เมื่อเกิดสงครามในยุโรป ผู้นำทางทหารเริ่มกังวลเกี่ยวกับการรุกรานของญี่ปุ่นในมหาสมุทรแปซิฟิก และขอให้รัฐบาลกลางให้ความสำคัญกับการสร้างโรงพยาบาลถาวรแห่งใหม่ในดาร์วินเป็นลำดับแรก ซึ่งได้รับการอนุมัติในปี 1940 โดยเริ่มก่อสร้างโรงพยาบาลขนาด 89 เตียงในเดือนมกราคม 1941 ^{[ 4 ] [ 3 ]}สงครามทำให้การส่งมอบอุปกรณ์ทางการแพทย์หยุดชะงัก รวมถึงเครื่องเอ็กซ์เรย์ซึ่งมาไม่ทันก่อนการเปิดโรงพยาบาลแห่งใหม่ในวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 1942 อุปกรณ์บางส่วนถูกยืมโดยกองทัพออสเตรเลียและสหรัฐอเมริกาขณะที่เรือพยาบาลManundaก็ถูกส่งไปยังดาร์วินเพื่อสนับสนุนการเสริมกำลังบุคลากรทางทหารในเมือง^{[ 3 ]}

แม้จะมีเครื่องหมายกากบาทสีแดงที่ทาสีไว้บนหลังคาอย่างชัดเจน แต่หอผู้ป่วยที่ 1 และบ้านพักของเจ้าหน้าที่จำนวนหนึ่งที่อยู่ใกล้เคียงในโรงพยาบาลแห่งใหม่ก็ได้รับความเสียหายเมื่อระเบิด 8 ลูกตกลงมาในบริเวณใกล้เคียงเมื่อเวลาประมาณ 10:05 น. ระหว่างการโจมตีทางอากาศครั้งแรกของญี่ปุ่นในเมืองเมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 ^{[ 2 ] [ 3 ] [ 5 ]}แม้จะได้รับความเสียหาย โรงพยาบาลก็ยังรับผู้บาดเจ็บจากพลเรือนส่วนใหญ่เข้ารับการรักษาหลังจากการโจมตี ไม่นานหลังจากนั้น โรงพยาบาลก็ตกอยู่ภายใต้การควบคุมของกองทัพบก และเจ้าหน้าที่พยาบาลพลเรือนที่เหลือก็ถูกอพยพไปยังรัฐอื่น^{[ 3 ]}

ความเสียหายที่เกิดขึ้นอันเป็นผลมาจากการทิ้งระเบิดและเศษซากจากการโจมตีครั้งต่อมาไม่ได้รับการซ่อมแซมจนกระทั่งหลังสงคราม เมื่อกระทรวงสาธารณสุขกลับมาควบคุมโรงพยาบาลอีกครั้ง เจ้าหน้าที่ที่มาถึงในปี 1946 พบว่าหลังคารั่วและอุปกรณ์ชำรุด^{[ 3 ]}งานอื่นๆ ที่วางแผนไว้ก่อนสงคราม รวมถึงการจัดภูมิทัศน์และการปิดผนึกถนนทางเข้า ในที่สุดก็แล้วเสร็จในปี 1950 ^{[ 2 ]}แต่เจ้าหน้าที่หลายคนถูกบังคับให้อาศัยอยู่ในกระท่อมของกองทัพในช่วงสงครามจนถึงช่วงปี 1960 ^{[ 3 ]}ในช่วงปลายทศวรรษ 1940 สภาพความเป็นอยู่และการทำงานที่ย่ำแย่ยังคงมีอยู่ และการประท้วงหยุดงานที่ยืดเยื้อทำให้ชื่อเสียงของโรงพยาบาลเสียหาย^{[ 6 ] [ 7 ]}

สภาพการณ์เริ่มดีขึ้นในช่วงทศวรรษ 1950 เนื่องจากมีการสร้างที่พักสำหรับเจ้าหน้าที่ใหม่^{[ 2 ]}โรงพยาบาลสามารถดึงดูดและรักษาศัลยแพทย์ไว้ได้ตั้งแต่ปี 1949 เป็นต้นไป ตามมาด้วยผู้เชี่ยวชาญด้าน อื่นๆ ภายในปี 1966 โรงพยาบาลสามารถให้ บริการ เฉพาะทางด้านจักษุวิทยานรีเวชวิทยาจิตเวชศาสตร์และกุมารเวชศาสตร์ได้[ ^{3 ] ใน}ช่วงทศวรรษ 1960 โรงพยาบาลได้ขยายตัวอย่างมาก โดยเปิดทำการในเดือนพฤศจิกายน 1967 ซึ่งรวมถึงการก่อสร้างหอผู้ป่วยคาห์ลิน 3 ชั้น 90 เตียง นอกจากนี้ยังมีการสร้างบ้านเทมิรา ซึ่งเป็นสถานที่ฝึกอบรมสำหรับนักศึกษาพยาบาล ควบคู่ไปกับอาคารบริหาร ห้องให้คำปรึกษาเพิ่มเติม และการปรับปรุงอาคารเดิมให้เป็นหอผู้ป่วยคลอดบุตรติดเครื่องปรับอากาศ^{[ 2 ] [ 8 ]}

ในช่วงปี 1970 มีการวางแผนการพัฒนาใหม่ในระยะที่สองเพื่อเพิ่มจำนวนเตียงจาก 359 ^{[ 2 ]}เป็น 423 เตียง อย่างไรก็ตาม ทางการกลับเลือกที่จะสร้างโรงพยาบาลใหม่ทั้งหมดในชานเมืองทางเหนือ ซึ่งจะแล้วเสร็จภายในปี 1977 ^{[ 8 ]}การเติบโตของประชากรอย่างรวดเร็วในช่วงต้นทศวรรษที่ 70 ทำให้โรงพยาบาลประสบปัญหาในการรับมือกับความต้องการ และมีการเพิ่มหอผู้ป่วยชั่วคราวในปี 1972 และ 1973 แผนการขยายถาวรเพิ่มเติม โดยการสร้างโรงพยาบาลใหม่ส่วนใหญ่ให้เป็นโรงพยาบาลขนาด 600 เตียง ถูกเลื่อนออกไปในช่วงเวลานี้^{[ 8 ]}

เมืองดาร์วินถูกพายุไซโคลนเทรซี่พัดถล่มในวันคริสต์มาสอีฟปี 1974 หลังพายุสงบลง การฟื้นฟูระบบไฟฟ้าให้กับโรงพยาบาลเป็นสิ่งสำคัญอันดับแรกสำหรับเจ้าหน้าที่ อาคารที่เก็บเครื่องกำเนิดไฟฟ้าสำรองได้รับความเสียหาย และการซ่อมแซมฉุกเฉินโครงสร้างนี้เป็นหนึ่งในงานแรกๆ ที่ดำเนินการในเมือง^{[ 9 ]}เนื่องจากช่วงเวลาที่เกิดพายุ เจ้าหน้าที่โรงพยาบาลหลายคนกำลังพักผ่อนอยู่ต่างรัฐ ทำให้โรงพยาบาลมีกำลังในการรักษาผู้บาดเจ็บน้อยลง ขณะที่ทั้งเมืองเต็มไปด้วยเศษซากปรักหักพัง ทำให้การเข้าถึงโรงพยาบาลเป็นไปได้ยาก^{[ 3 ]}ถึงกระนั้น ผู้บาดเจ็บกว่า 500 คนก็ยังเข้ารับการรักษาที่หอผู้ป่วยนอกที่ถูกน้ำท่วม^{[ 10 ]}

พายุ ไซโคลน ระดับ 4สร้างความเสียหายอย่างมากต่ออาคารหลายแห่งในโรงพยาบาลดาร์วิน ความเสียหายที่รุนแรงที่สุดคือหอผู้ป่วยคาห์ลิน ซึ่งเป็นที่ตั้งของห้องคลอดและห้องเด็กอ่อนของโรงพยาบาล รวมถึง ห้อง ปฏิบัติการพยาธิวิทยาซึ่งถูกทำลายอย่างสิ้นเชิง ชั้นบนของอาคารบริหารได้รับความเสียหายจากน้ำ ทำให้หนังสือในห้องสมุดของโรงเรียนพยาบาลเสียหายเป็นจำนวนมาก^{[ 2 ]}วิสัญญีแพทย์ของโรงพยาบาลเป็นหนึ่งใน 66 คนที่เสียชีวิตจากพายุ ท่ามกลางความกังวลว่าการขาดสุขอนามัยจะนำไปสู่การระบาดของโรค ผู้อำนวยการด้านสาธารณสุขจึงแนะนำให้มีการอพยพออกจากเมืองในขณะที่โครงสร้างพื้นฐานได้รับการสร้างใหม่^{[ 3 ]}มีการจัดตั้งคลินิกชั่วคราวขึ้นในศูนย์อพยพที่โรงเรียนมัธยมดาร์วินเพื่อรักษาผู้บาดเจ็บและฉีดวัคซีนให้กับผู้ที่รอเที่ยวบินไปยังรัฐทางใต้^{[ 10 ]}

แม้ว่าความเสียหายจากพายุไซโคลนจะทำให้การก่อสร้างโรงพยาบาล Casuarina แห่งใหม่ล่าช้า แต่บริการส่วนใหญ่ก็ถูกย้ายไปในช่วงปี 1980 โดยยังคงเตียงไว้ 60 เตียงที่โรงพยาบาลดาร์วิน ซึ่งรวมถึง หน่วย ผู้สูงอายุและจิตเวช ตลอดจน บริการฟื้นฟู ผู้ป่วยนอก บางส่วน สิ่งอำนวยความสะดวกด้านการบริหารและการฝึกอบรม^{[ 2 ]}แม้ว่าจะมีการคาดการณ์ว่าโรงพยาบาลจะยังคงดำเนินการต่อไปอย่างน้อยจนถึงปี 1985 ในฐานะโรงพยาบาลเสริม^{[ 11 ]}แต่ด้วยการปรับปรุงบริการด้านสุขภาพชุมชน เช่น การพยาบาลที่บ้าน จำนวนและระยะเวลาการเข้ารับการรักษาจึงลดลง โรงพยาบาลเก่าไม่จำเป็นอีกต่อไป โดยอาคารที่เสียหายจากพายุไซโคลนถูกรื้อถอนในช่วงปี 1981–82 ^{[ 11 ]}และอาคารอื่นๆ ถูกนำไปใช้ประโยชน์อื่นๆ เช่น เป็นที่พักชั่วคราวสำหรับโรงเรียนประถม Larrakeyah จนถึงปี 1985 ^{[ 12 ]}

อาคารที่เหลืออยู่จำนวนหนึ่งที่ Myilly Point ได้รับการปรับปรุงใหม่ก่อนการเปิดวิทยาลัยมหาวิทยาลัยแห่งนอร์เทิร์นเทร์ริทอรีในเดือนเมษายน พ.ศ. 2530 ซึ่งต่อมาได้ควบรวมกับสถาบันเทคโนโลยี Darwin และก่อตั้งเป็นมหาวิทยาลัยนอร์เทิร์นเทร์ริทอรีในปี พ.ศ. 2532 มหาวิทยาลัยยังคงใช้พื้นที่วิทยาเขต Myilly Point จนถึงปี พ.ศ. 2540 ^{[ 13 ]}อาคารที่เหลือทั้งหมดถูกรื้อถอนในช่วงปลายทศวรรษ พ.ศ. 2533 ^{[ 4 ]}แม้จะมีเสียงเรียกร้องให้รักษาที่พักของพยาบาลไว้เป็นส่วนหนึ่งของพื้นที่มรดก Myilly Point ก็ตาม^{[ 14 ]}