ในด้านภูมิคุ้มกันวิทยาอี พิโท ปของตัวเองที่ซ่อนเร้นเป็นสาเหตุของโรคภูมิต้านตนเอง

อีพิโทปของตัวเองซึ่งพบในความเข้มข้นสูงบนพื้นผิวของเซลล์นำเสนอแอนติเจน (APC) โดยเชื่อมโยงกับคอมเพล็กซ์ความเข้ากันได้ทางเนื้อเยื่อหลัก (MHC) เรียกว่า อีพิโทปเด่น อีพิโทปเหล่านี้เป็นตัวกระตุ้น กลไก การคัดเลือกเชิงลบเพื่อกำจัดเซลล์ T ที่อาจทำลายตัวเอง และมีปฏิกิริยาต่อต้านตัวเอง แอนติเจน "ของตัวเอง" เหล่านี้จะถูกแสดงต่อเซลล์ T ที่กำลังพัฒนา และส่งสัญญาณให้เซลล์ T ที่ "มีปฏิกิริยาต่อต้านตัวเอง" เหล่านั้นตายลงผ่านกระบวนการตายของเซลล์แบบมีโปรแกรม ( อะพอพโทซิส ) และถูกกำจัดออกจากกลุ่มเซลล์ T ป้องกันโรคภูมิต้านตนเอง

อย่างไรก็ตาม เอพิโทปของตัวเองที่ปรากฏในความเข้มข้นต่ำมากบน APC เรียกว่า เอพิโทปแฝง เนื่องจากมันไม่ทำลายเซลล์ T ที่ตอบสนองต่อตนเอง ซึ่งจะไปรวมกับกลุ่มเซลล์ T ในผู้ใหญ่ส่วนปลาย ทำให้เกิดภาวะภูมิคุ้มกันทำลายตนเองในร่างกาย