แถลงการณ์ของสภาได้ระบุถึงกำหนดการสำหรับการฟื้นฟูรัฐบาลพลเรือนและการเลือกตั้ง โดยระบุว่า “รัฐธรรมนูญชั่วคราวจะถูกประกาศใช้ภายในสองสัปดาห์ และในที่สุดรัฐบาลพลเรือนก็จะถูกจัดตั้งขึ้น” “กลไกสำหรับการปฏิรูปประชาธิปไตยจะได้รับการฟื้นฟูในไม่ช้า จะมีการจัดตั้งสภานิติบัญญัติ ซึ่งมีหน้าที่ในการออกกฎหมายและการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ กระบวนการนี้ ซึ่งจะนำไปสู่การเลือกตั้งทั่วไป ควรจะแล้วเสร็จภายในหนึ่งปี” ^{[ 20 ]}ดูรัฐบาลพลเรือนชั่วคราวของประเทศไทย พ.ศ. 2549

หลังจากการเลือกตั้งทั่วไป คณะทหารจะถูกยุบและแทนที่ด้วยสภาความมั่นคงแห่งชาติ^{[ 21 ]} "จำเป็นต้องรักษาสภาไว้เพื่อไม่ให้มีช่องโหว่สำหรับฝ่ายบริหาร" พลเอก สนธิ บุญยรัตน์ลิน กล่าวกับ AFP ^{[ 22 ]}

คณะรัฐบาลทหารได้เริ่มดำเนินการปลดบุคคลที่ได้รับการแต่งตั้งจากรัฐบาลทักษิณออกจากราชการพลเรือน รวมถึงเพื่อนร่วมชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 10 ของทักษิณที่โรงเรียนเตรียมทหารด้วย นายทหารที่ถูกโอนย้ายไปประจำตำแหน่งที่ไม่ปฏิบัติหน้าที่ ได้แก่ พลเอกพรชัย กรันเลิศ ผู้ช่วยผู้บังคับบัญชาการทหารบก พลโทจิรสิทธิ์ เกษโกมล ผู้บัญชาการกองทัพภาคที่ 1 พลตรีปริญ สุวรรณธัต ผู้บัญชาการกองทัพภาคที่ 1 พลโทอนุพงษ์ เปาจินดา ผู้บัญชาการกองทัพภาคที่ 1 พลตรีปริญ สุวรรณธัต พลโทจิรสิทธิ์ เกษโกมล พลตรีเรืองศักดิ์ ทองดี พลตรีสนิท พรหมมาส และพลตรีมนัส เปาริก ส่วนพลเอกเลิศรัตน์ รัตตวานิช ซึ่งถือว่าใกล้ชิดกับรัฐบาลทักษิณ ได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นผู้ตรวจราชการทหาร ซึ่งเป็นตำแหน่งเชิงพิธีการ^{[ 13 ]}

สมชาย วงศ์สวัสดิ์ ปลัดกระทรวงแรงงาน น้องเขยของทักษิณ ชินวัตร ถูกจับกุมและถูกควบคุมตัวอยู่ที่ชั้นสองของอาคารกองบัญชาการทหารบก^{[ 23 ]}

นอกจากนี้ ยังมีการโยกย้ายเจ้าหน้าที่ตำรวจระดับสูงอีก 18 นาย ซึ่งคณะรัฐบาลทหารอ้างว่าอาจเป็นภัยคุกคามต่อความมั่นคงของชาติหากยังคงอยู่ในตำแหน่งปัจจุบัน ได้แก่ พลตำรวจโท ถวร ชันยิม ผู้บัญชาการตำรวจพิเศษ พลตำรวจโท สุวัต ธำรงศรีสกุล ผู้บัญชาการตำรวจตรวจคนเข้าเมือง พลตำรวจโท สถาพร ดวงแก้ว ผู้บัญชาการตำรวจภาค 4 พลตำรวจโท มนตรี จำโรน ผู้บัญชาการสำนักงานสอบสวนกลาง พลตำรวจตรี วินัย ทองสง ผู้บัญชาการกองปราบปราม พลตำรวจตรี สุเมธ รวงสวัสดิ์ ผู้บัญชาการตำรวจนครบาล 191 พลตำรวจตรี โกสิน หินเทา ผู้บัญชาการตำรวจนครบาล 5 พลตำรวจตรี บุญทรง ปานิชัตถ์ ผู้บัญชาการตำรวจนครบาล 7 และพลตำรวจตรี อรรถกฤต ตรีชาติ ผู้บัญชาการตำรวจพิเศษ 3 ปัจจุบัน พลตำรวจตรี อรรถกฤต ตรีชาติ กำลังรักษาความปลอดภัยให้ทักษิณอยู่ที่ลอนดอน^{[ 14 ]}

สุรสิทธิ์ สังขพงษ์ ผู้อำนวยการสำนักงานสลากกินรัฐบาลและผู้ช่วยของทักษิณ ลาออกเพื่อให้ผู้ตรวจสอบบัญชีทั่วไปจารุวัน ไมนทากาดำเนินการสอบสวนข้อกล่าวหาเรื่องความไม่ปกติ^{[ 24 ]}

ผู้ว่าราชการจังหวัดที่ถือเป็น ฐานอำนาจทางการเมือง ของพรรคไทยรักไทยถูกโอนย้ายไปจังหวัดเล็กกว่าหรือแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งที่ไม่ใช้งานในกระทรวงมหาดไทย ซึ่งรวมถึงผู้ว่าราชการจังหวัดเชียงใหม่ เชียงราย ขอนแก่น บุรีรัมย์ พัทลุง สตูล สุรินทร์ กำแพงเพชร สุโขทัย และสมุทรปราการ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยอารี วงศ์อารยะปฏิเสธว่าการโยกย้ายดังกล่าวมีแรงจูงใจทางการเมือง^{[ 25 ]}อย่างไรก็ตาม การปรับเปลี่ยนตำแหน่งดังกล่าวถูกมองอย่างกว้างขวางว่าเป็นความพยายามที่จะลดบทบาทของผู้ที่มีความเชื่อมโยงกับรัฐบาลที่ถูกโค่นล้ม ปลัดกระทรวงมหาดไทย พงษ์พยม วษโสภาติ ยังกล่าวอีกว่า การโอนย้ายดังกล่าวทำขึ้นเพื่อ "ลดอิทธิพลที่เกี่ยวข้องกับตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดที่ริเริ่มโดย พรรค ไทยรักไทยการโอนย้ายมีจุดมุ่งหมายเพื่อให้รัฐบาล [สุรยุทธ] สามารถดำเนินงานได้ง่ายขึ้น" ^{[ 25 ]}

เจ้าหน้าที่รัฐบาลอาวุโสหลายคนถูกย้ายโดยคณะรัฐบาลทหาร "เพื่อบรรลุการปรองดอง" ซึ่งหมายความว่าพวกเขาถูกกล่าวหาว่ามีความเชื่อมโยงกับระบอบการปกครองที่ถูกโค่นล้ม เจ้าหน้าที่อาวุโส 10 คนในกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และการอนุรักษ์พืชถูกย้าย^{[ 26 ]}

คณะรัฐบาลทหารสั่งให้พลเรือนผู้มีชื่อเสียง 58 คนทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษา อย่างไรก็ตาม ผู้ได้รับการแต่งตั้งส่วนใหญ่ปฏิเสธว่าไม่ทราบเรื่องการแต่งตั้ง โดยบางคนกล่าวว่าพวกเขาไม่สามารถทำหน้าที่ได้ “ผมเคยบอกว่าการรัฐประหารนั้นผิด แล้วผมจะไปเป็นคณะกรรมการที่ปรึกษาได้อย่างไร” ชัยวัฒน์ สาทาอนันต์จากคณะรัฐศาสตร์มหาวิทยาลัยจุฬาลงกรณ์ กล่าว ^{[ 27 ]}ประทีป อังสงธรรม หัตถ์ผู้ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นคณะกรรมการปรองดอง ก็บอยคอตคณะกรรมการที่ปรึกษาของ CDR โดยระบุว่าในฐานะผู้สนับสนุนประชาธิปไตย เธอไม่สามารถทำงานร่วมกับ CDR ซึ่งดำเนินการโดยวิธีการที่ขัดต่อรัฐธรรมนูญได้ พิบภ์ ดงชัยผู้นำของพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ที่ต่อต้านทักษิณซึ่งยุบไปแล้ว กล่าวว่าเขาไม่สามารถเข้าร่วมในคณะกรรมการปรองดองได้เพราะเขาเป็นสมาชิกของสภาที่ปรึกษาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และมีช่องทางในการให้คำแนะนำแก่รัฐบาลอยู่แล้ว^{[ 28 ]}

ปาสุก ปงไพจิตนักเศรษฐศาสตร์ฝ่ายต่อต้านทักษิณซึ่งได้รับการแต่งตั้งเช่นกัน ปฏิเสธว่าเธอไม่สามารถทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาได้ โดยอ้างว่ากำลังจะเดินทางไปญี่ปุ่นเป็นเวลานาน^{[ 29 ]} เมื่อสื่อมวลชนถามว่าเหตุใดคณะรัฐบาลทหารจึงไม่แจ้งให้ผู้ได้รับการแต่งตั้งทราบถึงการแต่งตั้งของพวกเขา พลโท พลางูน กลาหาน โฆษกของกองบัญชาการทหารสูงสุดกล่าวว่า "ไม่จำเป็น บางเรื่องเร่งด่วน เป็นเกียรติที่ได้ช่วยเหลือประเทศชาติ ผมเชื่อว่าผู้ที่ได้รับการแต่งตั้งจะไม่ปฏิเสธการแต่งตั้งเพราะเราไม่ได้ทำลายชื่อเสียงของพวกเขา" ^{[ 30 ]}

มีการแต่งตั้งที่ปรึกษาใน 4 ด้านหลัก ได้แก่:

• เศรษฐศาสตร์ . นำโดยผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทยปรีดิยาธร เทวกุลมีสมาชิก 19 คน ได้แก่อัมมาร์ สยามวาลาและฉลองภพ สังสังข์ ( สถาบันวิจัยเพื่อการพัฒนาประเทศไทย ), โฆษิต ปัมเปี่ยมราษฎร์ ( ธนาคารกรุงเทพ ), คุณหญิงชฎา วัฒนสิริธรรม ( ธนาคารไทยพาณิชย์ ), ปิยสวัสดิ์ อัมระนันท์ ( บลจ.กสิกรไทย ), ผาสุก พงษ์ไพจิตร ( จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ), อัจวะ เตาลานันท์ ( เจริญ โภคภัณฑ์ ), วิรไท สันติประภพและศิวะพร ดารันดารันดา .
• จริยธรรม ธรรมาภิบาล การป้องกันการทุจริต คณะทำงานนี้มี นายชุรี วิชิตวัฐา การ จาก สถาบันบัณฑิตบริหารศาสตร์ เป็นประธานและมีสมาชิก 13 คน รวมทั้งนายเดจุดม ไกรฤทธิ์นายสังสิธ ปิริยรังสันต์และนายสุรพล นิติไกรโพธิ์
• การปรองดองและความยุติธรรม นำโดยประธานสถาบันพัฒนาองค์กรชุมชนไพบูลย์ วัฒนสิริธรรมโดยมีสมาชิก 26 คน ได้แก่กทม อารยาชัยวัฒน์เสถียรนันทน์ ธีรภัทร เสรีรังสรรค์พิภพธงชัยประทีป อึ้งทรงธรรมฮาตะศรีศักดิ์ วลิโพดมอุริชัย วังแก้วและโสภณ สุภาพงศ์
• กิจการต่างประเทศนำโดยอดีตปลัดกระทรวงการต่างประเทศวิตายา เวชชาชีวะและประกอบด้วยอดีตนักการทูต ได้แก่เตช บุนนาคกฤต การ์ญณกุญจร นิตยะพิบูลสงครามและพิสาร มนวภัทร^{[ 31 ]}

คณะรัฐบาลทหารได้มอบหมายให้หน่วยงานหลายแห่งทำการสอบสวนรัฐบาลที่ถูกโค่นล้ม

• คณะกรรมการตรวจสอบทรัพย์สิน ซึ่งจัดตั้งขึ้นเพื่อสอบสวนข้อกล่าวหาการทุจริตที่เกี่ยวข้องกับโครงการที่ได้รับอนุมัติจากรัฐบาลที่ถูกโค่นล้ม รวมถึงข้อโต้แย้งเกี่ยวกับเครื่องสแกนระเบิด CTXจารุ วัน ไมน์ทากาผู้ตรวจสอบบัญชีทั่วไป ขู่ว่าจะลาออกจากคณะกรรมการหากคณะกรรมการไม่สอบสวน กรณีความผิดปกติที่ถูกกล่าวหา ทั้งหมดรวมถึงทรัพย์สินส่วนตัวของอดีตรัฐมนตรี ตลอดจน "การทุจริตเชิงนโยบาย" ซึ่งนโยบายได้รับการอนุมัติเพื่อประโยชน์ส่วนตัว โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เธอต้องการให้คณะกรรมการสอบสวนการขายบริษัทชินให้กับเทมาเส็ก โฮลดิ้งส์ต่อมา AEC ได้รับเวลาออกอากาศรายสัปดาห์หนึ่งชั่วโมงเพื่อผลิตรายการเรียลลิตี้โชว์ที่อธิบายถึงการทำงานของตน^{[ 32 ]}
• คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (NCCC) ได้รับคำสั่งให้เร่งดำเนินการสอบสวนข้อกล่าวหาการทุจริตที่เกี่ยวข้องกับนักการเมือง สมาชิกของคณะกรรมการได้รับการแต่งตั้งโดย CDR และประกอบด้วยผู้ที่วิพากษ์วิจารณ์ทักษิณ ชินวัตรหลาย คน ^{[ 33 ]}
• คณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ (ก.ล.ต.) ซึ่งจะดำเนินการสอบสวนการขายบริษัทชิน ต่อไป ^{[ 34 ] [ 35 ] [ 36 ]}

หลังจากนั้นไม่ถึงหนึ่งสัปดาห์ คณะกรรมการตรวจสอบทรัพย์สินก็ถูกยุบ และสมาชิกหลายคนถูกรวมเข้ากับคณะกรรมการชุดใหม่ที่มีสมาชิก 12 คน ซึ่งมีอำนาจมากขึ้นในการอายัดทรัพย์สินของสมาชิกในรัฐบาลทักษิณที่ถูกกล่าวหาว่าทุจริต คณะกรรมการชุดใหม่มีขอบเขตที่กว้างกว่าคณะกรรมการเดิมมาก และสามารถตอบสนองต่อข้อเรียกร้องของจารุวัน ไมนทากาได้ คณะกรรมการได้รับอำนาจในการตรวจสอบโครงการหรือการกระทำใดๆ ของสมาชิกในรัฐบาลทักษิณและบุคคลอื่นๆ ที่ต้องสงสัยว่ามีความผิดปกติ รวมถึงการหลีกเลี่ยงภาษี ประธานคณะกรรมการชุดเดิม สวัท โชเตพานิช ถูกลดตำแหน่งในคณะกรรมการชุดใหม่ ต่อมาเขาได้ลาออก มีรายงานว่าเป็นการประท้วง^{[ 37 ]} สมาชิกที่เหลือของคณะกรรมการชุดใหม่ประกอบด้วยบุคคลหลายคนที่วิพากษ์วิจารณ์รัฐบาลทักษิณอย่างเปิดเผย รวมถึง แก้ว สัน อติโภติ จารุวัน ไม นทากา น้ำยิมยามและศักดิ์ กฤแสงเรืองต่อมาน้ำ ยิมยามได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานคณะกรรมการ

พระราชกฤษฎีกาฉบับแยกต่างหาก (ฉบับที่ 31) ให้อำนาจ NCCC ในการอายัดทรัพย์สินของนักการเมืองที่ไม่รายงานสถานะทางการเงินภายในกำหนดเวลาหรือรายงานข้อมูลเท็จโดยเจตนา พระราชกฤษฎีกาอีกฉบับ (ฉบับที่ 27) เพิ่มบทลงโทษสำหรับผู้บริหารพรรคการเมืองที่พรรคถูกสั่งยุบ จากเดิมที่ห้ามไม่ให้จัดตั้งหรือดำรงตำแหน่งผู้บริหารพรรคใหม่ ไปเป็นการเพิกถอนสิทธิในการเลือกตั้งเป็นเวลาห้าปี^{[ 38 ]}

คณะรัฐบาลทหารได้เผยแพร่ร่างรัฐธรรมนูญชั่วคราวเมื่อวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2549 ซึ่งได้รับเสียงวิพากษ์วิจารณ์อย่างมาก^{[ 39 ]}ในด้านโครงสร้าง ร่างรัฐธรรมนูญชั่วคราวนี้คล้ายคลึงกับรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2534 รัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2519 และรัฐธรรมนูญ พ.ศ. 2492 ตรงที่จัดตั้งฝ่ายบริหารที่มีอำนาจมาก ซึ่งจะแต่งตั้งฝ่ายนิติบัญญัติทั้งหมด คณะกรรมการตรวจสอบรัฐธรรมนูญ (CDR) ซึ่งจะถูกเปลี่ยนเป็นสภาความมั่นคงแห่งชาติ (CNS) จะแต่งตั้งหัวหน้าฝ่ายบริหาร ฝ่ายนิติบัญญัติทั้งหมด และผู้ร่างรัฐธรรมนูญถาวร คำวิพากษ์วิจารณ์มุ่งเน้นไปที่ข้อเท็จจริงที่ว่า:

• คณะรัฐบาลทหารจะเป็นผู้แต่งตั้งนายกรัฐมนตรีและจะเข้าร่วมการประชุมคณะรัฐมนตรี
• คณะรัฐบาลทหารจะแต่งตั้งสมาชิกสภานิติบัญญัติทั้งหมด
• คณะรัฐบาลทหารจะแต่งตั้งสภาแห่งชาติจำนวน 2,000 คน ซึ่งจะแต่งตั้งผู้สมัคร 200 คนสำหรับสภาร่างรัฐธรรมนูญ ซึ่งจะแต่งตั้งสมาชิกสภาร่างรัฐธรรมนูญ 100 คน ซึ่งจะคัดเลือกสมาชิก 25 คน คณะรัฐบาลทหารจะแต่งตั้งบุคคลอีก 10 คนโดยตรงเพื่อเข้าร่วมกับ 25 คนในการร่างรัฐธรรมนูญถาวร^{[ 40 ]}

สนธิ บุญยรัตน์ลิน ประกาศว่าศูนย์บริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (SBPAC) และกองกำลังเฉพาะกิจพลเรือน-ตำรวจ-ทหาร (CPM) 43 จะได้รับการฟื้นฟู สนธิกล่าวว่ากองบัญชาการสร้างสันติภาพจังหวัดชายแดนภาคใต้ซึ่งนำโดยกองทัพบกและประกอบด้วยหลายหน่วยงานจะถูกยุบ และกองกำลังของกองบัญชาการนี้จะอยู่ภายใต้ CPM 43 ซึ่งจะปฏิบัติงานควบคู่ไปกับ SBPAC SBPAC และ CPM 43 ถูกยุบไปเมื่อกลางปี ​​2544 โดยอดีตนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร ก่อนหน้านั้น CPM 43 อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ SBPAC สนธิยังแต่งตั้งตนเองเป็นหัวหน้ากองบัญชาการปฏิบัติการรักษาความมั่นคงภายใน (ISOC) ก่อนหน้านี้ ISOC อยู่ภายใต้การนำของนายกรัฐมนตรี^{[ 41 ]}

คณะรัฐบาลทหารยังได้ขยายพระราชกำหนดสถานการณ์ฉุกเฉินของรัฐบาลทักษิณออกไปอีกสามเดือนเพื่อปราบปรามการก่อความไม่สงบในภาคใต้ของประเทศไทยพระราชกำหนดสถานการณ์ฉุกเฉินนี้ให้อำนาจแก่เจ้าหน้าที่รัฐในการค้นหาและจับกุมผู้ต้องสงสัยว่าก่อความไม่สงบโดยไม่ต้องมีหมายจับ^{[ 42 ]}

สนธิและผู้นำทหารชั้นผู้ใหญ่คนอื่นๆ บินไปเชียงใหม่ด้วยเครื่องบินC-130 ของกองทัพอากาศ เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน 2549 เพื่อไปพบหมอดูชื่อดังและประกอบพิธีกรรมทางศาสนาเพื่อปัดเป่าโชคร้ายจากการก่อรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน^{[ 43 ]}

ผู้นำคณะรัฐบาลทหารแต่งตั้งตนเองเป็นคณะกรรมการบริหารของรัฐวิสาหกิจหลายแห่ง^{[ 44 ]}

• ชาลิท ภูกภาสุข ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการบริหารของบริษัทท่าอากาศยานไทย (เอโอที) และบริษัทการบินไทย
• Saprang Kalyanamitr ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งในคณะกรรมการ AoT และ TOT ^{[ 45 ]}
• สาธิรพันธ์ เกญญานท์ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการการท่าเรือแห่งประเทศไทย

คณะรัฐบาลทหารเซ็นเซอร์สื่อและอินเทอร์เน็ต บังคับใช้กฎอัยการศึก และจัดตั้งหน่วยทหารจำนวน 14,000 นายเพื่อควบคุมการประท้วงของประชาชน การสัมภาษณ์กับนายหนวมทองไพวรรณ ผู้ล่วงลับ ที่ออกอากาศทางช่องโทรทัศน์iTVจบลงอย่างกระทันหันหลังจากผู้อำนวยการช่อง 5 ซึ่งเป็นของกองทัพโทรมาเตือนสถานีไม่ให้ทำการออกอากาศ^{[ 46 ]} มีการส่งกำลังทหารเพิ่มเติมเพื่อรักษาความสงบเรียบร้อยที่สถานี

ประกาศฉบับที่ห้าของคณะรัฐบาลทหารอนุญาตให้กระทรวงสารสนเทศและเทคโนโลยีปิดกั้นเว็บไซต์ที่วิพากษ์วิจารณ์การรัฐประหารและเว็บบอร์ดที่พูดคุยเกี่ยวกับการรัฐประหาร เซิร์ฟเวอร์พร็อกซีนิรนามที่ผู้ใช้อินเทอร์เน็ตชาวไทยสามารถเข้าถึงเว็บเพจที่ถูกปิดกั้นก็ถูกปิดกั้นเช่นกัน รวมถึงเว็บไซต์จากBBC 1 , BBC 2 , CNN , Yahoo News , Seattle Post-Intelligencer , The Age , Amazon.com , Amazon.co.ukและสำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยเยลที่มีบทความเกี่ยวกับพระบาทสมเด็จพระภูมิพลอดุลยเดช^{[ 47 ]}

คณะรัฐบาลทหารยังคงประกาศใช้กฎอัยการศึกหลังการรัฐประหาร แม้ว่านายชาลิต พุกภาสุข รองประธานคณะรัฐบาลทหารจะอ้างว่าไม่มีรายงานข่าวกรองเกี่ยวกับกิจกรรมที่ผิดปกติของผู้สนับสนุนของนายทักษิณ นายกรัฐมนตรีที่ถูกปลดก็ตาม^{[ 48 ]}

คณะรัฐบาลทหารถูกกล่าวหาว่าข่มขู่ และกดดันนักการเมือง พรรคไทยรักไทยให้ยุติกิจกรรมทางการเมือง นอกจากนี้ยังขู่ว่าจะยุบพรรค คณะรัฐบาลทหารอ้างว่าพวกเขาเพียงต้องการความร่วมมือจากนักการเมือง^{[ 49 ]}

ในช่วงปลายเดือนธันวาคม พ.ศ. 2549 คณะรัฐมนตรีของสุรยุทธอนุมัติงบประมาณ 556 ล้านบาทสำหรับการจัดตั้งกองกำลังปฏิบัติการพิเศษจำนวน 14,000 นาย โดยมีอำนาจหน้าที่ในการควบคุมการประท้วงต่อต้านรัฐบาลทหาร งบประมาณดังกล่าวมาจากการร้องขอของ CNS กองกำลังเคลื่อนที่เร็วเริ่มปฏิบัติการในวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2549 สุรยุทธปฏิเสธที่จะอธิบายว่าเหตุใดคณะรัฐมนตรีจึงอนุมัติงบประมาณให้กับกองกำลังดังกล่าวหลังจากที่ได้เริ่มปฏิบัติการไปแล้ว ซึ่งขัดกับคำสั่งของสำนักนายกรัฐมนตรี โฆษกรัฐบาล ยงยุทธ มายลาภ สัญญาว่ากองกำลังดังกล่าวจะถูกยุบในวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2550 พร้อมกับ CNS งบประมาณจะถูกโอนมาจากกระทรวงกลาโหมและสำนักงานตำรวจแห่งชาติ แต่หากทั้งสองหน่วยงานขาดงบประมาณ ก็จะถูกโอนมาจากกองทุนสำรองฉุกเฉินของรัฐบาล ยงยุทธเปิดเผยว่าไม่มีสมาชิกคณะรัฐมนตรีคนใดตั้งคำถามเกี่ยวกับการใช้งบประมาณดังกล่าว พลเอก สัปราง กัลลัยณมิตร ผู้ช่วยเลขาธิการ CNS ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการกองกำลัง^{[ 50 ] [ 51 ]}

ในเดือนมกราคม พลเอกวินัย พัทธยากุล เลขาธิการ CNS ได้สั่งการอย่างชัดเจนให้ผู้บริหารสื่อห้ามไม่ให้พนักงานพูดถึงทักษิณและ พรรค ไทยรักไทยโดยกล่าวกับผู้บริหารสื่อ 100 คนว่า “ถ้าพวกเขาไม่ฟัง คุณก็ไล่พวกเขาออกจากสถานีได้ หรือถ้าคุณใช้ดุลยพินิจไม่ได้ ผมจะใช้ดุลยพินิจของผมช่วยคุณบริหารสถานี” ^{[ 52 ]}

รัฐบาลทหารได้แต่งตั้งคณะกรรมการร่างรัฐธรรมนูญและสนับสนุนผู้นำนักวิจารณ์ต่อต้านทักษิณ ประสงค์ สุ่นศิริ ให้เป็นผู้นำคณะกรรมการ^{[ 53 ]}

เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2549 มีการเปิดเผยว่าคณะรัฐมนตรีได้อนุมัติ งบประมาณกว่า 500 ล้านบาท สำหรับหน่วยปฏิบัติการพิเศษปราบปรามการประท้วงลับจำนวน 14,000 นาย โดยมีพลเอกสะปรางค์เป็นผู้บัญชาการ หน่วยปฏิบัติการพิเศษ CNS ที่เรียกว่านี้ ได้รับเงินทุน 556 ล้าน บาทที่โอนมาจากกระทรวงกลาโหม สำนักงานตำรวจ และกองทุนสำรองฉุกเฉินของรัฐบาล และถูกจัดตั้งขึ้นอย่างลับๆ โดย CNS เมื่อวันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2549 เพื่อปราบปรามผู้ประท้วงต่อต้านรัฐบาลทหาร^{[ 50 ] [ 51 ]}

ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 มีการเปิดเผยว่าพลโทประยุทธ์ จันทร์โอชา ผู้บัญชาการกองทัพบกที่ 1 ได้รับมอบหมายให้ดูแลหน่วยทหารลับที่มีงบประมาณ 319.1 ล้านบาท เพื่อระดมการสนับสนุนจากประชาชนให้กับคณะรัฐบาลทหาร พลโทประยุทธ์อ้างว่าตนได้กระทำการตามนโยบายของกองทัพ และกิจกรรมของตนมีจุดประสงค์เพื่อรับใช้ชุมชน ไม่ใช่เพื่อแสวงหาผลประโยชน์ทางการเมือง^{[ 54 ]}

สมาชิก CNS สองคนที่อ้างว่าเป็นผู้ช่วยใกล้ชิดของวินัย พัทธยากุล เลขาธิการคณะรัฐประหาร ถูกจับกุมในข้อหาพยายามเรียกรับสินบน 40 ล้านบาทเพื่อแลกกับตำแหน่งในคณะรัฐมนตรี วินัยปฏิเสธว่าไม่รู้จักชายทั้งสองคน^{[ 55 ]}

สนธิ ผู้นำ CNS อนุมัติงบประมาณลับสุดยอด 12 ล้านบาทสำหรับแคมเปญประชาสัมพันธ์เพื่อทำลายชื่อเสียงของทักษิณ ชินวัตร คำขอใช้เงินดังกล่าวถูกยื่นเมื่อวันที่ 24 มกราคม 2550 เจียนชวง กัลยาณมิตร น้องชายของสะปรางค์ กัลยาณมิตร รองเลขาธิการ CNS ได้รับการว่าจ้างให้เป็นหัวหน้าทีมประชาสัมพันธ์^{[ 56 ]} นักการเมืองที่ได้รับการว่าจ้างเป็นส่วนหนึ่งของแคมเปญ CNS ได้แก่ กอร์ ดับบารันสี หัวหน้าพรรคชาติพัฒนา กอร์ ชาติ กาว นิชอลงกรณ์ ปาลบุตรและกอร์ศักดิ์ สะบาวสุ จากพรรค ประชาธิปัตย์ ประ พัฒน์ปัญญาชาติรักษ์สมาชิกคนสำคัญของพรรคไทยรักไทยที่แปรพักตร์ไปอยู่พรรคชาติไทย รวมถึงไกรศักดิ์ ชุนหา วัน อดีต วุฒิสมาชิก นักวิชาการที่ได้รับการว่าจ้างจาก CNS ได้แก่วุฒิพงษ์ ปีบชริยาวัฒน์ โสภณ สุภพงษ์นรงค์ เพชรประเสริฐและสมเกียรติ โอสถสปา อย่างไรก็ตาม โสภณปฏิเสธว่าเขาไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับแคมเปญดังกล่าว^{[ 57 ]}

CNS ผลิตสารคดีโทรทัศน์ 75 ตอนเพื่อส่งเสริมอุดมการณ์ของตน สารคดีชุดนี้มีชื่อว่า "Phrungnee Tong Dee Kwa" (พรุ่งนี้ต้องดีกว่า) มีรายงานว่าใช้งบประมาณในการผลิตและออกอากาศอย่างน้อย 20 ล้านบาท พลเอกอนุพงษ์ ฟาวจินดา ผู้ช่วยเลขาธิการ CNS ได้ปกป้อง CNS จากข้อกล่าวหาเรื่องความไม่โปร่งใสเกี่ยวกับสารคดีชุดนี้^{[ 58 ]}

ก่อนที่ศาลรัฐธรรมนูญจะมีคำพิพากษาเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2550 ให้ยุบ พรรค ไทยรักไทยและพรรคประชาธิปัตย์ CNS ได้ส่ง ข้อความ SMS หลายสิบล้าน ข้อความไปยังผู้ใช้โทรศัพท์มือถือทั่วประเทศไทยเพื่อไม่ให้เข้าร่วมการประท้วง^{[ 59 ]}