บริษัทขนส่งชิคาโกและนอร์ทเวสเทิร์นยินดีที่จะปรับปรุงหัวรถจักร GP9 รุ่นเก่าส่วนใหญ่ของตนใหม่ และได้ปรับปรุงใหม่ทั้งหมด 71 คัน โดยแต่ละคันได้รับการปรับปรุงใหม่เป็น 9 ชุด^{[ 1 ]}

ชุดแรกได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2514 ถึงตุลาคม พ.ศ. 2515 ชุดที่สองได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2515 ถึงตุลาคม พ.ศ. 2516 ชุดที่สามได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนกันยายน พ.ศ. 2515 ถึงสิงหาคม พ.ศ. 2521 ชุดที่สี่ได้รับการสร้างใหม่ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2516 ชุดที่ห้าได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนเมษายน พ.ศ. 2520 ถึงกันยายน พ.ศ. 2520 ชุดที่หกได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2520 ถึงตุลาคม พ.ศ. 2510 ชุดที่เจ็ดได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2521 ถึงพฤศจิกายน พ.ศ. 2523 และชุดที่เก้าได้รับการสร้างใหม่ระหว่างเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2524 ถึงสิงหาคม พ.ศ. 2524 ^{[ 1 ]}

บริษัทรถไฟแกรนด์ทรังก์เวสเทิร์น (GTW) กำลังศึกษาตัวเลือกสำหรับหัวรถจักรขนาดเล็กที่มีกำลังแรงม้าต่ำ เพื่อมาทดแทนหัวรถจักร GP9 ที่มีอยู่ หลังจากการสิ้นสุด โครงการ GP15-1 ของ EMD และหัวรถจักรที่มีกำลังแรงม้าต่ำที่สุดในแคตตาล็อกของ EMD คือ GP59 ขนาด 3,000 แรงม้าซึ่งใช้เครื่องยนต์หลักรุ่น710

ทาง GTW ตัดสินใจที่จะปรับปรุงรถไฟรุ่น GP9 ทั้งหมดให้เป็นรถไฟรุ่น GP9R ของตนเอง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการอัพเกรดระบบไฟฟ้า ชิ้นส่วนเครื่องยนต์ และห้องโดยสาร

รถไฟเหล่านี้ได้รับการปรับปรุงใหม่โดยบริษัท Grand Trunk Western ที่โรงงาน Battle Creek ของตนเอง ระหว่างปี 1989 ถึง 1993 การปรับปรุงใหม่นี้ยังรวมถึงระบบไฟฟ้าแบบโซลิดสเตท โมดูลควบคุมการลื่นไถลของล้อ ระบบเครื่องกำเนิดไฟฟ้ากระแสสลับ การปรับปรุงระบบลมและระบบเบรก และการปรับปรุงโครงสร้างด้วย

ชุดกำลัง EMD 567 เดิมถูกแทนที่ด้วยชิ้นส่วน 645 เพื่อความน่าเชื่อถือที่สูงขึ้นและการเข้าถึงชิ้นส่วนที่ง่ายขึ้น และรถจักร GP9R ยังคงมีกำลัง 1,750 แรงม้าเท่าเดิม

หน่วยเหล่านี้ได้รับการกำหนดหมายเลขโดย GTW เป็น 4600 – 4611 ^{[ 2 ]}

เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ. 2513 ด้วย SP GP9 หมายเลข 3424 รถจักรดีเซล EMD GP9 ที่มีอยู่เดิมทั้งหมดที่อยู่ในSt. Louis Southwestern Railway (หรือที่รู้จักกันในชื่อ "Cotton Belt Route") และ Southern Pacific ได้รับการปรับปรุงใหม่เป็น GP9E และ GP9R โดยมีหมายเลขซีรีส์เริ่มต้นที่ 3100 ^{[ 3 ]}

บริษัท Southern Pacific Transportation Company เริ่มทำการปรับปรุงขบวนรถของตนใหม่ในปี พ.ศ. 2513 ในขณะที่ St. Louis Southwestern Railway (หรือที่รู้จักกันในชื่อ "Cotton Belt Route") เริ่มทำการปรับปรุงขบวนรถของตนใหม่ในปี พ.ศ. 2517 ขบวนรถบางส่วนจะถูกลดระดับลงเพื่อใช้ในหน้าที่สับเปลี่ยน และจะทำเช่นนั้นต่อไปจนกระทั่ง Southern Pacific ควบรวมกิจการกับUnion Pacific Railroad ^{[ 3 ]}