เอ็ดเวิร์ด รูบินเป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่วิทยาศาสตร์ของMetabiotaบริษัทที่ทำงานเกี่ยวกับความเสี่ยงจากการระบาดและโรคติดเชื้อ ตั้งแต่ปี 2002 ถึง 2016 เขาเป็นนักวิจัยที่ห้องปฏิบัติการแห่งชาติลอว์เรนซ์เบิร์กลีย์และผู้อำนวยการสถาบันจีโนมร่วมของกระทรวงพลังงาน^{[ 1 ]} ในปี 2012 เขาได้รับการแต่งตั้งให้เป็นศาสตราจารย์รับเชิญชาร์ลส์ เจ. และลอยส์ บี. เอปสไตน์ ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานฟรานซิสโก^{[ 2 ]}

รูบินทำการทดสอบจีโนมของมนุษย์นีแอนเดอร์ทาล ซึ่งชี้ให้เห็นว่าดีเอ็นเอของมนุษย์และมนุษย์นีแอนเดอร์ทาลมีความเหมือนกันประมาณ 99.5 เปอร์เซ็นต์ถึงเกือบ 99.9 เปอร์เซ็นต์^{[ 3 ]}

เขาเป็นกรรมการบริหารของโครงการ Global Virome ^{[ 4 ]}