ตามที่ Anderson และ McVey กล่าวไว้ กองพล Diponegoro ประกอบด้วยชาวชวา เชื้อสายต่างๆ มากกว่าหน่วยอื่นๆ ในกองทัพอินโดนีเซียเมื่อเทียบกับชวาตะวันตกและชวาตะวันออก ที่อยู่ใกล้เคียง ภูมิภาคชวาตอนกลางซึ่งเป็นที่ตั้งกองบัญชาการของกองพล Diponegoro มีวัฒนธรรมดั้งเดิมมากกว่า เนื่องจากภูมิภาคนี้ "เป็นศูนย์กลางอำนาจทางการเมืองในชวามานานหลายศตวรรษ" ผู้อยู่อาศัยจึงเชื่อว่าตำแหน่งของตน "ถูกจาการ์ตา แย่งชิงไป " ^{[ 9 ]}ความไม่เท่าเทียมกันนี้ส่งผลให้เกิดความเป็นปรปักษ์ระหว่างนายทหารที่ยึดมั่นในคุณค่าดั้งเดิมของชาวชวาและขบวนการปฏิวัติ กับนายทหารเสนาธิการกองทัพบกที่ "มีสติปัญญา" มากกว่าและได้รับการศึกษาตามแบบดัตช์ Anderson และ McVey สังเกตว่านายทหารที่ยึดมั่นในประเพณีมากกว่าเชื่อว่า "การเป็นทหารนั้นไม่ใช่เรื่องของเทคนิคและทักษะมากนัก แต่เป็นการพัฒนาคุณธรรมและจิตวิญญาณผ่านการบำเพ็ญตบะ แบบสมัยใหม่ " ^{[ 10 ]}เจ้าหน้าที่ของกองพลดิโปเนโกโรมีผู้เห็นอกเห็นใจจำนวนมากในหลายเหล่าทัพทั้งภายในและภายนอกเมืองหลวง รวมถึงพันโทอุนตุง ซยัมซูรีแห่งหน่วยองครักษ์ประธานาธิบดี ด้วยข่าวลือที่ว่าสมาชิกของกองบัญชาการทหารสูงสุดทำงานร่วมกับหน่วยข่าวกรองกลาง ของสหรัฐฯ [ ^{11 ]}กลุ่มเจ้าหน้าที่จากกองพลดิโปเนโกโรจึงวางแผนที่จะทำการจู่โจมหลายครั้งเพื่อลักพาตัวสมาชิกของกองบัญชาการทหารสูงสุดไปเป็นตัวประกันหรือสังหาร พวกเขาเชื่อว่าประธานาธิบดี^ซูการ์โนซึ่งอุนตุงจะเตือนถึงการรัฐประหารที่กำลังจะเกิดขึ้นโดยกองบัญชาการทหารสูงสุด จะถูกชักจูงให้สนับสนุนกลุ่มรัฐประหารของดิโปเนโกโร ในขณะที่กองทัพ "ถูกทำลายล้างในระดับผู้นำมากเกินไปจนไม่สามารถทำอะไรได้นอกจากยอมจำนน" ^{[ 12 ]}

เจ้าหน้าที่เข้าใจว่า "โอกาสเดียวในรอบปีที่กองกำลังดิโปเนโกโรสามารถอยู่ในจาการ์ตาได้อย่างถูกต้องตามกฎหมายคือขบวนพาเหรดและการแสดงประจำปีที่จัดโดยหน่วยพลร่ม หน่วยทหารม้า หน่วยยานเกราะ และหน่วยอื่นๆ เนื่อง ใน วันกองทัพ 5 ตุลาคม" ^{[ 13 ]} หลังจากได้รับการสนับสนุนจาก กองทัพอากาศอินโดนีเซียจำนวนหนึ่งเจ้าหน้าที่จึงตัดสินใจใช้ฐานทัพอากาศฮาลิม เปอร์ดานากุสุมาเป็นสถานที่ที่จะอพยพซูการ์โนไป นอกจากนี้ พวกเขายังขอความช่วยเหลือจากเยาวชนหัวรุนแรงคอมมิวนิสต์เพื่อรักษาความปลอดภัยให้กับฐานทัพทั่วเมือง^{[ 14 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์ตั้งทฤษฎีว่าคืนวันพฤหัสบดีที่ 30 กันยายนถูกเลือกสำหรับการปฏิบัติการเพราะเป็นช่วงเวลาของสัปดาห์ที่ "ตามความเชื่อของชาวชวาโดยทั่วไป พลังเวทมนตร์จะออกอาละวาด และความแข็งแกร่งและการสนับสนุนทางจิตวิญญาณจะได้รับได้ง่ายที่สุด" ^{[ 15 ]}พวกเขายังค้นพบหลักฐานเพิ่มเติมว่าอย่างน้อย "ผู้นำที่โดดเด่น" สองคนนอกเหนือจากซูการ์โนถูกอพยพไปยังฮาลิม เปอร์ดานากุสุมา ได้แก่ ผู้บัญชาการกองทัพอากาศโอมาร์ ดานีและประธานพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย ดีปา นูซันตารา ไอดิต แอนเดอร์สันและแมคเวย์เสนอแนะว่าการปรากฏตัวของไอดิตจะ "พิสูจน์ให้ประธานาธิบดีเห็นว่าพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียมีส่วนเกี่ยวข้องกับเรื่องนี้อย่างแยกไม่ออก และดังนั้นหากเขาต้องการรักษา 'แนวทางฝ่ายซ้าย' ของเขาไว้ [...] เขาไม่มีทางเลือกอื่นนอกจากต้องออกมา" ต่อต้านสภานายพล^{[ 16 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์เน้นย้ำว่าในการประกาศเมื่อเช้าวันที่ 1 ตุลาคม "อุนตุงเน้นย้ำซ้ำแล้วซ้ำเล่าว่าการเคลื่อนไหว 30 กันยายนเป็นเรื่องภายในกองทัพล้วนๆ" ด้วยเหตุนี้ การเคลื่อนไหวจึงไม่เห็นว่าจำเป็นต้อง "บังคับใช้การควบคุมสื่อในรูปแบบใดๆ หรือแม้แต่การระดมกำลังสื่อใดๆ เป็นพิเศษ" ^{[ 17 ]}ในประกาศดังกล่าว อุนตุงยืนยันว่า “พรรคการเมือง องค์กรประชาชน หนังสือพิมพ์ และวารสารทั้งหมดสามารถดำเนินการต่อไปได้” จนกว่าจะถึงเวลาที่พวกเขาจำเป็นต้อง “ประกาศความจงรักภักดีต่อสภาปฏิวัติอินโดนีเซีย” ^{[ 4 ]}

เพื่อที่จะช่วงชิงความได้เปรียบทางการเมือง ซูการ์โนปฏิเสธที่จะตัดสินใจใดๆ จนกว่าเขาจะได้รับอนุญาตให้ติดต่อกับเพื่อนและที่ปรึกษาทางการเมือง ด้วยความที่ไม่มีเหตุผลให้สงสัยซูการ์โนหรือการควบคุมจาการ์ตาของพวกเขา อุนตุงและคนของเขาจึงอนุญาตให้ประธานาธิบดีสื่อสารผ่านผู้ส่งสาร^{[ 18 ]}ผู้ส่งสารคนหนึ่งได้ส่งข้อความที่อ่านผ่านวิทยุสาธารณรัฐอินโดนีเซีย (RRI) เวลา 13.15  น. ว่าซูการ์โนไม่ได้ถูกคุมขังโดยขบวนการของอุนตุง ซึ่ง "มีน้ำหนักมากกว่าสิ่งที่อุนตุงเองจะพูดได้" เพราะคำแถลงดังกล่าวออกโดยมีลายเซ็นของหัวหน้าฝ่ายความมั่นคงของประธานาธิบดี^{[ 19 ]}ผู้ส่งสารยังถูกส่งไปยังพลตรีปราโนโต เร็กโซซามุดราและอุมาร์ วิราฮาดิกุสุมาห์เพื่อเรียกพวกเขาไปพบกับฮาลิม เปอร์ดานากุสุมาเพื่อหารือเกี่ยวกับการเป็นผู้นำกองทัพชุดใหม่^{[ 18 ]}ผู้ส่งสารคนหนึ่งได้เดินทางไปถึงพลตรีซูฮาร์โตซึ่งเข้ารับตำแหน่งผู้บัญชาการกองทัพ และซูการ์โนต้องการหลีกเลี่ยงเขาเนื่องจาก "ความคิดที่เป็นอิสระและบุคลิกที่ทรงพลัง" ของเขา^{[ 20 ] [ 21 ]}เขาปฏิเสธที่จะอนุญาตให้อูมาร์หรือปราโนโตเดินทางไปยังฮาลิม เปอร์ดานากุสุมา และแอนเดอร์สันและแมคเวย์เชื่อว่าซูการ์โนตระหนักได้ว่า "ซูฮาร์โตคงสงสัยว่าเขาเป็นผู้บงการเรื่องทั้งหมด" ^{[ 22 ]}หลังจากยึดสถานี RRI และรักษาความปลอดภัยในเมืองหลวง ซูฮาร์โตได้ยื่นคำขาดต่อกลุ่มของอุนตุงที่ฮาลิม เปอร์ดานากุสุมา ซูการ์โนปฏิเสธที่จะติดตามอุนตุงไปต่อสู้ครั้งสุดท้ายที่กองบัญชาการกองพลดิโปเนโกโรในชวาตอนกลาง และถอยกลับไปยังพระราชวังโบกอร์ซึ่งเขาถูกควบคุมตัวโดยกองทัพ^{[ 23 ]}แม้ว่าซูการ์โนจะไม่ได้รับอนุญาตให้ทำการออกอากาศส่วนตัวใดๆ แต่ซูฮาร์โตประกาศว่ากองทัพยังคงจงรักภักดีต่อประธานาธิบดี ในที่สุดเขาก็ตกลงที่จะมอบ "ความรับผิดชอบแต่เพียงผู้เดียวในการฟื้นฟูความมั่นคงและระเบียบ" ให้แก่พลตรีซูฮาร์โต^{[ 24 ]}ภายในวันที่ 5 ตุลาคม กองทัพได้ยุติการเคลื่อนไหวต่อต้านทั้งหมดในชวาตอนกลาง^{[ 25 ]}

เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม หนังสือพิมพ์Harian Rakjat ของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย ได้ตีพิมพ์บทบรรณาธิการซึ่งในที่สุดจะถูกนำมาใช้เป็นหลักฐานว่าพรรคคอมมิวนิสต์ได้วางแผนการรัฐประหารโดยอุนตุงและกลุ่มของเขา แอนเดอร์สันและแมคเวย์ตั้งข้อสังเกตว่าHarian Rakjat “ภาคภูมิใจในบทบรรณาธิการที่เขียนได้ดีและมีเหตุผลอย่างน่าเชื่อฟัง” แต่บทบรรณาธิการดังกล่าว “ไม่ใช่ผลงานชิ้นเอกในด้านรูปแบบหรือความชัดเจน” ^{[ 26 ]}พวกเขาเชื่อว่า “บทบรรณาธิการที่ลังเลและโง่เขลา” ทำให้กองทัพมีโอกาสที่จะโยนความผิดเรื่องการรัฐประหารไปให้พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย นับตั้งแต่การรัฐประหาร แอนเดอร์สันและแมคเวย์ตั้งข้อสังเกตว่าความสำเร็จของกองทัพในการกล่าวโทษพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียนั้น “เป็นเพราะการมีส่วนร่วมของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียจริง ๆ แม้ว่าจะสับสนก็ตาม และเพราะทุกกลุ่มที่อยู่ในอำนาจในขณะนี้ต้องการเชื่อเช่นนั้น เนื่องจากเป็นเวลาหลายปีที่พวกเขาใช้ชีวิตอยู่ด้วยความหวาดกลัวที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ต่อการยึดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียที่อาจเกิดขึ้นได้” ^{[ 27 ]}เพื่อสรุปการสังเกตการณ์เหตุการณ์ในช่วงและหลังการรัฐประหาร แอนเดอร์สันและแมคเวย์กล่าวว่า "ที่นี่ไม่ใช่สถานที่ที่จะลงรายละเอียดเกี่ยวกับการรณรงค์ต่อต้านคอมมิวนิสต์ที่เกิดขึ้นหลังจากการรัฐประหารของกองทัพเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม" อย่างไรก็ตาม พวกเขาเชื่อว่าการรัฐประหารและเหตุการณ์ที่ตามมานั้นก่อให้เกิด "ปรากฏการณ์ทางการเมืองที่แยกจากกันอย่างสิ้นเชิง" แม้ว่าจะ "มีความสัมพันธ์กันอย่างใกล้ชิด" ก็ตาม แอนเดอร์สันและแมคเวย์เชื่อเช่นนั้นเพราะไม่มีความรุนแรงเกิดขึ้นเป็นเวลาสามสัปดาห์ ซึ่งสิ้นสุดลงในวันที่ 21 ตุลาคม เมื่อกลุ่มเยาวชนคอมมิวนิสต์ปะทะกับกองพันทหารพลร่ม ( อินโดนีเซีย: Resimen Para Komando Angkatan Daratหรือย่อว่า RPKAD) ในเขตโบโยลาลี^{[ 28 ]}

การตีความทางเลือกแรกของเหตุการณ์วันที่ 1 ตุลาคม 1965 คือ "การรัฐประหารที่จะนำพรรคคอมมิวนิสต์ขึ้นสู่อำนาจ" กองทัพอินโดนีเซียใช้ข้อกล่าวหานี้กล่าวโทษพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย (และในบางกรณี รัฐมนตรีต่างประเทศซูบันดริโอ ) ว่าพยายามสร้างรัฐบาลหุ่นเชิดที่จะยอมจำนนต่อการควบคุมของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในที่สุด อย่างไรก็ตาม แอนเดอร์สันและแมคเวย์แสดงความสงสัยว่าพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียจะพิจารณาใช้ความรุนแรงเป็นแนวทางในการดำเนินการ เพราะ "มันจะเกี่ยวข้องกับการเผชิญหน้ากับกองกำลังทหารที่เหนือกว่าอย่างมาก และอาจทำให้ประธานาธิบดีไปเป็นพันธมิตรกับกองทัพ" ตามที่แอนเดอร์สันและแมคเวย์กล่าว พวกเขาได้รับข้อมูลแรงจูงใจที่เป็นไปได้สามประการหากทฤษฎีนี้เป็นจริง ประการแรกคือ พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียได้รับข้อมูลเกี่ยวกับ สุขภาพที่ย่ำแย่ของ ซูการ์โนและเกรงว่ากองทัพจะกวาดล้างพรรคหลังจากที่เขาเสียชีวิต อย่างไรก็ตาม ผู้เขียนเชื่อว่าการเคลื่อนไหวเชิงรุกเช่นนี้จะต้องรับประกันได้ว่าข้อมูลนั้นถูกต้อง หากซูการ์โนไม่เสียชีวิตทันทีหลังจากการรัฐประหาร พันธมิตรระหว่างประธานาธิบดีและกองทัพจะพิสูจน์ได้ว่าจะเป็นหายนะสำหรับพรรค^{[ 30 ]}ประการที่สอง มีการเสนอแนะว่ารัฐบาลคอมมิวนิสต์แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีนได้กดดันพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียให้ดำเนินการดังกล่าวหลังจากเกิดความขัดแย้งกับวิธีการสันติของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในการได้รับการสนับสนุนจากประชาชน^{[ 31 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์โต้แย้งว่า "ชาวจีนไม่ใช่ผู้ที่ชอบเสี่ยง และพวกเขาไม่เต็มใจที่จะเสียสละความสัมพันธ์ที่ดีกับอำนาจที่ไม่ใช่คอมมิวนิสต์เพื่อผลประโยชน์ในการส่งเสริมการปฏิวัติในท้องถิ่นที่มีโอกาสน้อย" แรงจูงใจสุดท้ายที่เสนอแนะคือพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในความเชื่อคอมมิวนิสต์ของตนนั้น "ถูกขับเคลื่อนด้วยความทะเยอทะยานที่มากเกินไปและความต้องการโดยกำเนิดที่จะแสดงออกด้วยความรุนแรง" ซึ่งผู้เขียนยืนยันว่าเป็น "ตำนาน" มากกว่า "การวิเคราะห์" ^{[ 32 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์โต้แย้งข้อเสนอเหล่านี้เพิ่มเติมโดยให้เหตุผลว่า PKI ซึ่งสร้างภาพลักษณ์ที่ดีภายใต้การนำของDipa Nusantara Aiditจะไม่เสี่ยงตำแหน่งของตนเพื่อหวังความล้มเหลว^{[ 33 ]}

ทางเลือกที่สองนอกเหนือจากการตีความของแอนเดอร์สันและแมคเวย์คือ แทนที่จะวางแผนปฏิบัติการ “พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย (PKI) มีบทบาทในระดับหนึ่ง โดยการโน้มน้าวประธานาธิบดีโดยตรงหรือโดยอ้อม ให้พยายามกำจัด ศัตรูทางทหารของเขาและของพวกเขา ทั้งหมด ” การวางแผนหลักของปฏิบัติการจะดำเนินการโดยซูการ์โน ซึ่งมีแรงจูงใจที่จะกำจัดสมาชิกเสนาธิการกองทัพบกที่ต่อต้านแนวคิดของเขาเกี่ยวกับรัฐ “ นาซาคอม ” ( อินโดนีเซีย: Nasionalis, Agama, dan Komunis ; อังกฤษ: Nationalist, Religious, and Communist ) ^{[ 34 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์โต้แย้งทฤษฎีนี้โดยการวิเคราะห์ภัยคุกคามต่อความเป็นผู้นำของซูการ์โนก่อนการพยายามก่อรัฐประหาร โดยเชื่อว่า “สมมติฐานหลักของทฤษฎีนี้—ความล้มเหลวของซูการ์โนในการมีอิทธิพลต่อความเป็นผู้นำทางการเมืองของกองทัพในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา—เป็นที่น่าสงสัย” ^{[ 35 ]}พวกเขายังตั้งคำถามเพิ่มเติมว่าเหตุใดแทนที่จะปลดนายพลออกโดยเร็วที่สุด ประธานาธิบดีกลับเลือกที่จะลักพาตัว "อย่างหยาบคายเช่นนี้ [...] จากมุมมองทางการเมือง" จากมุมมองของแอนเดอร์สันและแมคเวย์ "ซูการ์โนทำให้ตัวเองตกอยู่ในสถานการณ์ที่ลำบากที่ฮาลิมและใช้เวลาทั้งวันอยู่ที่นั่นอย่างงุ่มง่าม" ^{[ 36 ]}

ในการตัดความเป็นไปได้ที่ซูการ์โนและ/หรือพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย (PKI) จัดเหตุการณ์เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2508 แอนเดอร์สันและแมคเวย์ได้พิจารณาทางเลือกเพิ่มเติมอีกสองทาง ทางแรกคือการเคลื่อนไหวอย่างอิสระของอุนตุงและขบวนการของเขาเพื่อยึดอำนาจและปลดสมาชิกของคณะเสนาธิการทหารบกเนื่องจาก "แนวคิดตะวันตก" " ความคิด แบบเมนเต็ง " และ "การขัดขวางความพยายามของซูการ์โน" โดยไม่ต้องการการสนับสนุนจากประชาชน^{[ 37 ]}หากอุนตุงและคนของเขาไม่ต้องการให้ขบวนการพลเรือนเข้ามาเกี่ยวข้องเพื่อป้องกันไม่ให้ความพยายามก่อรัฐประหารถูกกองทัพขัดขวาง แอนเดอร์สันและแมคเวย์เชื่อว่าซูการ์โนต้องเป็นบุคคลสำคัญ นี่คือทางเลือกสุดท้าย ซึ่งประธานาธิบดีกระทำการโดยฉับพลันหลังจากถูกอุนตุงและคนของเขากระตุ้นให้กระทำการต่อต้านคณะเสนาธิการทหารบกโดยที่เขาไม่รู้ว่าข่าวลือเรื่องการก่อรัฐประหารที่กำลังจะเกิดขึ้นนั้นเป็นเท็จ^{[ 38 ]}แอนเดอร์สันและแมคเวย์โต้แย้งทฤษฎีนี้อีกครั้ง เพราะในกรณีที่ซูการ์โนต้องการกำจัดฝ่ายตรงข้าม "แน่นอนว่านายพลหลายคนจะต้องได้รับการจัดการ โดยเฉพาะซูฮาร์โตและ[ อุมาร์ วิราฮาดิกุสุมะห์] "

เราคิดว่าการเผยแพร่การตีความนี้เป็นสิ่งสำคัญ แม้ว่าปัจจุบันจะยังไม่สมบูรณ์ก็ตาม เพราะการสนับสนุนที่เราระบุว่าเป็นสาเหตุของการรัฐประหารนั้นไม่ใช่สิ่งที่โดยทั่วไปเคยพิจารณา และเราเกรงว่าหากเรารอจนกว่าจะมีการเขียนประวัติศาสตร์ที่แน่ชัด ร่องรอยของกลุ่มนี้และกลุ่มอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องอาจถูกลบออกไปจากหน้าประวัติศาสตร์ได้สำเร็จ

แอนเดอร์สันและแมคเวย์ทำสำเนาเอกสารจำนวน 20 ชุดโดยใช้เครื่องถ่ายเอกสารและแจกจ่ายให้กับนักวิชาการและเจ้าหน้าที่ทั้งในและนอกมหาวิทยาลัยคอร์เนลล์ เพื่อขอความคิดเห็นและคำวิจารณ์ เนื่องจากเอกสารมีความละเอียดอ่อน พวกเขาจึงขอให้เก็บเนื้อหาไว้เป็นความลับ การตัดสินใจนี้เกิดขึ้นหลังจากพิจารณาถึงความปลอดภัยของเพื่อนร่วมงานและอดีตนักศึกษาที่ทำงานในอินโดนีเซีย เนื่องจากเกรงว่าพวกเขา "อาจต้องรับผิดชอบต่อความคิดเห็นที่แสดงในเอกสาร" แม้ว่าผู้เขียนจะขอร้องไว้แล้ว แต่เอกสารอย่างน้อยหนึ่งชุดก็ถูกทำซ้ำและเผยแพร่ต่อไป จนกลายเป็นที่รู้จักในชื่อ "เอกสารคอร์เนลล์" ^{[ 5 ]}

การมีอยู่ของเอกสารดังกล่าวกลายเป็นที่รู้จักในวงกว้างหลังจากที่Joseph Kraft จากThe Washington Postได้ตีพิมพ์บทความเมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2509 โดยรายงานเนื้อหาของ "การศึกษาเหตุการณ์ล่าสุดในอินโดนีเซียโดยกลุ่มนักวิชาการที่มหาวิทยาลัยคอร์เนลล์" ^{[ 39 ] [ 40 ]}หลายวันต่อมา The Postได้ตีพิมพ์จดหมายจาก Kahin ที่วิพากษ์วิจารณ์ Kraft ที่ "ก้าวไปไกลเกินกว่าการอภิปรายเหตุการณ์ในช่วงต้นเดือนตุลาคมเพื่อคาดเดาถึงพัฒนาการล่าสุด" เขาอธิบายว่าเอกสารดังกล่าวเป็น "ความพยายามเบื้องต้น [...] ในการสร้างเหตุการณ์ที่สับสนวุ่นวายรอบการรัฐประหารขึ้นใหม่" และ "ไม่ได้อภิปรายหรือคาดเดาถึงเหตุการณ์ใดๆ ที่เกิดขึ้นในภายหลัง" ^{[ 41 ]}ตามที่ Kahin กล่าว เอกสารดังกล่าวถูก "อ้างอิงผิดดัดแปลงและบิดเบือน" บ่อยครั้ง ^{[ 42 ]}นักวิชาการและนักข่าวที่ขอสำเนาการศึกษาจากคอร์เนลล์ถูกปฏิเสธ แต่หลายคนได้รับเอกสารสี่หน้าชื่อสมมติฐานเกี่ยวกับต้นกำเนิดของการวิเคราะห์การรัฐประหารและเข้าใจผิดว่าเป็นเอกสารจริง^{[ 43 ]}บทความฉบับอื่น ๆ ของวิทยานิพนธ์ฉบับนี้ได้รับการตีพิมพ์โดยDaniel Lev ผู้สำเร็จการศึกษาจาก Cornell ในวารสาร Asian Surveyฉบับเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2509 และโดย Lucien Rey ในวารสารNew Left Review ของอังกฤษ ในเดือนถัดมา ในหนังสือThe Communist Collapse in Indonesia ปี พ.ศ. 2512 ผู้เขียนArnold Brackmanระบุว่า Lucien Rey เป็น " นามแฝงของบุคคลที่ตามเนื้อหาของบทความแล้ว ต้องสามารถเข้าถึง 'Cornell Paper' อย่างน้อยหนึ่งฉบับ" ^{[ 44 ]}

แม้กระทั่งในปี 1969 ที่บอสตัน ในการประชุมของสมาคมเอเชียศึกษาและคณะกรรมการนักวิชาการเอเชียผู้ห่วงใยที่เพิ่งก่อตั้งขึ้นใหม่ ก็มีการจัดอภิปรายเกี่ยวกับเหตุการณ์วันที่ 30 กันยายน ซึ่งไม่มีผู้เข้าร่วมคนใดอ้างถึง "เอกสารคอร์เนลล์" เลย แม้ว่าเราจะสามารถสันนิษฐานได้ว่าพวกเขาทุกคนต่างรับรู้ถึงการมีอยู่ของเอกสารดังกล่าว การที่ไม่นำสถานการณ์นี้มาเปิดเผยนั้นไม่ยุติธรรมต่อคนรุ่นใหม่ นักวิชาการรุ่นใหม่ และนักศึกษาที่เข้าร่วมโครงการอินโดนีเซียสมัยใหม่ซึ่งไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเอกสารนั้นเลย

เพื่อขจัดความเข้าใจผิดใดๆ เกี่ยวกับผลการวิจัยและเพื่อให้ผู้อ่านสามารถประเมินเอกสารได้อย่างอิสระ ในที่สุดโครงการ Cornell Modern Indonesia Project จึงได้ตีพิมพ์เอกสารฉบับเต็มในปี 1971 โดยเมื่อพิจารณาสภาพการณ์ทางการเมืองที่ไม่มั่นคงของอินโดนีเซียตั้งแต่เหตุการณ์ในปี 1965คาฮินได้เขียนคำนำในการตีพิมพ์ว่า "อาจต้องใช้เวลาอีกสักระยะกว่าจะสามารถเขียนบทวิเคราะห์ที่ครอบคลุมและสมเหตุสมผลได้" ^{[ 45 ]}

ภายใต้การกำกับดูแลของNugroho Notosusantoแห่งศูนย์ประวัติศาสตร์กองทัพ อินโดนีเซียได้ตีพิมพ์รายงานฉบับแรกเกี่ยวกับการรัฐประหารในปี 1966 ซึ่ง "ส่วนใหญ่เป็นฉบับรวมของโฆษณาชวนเชื่อของกองทัพที่จัดทำ 'หลักฐาน' ว่าความพยายามรัฐประหารเป็น แผนการ ของคอมมิวนิสต์ " ^{[ 46 ]}ในปี 1967 Guy Pauker นักวิเคราะห์กิจการอินโดนีเซียของRAND Corporationได้แจ้งให้กองทัพทราบถึงการมีอยู่ของ "Cornell Paper" และทฤษฎีที่เสนอ ตามที่ Katharine E. McGregor นักวิชาการ จากมหาวิทยาลัยเมลเบิร์น กล่าว RAND Corporation ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลสหรัฐฯ "ได้ดำเนินการอย่างชัดเจนเพื่อช่วยให้ ระบอบ New Orderปกป้องเวอร์ชันของการรัฐประหารและด้วยเหตุนี้จึงปกป้องความชอบธรรมของตน" ^{[ 47 ]} นูโกรโฮ ร่วมกับพันโทอิสมาอิล ซาเลห์และเปาเกอร์ทำงานเพื่อตีพิมพ์รายงานของกองทัพฉบับภาษาอังกฤษระหว่างการเยือนแคลิฟอร์เนียในปี 1967 คำนำของสิ่งพิมพ์ระบุว่าเขียนขึ้นเพื่อตอบโต้ "การรณรงค์ที่ดำเนินการโดยกลุ่มบางกลุ่มในประเทศตะวันตกต่อต้านรัฐบาลระบอบใหม่" งานเขียนนี้โต้แย้งว่าความพยายามก่อรัฐประหารไม่ใช่เรื่องภายในกองทัพ หลังจากพิจารณาคำให้การของสมาชิก PKI ที่ให้ไว้ในระหว่างการพิจารณาคดีทางทหารหลายครั้ง^{[ 48 ]}

เมื่อคาฮินเดินทางไปเยือนอินโดนีเซียในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2510 เขาได้พบกับเจ้าหน้าที่ข่าวกรองที่รับผิดชอบในการประสานงานการสอบสวนนักโทษการเมืองและจัดทำรายงานอย่างเป็นทางการของรัฐบาลเกี่ยวกับเหตุการณ์เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2508 คาฮินได้ขอ "เอกสารที่เกี่ยวข้องมากกว่านี้" เกี่ยวกับเหตุการณ์ดังกล่าวเพื่อสร้างรายงานและการวิเคราะห์การรัฐประหารที่ "สมบูรณ์และเป็นวิชาการมากขึ้น" ^{[ 49 ]}เขาได้ยื่นคำขอที่คล้ายกันต่ออัยการทหารสูงสุด คาบูล อาริฟิน และทั้งสองคนสัญญาว่าจะจัดหาเอกสารที่จำเป็นสำหรับการจัดทำเอกสารที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้น อย่างไรก็ตาม รัฐบาลไม่เคยจัดหาเอกสารให้ และแม้ว่าคาฮินจะยื่นคำขอครั้งสุดท้ายในปี พ.ศ. 2514 โครงการอินโดนีเซียสมัยใหม่ของคอร์เนลล์ก็ได้เผยแพร่รายงานของแอนเดอร์สันและแมคเวย์โดยไม่มีรายงานของรัฐบาลประกอบ คาฮินเชื่อว่าคำสัญญาที่เจ้าหน้าที่ที่สนทนากับเขาให้ไว้นั้น "ถูกลบล้างโดยอำนาจที่สูงกว่า" ^{[ 42 ]}รัฐบาลอินโดนีเซียยังพยายามโน้มน้าวให้แอนเดอร์สันแก้ไขผลการศึกษาให้ตรงกับรายงานอย่างเป็นทางการที่ซูฮาร์โตและเจ้าหน้าที่ของเขาเผยแพร่ระหว่างการเยือนประเทศในปี พ.ศ. 2510 และ พ.ศ. 2511 อย่างไรก็ตาม เขาตั้งคำถามถึงความถูกต้องและความน่าเชื่อถือของรายงานเหล่านั้น^{[ 50 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2518 สิบปีหลังจากเหตุการณ์ดังกล่าว และหลังจากที่ซูฮาร์โตได้ขึ้นเป็นประธานาธิบดี รัฐบาลอินโดนีเซียได้ส่งคณะผู้แทน "ทหารและปัญญาชนของรัฐบาล" นำโดยเจ้าหน้าที่หน่วยข่าวกรองอาลี มูร์โตโปและเบนนี มอร์ดานีเพื่อนำเสนอข้อมูลสรุปเกี่ยวกับการรัฐประหารและเหตุการณ์ที่นำไปสู่การรัฐประหาร ในการประชุมส่วนตัวกับคาฮิน แอนเดอร์สัน แมคเวย์ และบันเนลล์ คณะผู้แทนได้ให้สัญญาว่าจะส่งมอบเอกสารที่ร้องขอในช่วงแปดปีที่ผ่านมาโดยทันทีหลังจากกลับไปยังจาการ์ตา^{[ 42 ]}ในวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2519 คณะผู้แทนของมอร์ดานีได้เดินทางมาถึงพร้อมกับเอกสารบันทึกการพิจารณาคดีของผู้สมรู้ร่วมคิดในการรัฐประหาร กว่า 200 ปอนด์ แต่ไม่ได้ส่งมอบเอกสารที่ร้องขอ ^{[ 51 ]} เพื่อตอบสนองต่อคำขออย่างต่อเนื่องของคาฮินและการต่อต้านของแอนเดอร์สัน รัฐบาลจึงได้ขึ้น บัญชีดำทั้งสองคนและปฏิเสธการเข้าประเทศของพวกเขา^{[ 42 ] [ 50 ]}แม้ว่าคำสั่งห้ามเดินทางของคาฮินจะถูกยกเลิกในปี 1991 ^{[ 51 ]}แอนเดอร์สันก็ไม่สามารถเข้าประเทศอินโดนีเซียได้จนกระทั่งปี 1999 หลังจากซูฮาร์โตลาออกจากตำแหน่ง^{[ 50 ]}