สโมสรฟุตบอลดาเซียก่อตั้งขึ้นในปี 1999 โดยมาริน ลิวาดารู, อิกอร์ อูร์ซาชี, วาเลริอู พลูจนิค และอเล็กซานดรู ชคารูบา ทีมประกอบด้วยผู้รักษาประตู เกนาดี การิอุค และผู้เล่นตำแหน่งอื่นๆ ได้แก่ อเล็กซานดรู โกลบัน, คอร์เนล โปปอฟ, รุสลัน ราสคู, เซอร์เก โคชชูก, คอร์เนล กาฟตัน, เวียเชสลาฟ ติตอฟ และอเล็กซานดรู ตราคาลอฟ เป้าหมายเริ่มต้นของสโมสรคือการแข่งขันในดิวิชั่น "เอ" ของมอลโดวา (ลีกระดับสอง) ดาเซียเปิดตัวในลีกนี้ในฤดูกาล 2000–01 โดยมีกาเบรียล สตาติเข้ารับตำแหน่งประธานสโมสรในฤดูใบไม้ร่วงปี 2000 สโมสรจบอันดับที่ 4 ในฤดูกาลแรก ก่อนจะเลื่อนชั้นสู่ลีกสูงสุดของมอลโดวาในฤดูกาลถัดมา

ดาเซียคว้าชัยชนะนัดแรกในลีกดิวิชั่นแห่งชาติด้วยสกอร์ 1-0 เหนือนิสตรู โอตาชีและจบฤดูกาล 2002-03ในอันดับที่ 4 พร้อมกับได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันอินเตอร์โตโต คัพซึ่งพวกเขาเอาชนะสโมสรจีโอ โกตา จากหมู่เกาะแฟโร และทีมปาร์ติซานี ติรานาจากแอลเบเนีย โดยทำประตูได้ถึง 5 ประตูโดยไม่เสียประตูเลยในสองนัด (2-0 และ 3-0) อย่างไรก็ตาม ดาเซียถูกคัดออกโดยชาลเก้ 04 จากเยอรมนี โดยแพ้ทั้งสองนัด (1-0 และ 2-1)

ก่อนฤดูกาล 2003–04 เอมิล คาราส อดีตผู้เล่นและโค้ชทีมสำรองของดาเซีย เข้ามารับตำแหน่งหัวหน้าโค้ช นำทีมจบอันดับ 5 ในลีก และเข้าถึงรอบรองชนะเลิศฟุตบอลถ้วยโมลโดวา โดยพ่ายแพ้ให้กับซิมบรู คิชิ นาว ทีมจากเมืองคิชินาวเช่นกัน ในระหว่างการแข่งขันฟุตบอลถ้วยครั้งนั้น ดาเซียสร้างสถิติชัยชนะที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์ของสโมสร ด้วยการเอาชนะเอฟซี ฟลอเรสตี 9–0

ในฤดูกาล 2004–05 ดาเซียได้ผ่านเข้ารอบยูฟ่าคัพเป็นครั้งแรกหลังจากจบอันดับสามในลีก นอกจากนี้ "หมาป่า" ยังได้รองแชมป์ในรายการมอลโดวาคัพหลังจากพ่ายแพ้ให้กับนิสตรู โอตาซีอย่างน่าเสียดาย ดาเซียตกรอบยูฟ่าคัพฤดูกาล 2005-06ในรอบแรกโดยแพ้ให้กับเอฟซี วาดุซทีม จากสวิ สแชลเลนจ์ลีกโดยแพ้ 2-0 ในเกมเยือน แต่ชนะในเกมเหย้า 1-0 จากวลาดิมีร์ ยาปาเลา ฤดูกาลต่อมาจบอันดับที่หกในลีก พร้อมกับพ่ายแพ้ในรอบรองชนะเลิศมอลโดวาคัพให้กับนิสตรู โอตาซี อย่างไรก็ตาม ดาเซียคว้าแชมป์รายการกระชับมิตรชื่อ เติร์กเมนิสถานเพรสซิเดนท์คัพ ในเดือนกุมภาพันธ์ 2006 โดยชนะ 4-3 ในรอบชิงชนะเลิศและได้รับเงินรางวัล 20,000 ดอลลาร์สหรัฐ

หลังจากจบอันดับ 4 ในฤดูกาล 2006–07ดาเซียได้ผ่านเข้ารอบการแข่งขันอินเตอร์โตโตคัพปี 2007และผ่านเข้ารอบแรกโดย เอาชนะสโมสร บากูเอฟซี จากอาเซอร์ไบจานด้วยการดวลจุดโทษ โดย มิไฮ โมรา รู ผู้รักษาประตูของดาเซียเซฟ ไว้ได้ ต้องดวลจุดโทษอีกครั้งในรอบที่สองเพื่อเอาชนะสโมสรเซนต์ กัลเลนจาก สวิตเซอร์แลนด์คู่แข่งในรอบที่สามของดาเซียคือสโมสรฮัมบูร์กเอสวี จากเยอรมนี ซึ่งทีมที่มีนักเตะทีมชาติเป็นแกนหลักอย่างราฟาเอล ฟาน เดอร์ ฟาร์ท เพล ย์เมกเกอร์ชาวดัตช์ เสมอกัน 1–1 ^{[ 2 ]}ในมอลโดวา แต่ชนะ 4–0 ^{[ 3 ]}ในเลกที่สอง ทำให้ดาเซียตกรอบ ทีมหมาป่าสีเหลืองได้รับการประเมินสูงจากผู้เชี่ยวชาญในท้องถิ่น และดาเซียได้รับการประกาศให้เป็นทีมยอดเยี่ยมแห่งปี 2007 โดยสมาคมฟุตบอลมอลโดวา

ฤดูกาล 2007–08ที่ตามมาทำให้ดาเซียจบอันดับสูงสุดเท่าที่เคยมีมา ส่วนหนึ่งเป็นเพราะรองประธานคนใหม่ ทิมูร์ คูริเยฟ ที่หาผู้ลงทุนชาวรัสเซียได้ หลังจากพักครึ่งฤดูกาล ดาเซียชนะ 5 นัดติดต่อกันเพื่อลดช่องว่างคะแนนกับแชมป์เก่าและจ่าฝูงอย่างเชอริฟ ติราสปอลเหลือเพียงแต้มเดียว ก่อนที่จะพบกันในวันที่ 30 มีนาคม ซึ่งเชอริฟเป็นฝ่ายชนะ การจบอันดับสองทำให้ดาเซียได้สิทธิ์เข้ารอบคัดเลือกยูฟ่าคัพ แต่พ่ายแพ้ให้กับสโมสรโบรัค ชาชัค จากเซอร์เบียด้วยสกอร์รวม 4–2 ในรอบแรก

ดาเซียจบฤดูกาล 2008–09ด้วยตำแหน่งรองชนะเลิศให้กับเชอริฟฟ์อีกครั้งและยังเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศโมลโดวาคัพเป็นครั้งที่สอง ซึ่งพวกเขาแพ้เชอริฟฟ์ไป 2–0 ในวันที่ 23 พฤษภาคม^{[ 4 ]}ในระหว่างฤดูกาล ผู้จัดการทีมเอมิล คาราสย้ายไปอยู่กับเอฟซี ทิราสปอลและถูกแทนที่โดยโรมัน ปิลิปชุก ชาวยูเครน ขณะที่ในตอนท้ายฤดูกาลวิคเตอร์ บูลาต์ได้รับรางวัลขวัญใจมหาชน ดาเซียเริ่มต้นการแข่งขันยูฟ่า ยูโรปา ลีก ฤดูกาล 2009–10ในรอบคัดเลือกที่สอง ซึ่งพวกเขาพ่ายแพ้ให้กับทีมเอ็มเอสเค ซิลินาจาก สโลวาเกีย ด้วยผลรวม 3–0

ในฤดูกาล 2009–10 ดาเซียอยู่ในอันดับที่สามในช่วงพักครึ่งฤดูกาล ตามหลังอันดับหนึ่งสองคะแนน แต่จบฤดูกาลในอันดับที่ 5 ปิลิปชุกถูกแทนที่ในตำแหน่งผู้จัดการทีมโดยเวียเชสลาฟ เซมิโอโนฟ และรุสตัม โปลอนโคเยฟเข้ารับตำแหน่งประธาน ทีมเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศถ้วยโมลโดวาเป็นฤดูกาลที่สองติดต่อกัน และพ่ายแพ้ให้กับเชอริฟ ติราสปอล 2–0 อีกครั้ง^{[ 5 ]}

ดาเซียเริ่มต้นฤดูกาล 2010–11 ในการแข่งขันรอบคัดเลือกยูโรปา ลีก กับสโมสรเอฟเค เซตา จากมอนเตเนโกร โดยชนะด้วยกฎประตูทีมเยือนหลังจากเสมอกันด้วยผลรวม 1–1 จากนั้นก็ตกรอบด้วยผลรวม 2–0 โดยทีมคาลมาร์ เอฟเอฟ จากสวีเดน อิก อร์ โดโบรโวลสกี โค้ชชาวรัสเซียได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าโค้ชของดาเซียก่อนเริ่มฤดูกาลลีก ดาเซียเป็นทีมเดียวที่ไม่แพ้ใครในลีกจนถึงนัดที่ 17 ซึ่งพวกเขาแพ้ให้กับเชอริฟฟ์ ติราสปอล 3–0 หลังจากนั้น พวกเขาไม่แพ้ใครอีกเลยในอีก 22 นัดที่เหลือของฤดูกาล ดาเซียคว้าแชมป์ลีกแห่งชาติมอลโดวาเป็นครั้งแรกและครั้งเดียวจนถึงปัจจุบันในฤดูกาล 2010–11 โดยมีคะแนนนำหน้าเชอริฟฟ์รองแชมป์ถึง 9 คะแนน และทำให้สโมสรติราสปอลพลาดแชมป์สมัยที่ 11 ติดต่อกัน

ในฤดูกาลนั้น ดาเซียยังได้ลงนามในข้อตกลงกับโรงเรียนกีฬาบูยูคานีเพื่อจัดตั้งทีมสำรองชื่อดาเซีย บูยูคานี อีกด้วย

ก่อนฤดูกาล 2011–12 ดาเซียคว้าแชมป์ซูเปอร์คัพโมลโดวา ที่นำกลับมาจัดใหม่ได้สำเร็จ โดย เอาชนะ อิสครา-สตาล ริบนิตาโดยประตูเดียวของเกมมาจากวาซิลิ ปาฟลอฟ ผู้เล่นใหม่ที่เพิ่งเซ็นสัญญาเข้า มา ในเดือนกรกฎาคม 2011 ดาเซียได้ประเดิมการแข่งขันยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ในรอบคัดเลือกที่สอง โดยพบกับเซสตา โปนีแชมป์จากจอร์เจียแม้จะชนะในบ้าน 2–0 แต่ดาเซียก็แพ้ 3–0 ในนัดเยือนและตกรอบ^{[ 6 ]}โดโบรโวลสกีถูกแทนที่ด้วยอิกอร์ เนเกรสคูระหว่างฤดูกาลลีก และดาเซียจบลงด้วยตำแหน่งรองแชมป์ ขณะที่เชอริฟได้แชมป์คืน

Dacia เข้าร่วมการแข่งขันUEFA Europa League ฤดูกาล 2012–13ในรอบคัดเลือกรอบแรก โดยเอาชนะCelje จากสโลวีเนีย 1–0 ในแต่ละนัด^{[ 7 ]}ในรอบคัดเลือกรอบที่สอง Dacia ชนะ IF Elfsborgจากสวีเดนในนัดแรก 1–0 ก่อนจะแพ้ในนัดที่สอง 2–0 และตกรอบในที่สุด^{[ 8 ]}

เมื่อวันที่ 13 มีนาคม 2018 Dacia ประกาศว่าจะไม่เข้าร่วมการแข่งขันระดับชาติมอลโดวาในปี 2018 ^{[ 9 ]}

ข้อมูล ณ วันที่แข่งขัน 6 กรกฎาคม 2560

ฤดูกาล	การแข่งขัน	กลม	คลับ	บ้าน	ห่างออกไป	มวลรวม
2003	ยูฟ่า อินเตอร์โตโต คัพ	1R	จี	1–0	4–1	5–1
		2R	ปาร์ติซานี ติรานา	2–0	3–0	5–0
		3R	ชาลเก้ 04	1–2	0–1	1–3
2548–2549	ยูฟ่า คัพ	1QR	วาดุซ	1–0	0–2	1–2
2007	ยูฟ่า อินเตอร์โตโต คัพ	1R	บากู	1–1	1–1	2–2 (3–1 หน้า )
		2R	เซนต์กัลเลน	0–1	1–0	1–1 (3–0 หน้า )
		3R	ฮัมบูร์ก	1–1	0–4	1–5
2551–2552	ยูฟ่า คัพ	1QR	บอรัค ชาชัค	1–1	1–3	2–4
2552–2553	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	2QR	MŠK Žilina	0–1	0–3	0–4
2553–2554	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	ซีต้า	0–0	1–1	1–1 ( ก )
		2QR	กัลมาร์	0–2	0–0	0–2
2554–2555	ยูฟ่า แชมเปียนส์ลีก	2QR	เซสตาโปนี	2–0	0–3	2–3
2012–13	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	เซลเย่	1–0	1–0	2–0
		2QR	เอลฟ์สบอร์ก	1–0	0–2	1–2
2013–14	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	เตอูตา ดูร์เรส	2–0	1–3	3–3 ( ก )
		2QR	ชอร์โนโมเรตส์ โอเดสซา	2–1	0–2	2–3
2015–16	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	เรโนวา	4–1	1–0	5–1
		2QR	MŠK Žilina	1–2	2–4	3–6
2016–17	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	คาปาซ	0–1	0–0	0–1
2017–18	ยูฟ่า ยูโรปา ลีก	1QR	ชเคนดิยา	0–4	0–3	0–7

• ดิวิเซีย นาติโอนาลา
  • ผู้ชนะ (1): 2010–11
  • รองชนะเลิศ (7): 2007–08 , 2008–09 , 2011–12 , 2012–13 , 2014–15 , 2015–16 , 2016–17
• ดิวิเซีย เอ
  • ผู้ชนะ (1): 2001–02

• คูปา มอลโดเวอี
  • รองชนะเลิศ (4): 2004–05 , 2008–09 , 2009–10 , 2014–15
• ซูเปอร์คูปา มอลโดเว
  • ผู้ชนะ (1): 2011