ถึง 26 องศาเซลเซียส (73.4 ถึง 78.8 องศาฟาเรนไฮต์) ในขณะที่ช่วงเช้าจะอยู่ที่ประมาณ 13 ถึง 17 องศาเซลเซียส (55.4 ถึง 62.6 องศาฟาเรนไฮต์) ระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงเดือนกันยายน การเดินทางจะเหนื่อยล้ามากเนื่องจากอุณหภูมิเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 31 ถึง 38 องศาเซลเซียส (87.8 ถึง 100.4 องศาฟาเรนไฮต์) ซึ่งอาจทำให้เกิดอาการผิวไหม้แดดและภาวะขาดน้ำได้^{[ 1 ]}

เมืองมัสกัตตั้งอยู่บนคาบสมุทรอาหรับ จึงมีฤดูร้อนที่ยาวนานและร้อนจัดคล้ายกับประเทศอื่นๆ ในตะวันออกกลาง ปริมาณน้ำฝนในเมืองมีน้อยมาก ส่วนใหญ่จะตกในช่วงฤดูหนาว

• ลมชามัลพัดในมัสกัตในช่วงฤดูร้อน ลมเหล่านี้มีฝุ่นละอองมากและพัดแรงที่สุดในตอนเช้า แต่จะลดลงในตอนกลางคืน^{[ 3 ]}
• พายุทรายหรือพายุฝุ่นเป็นปรากฏการณ์ที่เกิดขึ้นไม่บ่อยนักในเมืองมัสกัตในช่วงฤดูร้อน^{[ 4 ] [ 5 ]}
• ลมตะวันตกนำพาฝนฤดูหนาวมาสู่หลายพื้นที่ของโอมาน รวมถึงมัสกัต ซึ่งมาจากทะเลเมดิเตอร์เรเนียนหรือแอฟริกาเหนือ^{[ 6 ]}
• มรสุม ตะวันตกเฉียงใต้ส่งผลกระทบเฉพาะภูมิภาคโดฟาร์ของโอมานเท่านั้น โดยจะมีฝนตกเล็กน้อย แต่พื้นที่ตอนบนของโอมานรวมถึงมัสกัตจะแห้งแล้งในช่วงเวลานี้

ปรากฏการณ์สภาพอากาศรุนแรงที่สุดในโอมานคือพายุหมุนเขตร้อนที่ก่อตัวขึ้นในทะเลอาหรับต่อไปนี้คือรายชื่อพายุหมุนเขตร้อนที่ส่งผลกระทบต่อโอมาน รวมถึงเมืองมัสกัต ในช่วงศตวรรษที่ 21

• ในปี 2002 พายุไซโคลนได้พัดถล่มภูมิภาคโดฟาร์ของประเทศโอมาน
• ในปี พ.ศ. 2550 พายุไซโคลนโกนู ระดับ 5 ทำให้เกิดลมกระโชกแรงและฝนตกในเมืองมัสกัต^{[ 7 ]}
• ในปี 2553 พายุไซโคลนเพ็ต ระดับ 4 ได้ก่อให้เกิดน้ำท่วมครั้งใหญ่ในเมืองมัสกัตในช่วงต้นเดือนมิถุนายน^{[ 8 ]}