โดเมน Dockerin
โครงสร้างของโดเมน Dockerin ชนิด I จากเซลลูโลโซมของ C. thermocellum
ตัวระบุ
เครื่องหมาย	ด็อกเกอริน_1
พีแฟม	PF00404
อินเตอร์โปร	IPR018242
โปรไซต์	PDOC00416
สโคป2	1daq / SCOPe / SUPFAM
ซีดีดี	ซีดี14253
โครงสร้างโปรตีนที่มีอยู่: พีดีบี   IPR018242 PF00404 ( ECOD ; PDBsum )   อัลฟาโฟลด์ IPR018242 PF00404

ด็อกเกอรินเป็นโดเมนโปรตีนที่พบใน โครงสร้าง เซลล์เซลลูโลโซมของแบคทีเรียแบบไม่ใช้ออกซิเจนพบได้ใน เอนไซม์ เอนโดกลู คา เนสหลายชนิด คู่พันธะของด็อกเกอรินคือ โดเมน โค ฮีซิน ซึ่งตั้งอยู่บนโปรตีนสแคฟโฟลดิน ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโดเมนด็อกเกอรินของเอนไซม์ที่เป็นส่วนประกอบของเซลลูโลโซมและโดเมนโคฮีซินของโปรตีนสแคฟโฟลดินมีความสำคัญต่อการสร้างคอมเพล็กซ์เซลลู โลโซม ^{[ 1 ]}โดเมนด็อกเกอรินมีโมทีฟจับแคลเซียมแบบไม่ใช่EF hand ที่ซ้ำกันสองชุด แต่ละโมทีฟมีลักษณะเฉพาะด้วยโครงสร้างแบบลูป-เฮลิกซ์ [ ^{2 ] โครงสร้าง} สามมิติของด็อกเกอรินได้รับการกำหนดในสารละลาย^{[ 3 ]}เช่นเดียวกับในคอมเพล็กซ์กับโคฮีซิน^{[ 4 ]}

โดเมน Dockerin มี 3 ประเภท ได้แก่ I, II และ III ซึ่งจับกับ Cohesin ประเภท I, Cohesin ประเภท II และ Cohesin ประเภท III ตามลำดับ โดเมน Dockerin ประเภท I มีความยาว 65-70 หน่วย^{[ 5 ]}ความจำเพาะในการจับของปฏิสัมพันธ์ประเภท I ได้รับการศึกษาอย่างละเอียดโดยการศึกษาโครงสร้างและการกลายพันธุ์ ปฏิสัมพันธ์ ประเภท II ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างละเอียด^{[ 6 ]}

• มือ EF
• เซลลูโลโซม

โครงสร้างของโปรตีน:

• Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (2001). "โครงสร้างสารละลายของโดเมนด็อกเกอรินชนิดที่ 1 ซึ่งเป็นโดเมนจับแคลเซียมภายนอกเซลล์ของโปรคาริโอตชนิดใหม่" J Mol Biol . 307 (3): 745– 753. doi : 10.1006/jmbi.2001.4522 . PMID  11273698 .
• Bayer EA, Shimon LJ, Shoham Y, Lamed R (1998). "เซลลูโลโซม - โครงสร้างและโครงสร้างระดับจุลภาค". J Struct Biol . 124 ( 2– 3): 221– 234. doi : 10.1006/jsbi.1998.4065 . PMID  10049808 .

การกำหนดลักษณะเฉพาะ:

• Haimovitz R, Barak Y, Morag E, Voronov-Goldman M, Shoham Y, Lamed R, Bayer EA (2008). "ไมโครอาร์เรย์โคฮีซิน-ด็อกเกอริน: ความจำเพาะที่หลากหลายระหว่างสองตระกูลเสริมของโมดูลโปรตีนที่โต้ตอบกัน" Proteomics . 8 (5): 968– 979. doi : 10.1002/pmic.200700486 . PMID  18219699 . S2CID  206360888 .
• Adams JJ, Webb BA, Spencer HL, Smith SP (2005). "ลักษณะโครงสร้างของโมดูลด็อกเกอรินประเภท II จากเซลลูโลโซมของ Clostridium thermocellum: ผลกระทบที่เกิดจากแคลเซียมต่อโครงสร้างและการจดจำเป้าหมาย" Biochemistry . 44 (6): 2173– 2182. doi : 10.1021/bi048039u . PMID  15697243 .
• Jindou S, Soda A, Karita S, Kajino T, Béguin P, Wu JH, Inagaki M, Kimura T, Sakka K, Ohmiya K (2004). "ปฏิสัมพันธ์ของโคฮีซิน-ด็อกเกอรินภายในและระหว่าง Clostridium josui และ Clostridium thermocellum: การเลือกจับระหว่างโดเมนด็อกเกอรินและโคฮีซินที่เกี่ยวข้องและความจำเพาะของสายพันธุ์" . J Biol Chem . 279 (11): 9867– 9874. doi : 10.1074/jbc.M308673200 . PMID  14688277 .