บาบุนสกี้ เกิดที่เมืองสโกเปียเขาเข้าร่วมลามาเซียของสโมสรฟุตบอลบาร์เซโลนาในปี 2006 เมื่ออายุ 12 ปี หลังจากโดดเด่นที่UDA Gramenet [ ^{1 ] ใน}เดือนธันวาคม 2011 เขาได้รับเลือกให้เป็นนักกีฬาเยาวชนแห่งปีของมาซิโดเนีย โดยเอาชนะนักคาราเต้อย่างอาซิซ อิสมาอิลและเบรัต จาคูปี^{[ 2 ]}

บาบุนสกี้ได้รับการเลื่อนชั้นสู่ทีมสำรองในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2556 ^{[ 3 ]}และประเดิมสนามในระดับอาชีพเมื่อวันที่ 24 สิงหาคม โดยลงสนามเป็นตัวสำรอง ในครึ่งหลังในเกมที่ชนะ ซีดี ลูโก 2-1 ในบ้านในการแข่งขัน เซ กุนดา ดิวิซิออ น ^{[ 4 ]}เขาทำประตูแรกได้เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 โดยยิง ประตูชัย ในช่วงนาทีสุดท้ายในเกมที่ชนะเอดี อัลกอร์คอน 4-3 ในบ้าน ^{[ 5 ]}

เขาลงเล่น 16 เกมในฤดูกาล 2014–15ซึ่งจบลงด้วยการตกชั้นไปเล่นในเซกุนดา ดิวิซิออน บี เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2015 ขณะลงเล่นเป็นตัวสำรองแทน ฮวน กามาราในช่วงพักครึ่งเขาได้รับใบแดงโดยตรงในเกมที่แพ้RCD มายอร์กา 2–4 ที่สนามมินิ เอสตาดิ^{[ 6 ]}

หลังจากอยู่กับบาร์เซโลนามาสิบปี บาบุนสกี้ก็ออกจากทีมด้วยความยินยอมร่วมกันในเดือนมกราคม 2016 ^{[ 7 ]}

บาบุนสกี้เซ็นสัญญากับเรดสตาร์ เบลเกรดเป็นเวลา 2 ปีครึ่งเมื่อวันที่ 28 มกราคม 2016 ^{[ 8 ]}เขาประเดิมสนามในเซอร์เบียน ซูเปอร์ลีกาเมื่อวันที่ 20 กุมภาพันธ์ โดยลงมาแทนอเล็กซานดาร์ คาไต ในช่วง 11 นาทีสุดท้ายของการแข่งขันที่ชนะ เอฟเค มลาดอสต์ ลูชานี 2-1 ในบ้าน[ ^{9 ]}และลงเล่นอีก 5 นัดในขณะที่ทีมคว้าแชมป์สมัย^ที่ 27 ^{[ 10 ]}

เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2017 บาบุนสกี้เซ็นสัญญากับสโมสรโยโกฮาม่า เอฟ มารินอสของ ญี่ปุ่น ^{[ 11 ]}ซึ่งเป็นการซื้อตัวครั้งที่สองจากเรดสตาร์ในเดือนนั้น ต่อจากฮูโก้ วิเอร่า [ ^{12 ] เขา}ประเดิมสนามในเจลีก 1 เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ โดยทำประตูแรก ใน เกม เปิดฤดูกาลที่ชนะอุราวะ เรด ไดมอนด์ ส 3-2 ในบ้าน ^{[ 13 ]}

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2561 บาบุนสกี้เซ็นสัญญากับโอมิยะ อาร์ดิยาซึ่งอยู่ในลีกเดียวกัน^{[ 14 ]}

เมื่อวันที่ 2 มีนาคม 2020 บาบุนสกีเซ็นสัญญาหนึ่งปีครึ่งกับสโมสรFC Botoșaniของ โรมาเนีย ^{[ 15 ]}เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม เขาได้รับการปล่อยตัวจากสโมสรโดยความยินยอมร่วมกัน^{[ 16 ]}

เมื่อวันที่ 11 มกราคม 2021 บาบุนสกีได้เข้าร่วมFC Viitorul Constanțaซึ่งอยู่ในลีก I เช่นกัน ด้วยสัญญาสองปีครึ่ง^{[ 17 ]}

เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2021 บาบุนสกีเซ็นสัญญาสองปีกับสโมสรเดเบรเซนี วีเอสซีของ ฮังการี ^{[ 18 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 2022 Debreceni VSC ได้ยกเลิกสัญญาของเขาโดยความยินยอมร่วมกัน เมื่อวันที่ 20 กันยายน 2022 Babunski ได้เซ็นสัญญากับMezőkövesdและในเดือนมกราคม 2023 ได้เซ็นสัญญาฉบับใหม่กับสโมสรเป็นเวลาสองปีครึ่ง^{[ 19 ] [ 20 ]}

เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม 2024 บาบุนสกี้เซ็นสัญญากับดันดี ยูไนเต็ดทีมในสกอตติช พรีเมียร์ชิปเป็นเวลาหนึ่งปี พร้อมตัวเลือกต่อสัญญาอีกหนึ่งฤดูกาล^{[ 21 ]}

ณ วันที่แข่งขัน 16 มีนาคม 2025 ^{[ 30 ] [ 31 ] [ 32 ]}

ณ วันที่แข่งขัน 20 พฤศจิกายน 2022 ^{[ 33 ]}