โบว์ลส์เล่นฟุตบอลระดับเยาวชนทั้งหมดในเมืองทูวูมบาโดยเริ่มต้นกับสโมสรฟุตบอลเซนต์อัลบันส์ ตามด้วยเซาท์ทูวูมบาฮอว์กส์ และประเดิมสนามในทีมชุดใหญ่เมื่ออายุ 15 ปีกับทูวูมบาเรเดอร์สซึ่งเล่นอยู่ในบริสเบนพรีเมียร์ลีก (BPL)

ในปี 2008 แดเนียล โบว์ลส์เซ็นสัญญากับบริสเบน โรร์โดยเข้าร่วมในฤดูกาลแรกของเนชั่นแนล ยูธ ลีกซึ่งโรร์จบอันดับที่สาม พลาดโอกาสเข้าชิงชนะเลิศไปอย่างหวุดหวิด ในฤดูกาลถัดมา โบว์ลส์มีบทบาทสำคัญอย่างมากในฐานะกองหลังที่แข็งแกร่งในฤดูกาลที่ย่ำแย่ของทีม เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2011 โบว์ลส์ถูกเรียกตัวขึ้นสู่ทีมชุดใหญ่หลังจากการจากไปของลุค เดอเวียร์ ผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำฤดูกาล เขาเซ็นสัญญาหนึ่งปีซึ่งทำให้เขาอยู่กับทีมจนถึงสิ้นสุดฤดูกาลนั้น^{[ 2 ]}

ในหนังสือพิมพ์ Courier Mailฉบับวันที่ 9 กันยายนมีรายงานว่า โบว์ลส์จะเข้าร่วมทดสอบฝีเท้าในตำแหน่งแบ็กขวาให้กับโกลด์โคสต์ ยูไนเต็ดในเกมอุ่นเครื่องช่วงปรีซีซั่นปลายเดือนนั้น

เมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2011 เขาได้ลงเล่นนัดแรกให้กับสโมสรโกลด์โคสต์ยูไนเต็ดในเอลีก^{[ 3} ] เมื่อวันที่ 9 มีนาคม 2012 โบว์ลส์ทำประตูแรกในอาชีพการค้าแข้งของเขา ^ได้ในเกมกับนิวคาสเซิลเจ็ตส์

เมื่อวันที่ 22 มีนาคม 2012 มีการประกาศว่า Bowles ได้เซ็นสัญญาสองปีกับAdelaide UnitedในA-League โดยไม่เปิดเผยราย ละเอียด^{[ 4 ]}เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2014 มีการประกาศว่า Bowles รวมถึงJake Barker-Daish เพื่อนร่วมทีม ถูกปล่อยตัวออกจากสโมสร^{[ 5 ]}

เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2557 3.5 เดือนหลังจากถูกปล่อยตัวจากแอดิเลด ยูไนเต็ด โบว์ลส์ได้เซ็นสัญญากับบริสเบน โรร์^{[ 6 ]}โบว์ลส์ลงเล่นนัดแรกให้กับโรร์ในเกมที่เอาชนะนิวคาสเซิล เจ็ตส์ 4-0 ที่สนามฮันเตอร์ สเตเดียม โบว์ลส์ได้รับใบแดงแรกของฤดูกาลในเกมที่โรร์ชนะแอดิเลด ยูไนเต็ด 3-2 นอกบ้าน เขาได้รับใบแดงหลังจากดึงตัวไนเจล บูการ์ด กอง หลัง ซึ่งต่อมาพบว่าล้ำหน้า และแอดิเลดได้รับจุดโทษ แม้จะเป็นเช่นนั้น โบว์ลส์ก็ยังติดทีมยอดเยี่ยมประจำสัปดาห์ในรอบที่ 25 เขาลงเล่นในเกมเอซีแอลของโรร์ 3 นัด โดยเป็นส่วนหนึ่งของทีมรับที่รักษาคลีนชีตได้ในเกมกับปักกิ่ง กั๋วอัน

โบว์ลส์ได้รับบาดเจ็บที่หัวเข่าอย่างรุนแรงในเดือนมกราคม 2017 ทำให้เขาต้องพักรักษาตัวจนจบฤดูกาล แต่เขากลับมาลงเล่นได้อีกครั้งในช่วงต้นฤดูกาลถัดมา

โบว์ลส์เลิกเล่นฟุตบอลอาชีพในเดือนสิงหาคม 2020 เพื่อไปมุ่งเน้นธุรกิจร้านกาแฟ^{[ 7 ]}