ในแอดิเลด เขาได้พบกับเอ็ดเวิร์ด จอห์น ไอยร์และอัลเฟรด เอ็ม. มันดี (ซึ่งต่อมาได้เป็นเลขานุการอาณานิคม ใน สภานิติบัญญัติแห่ง รัฐเซาท์ออสเตรเลีย ชุดแรก ภายใต้ ผู้ว่าการเกรย์และได้แต่งงานกับเจน บุตรสาวคนโตของจอห์น ฮินด์มาร์ช ) เขาได้รับเชิญให้ร่วมเดินทางไปกับพวกเขาในการสำรวจไปยังรัฐเวสเทิร์นออสเตรเลียพร้อมกับแกะและวัว ซึ่งถูกขนส่งจากบริเวณเหนือของแม่น้ำพอร์ตไปยังอัลบานี รัฐเวสเทิร์นออสเตรเลียจากนั้นจึงต้อนพวกมันข้ามบกไปยังเพิร์ธ เพื่อประหยัดน้ำ การเดินทางส่วนใหญ่จึงทำในเวลากลางคืน^{[ 1 ]}การเดินทางครั้งนี้ได้กำไรอย่างมาก เมื่อกลับมาที่แอดิเลดในปี 1840 ไอยร์กำลังจัดเตรียมการสำรวจเพื่อค้นหาเส้นทางข้ามบกไปยังรัฐเวสเทิร์นออสเตรเลีย และเชิญสก็อตต์ให้เข้าร่วมเป็นเพื่อนร่วมเดินทางและรองผู้บัญชาการ โดยแบ่งค่าใช้จ่ายทั้งหมด (ยกเว้นเงินช่วยเหลือ 100 ปอนด์จากรัฐบาล) ^{[ 4 ]}ไอยร์เขียนในบันทึกประจำวันของเขาว่า:

"คุณสก็อตต์ ผู้ซึ่งทุ่มเทและช่วยเหลืออย่างไม่รู้จักเหน็ดเหนื่อยมาตั้งแต่เริ่มการเตรียมการของเรานั้น ต้องรับภาระงานที่หนักกว่าเดิมในวันนี้ อย่างไรก็ตาม ในตอนกลางคืน เราทุกคนก็ได้รับรางวัลอย่างคุ้มค่าด้วยการเห็นทุกอย่างจัดเตรียมไว้อย่างสมบูรณ์และน่าพอใจ ความวุ่นวาย ความสับสน และความตื่นเต้นจบลงแล้ว และเกวียนของเราทั้งหมดก็บรรทุกสัมภาระพร้อมที่จะออกเดินทางในวันรุ่งขึ้น ซึ่งระยะทาง ความยากลำบาก และผลลัพธ์นั้นยังคงเป็นปัญหาที่ต้องแก้ไขต่อไป"

คณะเดินทางออกจากทำเนียบรัฐบาลเมืองแอดิเลดเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน ค.ศ. 1840 ขณะเดินทางผ่านบริเวณคริสตัลบรู๊คเขาได้เขียนบันทึกไว้ว่า:

“เวลาส่วนตัวของฉัน เมื่อไม่ได้มีส่วนร่วมในการนำคณะสำรวจด้วยตนเอง ก็หมดไปกับการจดบันทึกประจำวันและแผนภูมิ รวมถึงการสังเกตในสมุดบันทึกประจำวันเกี่ยวกับบารอมิเตอร์ เทอร์โมมิเตอร์ ลม และสภาพอากาศ ตลอดจนการเก็บตัวอย่างดอกไม้หรือแร่ธาตุ เพื่อนหนุ่มของฉัน นายสก็อตต์ ก็ยุ่งไม่แพ้กัน เพราะเขาช่วยฉันในหลายๆ หน้าที่เหล่านี้ และในบางอย่างก็ช่วยแบ่งเบาภาระของฉันไปเลย ... เขาเป็นนักล่าเพียงคนเดียวในคณะสำรวจ และเราต้องพึ่งพาปืนของเขาในการจัดหาวอลลาบี นกพิราบ เป็ด หรือสัตว์ป่าอื่นๆ เพื่อให้เมนูอาหารของเรามีความหลากหลายและทำให้แกะจำนวนน้อยที่เรามีอยู่อยู่รอดได้นานที่สุด ในฐานะเพื่อนร่วมทาง ฉันคงเลือกเขาได้ไม่ดีไปกว่านี้แล้ว — หนุ่ม กระฉับกระเฉง และร่าเริง — ฉันพบว่าเขามีความพร้อมที่จะให้ความช่วยเหลือฉันทุกอย่างเท่าที่จะทำได้” ^{[ 3 ]}

พวกเขาตั้งคลังเก็บเสบียงที่ภูเขาอาร์เดน (ทางเหนือของควอร์น ) ^{[ 1 ]}จากนั้นเอียร์ก็เริ่มเดินทางเข้าไปในแผ่นดินใหญ่ โดยขี่ม้าไปกับผู้ช่วยชาวอะบอริจินคนหนึ่งและม้าบรรทุกเสบียง โดยเลือกที่จะไม่ให้คนอื่นๆ ต้องเผชิญกับความยากลำบากและอันตรายจากการสำรวจดินแดนที่ไม่คุ้นเคย หลังจากพยายามหาทางเข้าไปในแผ่นดินใหญ่เป็นเวลา 16 วันโดยไม่ประสบผลสำเร็จ เขาก็กลับมา ในขณะที่เอียร์กำลังสำรวจ สก็อตต์เป็นผู้ดูแลคลังเก็บเสบียง รวบรวมตัวอย่างพืชและธรณีวิทยา และทำการสังเกตการณ์ตามปกติวันละสามครั้ง จากนั้นคณะเดินทางก็ย้ายจากภูเขาอาร์เดนไปยังดีโปต์พูล จากจุดนั้นเอียร์ก็เริ่มเดินทางเข้าไปในแผ่นดินใหญ่อีกครั้ง เขาเดินทางตามแนวเทือกเขาดีเซปชัน ตรวจสอบทางน้ำต่างๆ ซึ่งหนึ่งในนั้นเขาตั้งชื่อว่าสก็อตต์ เมื่อไม่สามารถหาทางไปยังใจกลางทวีปได้ เอียร์จึงกลับไปยังดีโปต์พูล ที่นี่เขาพักผ่อนชั่วครู่ แล้วจึงพยายามอีกครั้งโดยใช้เส้นทางอื่น ในวันที่ 21 หรือ 22 สิงหาคม Eyre เขียนว่า: — "เนื่องจากไม่ได้พบเห็นชาวพื้นเมืองมาสองวันแล้ว ฉันจึงคิดว่าฉันอาจจะลองสำรวจทางน้ำที่เราตั้งค่ายอยู่ และออกเดินทางด้วยม้าทันทีหลังอาหารเช้า โดยมีคุณ Scott ไปด้วย ... หลังจากผูกม้าแล้ว คุณ Scott และฉันก็ปีนขึ้นไปบนยอดหน้าผาสูงโดยเลี้ยวไปตามสันเขาด้านหลัง จากยอดเขาเรามองเห็นทิวทัศน์กว้างไกล และฉันสามารถถ่ายภาพได้หลายมุม หนึ่งในยอดเขาสูงเหล่านี้ในเทือกเขา Mount Deception ฉันตั้งชื่อว่า Scott ... ในช่วงเช้า คุณ Scott ยิงวอลลาบีหินสายพันธุ์ที่ค่อนข้างใหญ่ได้ และพบเห็นอีกหลายตัวอยู่รอบๆ หน้าผาสูงชัน ซึ่งเราพบน้ำอยู่ใต้หน้าผา" ไม่กี่วันต่อมา Eyre พบทางน้ำอีกแห่งหนึ่ง ซึ่งเธอตั้งชื่อว่า Mundy ^{[ 2 ]} Eyre ขึ้นเขาMt. Hopelessในวันที่ 2 กันยายน และกลับไปยังคลังเก็บเสบียงฐาน^{[ 5 ]}

หลังจากละทิ้งความหวังที่จะเดินทางไปยังใจกลางทวีปจาก Depot Pool แล้ว Eyre ก็มุ่งหน้าไปยังStreaky Bayเพื่อสร้างฐานทัพแห่งต่อไปบนชายฝั่งตะวันตก ใกล้กับ Port Lincoln พวกเขามาถึงลำน้ำที่มีโขดหินขนาดใหญ่และมีแอ่งน้ำจืดขนาดใหญ่ พวกเขาได้ลงเล่นน้ำอย่างเพลิดเพลิน และ Scott ก็ยิงเป็ดได้หลายตัว ซึ่งเป็นอาหารที่น่ายินดีสำหรับพวกเขา ในวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1840 พวกเขามาถึงสถานีเลี้ยงแกะของนาย Driver ซึ่งมีนาย Dutton เป็นผู้จัดการ พวกเขาได้รับการต้อนรับอย่างอบอุ่น Dutton จะเสียชีวิตในอีกสองปีต่อมาขณะพยายามต้อนฝูงวัวจาก Port Lincoln ไปยังต้นอ่าว Spencer Eyre และคณะเดินทางต่อไปยังPort Lincolnแต่พบว่าเมืองอยู่ในสภาพย่ำแย่และไม่สามารถจัดหาเสบียงที่พวกเขาต้องการได้ Scott เช่าเรือเปิดจาก Dr. Harvey และพร้อมด้วยลูกเรือสองคน^{[ 1 ]}แล่นเรือฝ่าพายุไปยังGlenelgแล้วเดินเท้าไปยัง Adelaide และรายงานต่อผู้ว่าการ Gawlerพร้อมกับคอลเลกชันตัวอย่าง จดหมาย และรายงานของ Eyre Gawler ได้จัดเรือตัด (น่าจะเป็นWater Witchพร้อมลูกเรือ) ไว้ใช้งาน และแล่นเรือกลับไปยัง Port Lincoln พร้อมเสบียงที่จำเป็น^{[ 2 ]} Eyre เขียนว่า:

"คุณสก็อตต์ได้จัดการทุกอย่างที่ได้รับมอบหมายอย่างน่าชื่นชม และผมรู้สึกซาบซึ้งใจอย่างยิ่งต่อความกระตือรือร้นและความกล้าหาญของเขาในการอาสาเดินทางจากพอร์ตลินคอล์นไปยังแอดิเลดด้วยเรือเปิด และความสำเร็จที่เขาก่อขึ้น"

พวกเขาตั้งฐานที่มั่นแห่งต่อไปที่ฟาวเลอร์สเบย์ไอยร์พยายามหลายครั้งที่จะอ้อมหัวอ่าวเกรตออสเตรเลียนไบต์ในความพยายามครั้งหนึ่ง ม้าของเขาตายไปสามตัว เขาจึงตัดสินใจลดขนาดคณะเดินทาง โดยส่งม้าสองตัวกลับไปยังแอดิเลดด้วยเรือตัดเหลือไว้เพียงสก็อตต์ หัวหน้าคนงานแบ็กซ์เตอร์ชายอีกหนึ่งคน และผู้ช่วยชาวพื้นเมืองสองคน ไอยร์ตั้งใจที่จะพยายามอีกครั้งเพื่ออ้อมหัวอ่าว ในวันที่ 29 ธันวาคม ค.ศ. 1840 เขาออกจากค่ายพร้อมกับแบ็กซ์เตอร์และชาวพื้นเมืองคนหนึ่ง โดยทิ้งแกะและม้าสี่ตัวไว้ในความดูแลของมิสเตอร์สก็อตต์และชาวพื้นเมืองอีกคน ในครั้งนี้ ไอยร์ไปถึงหัวอ่าวและกลับมายังค่ายที่พอยต์ฟาวเลอร์ในวันที่ 16 มกราคม ค.ศ. 1841

เอเยอร์อยากจะส่งสก็อตต์ไปพร้อมเสบียงเพื่อจัดตั้งฐานทัพหน้า ณแหลมอาริดแต่กอว์เลอร์ยืนกรานว่าเรือตัดน้ำลำนี้ห้ามออกจากน่านน้ำของรัฐเซาท์ออสเตรเลีย ดังนั้นเขาจึงออกเดินทางไปเพียงลำพังพร้อมผู้ช่วยชาวพื้นเมืองสองคน และสก็อตต์ก็กลับไปยังแอดิเลด เอเยอร์เขียนไว้ในบันทึกประจำวันของเขาว่า:

“บัดนี้ หน้าที่ของผมคือการตัดสินใจโดยไม่ชักช้าว่าใครจะเป็นเพื่อนร่วมทางของผมในภารกิจอันเสี่ยงอันตรายนี้ ความจำเป็นแรกและเจ็บปวดที่สุดที่เกิดขึ้นกับผมจากการกระทำที่ผมกำลังวางแผนอยู่นั้น คือการต้องแยกจากเพื่อนหนุ่มของผม คุณสก็อตต์ ผู้ซึ่งอยู่กับผมมาตั้งแต่เริ่มต้นภารกิจ และผู้ที่กระตือรือร้นและช่วยเหลืออย่างเต็มที่เท่าที่จะทำได้ ผมรู้ว่าในโอกาสเช่นนี้ จิตใจที่มุ่งมั่นและความกล้าหาญของเขาจะทำให้เขาอยากอยู่ต่อและร่วมรับความยากลำบากและอันตรายที่ผมอาจต้องเผชิญ แต่ผมรู้สึกว่าผมไม่ควรปล่อยให้เขาทำเช่นนั้น ผมไม่มีสิทธิ์ที่จะนำเพื่อนหนุ่มผู้กระตือรือร้นไปสู่อันตรายที่ดูเหมือนจะไม่มีทางหนีรอดได้ และถึงแม้การแยกจากกันในสถานการณ์เช่นนี้จะเจ็บปวดสำหรับเราทั้งสอง แต่ก็ไม่มีทางเลือกอื่นแล้ว... ผมจึงใช้โอกาสขณะเดินเล่นบนชายหาดกับคุณสก็อตต์ อธิบายสถานการณ์ที่ผมเผชิญอยู่ และการตัดสินใจที่ผมถูกบีบให้ทำ เขาได้รับผลกระทบอย่างมาก เมื่อได้รับข่าวกรอง และอยากจะอยู่ต่อเพื่อแบ่งปันผลลัพธ์ของการเดินทางกับข้าพเจ้า ไม่ว่าจะเป็นอย่างไรก็ตาม แต่ข้าพเจ้าไม่กล้ายินยอม” ^{[ 2 ]}

Eyre, Baxter, ชาวอะบอริจิน 3 คน, ม้าบรรทุกสัมภาระ 9 ตัว, ม้าพันธุ์ติมอร์ 1 ตัว และแกะ 6 ตัว ออกเดินทางจากอ่าวฟาวเลอร์เมื่อวันที่ 25 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2384 หลังจากประสบความยากลำบากหลายประการ ซึ่งรวมถึงการฆาตกรรม Baxter เมื่อวันที่ 29 เมษายน และการหลบหนีของชาวพื้นเมือง 2 คน Eyre และชาวอะบอริจินคนที่ 3 ชื่อ Wylie เดินทางมาถึงอ่าวแห่งหนึ่งใกล้Esperance ทางตะวันตกของออสเตรเลียซึ่งพวกเขาได้พบกับเรือล่าวาฬMississippi ของฝรั่งเศส และได้รับการต้อนรับและเสบียงจากกัปตัน Rossiter ^{[ 5 ]}จากนั้นในวันที่ 7 กรกฎาคม ก็เดินทางมาถึงAlbany Eyre บรรลุเป้าหมายของเขาแล้ว แต่ต้องแลกมาด้วยราคาที่สูง^{[ 6 ]}

สก็อตต์ได้ช่วยเหลือร้อยโทพูลเลนในภารกิจสำรวจทะเลสาบอัลเบิร์ตและปากแม่น้ำเม อร์เรย์ และในปี พ.ศ. 2384 เขาได้เป็นผู้ช่วยกัปตันเรือวอเตอร์วิทช์ ของพูลเลน ซึ่งเขาแล่นเรือจากเวลลิงตันไปยังมูรันดี (5  กิโลเมตรทางใต้ของแบลนช์ทาวน์ ) บนแม่น้ำเมอร์เรย์ซึ่งมีระยะทางประมาณ130 กิโลเมตร^{[ 7 ]}การเดินทางครั้งนี้ช่วยก่อตั้งมูรันดี (มักสะกดว่า "Moorundee") ให้เป็นการตั้งถิ่นฐานของชาวยุโรปแห่งแรกบนแม่น้ำเมอร์เรย์ในออสเตรเลียใต้ และไอร์ (ผู้ที่เคยสำรวจพื้นที่นี้ในปี พ.ศ. 2382) ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้พิพากษาประจำและผู้พิทักษ์ชนพื้นเมืองที่นั่น^{[ 8 ]} 

เขาช่วย Eyre ในการก่อตั้งสถานีรัฐบาลที่ Moorundie ซึ่งก่อตั้งโดยผู้ว่าการ Grey เพื่อปกป้อง "ผู้เดินทางข้ามแดน" จากการโจมตีที่เป็นปรปักษ์ของชนพื้นเมือง เขาช่วย Eyre ในการทำแผนที่บางส่วนของแม่น้ำ Darling ซึ่งMajor Mitchell พลาด ไป^{[ 1 ]} เขาก่อตั้งสถานีปศุสัตว์ที่ North West Bend (ใกล้กับ Morganในปัจจุบัน) แต่ขาดทุนจากโครงการนี้ เช่นเดียวกับผู้เช่าและเจ้าของในภายหลังอย่าง Philip Levi และ Charles H. Armytage ^{[ 1 ]}ในปี 1847 เขาได้สืบทอดตำแหน่งต่อจาก Eyre ที่ Moorundie ในฐานะผู้พิพากษา รองผู้พิทักษ์ชนพื้นเมือง (ได้รับการแต่งตั้งในปี 1848) ^{[ 9 ]}ผู้ตรวจการตำรวจพื้นเมือง และเจ้าหน้าที่จัดการเลือกตั้ง Eyre เดินทางไปอังกฤษและไม่เคยกลับมาที่เซาท์ออสเตรเลียอีกเลย ในช่วงเวลานี้ Scott แต่งงานและเริ่มสร้างครอบครัว Scott ยังคงอยู่ที่ Moorundie จนถึงปี 1857 เมื่อตำแหน่งนี้ถูกยกเลิกโดยรัฐบาล^{[ 3 ]}

ในปี 1856 เขาเข้าครอบครองสถานีมัวร์นา (ซึ่งต่อมาตกเป็นของจอห์น โครซิเออร์ ) ใกล้กับเวนท์เวิร์ธ รัฐนิวเซาท์เวลส์แต่ในปี 1858 เขาต้องสูญเสียทุกอย่างไปในเหตุไฟไหม้ หลังจากนั้นพวกเขาจึงเดินทางเข้าไปในแผ่นดินอีกครั้ง ไปยังสถานีคี ซึ่งอยู่ห่างจาก ยูสตันไปทางใต้ 20 ไมล์ (32 กิโลเมตร) ในรัฐนิวเซาท์เวลส์พวกเขาทำงานที่นั่นเป็นเวลาสามปี แต่ถูกภัยแล้งผลักดันให้กลับไปยังแอดิเลดราวปี 1866 

เขาได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้พิทักษ์ชนพื้นเมืองชั่วคราวในปี พ.ศ. 2410 ในช่วง 6 เดือนแรก เขาเดินทางเป็นระยะทาง2,355 ไมล์ (3,790 กิโลเมตร)เพื่อทำการตรวจสอบคลังสินค้า 58 แห่งของแผนกนี้^{[ 10 ]}และพัฒนาจุดตรวจสำหรับกองกำลังตำรวจ SA ^{[ 11 ]}รวมถึงOverland Cornerในปี พ.ศ. 2412 เขาได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหัวหน้างานของเรือนจำแรงงาน Dry Creek ^{[ 12 ]}ซึ่งรู้จักกันในชื่อ "The Stockade" ปัจจุบันคือเรือนจำแรงงาน Yatalaเขาลาออกในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2435 และถูกแทนที่โดย Robert H. Edmunds (พ.ศ. 2477 – 12 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2460) ^{[ 13 ]}เขาเกษียณไปอยู่ที่บ้านของเขา "Hamilton Lodge" ที่Currency Creekซึ่งเขาเสียชีวิตหลังจากป่วยไม่นาน