ชาวยุโรปคนแรกที่เดินทางผ่านชิลีคือเฟอร์ดินานด์ แมเจลลันในปี 1520 โดยผ่านช่องแคบที่ตั้งชื่อตามเขาบนกำแพงทางตอนใต้สุดของทวีปละตินอเมริกาหลังจากการพิชิตจักรวรรดิแอซเท็กโดยเฮอร์นัน กอร์เตสระหว่างปี 1518 ถึง 1521 การขยายดินแดนครั้งใหม่ก็เกิดขึ้นในทิศทางของจักรวรรดิอินคาตั้งแต่ปี 1532 ซึ่งนำโดยฟรานซิสโก ปิซาร์โรการพิชิตชิลีบางส่วนเริ่มต้นขึ้นในปี 1535 ส่งผลให้มีการตั้งถิ่นฐานของชาวสเปนขนาดเล็กในพื้นที่นั้น

มีข้อถกเถียงเกี่ยวกับการใช้คำว่า "การค้นพบ" เพื่ออ้างถึงการค้นพบประเทศชิลีหรือประเทศอื่นๆ โดยชาวยุโรป เนื่องจากในมุมมองของมนุษย์โดยรวมแล้ว ดินแดนทั้งหมดล้วนเคยมีผู้คนจากหลากหลายกลุ่มอาศัยอยู่

ในศตวรรษที่ 19 โฮเซ่ โตริบิโอ เมดินา นักประวัติศาสตร์ชาวชิลี ได้พิสูจน์ว่า มากาญาเนส เป็นชาวยุโรปคนแรกที่ค้นพบชิลี ไม่ใช่ดิเอโก เด อัลมาโกร ข้อกล่าวอ้างนี้ได้รับการยืนยันอีกครั้งในศตวรรษที่ 20 โดยไฆเม เอย์ซากีร์เรและในศตวรรษที่ 21 โดยมาเตโอ มาร์ตินิก

ช่วงแรกของการพิชิตดินแดนอยู่ภายใต้การดูแลของดิเอโก เด อัลมาโกรนายทหารคนสำคัญของ ฟราน ซิสโก ปิซาร์โรในขณะนั้น อัลมาโกรปกครองเปรู ครึ่ง หนึ่ง ส่วนปิซาร์โรปกครองอีกครึ่งหนึ่งและดำรงตำแหน่งอุปราชของอาณานิคม เนื่องจากมีการถกเถียงกันว่าใครเป็นคนแรกที่ไปถึงเมืองกุสโกอัลมาโกรจึงวางแผนพิชิตชิลีเพื่อเพิ่มเกียรติยศของตนเอง คณะเดินทางของเขามีชาวสเปนประมาณ 500 คนและชนพื้นเมืองอีกหลายพันคน ระหว่างการเดินทาง กลุ่มของเขาประสบความสูญเสียอย่างมาก ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1536 อัลมาโกรเดินทางมาถึงชิลี และสั่งให้สร้างป้อมปราการขึ้นที่นั่น อย่างไรก็ตาม เนื่องจากชนพื้นเมืองเป็นปรปักษ์ต่อชาวต่างชาติชาวสเปน โดยเฉพาะอย่างยิ่งชนเผ่ามาปูเชที่มองพวกเขาในแง่ลบอย่างมาก ความรุนแรงระหว่างทั้งสองฝ่ายจึงปะทุขึ้น culminating ในยุทธการเรย์โนเกเลน (1536)ซึ่งบังคับให้ต้องล่าถอยผ่านทะเลทรายอาตากามา เมื่ออัลมาโกรกลับมา ความขัดแย้งกับปิซาร์โรก็ปะทุขึ้นอีกครั้ง เขาถูกปลดจากตำแหน่งผู้ว่าการและถูกตัดสินประหารชีวิตตามคำสั่งของปิซาร์โร โดยเรื่องราวลงเอยด้วยการตัดศีรษะในปี 1538

ในปี ค.ศ. 1540 การพิชิตดินแดนในชิลีได้เริ่มต้นขึ้นอีกครั้ง โดยมีเปโดร เด วัลดิเวีย เป็นผู้นำ ซึ่งเสียชีวิตระหว่างการเดินทาง วัลดิเวียพยายามเกณฑ์ทหารแต่ไม่ประสบความสำเร็จ เนื่องจากภูมิภาคนี้ขาดแคลนทรัพยากรและทัศนคติของชนพื้นเมือง อย่างไรก็ตาม เขาได้เลือกเส้นทางเดียวกับที่อัลมาโกรใช้ในการเดินทาง คือทะเลทรายอาตากามาเมื่อไปถึงหุบเขาโคปิอาโปเขาได้ก่อตั้งถิ่นฐานซึ่งต่อมากลายเป็นเมืองสำคัญในชิลี ได้แก่ ซานติอาโก เดล นูเอโว เอ็กซ์เตรโม (ปัจจุบันรู้จักกันในชื่อซานติอาโก เด ชิลี นับ ตั้งแต่ได้รับเอกราชในปี ค.ศ. 1810) ในปี ค.ศ. 1541 และลา เซเรนาในปี ค.ศ. 1544 ต่อมาเขาได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ว่าการชิลีในปี ค.ศ. 1550 และเริ่มการพิชิตดินแดนลงใต้ต่อไป โดยทำสงครามกับชนเผ่า มาปูเช

เขาเสียชีวิตระหว่างการยึดป้อมทูคาเปลในปี 1553 อย่างไรก็ตาม แม้เขาจะเสียชีวิตไปแล้ว แต่เมืองอื่นๆ อีกมากมายก็ยังคงตั้งชื่อตามเขา และการพิชิตดินแดนของเขาก็สิ้นสุดลงภายใต้การบัญชาการของหนึ่งในผู้ใต้บังคับบัญชาของเขา การต่อสู้กับชาวมาปูเชสิ้นสุดลงในปี 1561

ฮวน เซบาสเตียน เอลกาโนแจ้งข่าวเกี่ยวกับช่องแคบมาเจลลันแก่พระเจ้าชาร์ลส์ ที่ 5 ทำให้พระองค์ทรงจัดตั้งกองเรือ และมอบหมายให้ฟราย การ์เซีย โจเฟร เด โลไอซา เป็นผู้บัญชาการ การเดินทางเริ่มต้นที่ลาโกรูนาในวันที่ 24 กรกฎาคม ค.ศ. 1525 และเข้าสู่ช่องแคบในวันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 1526 ระหว่างการเดินทางนั้น เกิดเหตุเรืออับปางครั้งแรกในชิลี เมื่อเรือซานติช เอสปิริตุส ซึ่งมีฮวน เซบาสเตียน เอลกาโน เป็นผู้บัญชาการ จม ลงห่างจากแหลมดันเจเนสในปัจจุบันไปทางทิศตะวันตกหลายไมล์

• ชิลีในยุคอาณานิคม
• ชาวอินคาในภาคกลางของชิลี
• ประวัติศาสตร์ของชาวมาปูเช