เดวิด
| แหล่งข้อมูลชีวสารสนเทศของ DAVID | |
|---|---|
| เวอร์ชันเสถียร | 2021.2024 ไตรมาส 1 / มกราคม 2024 ( 2024-01 ) |
| พิมพ์ | ชีวสารสนเทศ |
| ใบอนุญาต | ซอฟต์แวร์ฟรี[ 1 ] |
| เว็บไซต์ | david.ncifcrf.gov |
DAVID ( ฐานข้อมูลสำหรับการระบุคำอธิบาย การแสดงภาพ และการค้นพบแบบบูรณาการ ) เป็น แหล่ง ข้อมูลชีวสารสนเทศ ออนไลน์ฟรี ที่พัฒนาโดยห้องปฏิบัติการไวรัสเรโทรของมนุษย์และภูมิคุ้มกันวิทยา ( LHRI ) [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]เครื่องมือทั้งหมดในแหล่งข้อมูลชีวสารสนเทศ DAVID มีเป้าหมายเพื่อให้การตีความเชิงหน้าที่ของรายการยีน จำนวนมาก ที่ได้มาจากการศึกษาทางจีโนม เช่น การศึกษา ไมโครอาร์เรย์และโปรตีโอมิกส์สามารถเข้าถึง DAVID ได้ที่https://david.ncifcrf.gov/
แหล่งข้อมูลชีวสารสนเทศ DAVID ประกอบด้วยฐานความรู้ DAVID และชุดเครื่องมือการระบุหน้าที่การทำงานแบบบูรณาการบนเว็บ 5 ชุด ได้แก่ เครื่องมือจำแนกประเภทหน้าที่การทำงานของยีน DAVID, เครื่องมือระบุหน้าที่การทำงาน DAVID, เครื่องมือแปลงรหัสยีน DAVID, โปรแกรมดูชื่อยีน DAVID และโปรแกรมเรียกดูจีโนมเชื้อโรค NIAID DAVID ฐานความรู้ DAVID ที่ขยายเพิ่มเติมในปัจจุบันได้รวมเอาแหล่งข้อมูลชีวสารสนเทศสาธารณะที่สำคัญและเป็นที่รู้จักเกือบทั้งหมดไว้ด้วยกัน โดยใช้แนวคิดยีน DAVID ซึ่งเป็น วิธี การเชื่อมโยงแบบจุดเดียวเพื่อรวบรวมตัวระบุยีน/โปรตีนและคำอธิบายประกอบที่หลากหลายหลายสิบล้านรายการจากฐานข้อมูลชีวสารสนเทศสาธารณะต่างๆ สำหรับรายการยีนที่อัปโหลดใดๆ ก็ตาม ปัจจุบัน DAVID Resources ไม่เพียงแต่ให้การวิเคราะห์การเสริมคุณค่าของยีนและคำศัพท์ตามปกติเท่านั้น แต่ยังมีเครื่องมือและฟังก์ชันใหม่ๆ ที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถย่อรายการยีนขนาดใหญ่ให้เป็นกลุ่มการทำงานของยีน แปลงระหว่างตัวระบุยีน/โปรตีน แสดงภาพความสัมพันธ์ระหว่างยีนจำนวนมากกับคำศัพท์จำนวนมาก จัดกลุ่มคำศัพท์ที่ซ้ำซ้อนและแตกต่างกันเข้าด้วยกัน ค้นหายีนหรือคำศัพท์ที่น่าสนใจและเกี่ยวข้อง ดูยีนจากรายการของพวกมันบนเส้นทางชีวภาพแบบไดนามิก และอื่นๆ อีกมากมาย
การอัปเดต DAVID 2021 ได้รับการเผยแพร่ในเดือนธันวาคม 2021 [ 8 ]ฐานความรู้ได้รับการกำหนดให้อัปเดตทุกไตรมาส
ฟังก์ชันการทำงาน
DAVID นำเสนอชุดเครื่องมือการระบุหน้าที่ทางชีวภาพที่ครอบคลุมสำหรับนักวิจัย เพื่อทำความเข้าใจความหมายทางชีววิทยาที่อยู่เบื้องหลังรายการยีนจำนวนมาก สำหรับรายการยีนใดๆ ก็ตาม เครื่องมือของ DAVID สามารถทำสิ่งต่อไปนี้ได้:
- ระบุหัวข้อทางชีววิทยาที่น่าสนใจ โดยเฉพาะคำศัพท์ GO
- ค้นพบกลุ่มยีนที่เกี่ยวข้องกับการทำงานที่ได้รับการเสริมคุณค่า
- จัดกลุ่มคำศัพท์คำอธิบายประกอบที่ซ้ำซ้อน
- แสดงภาพยีนบนแผนที่เส้นทางชีวเคมีของ BioCartaและKEGG
- แสดงความสัมพันธ์ระหว่างยีนหลายตัวกับคำศัพท์หลายคำในมุมมอง 2 มิติ
- ค้นหายีนอื่นที่มีหน้าที่เกี่ยวข้องซึ่งไม่อยู่ในรายการ
- ระบุโปรตีนที่ทำปฏิกิริยากัน
- สำรวจชื่อยีนแบบกลุ่ม
- การเชื่อมโยงความสัมพันธ์ระหว่างยีนกับโรค
- เน้นโดเมนการทำงานและลวดลายของโปรตีน
- เปลี่ยนเส้นทางไปยังเอกสารที่เกี่ยวข้อง
- แปลงรหัสระบุยีนจากประเภทหนึ่งไปเป็นอีกประเภทหนึ่ง
ลิงก์ภายนอก
- https://david-d.ncifcrf.gov/
- คำอธิบาย GO ของพืชสำหรับ 165 สปีชีส์และการวิเคราะห์การเสริมคุณค่า GO เก็บถาวรเมื่อ 2017-02-08 ที่Wayback Machine