เอดูเริ่มต้นอาชีพในเซเรียอาด้วยโครินเธียนส์ขณะอยู่กับโครินเธียนส์ เอดูคว้าแชมป์บราซิเลโรในปี 1998 และ 1999 และแชมป์ฟีฟ่าคลับเวิลด์แชมเปี้ยนชิพในปี 2000 ^{[ 5 ]}

หลังจากวางแผนจะเข้าร่วมอาร์เซนอลในปี 2000 การย้ายทีมของเขาถูกระงับไว้หลังจากพบว่าเขามีหนังสือเดินทางโปรตุเกสปลอม หลายเดือนต่อมา หลังจากมีคุณสมบัติได้รับ หนังสือเดินทาง สหภาพยุโรป (EU) (โดยอาศัยเชื้อสายอิตาลีทางฝั่งพ่อของเขา) เขาเซ็นสัญญากับอาร์เซนอลเมื่อวันที่ 16 มกราคม 2001 ด้วยค่าตัว 6  ล้านปอนด์ เขามีช่วงเวลาที่ยากลำบากในช่วงแรกเนื่องจากน้องสาวของเขาเสียชีวิตจากอุบัติเหตุทางรถยนต์^{[ 6 ]}

การลงสนามนัดแรกของเขากับอาร์เซนอลเกิดขึ้นในปี 2001 ในเกมที่เสมอกันแบบไร้สกอร์ ซึ่งต้องมัวหมองด้วยอาการบาดเจ็บหลังจากผ่านไป 15 นาทีกับเลสเตอร์ซิตี้^{[ 7 ]}เขาลงมาแทนเฟรดดี้ ลุงเบิร์กในช่วงพักครึ่ง แต่ก็ถูกเปลี่ยนตัวออกโดยเดนนิส เบิร์กแคมป์ ในอีกไม่ กี่นาทีต่อมา นับเป็นการเริ่มต้นที่ไม่ดีนัก และเขาได้ลงเล่นให้กับสโมสรเพียง 4 นัดเท่านั้นในฤดูกาลนั้น หนึ่งในนั้นคือเกมที่แพ้ มิด เดิลสโบโรห์ 0-3 ในบ้าน ซึ่งเขาทำเข้าประตูตัวเองด้วย^{[ 8 ]}ประตูแรกของเขาให้กับสโมสรเกิดขึ้นในเกมกับกริมสบี้ในลีกคัพเมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน 2001 ^{[ 9 ]}ต่อมาเขาได้ลงเล่นเป็นตัวสำรองในรอบชิงชนะเลิศเอฟเอคัพปี 2002 ซึ่งอาร์เซนอลเป็นฝ่ายชนะ เขายังลงเล่นในลีก 14 ^นัดและทำประตูได้ในเกมกับแอสตันวิลลา [ ^{10 ]}ซึ่งอาร์เซนอลคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกฤดูกาล 2001-02โดยเอ็ดดูเป็นชาวบราซิลคนแรกที่คว้าแชมป์พรีเมียร์ลีก^{[ 11 ] [ 12 ]}

ในฤดูกาล 2002–03 เอดูลงเล่นในพรีเมียร์ลีก 18 นัด และมีบทบาทสำคัญในการพาอาร์เซนอลเข้าสู่รอบชิงชนะ เลิศเอฟเอคัพเป็นปีที่สามติดต่อกัน ^{[ 13 ] เอดูทำ ประตู} ได้ในเกมที่อาร์เซนอลเอาชนะ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดใน รอบที่ห้าที่ โอลด์แทรฟฟอร์ด [ ^{14 ]}อย่างไรก็ตาม ปัญหาอาการบาดเจ็บในช่วงท้ายฤดูกาลทำให้เขาไม่มีชื่ออยู่ในทีมสำหรับรอบชิงชนะเลิศ^{[ 15 ]}

ฤดูกาล 2003–04ในตำแหน่งกองกลางของอาร์เซนอลถือเป็นฤดูกาลที่ดีที่สุดของเขาในอาชีพค้าแข้ง เขาเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่ไม่แพ้ใครถึง 49 นัด ( ฤดูกาลพรีเมียร์ลีก 2003–04ทั้งหมดโดยไม่แพ้ใคร) เขาลงเล่นในลีก 30 นัดและยิงได้ 2 ประตู โดยทั้งสองประตูยิงใส่เชลซี เขายิงประตูที่สี่จากทั้งหมด 5 ประตูของอาร์เซนอลในเกมที่ชนะ อินเตอร์มิลาน 5–1 ในศึกยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกเมื่อเดือนพฤศจิกายน 2003 เขาทำสถิติลงเล่นสูงสุดในอาชีพ 48 นัดและยิงได้ 7 ประตูให้กับอาร์เซนอลในทุกรายการแข่งขัน เอดูอยู่ในสนามขณะที่อาร์เซนอลคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีก 2003–04 ที่ไวท์ฮาร์ทเลนในวันที่ 25 เมษายน 2004 ^{[ 16 ]}ในระหว่างฤดูกาลนั้น เขาลงเล่นให้กับอาร์เซนอลครบ 100 นัด

เอดูประสบกับทั้งความสำเร็จและความล้มเหลวในฤดูกาล 2004–05 เขาพลาดการลงเล่นในช่วงต้นฤดูกาลเนื่องจากติดทีมชาติบราซิลในศึกโคปาอเมริกา ส่งผลให้เกิดการคาดเดาเกี่ยวกับอนาคตของเขากับสโมสร เนื่องจากสัญญาของเขากับอาร์เซนอลเหลือเพียงปีเดียว การเจรจากับบาเลนเซียของสเปนในเดือนมกราคม 2005 ล้มเหลว เนื่องจาก ทีม จากเมสตายาไม่สามารถจ่ายค่าตัวตามที่อาร์เซนอลเรียกร้องได้

เอดูทำประตูให้อาร์เซนอลได้เพียงสองประตูในฤดูกาล 2004–05 โดยทั้งสองประตูเกิดขึ้นในเดือนพฤษภาคม – ประตูหนึ่งเป็นการยิงแบบชิปที่ยอดเยี่ยมในเกมเยือนที่ชนะเวสต์บรอมวิช อัลเบียน 2–0 และอีกประตูหนึ่งเป็นการยิงจุดโทษในเกมที่ชนะเอฟเวอร์ตัน 7–0 อย่างไรก็ตาม เขาได้ลงสนามเป็นตัวสำรองในช่วงต่อเวลาพิเศษในเกมที่อาร์เซนอลคว้า แชมป์เอฟเอคัพรอบ ชิง ชนะ เลิศปี 2005 ^{[ 17 ]}

ในเดือนพฤษภาคม ปี 2005 มีการยืนยันว่าเขาจะออกจากอาร์เซนอลในช่วงฤดูร้อนด้วยการย้ายทีมแบบไม่มีค่าตัวตามกฎบอสแมน บาเลน เซีย ยูเวนตุส อินเตอร์ มิลาน และบาร์เซโลนาต่างเป็นทีมเต็งที่จะคว้าตัวเอดูไปร่วมทีม และในวันที่ 30 พฤษภาคม บาเลนเซียได้ประกาศว่าได้เซ็นสัญญากับเขาเป็นเวลา 5 ปี หลังจากเซ็นสัญญาได้ไม่นาน เอดูได้รับบาดเจ็บในช่วงปรีซีซั่น ทำให้เขาพลาดการลงเล่นในทีมชุดใหญ่จนถึงวันที่ 4 เมษายน ปี 2006 เมื่อเขาได้ลงประเดิมสนามในเกมที่ชนะกาดี ซ 5-3 ในวันที่ 3 กรกฎาคม ปี 2009 มิดฟิลด์ชาวบราซิลรายนี้ได้ออกจากบาเลนเซียเนื่องจากสัญญาถูกยกเลิก

หลังจากได้รับการปล่อยตัวในสเปน เอดูได้เซ็นสัญญากับสโมสรเก่าของเขา โครินเธียนส์ เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม 2552 ซึ่งมีระยะเวลาจนถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2554 ^{[ 18 ]}หลังจากลงเล่นไป 4 นัดในฤดูกาล 2553 สัญญาของเขาก็ถูกยกเลิกโดยความยินยอมร่วมกัน และเอดูได้ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพ