การสกัดแบบแยกส่วน (หรือที่เรียกว่าการสลายเซลล์แบบแยกส่วน) หมายถึงกระบวนการที่สามารถสกัดดีเอ็นเอจากเซลล์สองชนิดที่แตกต่างกันได้โดยไม่ทำให้สารประกอบภายในเซลล์ปะปนกัน การประยุกต์ใช้ที่พบได้บ่อยที่สุดของวิธีนี้คือการสกัดดีเอ็นเอจากเซลล์เยื่อ บุช่องคลอด และเซลล์อสุจิจากคดีข่มขืน เพื่อกำหนดโปรไฟล์ดีเอ็นเอของเหยื่อและผู้กระทำความผิด ความสำเร็จของวิธีนี้ขึ้นอยู่กับข้อเท็จจริงที่ว่าเซลล์อสุจิบรรจุดีเอ็นเอโดยใช้โปรตามีน (แทนที่จะเป็นฮิสโตน ) ซึ่งยึดติดกันด้วยพันธะไดซัลไฟด์ โปรตามีนจะกักเก็บดีเอ็นเอจากเซลล์อสุจิ ทำให้ดีเอ็นเอจากเซลล์อสุจิมีความทนทานต่อการสกัดมากกว่าดีเอ็นเอจากเซลล์เยื่อบุช่องคลอด

หลังจากตรวจสอบแล้วว่ามีเซลล์อสุจิอยู่ (โดยทั่วไปใช้วิธีการย้อมสีและกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง) ในตัวอย่างจากช่องคลอด/ทวารหนัก เซลล์เยื่อบุผิวของบุคคลนั้นจะถูกทำลายโดยวิธีการสกัด DNA มาตรฐาน เช่นการสกัดด้วยฟีนอล/คลอโรฟอร์มและ DNA ของเซลล์อสุจิจะถูกสกัดออกมาด้วยวิธีการปกติ DNA ของเซลล์เยื่อบุผิวในสารละลายจะถูกแยกออกและเก็บไว้ ในขณะที่ DNA ของเซลล์อสุจิจะตกตะกอนพร้อมกับโปรตามีนที่เกาะอยู่ การสกัดแบบแยกส่วนจะใช้สารเคมีที่เรียกว่าไดไทโอไทรทอล (DTT) เพื่อทำลายพันธะซัลเฟอร์ในโปรตามีนเพื่อปลดปล่อย DNA ออกมา เมื่อ DNA แยกออกจากโปรตามีนแล้ว ก็จะสามารถสกัดได้ด้วยวิธีการสกัด DNA มาตรฐาน ซึ่งจะทำให้ได้ DNA สองส่วนที่แตกต่างกันจากตัวอย่างเดียว คือ DNA ของผู้เสียหายและ DNA ของผู้กระทำความผิด

อย่างไรก็ตาม วิธีการที่อธิบายไว้นั้นยากที่จะดำเนินการ เนื่องจากต้องใช้แรงงานมากและใช้เวลานาน ส่งผลให้มีชุดตรวจการข่มขืนที่ยังไม่ได้ทดสอบสะสมอยู่เป็นจำนวนมาก คาดว่ามีชุดตรวจการข่มขืนมากถึง 500,000 ชุดในสหรัฐอเมริกาเพียงประเทศเดียว^{[ 1 ]} Greenspoon et al. ^{[ 2 ]}รายงานว่ามีการปรับปรุงประสิทธิภาพและปริมาณงานในการประมวลผลตัวอย่างโดยใช้ระบบอัตโนมัติแบบหุ่นยนต์ อย่างไรก็ตาม ต้นทุนที่เกี่ยวข้องกับการนำไปใช้ร่วมกับปริมาณตัวอย่างที่มีปริมาณงานต่ำอาจไม่เหมาะสมสำหรับห้องปฏิบัติการนิติวิทยาศาสตร์และไม่สามารถพิสูจน์ได้^{[ 3 ]}

เมื่อเร็วๆ นี้ได้มีการนำขั้นตอนการสกัด กรดนิวคลีอิกหลายขั้นตอนมาใช้เพื่อให้ได้ไลเซต DNA ที่มีคุณภาพสูงสุด^{[ 4 ]}เมมเบรนแบบปิดผนึกตัวเองช่วยให้สามารถปล่อยและแยก DNA จากตัวอย่างผสมได้ทีละขั้นตอน เมื่อนำไปใช้ในระบบคอลัมน์แบบหมุนเหวี่ยงจะเหมาะอย่างยิ่งสำหรับขั้นตอนการสกัด DNA ที่เกี่ยวข้องกับการสกัดแยกความแตกต่างของตัวอย่างทางนิติวิทยาศาสตร์ เช่น เนื้อเยื่อบุผิว น้ำลาย หรือเลือด เทียบกับอสุจิ โปรโตคอลการสกัดที่ง่ายและเชื่อถือได้สำหรับทั้งตัวอย่างที่ย้อมสีและตัวอย่างจากช่องคลอดและนรีเวช ช่วยเอาชนะปัญหาที่มักกล่าวอ้างในการสกัดแยกความแตกต่าง (เช่น การสูญเสียเม็ดอสุจิผ่านขั้นตอนการล้างหลายขั้นตอน)

นอกจากนี้ การตัดสินใจเบื้องต้นว่ากระบวนการสกัดแยกส่วนนั้นคุ้มค่ากับเวลาและความพยายามหรือไม่ สามารถทำได้โดยอาศัยการแยกบัฟเฟอร์แบบค่อยเป็นค่อยไป เช่นเดียวกับการทดสอบเบื้องต้นทางภูมิคุ้มกันสำหรับน้ำอสุจิในตัวอย่างที่ได้จากการล่วงละเมิดทางเพศ ซึ่งสามารถทำได้โดยใช้ตัวอย่างเดียวกัน

ก่อนอื่น โปรตีนของมนุษย์ เช่นแอนติเจน เซเมโนเจลินของมนุษย์ สามารถแยกและวิเคราะห์ทางภูมิคุ้มกันได้เพื่อตรวจสอบอย่างรวดเร็วว่ามีน้ำอสุจิของมนุษย์อยู่หรือไม่ หากการทดสอบนี้ให้ผลเป็นบวก ตัวอย่างคดีเดียวกันจะถูกดำเนินการต่อไป^{[ 5 ]}ส่วนแรกของการสลายเซลล์ แบบแยกส่วน จะดำเนินการภายใต้สภาวะที่ไม่รุนแรงเพื่อให้ได้ DNA ของเพศหญิงสารละลายของเซลล์เยื่อบุผิวจะถูกกักเก็บไว้ในคอลัมน์แม้ในระหว่างการบ่มด้วยความร้อนและการเขย่าปานกลาง เมื่อทำการปั่นเหวี่ยง สารละลายจะผ่านคอลัมน์ไปยังหลอดเก็บ สารละลาย DNA จะถูกทำให้บริสุทธิ์เพิ่มเติมและใช้เพื่อสร้าง โปรไฟล์ STR ออโตโซมของเหยื่อ เพื่อให้ได้ DNA ของเพศชายซึ่งจะระบุตัวผู้กระทำความผิด จะใช้สภาวะการสลายเซลล์ที่รุนแรงกว่ากับคอลัมน์กรองเดียวกันในภายหลังโดยไม่จำเป็นต้องมีการขนส่งตัวอย่างเพื่อทำลายสเปิร์มที่ถูกกักเก็บไว้ เนื่องจากผลผลิต DNA สูง โอกาสที่จะได้โปรไฟล์ DNA ที่ประสบความสำเร็จโดยการวิเคราะห์ขั้นต่อไปจึงเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ วิธีการจัดการที่เรียบง่ายนี้ช่วยประหยัดเวลาและเพิ่มประสิทธิภาพในการทำงานแบบแมนนวล ซึ่งส่งผลให้มีอัตราการไขคดีที่ดีขึ้นและเร่งการวิเคราะห์ตัวอย่างคดีที่ค้างอยู่