ทีมเริ่มต้นกิจกรรมระดับมืออาชีพในดิวิชั่น 8 (Tercera División ) ในปี 1990 โดยได้ตำแหน่งรองชนะเลิศและเลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่น 2 (Second Division "B") ในปี 1994 ทีมได้เลื่อนชั้นสู่เซกุนดา ดิวิชั่น 1 (Segunda Division 'A')อย่างไรก็ตาม ในปีนั้นได้มีการปรับโครงสร้างฟุตบอลเม็กซิโกใหม่ด้วยการก่อตั้งพ รีเมรา ดิวิชั่น 1 ( Primera División 'A')ทำให้ครูซ อาซูล ฮิดัลโก ได้รับเชิญให้เข้าร่วมเซกุนดา ดิวิชั่น ซึ่งเป็นลีกระดับที่สามของระบบลีกเม็กซิโก ในฤดูกาลแรกในดิวิชั่น 2 ครูซ อาซูล ฮิดัลโก คว้าแชมป์ฤดูกาลและเลื่อนชั้นสู่พรีเมรา ดิวิชั่น 1 หลังจากเอาชนะบาชิลเลเรส (Bachilleres)

ในการ แข่งขัน Verano 1999และVerano 2000ของ Primera División A สโมสรจบอันดับรองชนะเลิศในลีก โดยพ่ายแพ้ต่อUnión de CurtidoresและIrapuatoตามลำดับ

ในปี 2003 ทีมได้ย้ายไปที่เมืองโออาซาการัฐโออาซากาและเปลี่ยนชื่อเป็นครูซ อาซูล โออาซากาในสถานที่แห่งนี้ ทีมได้ตำแหน่งรองชนะเลิศในการแข่งขันอาเปร์ตูรา ปี 2005โดยพ่ายแพ้ให้กับปวยบลาในปี 2006 ทีมได้ย้ายกลับไปที่ฮิดัลโกในปีเดียวกันนั้นเองครูซ อาซูล จัสโซได้ถูกก่อตั้งขึ้นเป็นทีมที่สามของสถาบัน โดยเข้าร่วมการแข่งขันในเซกุนดา ดิวิ ซิออน

หลังจากปี 2006 ทีมก็สร้างความมั่นคงในลีก โดยผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟเป็นประจำ และยังคงเข้าร่วมการแข่งขันต่อไปแม้ว่าลีกจะตัดทีมสำรองออกจากลีกเม็กซิโกแล้วก็ตาม แต่ตั้งแต่ปี 2012 ทีมเริ่มประสบปัญหาในการหนีตกชั้น ทำให้ไม่สามารถอยู่รอดในครึ่งหลังของฤดูกาลได้

ในปี 2014 ทีมถูกซื้อโดยเจ้าของZacatepec 1948ซึ่งใช้แฟรนไชส์เพื่อให้ทีมของพวกเขามีความต่อเนื่องใน Ascenso MX ^{[ 4 ]}

หลังจากที่สโมสรครูซ อาซูล ฮิดัลโก ย้ายไปอยู่ที่ซากาเตเปกโมเรโลสและซากาเตเปก 1948ได้ซื้อสิทธิ์และใบอนุญาตของทีมเพื่อเข้าร่วมการแข่งขันอัสเซนโซ MX ทำให้ครูซ อาซูล จัสโซ ซึ่งเล่นอยู่ในลีกพรีเมียร์ เด อัสเซนโซเปลี่ยนชื่อเป็นครูซ อาซูล ฮิดัลโก เพื่อให้ทีมยังคงอยู่ในลีกที่ต่ำกว่าที่เคยเล่นอยู่จนถึงปีนั้น สโมสรได้รองแชมป์ในลีกในฤดูกาลคลอซูราปี 2015 และ 2020–21

ในช่วงปลายปี 2020 ครูซ อาซูล มีการเปลี่ยนแปลงในคณะกรรมการบริหาร ดังนั้นจึงมีการริเริ่มนโยบายรัดเข็มขัดโดยมีเป้าหมายเพื่อขจัดหนี้สินของสโมสร ด้วยเหตุนี้ ความต่อเนื่องของทีมครูซ อาซูล ฮิดัลโก จึงเริ่มถูกตั้งคำถาม^{[ 5 ]}เมื่อวันที่ 26 มิถุนายน 2021 มีการประกาศว่าทีมจะพักการแข่งขันในฤดูกาล 2021–22 ^{[ 6 ]}

ทีมไม่ได้กลับมาลงแข่งในฤดูกาล 2022–23 ซึ่งเมื่อรวมกับปัญหาในการดำเนินงานใน Ciudad Cooperativa อันเนื่องมาจากปัญหาภายในของ Cooperativa La Cruz Azul ทำให้ Cruz Azul Hidalgo ต้องยุบทีมไป^{[ 7 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2569 มีรายงานว่าฝ่ายบริหารของครูซ อาซูล จะฟื้นฟูทีมสำรองโดยเริ่มตั้งแต่ฤดูกาล พ.ศ. 2569–2560 และจดทะเบียนในLiga de Expansión MXซึ่งเป็นลีกระดับสองของฟุตบอลเม็กซิโก^{[ 2 ]}