สโมสรก่อตั้งขึ้นในชื่อDeportivo Pereira SAในปี 2548 หลังจากสิทธิ์การเป็นสมาชิก ( ficha ) ของReal Sincelejoซึ่งเป็นสโมสรที่แข่งขันใน Categoría Primera B จนถึงปี 2547 ถูกขายอย่างไม่ถูกต้องโดยผู้ถือหุ้นรายหนึ่งให้กับนักลงทุนจากPereiraนำโดยอดีตวุฒิสมาชิกHabib Merhegซึ่งต้องการสร้างสโมสรเพื่ออ้างสิทธิ์ในใบอนุญาตที่Deportivo Pereira ถือครอง อยู่ และป้องกันไม่ให้สโมสรหลังล้มละลายเนื่องจากปัญหาทางการเงิน อย่างไรก็ตาม Deportivo Pereira สามารถแข่งขันในลีกต่อไปได้ และสโมสรถูกขายให้กับเจ้าของคนปัจจุบัน Gustavo Moreno ซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็นDépor FCและย้ายไปที่Cartago, Valle del Cauca ^{[ 1 ] [ 2 ]}

ในปีต่อมา สโมสรได้ย้ายไปอยู่ที่จามุนดีในจังหวัดเดียวกัน ตั้งแต่ปี 2006 ถึง 2008 สนามเหย้าของสโมสรคือสนามเอสตาดิโอ กาซิเก จามุนดีโดยได้กลับมาเล่นที่สนามเดิมเป็นการชั่วคราวในปี 2010 และครึ่งแรกของฤดูกาล 2011เนื่องจากสนามเหย้าเดิมปิดปรับปรุงเพื่อเตรียมการแข่งขันฟุตบอลโลกเยาวชนอายุไม่เกิน 20 ปี ปี 2011ความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของสโมสรคือการผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศเป็นครั้งแรกและครั้งเดียวในปี 2008 ภายใต้การนำของโค้ชฮูลิโอ วัลดิวิเอโซ

เนื่องจากปัญหาทางการเงินและการสนับสนุนจาก รัฐบาลท้องถิ่นของ เมืองคาลีรวมถึงบริษัทสาธารณูปโภคEmcaliซึ่งต้องการดำเนินงานด้านสังคมสงเคราะห์กับเยาวชนจากเขต Aguablanca ในเมืองคาลี สโมสรจึงเปลี่ยนชื่อเป็นDépor Aguablancaในปี 2009 และย้ายจาก Jamundí เพื่อเป็นตัวแทนของภาคส่วนดังกล่าว โดยปัจจุบันเล่นเกมเหย้าที่Estadio Pascual Guerrero [ ^{3 ] นับ}ตั้งแต่นั้นมา สโมสรยังคงแข่งขันใน Primera B โดยไม่มีผลลัพธ์ที่โดดเด่น

ในปี 2015 หลังจากศาลมีคำพิพากษาประกาศให้การขายสโมสรเรอัล ซินเซเลโฮเป็นโมฆะ ผู้ถือหุ้นเดิมของ สโมสร ซินเซเล โฮจึง ขายสโมสรให้กับฮวน คาร์ลอส เรสเตรโป พ่อเลี้ยงของนักฟุตบอลเจมส์ โรดริ เกซ ซึ่งตั้งใจจะย้ายสโมสรไปที่อิบาเกเปลี่ยนชื่อเป็นโตลิมา เรอัลและเข้าร่วมการแข่งขันพรีเมรา บี แม้ว่าเรสเตรโปจะอ้างว่าเขาเป็นเจ้าของสโมสรเรอัล ซินเซเลโฮ อย่างถูกต้อง แต่DIMAYORปฏิเสธที่จะรับโตลิมา เรอัลเข้าร่วม ในขณะเดียวกัน กุสตาโว โมเรโน เจ้าของสโมสรเดปอร์ เอฟซี ได้ก่อตั้งสโมสรใหม่ในชื่อแอตเลติโก ฟุตบอล คลับซึ่งได้รับความยินยอมจากทั้ง DIMAYOR และColdeportesและเข้ามาแทนที่เดปอร์ เอฟซีในการแข่งขันต่างๆ^{[ 2 ]} Coldeportes ได้เพิกถอนใบอนุญาตประกอบกิจการกีฬา ( reconocimiento deportivo ) ของ Real Sincelejo และใบอนุญาตที่ Dépor ใช้ในการแข่งขันตั้งแต่ปี 2005 จนถึงตอนนั้น เพื่ออนุญาตให้ Atlético FC เข้าร่วม DIMAYOR ^{[ 4 ]}สโมสรนี้เป็นที่รู้จักกันทั่วไปในชื่อAtlético de Caliหรือเรียกสั้นๆว่าAtlético

เนื่องจากความขัดแย้งนี้ สโมสรจึงไม่สามารถลงเล่นเจ็ดนัดแรกของฤดูกาล 2016ได้ ซึ่งจะถูกตัดสินให้เป็นฝ่ายแพ้โดยการถอนตัวอย่างไรก็ตาม ในที่สุดก็ได้รับการยืนยันให้ลงเล่นหลังจากที่สโมสรเปลี่ยนชื่อและได้รับการยอมรับเข้าสู่ลีก^{[ 5 ]}

ในการ แข่งขัน Primera B ฤดูกาล 2021–Iแอตเลติโกได้อันดับที่แปดในรอบแรกและผ่านเข้ารอบรองชนะเลิศเป็นครั้งแรกภายใต้ชื่อดังกล่าว^{[ 6 ]}อย่างไรก็ตาม พวกเขาไม่สามารถเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศของการแข่งขันได้หลังจากจบอันดับสุดท้ายในกลุ่ม