การย้อมสีแบบแยกความแตกต่าง เป็นกระบวนการย้อมสีที่ใช้ สีย้อมเคมีมากกว่าหนึ่งชนิด[ ^{1 ] การ} ใช้สีย้อมหลายชนิดสามารถแยกความแตกต่างระหว่างจุลินทรีย์หรือโครงสร้าง/ส่วนประกอบของเซลล์ที่แตกต่างกันของสิ่งมีชีวิตชนิดเดียวกัน ได้ดียิ่งขึ้น

การย้อมสีแยกชนิดใช้เพื่อตรวจหาความผิดปกติในสัดส่วนของเม็ดเลือดขาวชนิดต่างๆ ในเลือดกระบวนการหรือผลลัพธ์เรียกว่า การตรวจแยกชนิดเม็ดเลือดขาว (WBC differential ) การทดสอบนี้มีประโยชน์เพราะโรค หลายชนิด เปลี่ยนแปลงสัดส่วนของเม็ดเลือดขาว บางชนิด การวิเคราะห์ความแตกต่างเหล่านี้ร่วมกับการตรวจร่างกายและการตรวจทางห้องปฏิบัติการอื่นๆ ช่วยให้ผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์สามารถวินิจฉัยโรคได้

หนึ่งในตัวอย่างการใช้การย้อมสีแบบแยกความแตกต่างที่คุ้นเคยกันดีคือ การย้อมสีแกรม การย้อมสีแกรมใช้สีย้อมสองชนิด ได้แก่คริสตัลไวโอเลตและฟุคซินหรือซาฟรานิน (สีย้อมเสริม) เพื่อแยกความแตกต่างระหว่างแบคทีเรียแกรมบวก ( มีชั้น เพปติโดไกลแคน ขนาดใหญ่ บนพื้นผิวด้านนอกของเซลล์) และแบคทีเรีย แกรมลบ

สีย้อม ทนกรดก็เป็นสีย้อมที่ใช้ในการแยกแยะความแตกต่างเช่นกัน

• http://www.uphs.upenn.edu/bugdrug/antibiotic_manual/Gram2.htmเทคนิคการย้อมสีแกรม