โคโลญจน์ คร็อกโคไดล์ส ก่อตั้งขึ้นในปี 1980 ทำให้เป็นหนึ่งในสโมสรอเมริกันฟุตบอลที่เก่าแก่ที่สุดในเยอรมนี^{[ 2 ]}ในฤดูกาลแรก สโมสรได้เข้าร่วมในNordwestdeutsche Football Ligaซึ่งเป็นลีกนอกระบบที่มีอยู่เพียงสองฤดูกาล คือปี 1980 และ 1981

สโมสรเข้าร่วมAmerican Football Bundesligaในปี 1981 ซึ่งเป็นปีที่สามของการก่อตั้งลีก และประสบความสำเร็จในลีกนี้ทันที โดยจบอันดับสองในดิวิชั่นและเข้าถึงรอบรองชนะเลิศเพลย์ออฟ ฤดูกาลที่สองของสโมสรประสบความสำเร็จยิ่งกว่า โดยคว้าแชมป์ดิวิชั่นด้วยความพ่ายแพ้เพียงครั้งเดียวตลอดทั้งฤดูกาล ในการแข่งขันกับคู่ปรับตลอดกาลในอนาคตอย่างDüsseldorf Panther และเข้าถึง German Bowlเป็นครั้งแรกอย่างไรก็ตาม ในเกมนี้Ansbach Grizzliesเป็นฝ่ายที่แข็งแกร่งกว่า และCrocodilesก็ต้องพบกับความพ่ายแพ้ครั้งแรกจากทั้งหมดห้าครั้งใน German Bowl ^{[ 3 ]}

สโมสรยังคงเป็นทีมที่แข็งแกร่งในดิวิชั่นเหนือของบุนเดสลีกาในฤดูกาลถัดมา แต่โชคร้ายที่อยู่ในดิวิชั่นเดียวกันกับดุสเซลดอร์ฟ แพนเธอร์ ซึ่งครองความยิ่งใหญ่มาโดยตลอด จบอันดับสองรองจากทีมจากดุสเซลดอร์ฟจากนั้นสโมสรต้องเผชิญหน้ากับอันส์บัค กริซลีส์ ทีมแกร่งจากทางใต้ในรอบรองชนะเลิศ และตกรอบทุกครั้งในปี 1981, 1983 และ 1984 ^{[ 3 ]}

ในปี 1985 ทีมCrocodilesประสบความสำเร็จน้อยลง โดยจบอันดับที่สามและตกรอบในรอบก่อนรองชนะเลิศ ซึ่งเป็นปีถัดจากปีที่สโมสรไม่ได้ผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟเลย ซึ่งเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นเพียงสามครั้งใน 23 ฤดูกาลในระดับสูงสุด ฤดูกาล 1987 ก็ตกรอบก่อนรองชนะเลิศอีกครั้ง ตามมาด้วยการพลาดรอบเพลย์ออฟอีกครั้งในปี 1988 ยิ่งไปกว่านั้น คู่แข่งร่วมเมืองอย่างRed Barons Cologneยังเอาชนะ Düsseldorf Panther ในการแข่งขัน German Bowl ในปีนั้น และคว้าแชมป์ระดับชาติครั้งแรกในกีฬานี้มาสู่เมืองโคโลญจน์ได้สำเร็จ^{[ 3 ]}

ในปี 1989 ทีมCrocodilesตกรอบเพลย์ออฟในรอบ 16 ทีมสุดท้าย ขณะที่ทีมRed Baronsได้เข้าชิง German Bowl อีกครั้ง แต่ครั้งนี้แพ้ อย่างไรก็ตาม สถานการณ์กลับพลิกผัน เมื่อคู่แข่งร่วมเมืองหายไปจากลีกในปี 1991 และทีมCrocodilesสามารถเข้าถึงรอบรองชนะเลิศเพลย์ออฟได้อย่างน้อยในทุกฤดูกาลถัดมาอีก 11 ฤดูกาล ในปี 1990 และ 1991 สโมสรเข้าถึง German Bowl แต่แพ้ให้กับBerlin Adler ทั้งสองครั้ง ครั้งแรกสูสี (การสกัดกั้นในช่วงท้ายเกมถูกยกเลิก ทำให้ Adler ได้คะแนนในช่วงท้ายเกม) และครั้งที่สองแพ้ไปเพียงแต้มเดียว หลังจากพ่ายแพ้ให้กับMunich Cowboys ในรอบรองชนะเลิศ ในปี 1992 ทีมก็เผชิญหน้ากับคู่แข่งเดิมอีกครั้งใน German Bowl ปี 1993 ทีมCrocodilesนำอยู่เกือบตลอดทั้งเกม แต่Cowboysก็ตีเสมอได้ก่อนจบเกมไม่นาน และในที่สุดก็ชนะในช่วงต่อเวลาพิเศษ^{[ 3 ]}

ในปี 1994 แอดเลอร์เป็นฝ่ายที่แข็งแกร่งกว่าอีกครั้งในการแข่งขันรอบรองชนะเลิศระหว่างสองทีม ในอีกสองปีต่อมาก็เป็นดุสเซลดอร์ฟ แพนเธอร์ ในปี 1997 สโมสรได้เข้าร่วมการแข่งขัน German Bowl เป็นครั้งที่ 5 แต่บราวน์ชไวก์ ไลออนส์คว้าแชมป์ไปครองด้วยชัยชนะ 26–23 ทีมเดียวกันนี้ยังเอาชนะสโมสรในรอบรองชนะเลิศปี 1998 ตามมาด้วยความพ่ายแพ้ในรอบรองชนะเลิศให้กับฮัมบูร์ก บลูเดวิลส์ในปี 1999 ^{[ 3 ]}

ฤดูกาล 2000 ถือเป็นฤดูกาล ที่ดีที่สุดของทีม คร็อกโคไดล์โดยแพ้เพียงครั้งเดียวตลอดทั้งฤดูกาลให้กับทีมแพนเธอร์ทีมได้เข้าสู่รอบชิงชนะเลิศเยอรมันโบว์ลเป็นครั้งที่ 6 และในครั้งนี้ก็คว้าชัยชนะเหนือทีมไลออนส์ด้วยคะแนน 2 แต้ม นอกจากนี้ยังเป็นจุดสิ้นสุดของยุคสมัย โดยทีมคร็อกโคไดล์เริ่มตกต่ำลงอย่างรวดเร็วนับจากนี้ไป^{[ 3 ]}

In 2001, the club came only fourth in its division and suffered its first quarter final exit since 1989, losing to the Cowboys. Doing better in the league in 2002, the team nevertheless lost in the quarter-finals once more, this time to the Stuttgart Scorpions. The final season in the league now renamed the German Football League saw the team win only one game all season and finish in fifth place, a point and a rank above the relegation spot.^[3]

Despite having qualified on the field for the 2004 GFL season, the club was unable to participate, instead becoming insolvent. The senior team was withdrawn altogether but the Crocodiles survived and continued, fielding youth teams only for the next five years.^[2] The following year, Cologne received an NFL Europe team, the Cologne Centurions, keeping American football at top level alive.

The club re-entered senior football in 2009, joining the lowest regional league, the tier-six Landesliga North Rhine-Westphalia South. It won all its eight games there and earned promotion to the Verbandsliga for 2010. With only one defeat at that level, the club was able to move up once more and played in the tier-four Oberliga in 2011.^[3]

In 2012, the club experienced some further success, its youth team making a losing appearance in the Junior Bowl while the senior side won the Oberliga and earned promotion to the Regionalliga. In the 2013 Regionalliga season the club won its division and earned the right to promotion to the GFL 2. The club competed in the northern division of the GFL 2 in 2014. After two seasons at that level with records of 8–6, they posted a record of 13–1 in the 2016 season, easily qualifying for the promotion round against the Düsseldorf Panther.

After a losing the 2012 and 2013 German Junior Bowl finals the Crocodiles won the 2014 edition against old rival Düsseldorf Panthers and defended their title in 2015.