สายพันธุ์สีหมายถึงกลุ่มม้า ที่การขึ้นทะเบียนขึ้นอยู่กับสีขนเป็นหลัก โดยไม่คำนึงถึง สายพันธุ์หรือประเภทสายพันธุ์ ที่แท้จริงของม้า

บางสายพันธุ์ม้าที่กำหนดเกณฑ์การจดทะเบียนเฉพาะสีขนที่ต้องการ จะต้องมีคุณสมบัติตรงตามเกณฑ์สายพันธุ์ที่กำหนดด้วย ในขณะที่บางสายพันธุ์จดทะเบียนโดยพิจารณาจากสีขนเพียงอย่างเดียว โดยไม่คำนึงถึงสายเลือดของพ่อแม่ บางสายพันธุ์ที่กำหนดเกณฑ์การจดทะเบียนตามสายเลือด โดยเฉพาะอย่างยิ่งม้าอเมริกันเพนท์ฮอร์สและ ม้า แอปพาลูซาเมื่อเผชิญกับความเป็นจริงที่ว่ามีม้าจำนวนมากที่เกิดมาโดยไม่มีสีที่ต้องการ แม้ว่าจะมีพ่อแม่ที่จดทะเบียนแล้วทั้งคู่ จึงได้ปรับเปลี่ยนกฎเกณฑ์เพื่อให้สามารถจดทะเบียนม้าที่มีสายเลือดที่ถูกต้องได้ แม้ว่าจะไม่มีสีที่ต้องการก็ตาม ในทางกลับกัน ด้วยความแพร่หลายของ การตรวจ ดีเอ็นเอ เพื่อตรวจสอบสายเลือด ม้าหลายตัวที่เคยถูกบังคับให้จดทะเบียนเป็นสายพันธุ์สี เนื่องจากเกิดมามีสี "ผิด" และถูกมองว่าไม่เป็นที่ต้องการหรือมีสายเลือดที่น่าสงสัยโดย หน่วยงานจดทะเบียนสายพันธุ์ทั่วไปที่มี กฎเกณฑ์ การคัดกรองปัจจุบันสามารถได้รับการยอมรับให้จดทะเบียนได้แล้ว

ตัวอย่างเช่น ม้าสายพันธุ์หลักบางสายพันธุ์ เช่นอเมริกัน ควอเตอร์ฮอร์สเทนเนสซี วอล์กกิ้งฮอร์สและอเมริกัน แซดเดิลเบรดมีม้า สี พาโลมิโนหรือ ลาย พินโตรวมทั้งสีอื่นๆ อีกมากมาย อย่างไรก็ตาม สมาคมจดทะเบียนสีม้า เช่นสมาคมผู้เพาะพันธุ์ม้าพาโลมิโนหรือ สมาคมม้าพินโตแห่งอเมริกา จะรับเฉพาะม้าที่มีสีหรือลวดลายสีนั้นๆ เท่านั้น โดยไม่คำนึงถึงสายพันธุ์ของม้าเหล่านั้น ม้า สีขาว มี สมาคมจดทะเบียนสีของตัวเอง ซึ่งรวมถึง ม้า สีครีมเมลโลแต่ไม่รวม ม้า สี เทา

ม้าหลายตัวที่มีคุณสมบัติเหมาะสมสำหรับการขึ้นทะเบียนกับหน่วยงานจดทะเบียนสายพันธุ์ของตนเอง และมีสีเฉพาะที่สามารถจดทะเบียนสายพันธุ์ตามสีได้ มักจะถูก "จดทะเบียนซ้ำ" กับทั้งสององค์กร ซึ่งมักจะเพิ่มมูลค่าในการขายโดยการทำเช่นนั้น สำหรับม้าพ่อพันธุ์ การจดทะเบียนซ้ำอาจเพิ่มมูลค่าในการผสมพันธุ์ได้ด้วยการขยายกลุ่มเจ้าของม้าแม่พันธุ์ที่สนใจ

มีม้าบางสายพันธุ์ เช่นม้านอร์เวย์ฟยอร์ดม้า แอปพาลู ซาม้าอเมริกันเพนท์ ม้าฟรีเซียนและม้าฮาฟลิงเกอร์ซึ่งมีลักษณะทางกายภาพที่โดดเด่นและมีประวัติสายพันธุ์ที่บันทึกไว้ แต่โดยทั่วไปแล้วมักจะมีขนที่โดดเด่นหรือมีสีสันสวยงาม บางคนอาจมองว่าม้าเหล่านี้เป็น "สายพันธุ์สี" แต่จริงๆ แล้วเป็นสายพันธุ์ที่อิงตามประวัติสายพันธุ์ ตัวอย่างเช่น ม้าแอปพาลูซามักจะมีจุดด่าง แต่ลูกม้าที่มีสีเดียวทั้งตัวจากพ่อแม่ที่จดทะเบียนแล้วก็ยังสามารถจดทะเบียนเป็นม้าแอปพาลูซาได้เช่นกัน ในทำนองเดียวกัน ม้าอเมริกันเพนท์ที่มีสีเดียวทั้งตัวจากพ่อแม่ที่จดทะเบียนแล้วก็ยังสามารถจดทะเบียนได้เช่นกัน

ในทางกลับกัน แม้ว่าผู้เพาะพันธุ์ม้าฟรีเซียนจะจงใจผสมพันธุ์เพื่อไม่ให้มี ม้า สีน้ำตาลแดงและจะขึ้นทะเบียนเฉพาะ ม้า สีดำ เท่านั้น แต่ม้าสีดำเหล่านั้นก็ต้องเป็นม้าฟรีเซียนโดยสายเลือดเช่นกัน และไม่อนุญาตให้มีสายเลือดอื่นใดในทะเบียน เช่นเดียวกับม้าฟยอร์ดนอร์เวย์ ซึ่งทั้งหมดเป็นสีน้ำตาลอ่อน ( dun ) ที่มีเฉดสีต่างกันไป

ม้าบางสายพันธุ์ไม่รับสีบางสีที่ถือว่าเป็นสัญญาณของม้าลูกผสม ตัวอย่างเช่น นอกเหนือจาก ลวดลาย ซาบิโนและยีน สี ขาวเด่นที่ เพิ่งค้นพบ ในม้าที่มีการตรวจสอบดีเอ็นเอเพื่อพิสูจน์สายเลือดแล้ว สมาคม ม้า อาหรับ ไม่รับม้าที่มีจุดด่างทั้งหมด ม้า ฟิน น์ฮอร์สก็ถูกเพาะพันธุ์มานานหลายทศวรรษเพื่อไม่ให้มีสีอื่นนอกจากสีน้ำตาลแดง และโดยเฉพาะอย่างยิ่งเพื่อกำจัดสี "แฟนซี" เช่น สีแดงปนเทา สีเทา และสีจุดด่าง (ซาบิโน) ซึ่งถูกมองว่าเป็นตัวบ่งชี้เลือดต่างชาติ แม้ว่านโยบายนั้นจะเปลี่ยนไปแล้วก็ตาม แต่สำหรับบางสี นโยบายนี้อาจยังคงเป็นจริงอยู่ ตัวอย่างเช่น ม้าฟินน์ฮอร์สสีเทาทั้งหมดในปัจจุบันสามารถสืบย้อนกลับไปถึงม้าตัวเมียสีเทาตัวหนึ่งที่มีสายเลือดน่าสงสัย

เนื่องจากการตรวจสอบดีเอ็นเอเพื่อพิสูจน์สายเลือด ปัจจุบันสมาคมผู้เพาะพันธุ์สัตว์หลายแห่งที่เคยไม่ยอมรับสีขนบางสี ก็ยอมรับสีขนเหล่านั้นได้แล้ว ตราบใดที่สามารถพิสูจน์ได้ว่าสัตว์นั้นมีสายเลือดแท้ สีขนหลายสีนั้นถูกเพาะพันธุ์ขึ้นมาโดยเฉพาะ

• รายชื่อสายพันธุ์ม้า
• สีขนม้า
• พันธุกรรมสีขนของม้า